~~NOTOC~~ ~~NOCACHE~~ ===== ВНУТРЕННИЕ КОНКУРCЫ ИХБФМ СО РАН ===== \\ \\ ==== МАТЕРИАЛЫ, ПРЕДСТАВЛЕННЫЕ НА КОНКУРС "РАЗРАБОТКА ИХБФМ СО РАН-2018" ==== \\ \\ ** 1. "Поли(ADP-рибоза)полимеразы: новые мишени и механизмы регуляции репарации ДНК" ** \\ \\ **Коллектив авторов:** Алемасова Е.Э., Белоусова Е.А., Мальцева Е.А., Кургина Т.А., Науменко К.Н., Кутузов М.М., Анарбаев Р.О., Суханова М.В., Речкунова Н.И., зав ЛБХФ Лаврик О.И. \\ **Подразделение:** Лаборатория биоорганической химии ферментов (ЛБХФ) \\ **Файлы заявки:** {{:intranet:icbfm_2018_lbce.pdf|Аннотация}}, {{:intranet:icbfm_2018_lbce.pptx|Слайд-картинка}} \\ \\ Проведено комплексное исследование функциональной роли поли(ADP-рибоза)полимераз (PARP) и синтезируемого ими полимера ADP-рибозы (PAR – «третья нуклеиновая кислота») в процессах репарации ДНК (Рис.). Несмотря на глобальную важность в регуляции ключевых процессов у высших, таких как репарация и транскрипция ДНК, механизм остается в значительной степени неизвестным. Между тем PARP является мишенью номер 1 при лечении раков, в особенности яичников и груди, а также других болезней человека, таких как нейродегенеративные заболевания и ишемическая болезнь. Установлено влияние Y-box-связывающего белка 1 (YB-1) [1] и репликативного белка А (RPA) [2] на активность PARP1. Разработан и применен в исследовании оригинальный метод определения активности PARP1 в реальном времени [3]. Показано, что белок YB-1 стимулирует активность PARP1, тем самым ослабляя действие ингибиторов этого фермента, применяемых для лечения онкологических заболеваний. Эффект RPA определяется структурой ДНК: в присутствии одноцепочечной ДНК RPA ингибирует активность PARP1, в присутствии ДНК-дуплекса с одноцепочечным разрывом – стимулирует. Предложен механизм стимуляции: в присутствии RPA увеличивается скорость обмена модифицированного и немодифицированного белка PARP1 на ДНК. Впервые установлено, что поврежденная ДНК не только активирует синтез поли(ADP-рибозы), но и является мишенью ADP-рибозилирования, катализируемого PARP2, PARP3 и, в меньшей степени, PARP1. Т.е., мишенью поли(ADP-рибозил)ирования являются не только белки, как это считалось долгое время, но и ДНК [4,5]. Предложен новый механизм репарации разрывов ДНК, инициируемый ADP-рибозилированием их концов, с участием ферментов эксцизионной репарации оснований [5,6]. Таким образом, нами установлены новые мишени и ключевые функции PARP и PAR в репарации повреждений ДНК. \\ \\ {{ :intranet:icbfm-2018_lbce_1.png?400 |Рисунок}} \\ Рис.Поли(ADP-рибоза)полимеразы: новые мишени и механизмы регуляции репарации ДНК. (1) Мультифункциональный белок-онкомаркер YB-1 стимулирует активность PARP1 и ослабляет действие Олапариба – клинически используемого ингибитора PARP. (2) Эффект RPA на активность PARP1 определяется структурой ДНК: в присутствии одноцепочечной ДНК RPA ингибирует, а в присутствии ДНК-дуплекса с одноцепочечным разрывом стимулирует активность PARP1. (3) Обнаружен новый механизм репарации разрывов ДНК, инициируемый PARP3-катализируемым ADP-рибозилированием их концов, с участием ферментов эксцизионной репарации оснований. (4) Разработан и использован в экспериментах оригинальный метод определения активности PARP1 в реальном времени, основанный на изменении анизотропии флуоресценции при диссоциации автополи(ADP-рибозил)ированного белка из комплекса с ДНК . \\ {{:intranet:icbfm-2018_lbce_ppt.png?600|Авторский рисунок}} \\ 1. Alemasova EE, Naumenko KN, Kurgina TA, Anarbaev RO, Lavrik OI. The multifunctional protein YB-1 potentiates PARP1 activity and decreases the efficiency of PARP1 inhibitors. **Oncotarget. 2018**;9(34):23349-23365. **IF 5.168** \\ 2. Maltseva EA, Krasikova YS, Sukhanova MV, Rechkunova NI, Lavrik OI. Replication protein A as a modulator of the poly(ADP-ribose)polymerase 1 activity. **DNA Repair (Amst). 2018**;72:28-38. **IF 4.461** \\ 3. Kurgina TA, Anarbaev RO, Sukhanova MV, Lavrik OI. A rapid fluorescent method for the real-time measurement of poly(ADP-ribose) polymerase 1 activity. **Anal Biochem. 2018**;545:91-97. **IF 2.275** \\ 4. Zarkovic G, Belousova EA, Talhaoui I, Saint-Pierre C, Kutuzov MM, Matkarimov BT, Biard D, Gasparutto D, Lavrik OI, Ishchenko AA. Characterization of DNA ADP-ribosyltransferase activities of PARP2 and PARP3: new insights into DNA ADP-ribosylation. **Nucleic Acids Res. 2018**;46(5):2417-2431. **IF 11.561** \\ 5. Belousova EA, Ishchenko АA, Lavrik OI. Dna is a New Target of Parp3. **Sci Rep. 2018**;8(1):4176. doi: 10.1038/s41598-018-22673-3. **IF 4.122** \\ 6. Belousova EA, Kutuzov MM, Ivankina PA, Ishchenko AA, Lavrik OI. A New DNA Break Repair Pathway Involving PARP3 and Base Excision Repair Proteins. **Dokl Biochem Biophys. 2018**;482(1):233-237. \\ \\ \\ ---- ** 2. "Человеческий сывороточный албумин – универсальная платформа для создания наномолекулярных машин для тераностики злокачественных опухолей" ** \\ \\ **Коллектив авторов:** : Годовикова Т.С., Попова Т.В., Лисицкий В.А., Чубаров А.С., Сильников В.Н. \\ **Подразделение:** Лаборатория органического синтеза (ЛОрС) \\ **Файлы заявки:** {{:intranet:icbfm_2018_lors.pdf|Аннотация}}, {{:intranet:icbfm_2018_lors.ppt|Слайд-картинка}} \\ \\ Разработан алгоритм последовательной сайт-специфической модификации человеческого сывороточного альбумина, позволяющий создавать мультифункциональные наноконструкции для тераностики злокачественных опухолей, перемещение которых в организме можно отслеживать в режиме реального времени, и которые способны «выслеживать» раковые клетки, помечая их флуоресцентной и магнитно-резонансной меткой (ядра 19F), а также уничтожать их посредством запрограммированного высвобождения фосфорилированной формы противоопухолевых аналогов терапевтических нуклеозидов. Результаты исследований в тестах in vitro и на модельных животных in vivo с разными формами опухолей на примере наноконструкций, содержащих трифтортимидин -5’-монофосфат, показали более высокую цитотоксическую и противоопухолевую активность, а также более низкую токсичность разработанных наноконъюгатов по сравнению трифтортимидином, используемым в настоящее время в качестве противоопухолевого препарата. Разработан проект проведения доклинических испытаний. Предложенный алгоритм открывает перспективы создания эффективных тераностиков с другими терапевтическими агентами (противоопухолевыми антибиотиками, препаратами для БНЗТ и др.). \\ \\ {{ :intranet:icbfm-2018_lors_1.jpg?400 |Рисунок}} \\ {{:intranet:icbfm_2018_lors_ppt.png?600|Авторский рисунок}} \\ 1. Biotin-decorated anti-cancer nucleotide theranostic conjugate of human serum albumin: where the seed meets the soil? Popova, T. V., Khan, H. Chubarov, A.S., Lisitskiy V.A., Antonova N.M., Akulov A.E., Shevelev O.B., Zavjalov E.L., Silnikov V.N., Ahmad S., Godovikova T.S. **Bioorg. Med. Chem. Lett. 2018.** V. 28. N 3. P. 260-264 DOI: 10.1016/j.bmcl.2017.12.061 **IF 2.454**. \\ 2. AGEs, RAGEs and s-RAGE: Friend or foe for cancer. Ahmad S., Khana H., Siddiquia Z., Khana M.Y., Rehmana S., Shahab U., Godovikova T., Silnikov V., Moinuddin. **Seminars in Cancer Biology 2018.** V. 49. P. 44 – 55. DOI: org/10.1016/j.semcancer.2017.07.001 **IF 9.141** \\ 3. Реагенты для визуализации и направленного воздействия на опухолевые ткани на основе наночастиц кремния и терапевтических нуклеозидов. Серпокрылова И.Ю., Королева Л.С., Годовикова Т.С., Сильников В.Н. **Химия в интересах устойчивого развития. 2018.** Т. 26. С. 317–328. DOI: 10.15372/KhUR20180307. \\ 4. **Патент RU № 2644280**. Дата опубликованния 08.02.2018. «Способ получения противоопухолевого конъюгата на основе человеческого сывороточного альбумина, содержащего терапевтические и контрастирующий агенты». Годовикова Т.С., Аврамчук Т.В., Чубаров А.С., Лисицкий В.А., Сильников В.Н. \\ \\ \\ ---- \\ **УВАЖАЕМЫЕ КОЛЛЕГИ!**\\ \\ Объявляется сбор заявок на участие в конкурсах Института, приуроченных к празднованию дня рождения Института в 2019 г. \\ \\ * {{:intranet:конкурс_обзор_2019.pdf|Подробнее}} о конкурсе **“Перспективные обзоры 2019 г”** \\ \\ * {{:ru:положение_разработка_года_2018.pdf|Подробнее}} о конкурсе **“Разработка года ИХБФМ СО РАН 2018 г”**\\ \\ \\ Приглашаем всех заинтересованных сотрудников к участию!\\ \\ \\ \\ ---- ==== МАТЕРИАЛЫ, ПРЕДСТАВЛЕННЫЕ НА КОНКУРС "АЙДЕНТИКА-2018" ==== \\ \\ ** НА КОНКУРС ПОДАНО 9 ЗАЯВОК ** \\ \\ Благодарим авторов и авторские коллективы за активное участие! \\ Авторы: Дарья Новопашина, Евгений Апарцин, Мария Воробьева, Данила Яковлев, Мария Кошелева, Анна Епачинцева, Елизавета Хохлова, Евгения Буркова, Светлана Баранова, Константин Булыгин, Ольга Патутина, Данил Гладких. \\ \\ \\ Представленные работы: \\ \\ ** 1. Конкурсная заявка 1 ** \\ \\ **СКАЧАТЬ В ФОРМАТЕ {{:ru:about:ident_1.pdf|PDF файла}}** \\ \\ {{ :ru:about:ident_1-001.png?direct&400 | 1.1}} {{ :ru:about:ident_1-002.png?direct&400 | 1.2}} \\ ---- \\ ** 2. Конкурсная заявка 2 ** \\ \\ **СКАЧАТЬ В ФОРМАТЕ {{:ru:about:ident_2.pdf|PDF файла}}** \\ \\ {{ :ru:about:ident_2-001.png?direct&400 | 2.1}} {{ :ru:about:ident_2-002.png?direct&400 | 2.2}} {{ :ru:about:ident_2-003.png?direct&400 | 2.3}} \\ ---- \\ ** 3. Конкурсная заявка 3 ** \\ \\ **СКАЧАТЬ В ФОРМАТЕ {{:ru:about:ident_3.pdf|PDF файла}}** \\ \\ {{ :ru:about:ident_3-001.png?direct&400 | 3.1}} {{ :ru:about:ident_3-002.png?direct&400 | 3.2}} {{ :ru:about:ident_3-003.png?direct&250 | 3.3}} {{ :ru:about:ident_3-004.png?direct&250 | 3.4}} {{ :ru:about:ident_3-005.png?direct&250 | 3.5}} {{ :ru:about:ident_3-006.png?direct&250 | 3.6}} {{ :ru:about:ident_3-007.png?direct&250 | 3.7}} {{ :ru:about:ident_3-008.png?direct&250 | 3.8}} \\ ---- \\ ** 4. Конкурсная заявка 4 ** \\ \\ **СКАЧАТЬ В ФОРМАТЕ {{:ru:about:ident_4.pdf|PDF файла}}** \\ \\ {{ :ru:about:ident_4-001.png?direct&400 | 4.1}} {{ :ru:about:ident_4-002.png?direct&400 | 4.2}} {{ :ru:about:ident_4-003.png?direct&400 | 4.3}} {{ :ru:about:ident_4-004.png?direct&400 | 4.4}} \\ ---- \\ ** 5. Конкурсная заявка 5 ** \\ \\ **СКАЧАТЬ В ФОРМАТЕ {{:ru:about:ident_5.pdf|PDF файла}}** \\ \\ {{ :ru:about:ident_5-001.png?direct&400 | 5.1}} {{ :ru:about:ident_5-002.png?direct&400 | 5.2}} {{ :ru:about:ident_5-003.png?direct&400 | 5.3}} {{ :ru:about:ident_5-004.png?direct&400 | 5.4}} {{ :ru:about:ident_5-005.png?direct&400 | 5.5}} {{ :ru:about:ident_5-006.png?direct&400 | 5.6}} {{ :ru:about:ident_5-007.png?direct&400 | 5.7}} \\ ---- \\ ** 6. Конкурсная заявка 6 ** \\ \\ **СКАЧАТЬ В ФОРМАТЕ {{:ru:about:ident_6.pdf|PDF файла}}** \\ \\ {{ :ru:about:ident_6-001.png?direct&400 | 6.1}} {{ :ru:about:ident_6-002.png?direct&400 | 6.2}} {{ :ru:about:ident_6-003.png?direct&400 | 6.3}} {{ :ru:about:ident_6-004.png?direct&250 | 6.4}} {{ :ru:about:ident_6-005.png?direct&250 | 6.5}} {{ :ru:about:ident_6-006.png?direct&250 | 6.6}} {{ :ru:about:ident_6-007.png?direct&250 | 6.7}} {{ :ru:about:ident_6-008.png?direct&250 | 6.8}} {{ :ru:about:ident_6-009.png?direct&250 | 6.9}} {{ :ru:about:ident_6-010.png?direct&250 | 6.10}} {{ :ru:about:ident_6-011.png?direct&250 | 6.11}} {{ :ru:about:ident_6-012.png?direct&250 | 6.12}} {{ :ru:about:ident_6-013.png?direct&250 | 6.13}} {{ :ru:about:ident_6-014.png?direct&250 | 6.14}} {{ :ru:about:ident_6-015.png?direct&250 | 6.15}} {{ :ru:about:ident_6-016.png?direct&250 | 6.16}} {{ :ru:about:ident_6-017.png?direct&250 | 6.17}} {{ :ru:about:ident_6-018.png?direct&250 | 6.18}} {{ :ru:about:ident_6-019.png?direct&250 | 6.19}} {{ :ru:about:ident_6-020.png?direct&250 | 6.20}} {{ :ru:about:ident_6-021.png?direct&250 | 6.21}} {{ :ru:about:ident_6-022.png?direct&250 | 6.22}} {{ :ru:about:ident_6-023.png?direct&250 | 6.23}} {{ :ru:about:ident_6-024.png?direct&250 | 6.24}} {{ :ru:about:ident_6-025.png?direct&250 | 6.25}} {{ :ru:about:ident_6-026.png?direct&250 | 6.26}} {{ :ru:about:ident_6-027.png?direct&250 | 6.27}} {{ :ru:about:ident_6-028.png?direct&250 | 6.28}} {{ :ru:about:ident_6-029.png?direct&250 | 6.29}} {{ :ru:about:ident_6-030.png?direct&250 | 6.30}} {{ :ru:about:ident_6-031.png?direct&250 | 6.31}} {{ :ru:about:ident_6-032.png?direct&250 | 6.32}} {{ :ru:about:ident_6-033.png?direct&250 | 6.33}} {{ :ru:about:ident_6-034.png?direct&250 | 6.34}} {{ :ru:about:ident_6-035.png?direct&250 | 6.35}} {{ :ru:about:ident_6-036.png?direct&250 | 6.36}} {{ :ru:about:ident_6-037.png?direct&250 | 6.37}} \\ ---- \\ ** 7. Конкурсная заявка 7 ** \\ \\ **СКАЧАТЬ В ФОРМАТЕ {{:ru:about:ident_7.pdf|PDF файла}}** \\ \\ {{ :ru:about:ident_7.png?direct&400 | 7.1}} \\ ---- \\ ** 8. Конкурсная заявка 8 ** \\ \\ **СКАЧАТЬ В ФОРМАТЕ {{:ru:about:ident_8.pdf| PDF файла}}** \\ \\ {{ :ru:about:ident_8-001.png?direct&400 | 8.1}} {{ :ru:about:ident_8-002.png?direct&400 | 8.2}} \\ ---- \\ ** 9. Конкурсная заявка 9 ** \\ \\ **СКАЧАТЬ В ФОРМАТЕ {{:ru:about:ident_9.pdf|PDF файла}}** \\ \\ {{ :ru:about:ident_9-001.png?direct&400 | 9.1}} {{ :ru:about:ident_9-002.png?direct&400 | 9.2}} {{ :ru:about:ident_9-003.png?direct&400 | 9.3}} {{ :ru:about:ident_9-004.png?direct&400 | 9.4}} {{ :ru:about:ident_9-005.png?direct&400 | 9.5}} {{ :ru:about:ident_9-006.png?direct&400 | 9.6}} {{ :ru:about:ident_9-007.png?direct&400 | 9.7}} \\ ---- \\ ** 10. Конкурсная заявка 10 ** \\ \\ **СКАЧАТЬ В ФОРМАТЕ {{:ru:about:icbfm_logo_propose.pdf|PDF файла}}** \\ \\ {{ :ru:about:c.png?direct&400 | 10.1}} {{ :ru:about:d.png?direct&400 | 10.2}} {{ :ru:about:a.png?direct&400 | 10.3}} {{ :ru:about:b.png?direct&400 | 10.4}} \\ ---- \\ \\ ** ВАШИ ЗАМЕЧАНИЯ И ОТЗЫВЫ НА ПРЕДСТАВЛЕННЫЕ РАБОТЫ НАПРАВЛЯЙТЕ УЧЕНОМУ СЕКРЕТАРЮ ИНСТИТУТА ПО АДРЕСУ [[secretary@niboch.nsc.ru| secretary@niboch. n sc.ru ]]** \\ \\ ---- \\ \\ \\ ==== МАТЕРИАЛЫ, ПРЕДСТАВЛЕННЫЕ НА КОНКУРС "РАЗРАБОТКА ИХБФМ СО РАН-2017" ==== \\ \\ ** 1. "Противоопухолевый препарат на основе онколитического вируса" ** \\ \\ **Коллектив авторов:** Коваль О.А., Ткаченко А.В., Троицкая О.С., Нуштаева А.А., Кулигина Е.В., Рихтер В.А. \\ **Подразделение:** Лаборатория биотехнологии (ЛБТ) \\ **Файлы заявки:** {{:ru:intranet:icbfm-2017_lbt_.pdf|Аннотация}}, {{:ru:intranet:icbfm-2017_lbt_.pptx|Слайд-картинка}} \\ \\ Разработан новый противоопухолевый препарат на основе онколитического вируса осповакцины - VV-GMCSF-Lact. Препарат сконструированного вируса обладает высокой онколитической активностью по отношению к широкому спектру опухолей человека. Показано, что повышенная противоопухолевая активность генномодифицированного вируса VV-GMCSF-Lact по сравнению с родительским штаммом вируса осповакцины связана с экспрессией специализированных трансгенов: гена противоопухолевого белка лактаптина (Lact) и иммуностимулирующего белка ГМ-КСФ (GM-CSF). В 2017 году начаты доклинические испытания препарата. \\ \\ {{ :ru:intranet:icbfm-2017_lbt_.png?400 |Рисунок}} \\ {{:ru:intranet:icbfm-2017_lbt_.jpg?600|Авторский рисунок}} \\ 1. Kochneva G. et.al. Engineering of double recombinant vaccinia virus with enhanced oncolytic potential for solid tumor virotherapy. // **Oncotarget, 2016,** https://doi.org/10.18632/oncotarget.12367. // \\ 2. Koval O.A. et.al. Recombinant vaccinia viruses coding transgenes of apoptosis-inducing proteins enhance apoptosis but not immunogenicity of Infected tumor cells. // **BioMed Research International, 2017,** https://doi.org/10.1155/2017/3620510. // \\ 3. Кочнева Г.В. и колл. авт. Противоопухолевый потенциал рекомбинантного штамма вируса осповакцины, продуцирующего секретируемый химерный белок, состоящий из гранулоцитарно-макрофагального колониестимулирующего фактора человека и онкотоксического белка лактаптина. // ** Биофармацевтический журнал, 2017, ** Т.9, №1, С.11-21. // \\ 4. Патент № 2630672. 14.11.2016. «Рекомбинантный штамм VV-GMCSF/lakt-dGFвируса осповакцины, обладающий онколитической активностью и продуцирующий секретируемый химерный белок, состоящий из гранулоцитарно-макрофагального колониестимулирующего фактора человека и онкотоксического белка лактаптина».\\ 5. Патент № 2621861. 07.06.2017. «Рекомбинантный штамм VV-GMCSF-S-Lact вируса осповакцины, обладающий онколитической активностью и продуцирующий гранулоцитарно-макрофагальный колониестимулирующий фактор человека и секретируемую форму онкотоксического белка лактаптина».\\ 6. Патент № 2630672. 11.09.2017. «Рекомбинантный штамм VV-GMCSF/lakt-dGFвируса осповакцины, обладающий онколитической активностью и продуцирующий секретируемый химерный белок, состоящий из гранулоцитарно-макрофагального колониестимулирующего фактора человека и онкотоксического белка лактаптина».\\ \\ ---- \\ ** 2. "миРНКазы – новые олигонуклеотид-пептидные конъюгаты, расщепляющие про-онкогенные миРНК" ** \\ \\ **Коллектив авторов:** Староселец Я.Ю., Патутина О.А., Мирошниченко С.К., Миронова Н.Л., Власов В.В., Ломзов А.А., Зенкова М.А. \\ **Подразделение:** Лаборатория биохимии нуклеиновых кислот (ЛБНК) \\ **Файлы заявки:** {{:ru:intranet:icbfm-2017_lbnk_.pdf|Аннотация}}, {{:ru:intranet:icbfm-2017_lbnk_p.pptx|Слайд-картинка}} \\ \\ С целью получения эффективных ингибиторов опухолевого роста, направленных на инактивацию онкогенных миРНК в опухолевых клетках, разработаны миРНК-специфичные олигонуклеотид-пептидные конъюгаты – ‘миРНКазы’. В результате анализа нескольких серий искусственных рибонуклеаз сформулированы принципы дизайна для эффективной миРНКазы, заключающиеся в следующем: 1) каталитический пептид должен иметь структуру [(LeuArg)2Gly]2COOH; 2) присоединение пептида к олигонуклеотидам должно происходить с использованием длинных подвижных линкеров; 3) при выборе участков расщепления РНК необходимо учитывать специфичность расщепления; 4) присоединение пептида за С-конец приводит к G-X, а за N-конец к Pyr-X специфичности. \\ На модели клеток лимфосаркомы было показано, что наиболее эффективная miR-21-направленная миРНКаза вызывает специфическое снижение уровня miR-21 в клетках, способствует повышению уровня белка-супрессора опухоли PDCD4, регулируемого miR-21, и приводит к снижению пролиферативного потенциала опухолевых клеток. \\ Таким образом, в результате выполненных исследований получено первое экспериментальное доказательство того, что олигонуклеотид-пептидные конъюгаты - миРНКазы способны эффективно и селективно ингибировать регуляторные онкогенные микроРНК в опухолевых клетках, что свидетельствует об их потенциале в качестве новых терапевтических средств, направленных на преодоление избыточной экспрессии связанных с болезнью микроРНК.\\ \\ {{ :ru:intranet:icbfm-2017_lbnk_i.png?500 | Рисунок}} \\ \\ {{ :ru:intranet:icbfm-2017_lbnk_.jpg?600|Авторский рисунок}} 1. Staroseletz Y. et.al. 'Dual' peptidyl-oligonucleotide conjugates: Role of conformational flexibility in catalytic cleavage of RNA. // ** Biomaterials, 2017, ** https://doi.org/10.1016/j.biomaterials.2016.09.033. // \\ 2. Патутина О.А. и др. Выбор олигонуклеотидов, селективно связывающих онкогенную miR-21. // ** Биоорганическая химия, 2017, ** https://doi.org/10.7868/S0132342317010067. // \\ 3. Patutina O.A. et al. miRNases: Novel peptide-oligonucleotide conjugates that silence miR-21 in limphosarcoma cells. // ** Biomaterials, 2017, ** https://doi.org/10.1016/j.biomaterials.2017.01.018. // \\ \\ ---- \\ ** 3. "Нековалентно связанные с Au-НЧ нуклеиновые кислоты – новые препараты для биомедицины" ** \\ \\ **Коллектив авторов:** Пышная И.А., Епанчинцева А.В., Воробьев П.Е., Шашкова В.В., Григорьева А.Е., Рябчикова Е.И. \\ **Подразделение:** Лаборатория биомедицинской химии (ЛБМХ) и Группа микроскопических исследований (ГМИ) \\ **Файлы заявки:** {{:ru:intranet:icbfm-2017_lbmc-gmi_.pdf|Аннотация}}, {{:ru:intranet:icbfm-2017_lbmc-gmi_p.pptx|Слайд-картинка}} \\ \\ Наночастицы золота (Аu-НЧ) широко используют в биомедицинских разработках, в том числе, благодаря их способности ковалентно связывать различные соединения. Опубликованы многочисленные работы, описывающие получение ковалентных конъюгатов Au-НЧ и нуклеиновых кислот (НК). Однако нет ни одной работы, показывающей, что ковалентное связывание с поверхностью Au-НЧ не влияет на структуру и функции терапевтических НК (ТНК). Данный факт вызывает сомнения в «полноценности» конъюгатов, поэтому мы разработали простой и универсальный способ получения препаратов НК, нековалентно связанных с поверхностью Au-НЧ. \\ \\ {{ :ru:intranet:icbfm-2017_lbmc-gmi_i.png?500 | Рисунок}} \\ Рисунок. (**А**) Взаимодействие Au-НЧ, стабилизированных цитратом, с НК, приводит к образованию нековалентных ассоциатов (I). Проверка стабильности ассоциатов НК-Au-НЧ (IIа и IIб) показала их устойчивость к действию высокомолекулярных соединений (включая белки сыворотки крови, IIб). (**Б**) Профиль концентрационной адсорбции 26-звенной НК на поверхность Au-НЧ (изображение электрофореграммы и интеграционная оптическая плотность в полосе насыщения). \\ \\ Полученные нековалентные ассоциаты Au-НЧ и НК исследовали с помощью комплекса методов (динамическое светорассеяния, гель-электрофорез, радиоизотопные исследования, просвечивающая электронная микроскопия). Для изучения устойчивости НК в биологических средах была разработана модель бактериального «цитозоля». \\ Нековалентные ассоциаты Au-НЧ и различных НК (оцДНК, оцРНК, siРНК, в т.ч. модифицированных) имели плотность покрытия НК, аналогичную ковалентным конъюгатам. Коллоидные растворы НК-Au-НЧ были стабильными. ТНК, нековалентно связанные с поверхностью Au-НЧ, показали устойчивость в биомиметических системах, обладающих нуклеазной и фосфатазной активностями (бактериальный «цитозоль» и раствор сыворотки). Изучена кинетика десорбции и деградации НК, связанных с поверхностью Au-НЧ. Полученные данные доказывают, что нековалентные ассоциаты могут служить «депо» ТНК, постепенно высвобождая активный компонент в биологических системах. \\ Наша разработка показала возможность создания нековалентных ассоциатов НК с Au-НЧ и перспективность их использования в биомедицине. \\ \\ {{ :ru:intranet:icbfm-2017_lbmc-gmi_.jpg?600|Авторский рисунок}} 1. Pyshnaya I.A. et al. Surprises of electron microscopic imaging of proteins and polymers covering gold nanoparticles layer-by-layer // ** Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 2017, ** https://doi.org/10.1016/j.colsurfb.2016.11.007. // \\ 2. Шашкова В.В. и др. Многослойные ассоциаты на основе олигонуклеотидов и наночастиц золота // ** Биоорганическая химия, 2017, ** https://doi.org/10.7868/S0132342316060129. // \\ 3. Epanchintseva A.V. et al. Fast and strong adsorption of native oligonucleotides on citrate coated gold nanoparticles // ** Langmuir, 11 Dec 2017, ** https://doi.org/10.1021/acs.langmuir.7b02529. // \\ \\ ---- \\ ** 4. "Особенности структуры, определяющие эффективность узнавания и процессинга поврежденных ДНК системами эксцизионной репарации оснований и нуклеотидов" ** \\ \\ **Коллектив авторов:** Евдокимов А.Н., Лебедева Н.А., Петрусева И.О., Речкунова Н.И., Ломзов А.А., Сильников В.Н., Коваль В.В., Лаврик О.И. \\ **Подразделение:** Лаборатория биоорганической химии ферментов (ЛБХФ) \\ **Файлы заявки:** {{:ru:intranet:icbfm-2017_lbce_.pdf|Аннотация}}, {{:ru:intranet:icbfm-2017_lbce_.pptx|Слайд-картинка}} \\ \\ Определено влияние структурных модуляций ДНК, вносимых объемными повреждениями – производными бенз[//а//]пирена (BP), присоединенными к экзоциклической аминогруппе гуанина (BPDE-//N²//-dG), на эффективность гидролиза апуринового/апиримидинового (АР-) сайта в различных положениях комплементарной цепи, катализируемого АР-эндонуклеазой 1 (АРЕ1) человека в процессе эксцизионной репарации оснований. Впервые проведено моделирование по методу молекулярной динамики комплекса АРЕ1 с ДНК, содержащей АР-сайт в разных положениях относительно (+)//cis//- или (+)//trans//-BPDE-//N²//-dG-аддукта. Обнаружено влияние конформации объемного заместителя на позиционирование АР-сайта в активном центре фермента и, как следствие, на эффективность его гидролиза, зависящее от взаимного положения повреждений.\\ \\ {{ :ru:intranet:icbfm-2017_lbce_1.png?400 | Рисунок 1}} \\ Рис. 1. Структура активного центра АРЕ1 человека с ДНК-дуплексом, содержащим АР-сайт в положении +3 относительно (+)//trans//- (**А**) или (+)//cis//- (**Б**) изомеров BPDE-//N²//-dG. \\ \\ Оценено влияние синтетических объемных повреждений, таких как модифицированные нуклеозиды, содержащие арилазидо группу (Fap-dC) или остаток флуоресцеина (Flu-dU), или ненуклеозидное производное антрацена (nAnt) на пространственную организацию и стабильность ДНК. На основе измерения стабильности поврежденных ДНК-дуплексов и их сродства к XPC – фактору узнавания повреждений в системе эксцизионной репарации нуклеотидов (ЭРН) – построен ряд изменения субстратных свойств ДНК, содержащих объемные повреждения: Flu-dU-ДНК>>nAnt≈Fap-dC-ДНК. При этом ряд экспериментально определенных уровней эксцизии системой ЭРН выглядел иначе: nAnt-ДНК >> Flu-dU-ДНК >> Fap-dC-ДНК. Моделирование методами молекулярной динамики позволило описать расположение сайтов дестабилизации в поврежденных ДНК и объяснить наблюдаемую разницу в эффективности удаления повреждения конкретными структурными различиями исследованных ДНК-дуплексов. \\ \\ {{:ru:intranet:icbfm-2017_lbce_2-1.png?400 | Рисунок 2.1}} {{:ru:intranet:icbfm-2017_lbce_2-2.png?300 | Рисунок 2.2}} \\ Рис. 2. Схематическое изображение структурной организации модифицированных ДНК: nAnt-DNA (**А**), Flu-dU-ДНК (**Б**) и Fap-dC-ДНК (**В**), а также паттерны дестабилизации двухцепочечной структуры модифицированных ДНК (**Г**). \\ \\ {{ :ru:intranet:icbfm-2017_lbce_.jpg?600|Авторский рисунок}} 1. Starostenko L.V. et. al. Processing of the abasic sites clustered with the benzo[a]pyrene adducts by the base excision repair enzymes. // ** DNA Repair, 2017, ** https://doi.org/10.1016/j.dnarep.2016.12.007. // \\ 2. Evdokimov A.N. et. al. Structural basis for the recognition and processing of DNA containing bulky lesions by the mammalian nucleotide excision repair system. // ** DNA Repair, Epub 2017, ** https://doi.org/10.1016/j.dnarep.2017.10.010. // \\ \\ \\ ---- \\ \\ **УВАЖАЕМЫЕ КОЛЛЕГИ!**\\ \\ Объявляется сбор заявок на участие в конкурсах Института, приуроченных к празднованию дня рождения Института в 2018 г. \\ \\ * {{:intranet:конкурс_перспективных_обзоров_2018_года.pdf|Подробнее}} о конкурсе **“Перспективные обзоры 2018 г”** \\ \\ * {{:ru:intranet:конкурс_разработка_года_2017.pdf|Подробнее}} о конкурсе **“Разработка года ИХБФМ СО РАН 2017 г”**\\ \\ * {{:ru:intranet:комментарии_к_положениям_по_конкурсам.pdf|Комментарии}} к положениям о конкурсах (30.03.2018)\\ \\ \\ ДОПОЛНИТЕЛЬНО!\\ Объявляется конкурс на редакцию существующей или создание новой символики Института – **конкурс Айдентика.** {{:ru:intranet:конкурс_айдентика.pdf|Подробнее}}. \\ \\ Приглашаем всех заинтересованных сотрудников к участию!\\ \\ ----