Изучены физико-химические особенности образования тандемных олигонуклеотидных комплексов с ДНК, конкатамерных олигонуклеотидных комплексов и ДНК-ДНК комплексов олигонуклеотидов, несущих ненуклеотидные вставки на основе фосфодиэфиров олигометилендиолов и олигоэтиленгликолей. Полученные термодинамические характеристики позволяют создавать олигонуклеотидные зонды с направленно пониженной гибридизационной способностью и производить расчет стабильности как совершенных, так и несовершенных тандемных комплексов в различных буферных условиях. [Pyshnyi D.V. et al., J. Biomol. Struct. Dyn. 2003. 21, 459; Pyshnyi D.V. et al., J. Biomol. Struct. Dyn. 2006. 23(5), 567; Ломзов А.А. и др., Докл. АН. 2006. 409(2), 266].

С использованием олигонуклеотидов, несущих ненуклеотидные вставки, разработан высокоселективный подход к анализу точечных мутаций в ДНК. [Дмитриенко Е.В. и др., Биоорган. химия. 2010. 36(6), 802; Виноградова О.А. и др., Молекуляр. биология. 2007. 41(1), 163].

Исследованы особенности ферментативного лигирования олигонуклеотидов на ДНК матрице в зависимости от нуклеотидной композиции в точке одноцепочечного разрыва ДНК. Выявленные характеристики позволяют производить выбор оптимальной структуры олигонуклеотидных зондов для выявления точечных мутаций в ДНК методом лигирования олигонуклеотидов (OLA). [Skobeltsyna L.M. et al., Mol. Biotechnol. 2010. 45, 1].

Предложен новый подход к получению молекулярно импринтированных полимеров (МИПов), содержащих в своей структуре отпечатки биомолекул и способных к их специфическому распознаванию. [Дмитриенко Е.В. и др., Наука из первых рук. 2011; Дмитриенко и др., Вестник НГУ. 2011].

Доказано, что пространственную организацию супрамолекулярных конкатамерных комплексов ДНК можно направлено изменять, используя в качестве мономерных блоков модифицированные дуплексы ДНК, несущие вставки ненуклеотидной природы. [Виноградова О.А. и др., Успехи химии. 2012; Купрюшкин М.С., Пышный Д.В., Биоорганическая химия. 2012].