====== Лаборатория геномной и белковой инженерии ====== ===== Заведующий лабораторией ===== \\ {{:ru:structure:д.о.жарков.jpg?nolink&180 |}} **Жарков Дмитрий Олегович**\\ **Чл.-корр. РАН, доктор биологических наук, доцент**\\ Победитель конкурса Фонда содействия отечественной науке «Лучшие ученые РАН»; победитель конкурса научно-популярных статей РФФИ; член редакционной коллегии журнала «Journal of Biomolecular Structure and Dynamics»; член Совета по науке Министерства образования и науки РФ, г.н.с. телефон: (383) 363-51-87 [[dzharkov@niboch.nsc.ru|dzharkov@niboch.nsc.ru]] \\ ---- ===== Сотрудники ===== ^ ФИО ^ Должность ^ Звание ^ Телефон ^ Researcher ID ^ |Аманова Маргарита Маратовна|ст.лаборант | | 363-51-28 | | |Барматов Александр Евгеньевич | инженер| | 363-51-28 |[[http://www.researcherid.com/rid/ABE-2455-2021|ABE-2455-2021]] | |Булгаков Никита Алексеевич |инженер | | 363-51-28 | | |Грин Инга Ростиславовна |н.с. |к.х.н. | 363-51-88 | [[http://www.researcherid.com/rid/I-8188-2014|I-8188-2014]] | |Дворникова (Довгерд) Антонина Павловна |ст.лаборант | | 363-51-28 |[[http://www.researcherid.com/rid/E-9310-2014|E-9310-2014]] | |Дятлова (Лаптева) Евгения Алексеевна | н.с. |к.б.н. | 363-51-28 |[[http://www.researcherid.com/rid/AAF-7949-2021|AAF-7949-2021]] | |Ендуткин Антон Валентинович |с.н.с. | к.х.н. | 363-51-28 |[[http://www.researcherid.com/rid/G-6948-2013|G-6948-2013]] | |Жарков Дмитрий Олегович |зав.лабораторией |профессор РАН, чл.-корр.РАН | 363-51-87 |[[http://www.researcherid.com/rid/K-2158-2012|K-2158-2012]] | |Затеева Мария Вячеславовна |лаборант | | 363-51-88 | | |Кулишова Лилия Михайловна |н.с. |к.б.н. | 363-51-88 |[[http://www.researcherid.com/rid/M-8942-2016|M-8942-2016]] | |Ким Дарья Вячеславовна|м.н.с.| к.б.н. | 363-51-89 | [[http://www.researcherid.com/rid/AAD-2118-2019|AAD-2118-2019]] | |Мелентьев Василий Сергеевич |ст.лаборант | | 363-51-88 | | |Яковлев Александр Олегович | лаборант | | 363-51-88 | | |Саковина Любовь Викторовна | инженер 1 кат | | 363-51-88 | | |Панферова Елена Петровна | ст. лаборант | | 363-51-88 | | |Позднякова Евгения Дмитриевна | лаборант | | 363-51-88 | | |Петрова Дарья Витальевна |м.н.с. | | 363-51-88 |[[http://www.researcherid.com/rid/N-4527-2016 |N-4527-2016 ]] | |Юдкина Анна Владимировна |н.с. |к.б.н. | 363-51-28 |[[http://www.researcherid.com/rid/ABA-5710-2020|ABA-5710-2020]]| |Чусовитин Андрей Александрович| лаборант | | 363-51-88 | | |Ерошенко Дарья Алексеевна| лаборант | | 363-51-88 | | ---- ===== Основные направления исследований ===== \\ * Фундаментальные механизмы повреждения ДНК, репарации ДНК и клеточного ответа на генотоксический стресс. * Заболевания человека, связанные с генотоксическим стрессом и дефектами репарации ДНК. * Создание молекулярно-биологического инструментария с использованием ферментов репарации ДНК. * Дизайн ферментов и многокомпонентных комплексов биополимеров с заданными функциями.\\ ---- ===== Важнейшие научные результаты ===== \\ * Проведен комплекс исследований факторов, влияющих на субстратную специфичность фермента Fpg и OGG1. Часто возникающее в геноме поврежденное основание 8-оксогуанин (oxoG) стимулирует мутагенное включение dAMP при репликации. При репарации oxoG ферментами Fpg бактерий и OGG1 человека для предотвращения мутагенеза oxoG должен удаляться из пар oxoG:C, но не из пар oxoG:A. Установлены механизмы действия этих ферментов, основные параметры строения ДНК, влияющие на их активность, определены аминокислотные остатки, критичные для их функционирования. [//Kirpota et al., Nucleic Acids Res. 2011. 39, 4836; Popov et al., J. Comput. Chem. 2013. 34, 319//]. * Проведен комплекс исследований ферментов NEIL1 и NEIL2 человека – гомологов белков Escherichia coli формамидопиримидин-ДНК-гликозилазы (Fpg) и эндонуклеазы VIII (Nei). Установлен подробный механизм узнавания поврежденных оснований ферментами этого класса. Показано, что NEIL1 вместе с 8-оксогуанин-ДНК-гликозилазой человека (OGG1) отвечает за репарацию поврежденного основания 8-оксоаденина в ДНК. Установлены участки белка NEIL2, ответственные за связывание с ДНК. [//Grin et al., FEBS Lett. 2010. 584, 1553; Grin et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 2010. 394, 100; Kuznetsov et al., DNA Repair. 2012. 11, 884//]. * Поиск специфических участков в ДНК может идти по трем основным механизмам: ненаправленной трехмерной диффузии (дистрибутивный поиск), ненаправленной одномерной диффузии (процессивный поиск) и АТФ-зависимой направленной транслокации. Разработан новый метод, позволяющий количественно охарактеризовать процессивный поиск, в том числе оценить вклад в него разных механизмов транслокации. Метод использован для установления механизма поиска повреждений урацил-ДНК-гликозилазами и апурин-апиримидиновыми эндонуклеазами человека и E. coli. Показано, что эти ферменты способны вести коррелированный поиск при низкой ионной силе и переходить на дистрибутивную модель при ее повышении, количественно охарактеризован механизм поиска. [//Zharkov et al., Mutat. Res. 2010. 685, 11; Mechetin & Zharkov, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2011; Мечетин, Жарков, ДАН. 2011. 437, 695//]. * Исследована роль репарации ДНК в разрастании тринуклеотидных повторов и в регуляции статуса эпигенетического метилирования ДНК – процессов, связанных с нейродегенеративными и онкологическими заболеваниями. Установлены закономерности эффективности репарации внутри трактов тринуклеотидных повторов. Показана роль ДНК-гликозилазы MBD4 в активном деметилировании CpG-островков в ДНК. [//Деревянко и др., Биохимия. 2012. 77, 342; Morera et al., Nucleic Acids Res. 2012. 40, 9917//]. ---- ===== Текущие гранты ===== **Базовые проекты**\\ * Программа фундаментальных научных исследований, № 12103130056-8 «Поиск, дизайн и валидация новых белков как фармакологических мишеней и инструментов для генетических технологий» (2021-2024)\\ \\ **Гранты Российского научного фонда **\\ * № 21-64-00017 «Модификация нуклеиновых кислот и репарация ДНК как источник новых инструментов управления геномами» (2021-2024)\\ * № 21-74-10104 «Биоортогональность в свете защитных механизмов клетки: взаимодействие неприродных нуклеиновых кислот с системой эксцизионной репарации оснований ДНК» (2021-2024)\\ * № 23-44-00050 «Репарация ДНК как фактор устойчивости растений к солевому и температурному стрессу: модель сахарной свеклы» (2023-2025)\\ * № 23-74-10040 «Точность действия ДНК-полимераз на поврежденных и неповрежденных ДНК-матрицах при синтезе с вытеснением цепи» (2023-2026)\\ * № 24-14-00285 «Регуляторные функции окислительных повреждений ДНК в экспрессии генов» (2024-2026)\\ \\ **Министерство науки и высшего образования РФ**\\ * № 2021-646-ФП5-0002-013 «Реализация на уникальной научной установке Станция EXAFS спектроскопии научных исследований мирового уровня в области фундаментальной медицины» (2022-2024)\\ ===== Публикации 2023-2025 года ===== - Developing plant-derived DNA repair enzyme resourcesthrough studying the involvement of base excision repair DNA glycosylases in stress responses of plants (обзор). Zhao Y, Chen D., Грин И.Р., Жарков Д.О., Yu B. Physiol. Plant. 2025. P. 1-12. DOI: 10.1111/ppl.70162 - Design of theophylline binding guide RNA for allosteric regulation of CRISPR/Cas9 system. Dolzhikova O., Meschaninova M.I., Endutkin A.V., Golyshev V.M., Vorobyeva M.A., Novopashina D.S. 2025. DOI: 10.20944/preprints202412.0134.v1 **препринт** - Polyamine adducts with AP sites: Interaction with DNA polymerases and AP endonucleases. Yudkina A.V., Amanova M.M., Zharkov D.O. Chem. Res. Toxicol. 2025. V. 38. N 1. P. 102-114 DOI: DOI: 10.1021/acs.chemrestox.4c00312 - Position-dependent effect of AP sites within an hTERT promoter G-quadruplex scaffold on quadruplex stability and repair activity of the APE1 enzyme. Savitskaya V.Y., Novoselov K.A., Dolinnaya N.G., Monakhova M.V., Snyga V.G., Diatlova E., Peskovatskova E.S., Golyshev V.M., Kitaeva M.I., Eroshenko D.A., Zvereva M.I., Zharkov D.O., Kubareva E.A. Int. J. Mol. Sci. 2025. V. 26. N 1. P. 337. DOI: 10.3390/ijms26010337 - Bypass of methoxyamine-adducted abasic sites by eukaryotic translesion DNA polymerases. Yudkina A.V., Novikova A.A., Stolyarenko A.D., Makarova A.V., Zharkov D.O. Int. J. Mol. Sci. 2025. V. 26. P. 642. DOI: 10.3390/ijms26020642 - The hidden elephant: Modified abasic sites and their consequences. Yudkina A.V., Zharkov D.O. DNA Repair. 2025. V. 148. P. 103823. DOI: 10.1016/j.dnarep.2025.103823 - The effect of methylation and hydroxymethylation of cytosine on activity and fidelity of Pol λ and Pol β. Shilkin E.S., Petrova D.V., Kruchinin A.A., Zharkov D.O., Makarova A.V. DNA Repair. 2025. V. 148. P. 103815. DOI: 10.1016/j.dnarep.2025.103815 - Genome-wide analysis of Ca2+ ATPases and their salt stress responses in sugar beet. Liu S., Chen S., Grin I.R., DuanMu H., Li H. Sugar Tech. 2025. V. 27. N 2. P. 488-505. DOI: 10.1007/s12355-024-01518-6 - Developing plant-derived DNA repair enzyme resources through studying the involvement of base excision repair DNA glycosylases in stress response. Zhao Y., Chen D., Grin I.R., Zharkov D.O., Yu B. Physiol. Plant. 2025. V. 177. N 2. e70162. DOI: 10.1111/ppl.70162 - A non-canonical nucleotide from viral genomes interferes with the oxidative DNA damage repair system. Yudkina A.V., Endutkin A.V., Diatlova E., Zharkov D.O. DNA Repair. 2024. V. 133. P. 103605. DOI: 10.1016/j.dnarep.2023.103605 - Стратегии расщепления N-гликозидной связи ферментами репарации ДНК. Ендуткин А.В., Жарков Д.О. Вестник Московского университета. Серия 2. Химия. 2024. Т. 65. № 2. С. 136-143. DOI: 10.55959/MSU0579-9384-2-2024-65-2-136-14 - 8-Oxoadenine: A «New» Player of the Oxidative Stress in Mammals? Kruchinin A.A., Kamzeeva P.N., Zharkov D.O., Aralov A.V., Makarova A.V. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 2. P. 1342. DOI: 10.3390/ijms25021342 - Фоторасщепляемые направляющие РНК для фоторегулируемой системы CRISPR/Cas9. Ахметова Е.А., Вохтанцев И.П., Мещанинова М.И., Воробьева М.А., Жарков Д.О., Новопашина Д.С. Биоорганическая химия. 2024. Т. 50. № 4. С. 556–567. DOI: 10.31857/S0132342324040107 - Back-up base excision DNA repair in human cells deficient in the major AP endonuclease, APE1. Kim D.V., Diatlova E., Zharkov T.D., Melentyev V.S., Yudkina A.V., Endutkin A.V., Zharkov D.O. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 1. ю 64. DOI: 10.3390/ijms25010064 - Sensing of DNA modifications by pAgo proteins in vitro. Beskrovnaya M., Agapov A., Makasheva K., Zharkov D.O., Esyunina D., Kulbachinskiy A. Biochimie. 2024. V. 220. P. 39-47. DOI: 10.1016/j.biochi.2023.12.006 - Characterizing Aptamer Interaction with the Oncolytic Virus VV-GMCSF-Lact. Dymova M.A., Malysheva D.O., Popova V.K., Dmitrienko E.V., Endutkin A.V., Drokov D.V., Mukhanov V.S., Byvakina A.A., Kochneva G.V., Artyushenko P.V., Shchugoreva I.A., Rogova A.V., Tomilin F.N., Kichkailo A.S., Richter V.A., Kuligina E.V. Molecules. 2024. V. 29. P. 848. DOI: 10.3390/molecules29040848 - Repair and DNA Polymerase Bypass of Clickable Pyrimidine Nucleotides. Endutkin A.V., Yudkina A.V., Zharkov T.D., Barmatov A.E., Petrova D.V., Kim D.V., Zharkov D.O. Biomolecules. 2024. V. 14. N 6. P. 681. DOI: 10.3390/biom14060681 - Probing the Conformational Restraints of DNA Damage Recognition with β-L-Nucleotides. Yudkina A.V., Kim D.V., Zharkov T.D., Zharkov D.O., Endutkin A.V. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N.11. P. 6006. DOI: 10.3390/ijms25116006 - Methylation and hydroxymethylation of cytosine alter efficiency of activity and fidelity of translesion DNA polymerases. Shilkin E.S., Petrova D.V., Novikova A.A., Boldinova E.O., Zharkov D.O., Makarova A.V. DNA Repair. 2024. V. 141. P. 103712. DOI: 10.1016/j.dnarep.2024.103712 - Фоторегулируемые на уровне направляющей РНК системы CRISPR/CAS. Саковина Л.В., Горленко Е.С., Новопашина Д.С. Биофизика. 2024. Т. 69. № 3. С. 421-431. 10.31857/S0006302924030012 - Photocleavable Guide RNA for Photocontrolled CRISPR/Cas9 System. Akhmetova E.A., Vokhtantsev I.P., Meschaninova M.I., Vorobyeva M.A., Zharkov D.O., Novopashina D.S. Биоорганическая химия. 2024. V. 50. N 4. P. 1314–1324. DOI: 10.1134/S1068162024040046 **перевод** - Аберрантная репарация 8-оксогуанина в коротких выпетливаниях ДНК. Ерошенко Д.А., Дятлова Е.А., Голышев В.М., Ендуткин А.В., Жарков Д.О. Доклады Академии Наук (науки о жизни). 2024. т. 515. № 2. С. 14–18. DOI: 10.31857/S2686738924020031 - Aberrant repair of 8-oxoguanine in short DNA bulges. Eroshenko D.A., Diatlova E., Golyshev V.M., Endutkin A.V., Zharkov D.O. Доклады Академии Наук (науки о жизни). 2024. V. 513. Suppl. 1. P. S82–S86. DOI: 10.1134/S1607672923600355 **перевод** - Error-Prone DNA Synthesis on Click-Ligated Templates. Endutkin A.V., Yakovlev A.V., Zharkov T.D., Golyshev V.M., Yudkina A.V., Zharkov D.O. Doklady Biochemistry and Biophysics. 2024. . P. 1-6. DOI: 10.1134/s1607672924600416 **перевод** - An Approach to the Synthesis of Cyclic Photocleavable RNA for Photoactivatable CRISPR/Cas9 System. Ivanskaya E.V., Meschaninova M.I., Vorobyeva M.A., Zharkov D.O., Novopashina D.S. Russ. J. Bioorganic Chem. 2024. V. 50. N 5. P. 1807–1821. DOI: 10.1134/S1068162024050327 **перевод** - Enhanced thermal stability enables human mismatch-specific thymine–DNA glycosylase to catalyse futile DNA repair. Manapkyzy D., Joldybayeva B., Ishchenko, A.A., Matkarimov B.T., Zharkov D.O., Taipakova S., Saparbaev M.K. PloS ONE. 2024. V. 19. N 10. P. e0304818. DOI: 10.1371/journal.pone.0304818 - Подход к получению циклических фоторасщепляемых РНК для фотоактивируемой системы CRISPR/Cas9. Иванская Е.В., Мещанинова М.И., Воробьева М.А., Жарков Д.О., Новопашина Д.С. Биоорганическая химия. 2024. Т. 50. № 5. С. 619–632. DOI: 10.31857/S0132342324050051 - Photocleavable Guide crRNAs for a Light-Controllable CRISPR/Cas9 System. Sakovina L.V., Vokhtantsev I.P., Akhmetova E.A., Vorobyeva M.A., Vorobyev P.E., Zharkov D.O., Novopashina D.S. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 22. P. 12392. DOI: 10.3390/ijms252212392 - The dual role of methylglyoxal in plant stress response and regulation of DJ-1 protein. Sun Y., Chen S., Grin I.R., Zharkov D.O., Yu B., Li H. Physiol. Plant. 2024. V. 176. N 6. e14608. DOI: 10.1111/ppl.14608 - Высокоошибочный синтез ДНК на клик-лигированных матрицах. Ендуткин А.В., Яковлев А.О., Жарков Т.Д., Голышев В.М., Юдкина А.В., Жарков Д.О. Доклады Академии Наук (науки о жизни). 2024. Т. 518. № 5. С. 101–107. DOI: 10.31857/S2686738924050186 - CRISPR/Cas System Photocontrolled at the Guide RNA Leve. Sakovina L.V., Gorlenko E.S., Novopashina D.S. Биофизика. 2024. V. 69. N 3. P. 349–358. DOI: 10.1134/S000635092470043X **перевод** - Биокатализ: современные проблемы и приложения. Варфоломеев С.Д., Швядас В.К., Ефременко Е.Н., Егоров А.М., Хренова М.Г., Тишков В.И., Атрошенко Д.Л., Пометун А.А., Савин С.С., Угарова Н.Н., Ломакина Г.Ю., Гачок И.В., Лягин И.В., Муронец В.И., Синицын А.П., Синицына О.А., Рожкова А.М., Махаева Г.Ф., Бачурин С.О., Лаврик О.И., Жарков Д.О., Юдкина А.В., Панасенко О.М., Байков А.А., Массон П., Паширова Т.Н. Шайхутдинова З.М., Попова Е.В., Тихомирова В.Е., Костa О.А., Кудряшова Е.В., Добрякова, Н.В., Клячко Н.Л., Веселова М.М., Лопуховa А.В., Ле-Дейгенa И.М., Усвалиевa А.Д., Чудосай Ю.В., Еремеевa Н.Л., Зверева М.Э., Рубцова М.Ю., Уляшова М.М., Преснова Г.В., Сиголаева Л.В., Пергушов Д.В., Курочкин И.Н., Евтушенко Е.Г., Богинская И.А., Звягина Ю.Ю., Слипченко Е.А., Крюкова О.В., Седова М.В., Рыжиков И.А., Шумянцева В.В., Королёва П.И., Булко Т.В., Агафонова Л.Е., Масамрех Р.А., Филиппова Т.А., Кузиков А.В., Савицкий А.П., Шлеева М.О., Соловьев И.Д., Марынич Н.К. Успехи химии. 2024. Т. 93. № 12. RCR5144. DOI: 10.59761/RCR5144 - Факторы, влияющие на стабильность тримерной формы 2′-дезоксиуридин-5′-трифосфатнуклеотидгидролазы Escherichia coli. Юдкина А.В., Коваленко Е.А., Ендуткин А.В., Панферова Е.П., Кириленко А.А., Коханенко А.А., Жарков Д.О. Молекулярная биология. 2023. Т. 57. № 2. С. 330-339. DOI: 10.31857/S0026898423020246 - Механизмы специфичности системы CRISPR/Cas9 в геномном редактировании. Кулишова Л.М., Вохтанцев И.П., Ким Д.В., Жарков Д.О. Молекулярная биология. 2023. Т. 57. № 2. C. 269-284. DOI: 10.31857/S0026898423020155 - Dynamics of 8-oxoguanine in DNA: Decisive effects of base pairing and nucleotide context. Ovcherenko S.S., Shernyukov A.V., Nasonov D.M., Endutkin A.V., Zharkov D.O., Bagryanskaya E.G. Journal of the American Chemical Society. 2023. V. 145. N 10. P. 5613-5617. DOI: 10.1021/jacs.2c11230 - Активность экзонуклеазы nsp14 вируса SARS-CoV-2 по отношению к РНК с модифицированными 3′-концевыми нуклеотидами. Ююкина С.К., Барматов А.Е., Бизяев С.Н., Стеценко Д.А., Сергеева О.В., Зацепин Т.С., Жарков Д.О. Доклады Российской Академии Наук. 2023. Т. 509. № 1. С. 196-201. DOI: 10.31857/S268673892370018X - Pan-cancer antagonistic inhibition pattern of ATM-driven G2/M checkpoint pathway vs other DNA repair pathways. Zolotovskaia M.A., Modestov A., Suntsova M.V., Rachkova A., Koroleva E.V., Poddubskaya E.V., Sekacheva M.I., Tkachev V.S., Garazha A., Glusker A.A., Seryakov A., Vladimirova U., Rumiantsev P., Moisseev A., Zharkov D.O., Kuzmin D.V., Wang Y., Prassolov V., Shegay P.V., Li X., Steinbichler T.B., Kim E., Sorokin M., Buzdin A.B. DNA Repair. 2023. V. 123. P. 103448. DOI: 10.1016/j.dnarep.2023.103448 - DNA damage response and repair in boron–neutron capture therapy. Mechetin G.V., Zharkov D.O. Genes. 2023. V. 12. N 1. P. 127. DOI: 10.3390/genes14010127 - Альтернативные механизмы мутагенеза в mCpG сайтах при репликации и репарации. Шилкин Е.С., Петрова Д.В., Жарков Д.О., Макарова А.В. Молекулярная биология. 2023. Т. 57. № 4. С. 587-596. DOI: 10.31857/S0026898423040195 - Abasic site–peptide cross-links are blocking lesions repaired by AP endonucleases. Yudkina A.V., Bulgakov N., Kim D.V., Baranova S.V., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Koval V.V., Zharkov D.O. Nucleic Acids Res. 2023. V. 51. N 12. P. 6321-6336. DOI: 10.1093/nar/gkad423 - Correlated target search by vaccinia virus uracil–DNA glycosylase, a DNA repair enzyme and a processivity factor of viral replication machinery. Diatlova E., Mechetin G.V., Yudkina A.V., Zharkov D.O., Torgasheva N.A., Endutkin A.V., Shulenina O.V., Konevega A.L., Gileva I.P., Shchelkunov S.N., Zharkov D.O. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 11. P. 9113. DOI: 10.3390/ijms24119113 - Activity of nsp14 exonuclease from SARS-CoV-2 towards RNAs with modified 3′-termini. Yuyukina S.K., Barmatov A.E., Bizyaev S.N., Stetsenko D.A., Sergeeva O.V., Zatsepin T.S., Zharkov D.O. Доклады Российской Академии Наук. 2023. V. 509. N 1. P. 65–69. DOI: 10.1134/S1607672923700102 **перевод** - Genome-wide analysis of WD40 protein family and functional characterization of BvWD40-82 in sugar beet. Wu Z., Zhang T., Li J., Chen S., Grin I.R., Zharkov D.O., Yu B., Li H. Front. Plant Sci. 2023. V. 14. P. 1185440. DOI: 10.3389/fpls.2023.1185440 - Bypass of abasic site–peptide cross-links by human repair and translesion DNA polymerases. Yudkina A.V., Barmatov A.E., Bulgakov N., Boldinova E.O., Shilkin E.S., Makarova A.V., Zharkov D.O. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 13. P. 10877. DOI: 10.3390/ijms241310877 - Долголетие: от фантазий к технологиям продления здоровой жизни. Власов В.В., Жарков Д.О. Наука из первых рук. 2023. № 1 (96). С. 6-41. - Base excision DNA repair in plants: Arabidopsis and beyond. Grin I.R., Petrova D.V., Endutkin A.V., Chunquan M., Bing Y., Haiying L., Zharkov D.O. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 19. P. 14746. DOI: 10.3390/ijms241914746 - Cas9 is mostly orthogonal to human systems of DNA break sensing and repair. Maltseva E.A., Vasil'eva I.A., Moor N.A., Kim D.V., Dyrkheeva N.S., Kutuzov M.M., Vokhtantsev I.P., Kulishova L.M., Zharkov D.O., Lavrik O.I. PloS ONE. 2023. V. 18. N 11. e0294683. DOI: 10.1371/journal.pone.0294683 - Mechanisms of the specificity of the CRISPR/Cas9 system in genome editing. Kulishova L.M., Vokhtantsev I.P., Kim D.V., Zharkov D.O. Молекулярная биология. 2023. V. 57. N 2. P. 258–271. DOI: 10.1134/S0026893323020139 **перевод** - Factors affecting the stability of the trimer of 2′-deoxyuridine 5′-triphosphate nucleotide hydrolase from Escherichia coli. Yudkina A.V., Kovalenko E.A., Endutkin A.V., Panferova E.P., Kirilenko A.A., Kokhanenko A.A., Zharkov D.O. Молекулярная биология. 2023. V. 57. N 2. P. 312–319. DOI: 10.1134/S002689332302022X **перевод** - Alternative mechanisms of mutagenesis at mCpG sites during replication and repair. Shilkin E.S., Petrova D.V., Zharkov D.O., Makarova A.V. Молекулярная биология. 2023. V. 57. N 4. P. 584–592. DOI: 10.1134/S0026893323040155 **перевод** - Особенности ответа клеток карциномы легких человека A549 с нокаутированным геном PRIMPOL на генотоксический стресс. Громова А.С., Болдинова Е.О., Ким Д.В., Чупров-Неточин Р. Н., Леонов С.В., Пустовалова М.В., Жарков Д.О., Макарова А.В. Биохимия. 2023. Т. 88. № 11. С 2340-2352. DOI: 10.31857/S0320972523110222 - DNA damage processing by human 8-oxoguanine-DNA glycosylase mutants with substituted Ser-326. Lukina M.V., Zharkov D.O., Koval V.V. Febs Open Bio. 2023. V. 13. S. 2. P. 180. DOI: 10.1002/2211-5463.13646 **тезисы конференции** - "Секрет продления жизни в том, чтобы ее не укорачивать". Власов В.В., Жарков Д.О., Власов В.В. Наука из первых рук. 2023. № 4 (98). С. 6-29. - Response of PRIMPOL-Knockout Human Lung Adenocarcinoma A549 Cells to Genotoxic Stress. Gromova A.S., Boldinova E.O., Kim D.V., Chuprov‐Netochin R.N., Leonov S., Pustovalova M., Zharkov D.O., Makarova A.V. Biochemistry (Moscow). 2023. V. 88. N 11. P. 1933–1943. DOI: 10.1134/s0006297923110214 **перевод** ---- ===== Патенты ===== 1.**РЕКОМБИНАНТНЫЙ ШТАММ БАКТЕРИЙ ESCHERICHIA COLI ROSETTA 2(DE3)/PET24B(+)-ROS1 — ПРОДУЦЕНТ МЕТИЛЦИТОЗИН-СПЕЦИФИЧЕСКОЙ ДНК-ГЛИКОЗИЛАЗЫ ROS1.** Петрова Д.В., Жарков Д.О. Патент РФ № 2775207, приоритет от 12.07.2021. \\ 2.**МОДИФИЦИРОВАННАЯ НАПРАВЛЯЮЩАЯ РНК, ОБЛАДАЮЩАЯ СПОСОБНОСТЬЮ ИНАКТИВИРОВАТЬ СИСТЕМУ РЕДАКТИРОВАНИЯ ГЕНОМА CRISPR/CAS9, И СПОСОБ ЕЕ ПОЛУЧЕНИЯ**. Новопашина Д.С., Ахметова Е.А., Мещанинова М.И., Вохтанцев И.П., Жарков Д.О., Веньяминова А.Г. Патент РФ № 2765159, приоритет от 26.08.2020. \\ 3.**БАЗА ДАННЫХ УЧЕТА БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ И ОПИСАНИЯ КЛИНИКО-ПАТОЛОГИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ПАЦИЕНТОВ С ЗАБОЛЕВАНИЯМИ ЛЕГКОГО (БД-РЛ).** Морозкин Е.С., Попов А.В., Пономарева А.А., Чердынцева Н.В., Рыкова Е.Ю., Аникеева О.Ю., Пашковская О.А., Покушалов Е.А., Лактионов П.П., Власов В.В. База данных № 2015620538, приоритет от 07.11.2014. \\ 4.**БАЗА ДАННЫХ УЧЕТА БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ И ОПИСАНИЯ КЛИНИКО-ПАТОЛОГИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ПАЦИЕНТОВ С НОВООБРАЗОВАНИЯМИ ПРЕДСТАТЕЛЬНОЙ ЖЕЛЕЗЫ.** Брызгунова О.Е., Морозкин Е.С., Попов А.В., Бондарь А.А., Тамкович С.Н., Зарипов М.М., Покушалов Е.А., Лактионов П.П. База данных № 2014620509, приоритет от 06.12.2013. \\ 5.**БАЗА ДАННЫХ УЧЕТА БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ ОТ ПАЦИЕНТОВ С НОВООБРАЗОВАНИЯМИ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ (УБО-НМЖ).** Тамкович С.Н., Милейко В.А., Попов А.В., Власов В.В., Лактионов П.П. 2012 г. База данных № 2012621042, приоритет от 13.08.2012. \\ 6.**СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА 8-ОКСОГУАНИН-ДНК-ГЛИКОЗИЛАЗЫ ЧЕЛОВЕКА.** Кузнецов Н.А., Коваль В.В., Воробьев Ю.Н., Жарков Д.О., Сильников В.Н., Федорова О.С. 2010 г. Патент РФ № 2380417, приоритет от 25.04.2008. \\