====== Лаборатория генетических технологий ====== ===== Заведующий лабораторией ===== {{:ru:structure:н.а.кузнецов.jpg?nolink&200 |}} \\ **Кузнецов Никита Александрович**\\ Доктор химических наук, Лауреат премии администрации Новосибирской области молодым ученым (2007 г.), Лауреат премии имени выдающегося ученого СО РАН акад. И.А. Терскова (2011 г.), Лауреат премии Президента Российской Федерации в области науки и инноваций для молодых ученых (2014 г.), г.н.с.\\ телефон: (383) 363-51-74,\\ [[Nikita.Kuznetsov@niboch.nsc.ru|Nikita.Kuznetsov@niboch.nsc.ru]] \\ \\ ---- \\ ===== Сотрудники ===== ^ ФИО ^ Должность ^ Звание ^ Телефон ^ Researcher ID ^ |Бакман Артемий Сергеевич |м.н.с. | | 363-51-74 | [[http://www.researcherid.com/rid/ABE-2777-2021|ABE-2777-2021]] | |Барановская Елизавета Евгеньевна |м.н.с.| |363-51-22 | [[http://www.researcherid.com/rid/ABE-2430-2021|ABE-2430-2021]] | |Булыгин Анатолий Алексеевич |м.н.с. | | 363-51-74 | [[http://www.researcherid.com/rid/ABA-3828-2020|ABA-3828-2020]] | |Давлетгильдеева Анастасия Тимуровна | м.н.с.|к.х.н. | 363-51-74 | [[http://www.researcherid.com/rid/AAF-1293-2021|AAF-1293-2021]] | |Демьяненко Кирилл Владиславович |инженер| | 363-51-39 | | |Кузнецов Никита Александрович | г.н.с. |д.х.н. | 363-51-74 |[[http://www.researcherid.com/rid/F-3245-2011|F-3245-2011]] | |Микушина Елена Сергеевна| лаборант| | 363-51-74 | | |Лаприна Дарья Сергеевна |лаборант| | 363-51-74 | | |Сенчурова Светлана Игоревна |м.н.с.| | 363-51-74 | [[http://www.researcherid.com/rid/ABE-2645-2021 |ABE-2645-2021]] | |Укладов Егор Олегович |лаборант | | 363-51-94 | \\ ---- **Лаборатория генетических технологий ИХБФМ СО РАН** создана в рамках проекта Научного российского фонда № 21-64-00017 «Модификация нуклеиновых кислот и репарация ДНК как источник новых инструментов управления геномами».\\ **Руководитель проекта**\\ **Пышный Дмитрий Владимирович,** Директор Института, чл.-корр. РАН, профессор, доктор химических наук, доцент, Лауреат VII Конкурса молодых ученых Европейской Академии наук, Лауреат Премии журнала «Биоорганическая химия», лауреат Премии МАИК за лучшую публикацию. телефон: (383) 363-51-51, [[pyshnyi@niboch.nsc.ru|e-mail]]\\ ---- ===== Основные направления исследований ===== * изучение механизма действия ДНК-полимераз семейства X и создание мутантных и химерных форм ферментов, как перспективных инструментов для направленного синтеза нуклеиновых кислот; * разработка технологии химико-ферментативного синтеза нуклеиновых кислот на основе терминальных дезоксирибонуклеотидилтрансфераз, принципиально не ограниченная природой азотистых оснований и сахарофосфатного остова, включающая создание библиотеки канонических и модифицированных 3′-защищенных нуклеозидтрифосфатов; * создание репортерных систем для скрининга активности и специфичности геномных редакторов in vitro, in vivo в клетках бактерий, в клетках человека в культуре, а также разработка универсальной системы для докинга независимо экспрессируемых функциональных модулей на платформе адресующего модуля эндонуклеазы Cas9; * исследование клеточного ответа на повреждения ДНК, вносимые адресуемыми ферментами геномного редактирования, включающее анализ взаимодействия между белками Cas9 и участниками репарации ДНК и ответа на повреждение ДНК — поли(ADP-рибоза)полимеразами PARP1, PARP2, PARP3, Ku-антигеном, ник-сенсором XRCC1 и рядом РНК-связывающих белков, задействованных в ответе на разрывы ДНК; * поиск и разработка новых функциональных белковых модулей для направленной модификации ДНК – дезаминирования, окисления, алкилирования; * исследование нового класса аналогов направляющих РНК – фосфорилгуанидиновых производных, в качестве перспективных компонентов системы редактирования ДНК, повышающих специфичность и эффективность адресации. ---- \\ \\ =====Публикации 2021-2023 года===== - Comparative Analysis of Family A DNA-Polymerases as a Searching Tool for Enzymes with New Properties. Bulygin A.A., Kuznetsova A.A., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Molecular Biology. 2023. V.57. N.2. P. 182-192. DOI: https: 10.1134/s0026893323020048 //(перевод)// - Cloning, Expression, and Characterization of Family A DNA Polymerase from Massilia aurea. Kuznetsova A.A., Bedritskikh K.S., Bulygin A.A., Kuznetsov N.A. Fermentation. 2023. V. 9. N 7. P. 650. DOI: 10.3390/fermentation9070650 - Inner Amino Acid Contacts Are Key Factors of Multistage Structural Rearrangements of DNA and Affect Substrate Specificity of Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease APE1. Bulygin A.A., Syryamina V.N., Kuznetsova A.A., Novopashina D.S., Dzuba S.A., Kuznetsov N.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24 N 14. P. 11474. DOI: 10.3390/ijms241411474 - Individual Contributions of Amido Acid Residues Tyr122, Ile168, and Asp173 to the Activity and Substrate Specificity of Human DNA Dioxygenase ABH2. Davletgildeeva A.T., Tyugashev T.E., Zhao M., Kuznetsov N.A., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Kuznetsova A.A. Cells. 2023. V. 12 N 14. P. 1839. DOI: 10.3390/cells12141839 - Direct Enzyme Engineering of B Family DNA Polymerases for Biotechnological Approaches. Kuznetsova A.A., Kuznetsov N.A. Bioengineering. 2023. V. 10. N 10 P. 1150DOI: 10.3390/bioengineering10101150 - Historical Aspects of Restriction Endonucleases as Intelligent Scissors for Genetic Engineering. Alekseeva I.V., Kuznetsov N.A. Fermentation. 2023. V. 9. N 10. P. 874. 10.3390/fermentation9100874 - Разработка и апробация ДНК-зондов для определения активности ключевых ферментов пути эксцизионной репарации оснований ДНК в клетках человека. Алексеева И.В., Кузнецова А.А., Кладова О.А., Шендер В.О., Шнайдер П.В., Федорова О.С., Кузнецов Н.А. Молекулярная биология. 2023. T. 57. № 2. С. 316-329. DOI: 10.31857/S0026898423020027 - The Impact of Human DNA Glycosylases on the Activity of DNA Polymerase β toward Various Base Excision Repair Intermediates. Bakman A.S., Boichenko S.V., Kuznetsova A.A., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Kuznetsov N.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 11. P. 9594. DOI: 10.3390/ijms24119594 - Сравнительный анализ ДНК-полимераз семейства А как инструмент поиска ферментов с новыми свойствами». Булыгин А.А., Кузнецова А.А., Федорова О.С., Кузнецов Н.А. Молекулярная биология. 2023. Т. 57. № 2. С. 185-196. DOI: 10.31857/S0026898423020040 - Cовременные подходы белковой инженерии к созданию ферментов с новыми каталитическими свойствами. Тюгашев Т.Е., Федорова О.С., Кузнецов Н.А. Молекулярная биология. 2023. Т. 57. № 2. С. 209-219. DOI: 10.31857/S0026898423020234 - The Activity of Natural Polymorphic Variants of Human DNA Polymerase β Having an Amino Acid Substitution in the Transferase Domain. Kladova O.A., Tyugashev T.E., Mikuchina E.S., Kuznetsov N.A., Novopashina D.S., Kuznetsova A.A.Cells. 2023. V. 12. N 9. P. 1300. DOI: 10.3390/cells12091300 - Human Polβ Natural Polymorphic Variants G118V and R149I Affects Substate Binding and Catalysis. Kladova O.A., Tyugashev T.E., Mikuchina E.S., Soloviev N.O., Kuznetsov N.A., Novopashina D.S., Kuznetsova A.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 6. P. 5892.DOI: 10.3390/ijms24065892 - Synthesis of Oligonucleotides Carrying Inter-nucleotide N‑(Benzoazole)-phosphoramide Moieties. Vasilyeva S.V., Baranovskaya E.E., Dyudeeva E., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. ACS Omega. 2023. V. 8. N 1. P. 1556−1566. DOI: 10.1021/acsomega.2c07083 - Fluorescently labeled human apurinic/apyrimidinic endonuclease APE1 reveals effects of DNA polymerase β on the APE1–DNA interaction. Bakman A.S., Kuznetsova A.A., Yanshole L.V., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. DNA Repair. 2023. V. 123. P. 103450. DOI:10.1016/j.dnarep.2023.103450 - Влияние метилирования ДНК на 3′→5′-экзонуклеазную активность основной апурин-апиримидиновой эндонуклеазы человека APEX1. Ендуткин А.В., Яценко Д.Д., Жарков Д.О. Биохимия. 2022. Т. 87. № 1. С. 3-15. DOI: 10.31857/S0320972522010018 - Effect of DNA methylation on the 3′→5′ exonuclease activity of major human abasic site endonuclease APEX1. Endutkin A.V., Yacenko D.D., Zharkov D.O. Biochemistry (Moscow). 2022. V. 87. N 1. P. 10-20. DOI: 10.1134/S0006297922010023 **(перевод)** - The Role of Natural Polymorphic Variants of DNA Polymerase β in DNA Repair. Kladova O.A., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 4. P. 2390. DOI: 10.3390/ijms23042390 - Structural and Functional Differences between Homologous Bacterial Ribonucleases. Ulyanova V., Nadyrova A., Dudkina E., Kuznetsova A.A., Ahmetgalieva A., Faizullin D., Surchenko Y., Novopashina D.S., Zuev Y., Kuznetsov N.A., Ilinskaya O. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 3. P. 1867. DOI: 10.3390/ijms23031867 - Comparative Analysis of Exo- and Endonuclease Activities of APE1-like Enzymes. Davletgildeeva A.T., Kuznetsova A.A., Novopashina D.S., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 5. P. 2869. DOI: 10.3390/ijms23052869 - Insights into mechanisms of damage recognition and catalysis by APE1-like enzymes. Bulygin A.A., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 8. P. 4361. DOI: 10.3390/ijms23084361 - Structural and Molecular Kinetic Features of Activities of DNA Polymerases. Kuznetsova A.A., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 12. P. 6373. DOI: 10.3390/ijms23126373 - Noncatalytic domains in DNA glycosylases. Torgasheva N.A., Dyatlova E., Grin I.R., Endutkin A.V., Mechetin G.V., Vokhtantsev I.P., Yudkina A.V., Zharkov D.O. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 13. P. 7286. DOI: 10.3390/ijms23137286 - Как создаются лекарства, или По вирусу – прямой наводкой. Кузнецов Н.А., Кузнецова А.А., Булыгин А.А. Наука из первых рук. 2022. №1/2(94). С. 6-27. - Insight into the mechanism of DNA synthesis by human terminal deoxynucleotidyltransferase. Kuznetsova A.A., Tyugashev T.E., Alekseeva I.V., Timofeyeva N.A., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Life Sci. Alliance. 2022. V. 5. N 12. e202201428. DOI: 10.26508/lsa.202201428 - The mechanism of damage recognition by apurinic/apyrimidinic endonuclease Nfo from Escherichia coli. Senchurova S.I., Syryamina V.N., Kuznetsova A.A., Novopashina D.S., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Dzuba S.A., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Biochim. Biophys. Acta - General Subjects. 2022. V. 1866. N 11. P. 130216. DOI: 10.1016/j.bbagen.2022.130216 - Pre-steady-state kinetic and mutational insights into mechanisms of endo- and exonuclease DNA processing by mutant forms of human AP endonuclease. Bakman A.S., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Biochim. Biophys. Acta - General Subjects. 2022. V. 1866. N 12. P. 130198. DOI: 10.1016/j.bbagen.2022.130198 - Conformational Dynamics of Human ALKBH2 Dioxygenase in the Course of DNA Repair as Revealed by Stopped-Flow Fluorescence Spectroscopy. Kanazhevskaya L.Y., Smyshliaev D.A., Timofeyeva N.A., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Kuznetsov N.A., Fedorova O.S. Molecules. 2022. V. 27. N 15. P. 4960. DOI: 10.3390/molecules27154960 - Distinct mechanisms of target search by endonuclease VIII-like DNA glycosylases. Dyatlova E., Mechetin G.V., Zharkov D.O. Cells. 2022. V. 11. N 20. P. 3192. DOI: 10.3390/cells11203192 - Synthesis of the new nucleoside 5′ -alpha-iminophosphates using Staudinger reaction. Vasilyeva S.V., Kuznetsova A.A., Baranovskaya E.E., Kuznetsov N.A., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Bioorg. Chem. 2022. V. 127. P. 105987. DOI: 10.1016/j.bioorg.2022.105987 - The Kinetic Mechanism of 3′-5′ Exonucleolytic Activity of AP Endonuclease Nfo from E. coli. Senchurova S.I., Kuznetsova A.A., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Cells. 2022. V. 11. P. 2998. DOI: 10.3390/cells11192998 - Analyses of pre-steady-state kinetics and isotope effects of the gelimination reaction catalyzed by Citrobacter freundii methionine glyase. Kuznetsova A.A., Faleev N. G, Morozova E.A., Anufrieva N.V., Gogoleva O.I., Tsvetikova M.A., Fedorova O.S., Demidkina T.V., Kuznetsov N.A. Biochimie. 2022. V. 201. P. 157-167. DOI: 10.1016/j.biochi.2022.06.002 - Как создаются лекарства, или по вирусу-прямой наводкой. Кузнецов Н.А., Кузнецова А.А., Булыгин А.А. Наука из первых рук. 2022. Т. 94. № 1-2. С. 6-27. - Kinetic Features of 3′–5′–Exonuclease Activity of Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease Apn2 from Saccharomyces cerevisiae. Kuznetsova A.A., Gavrilova A.A., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. P. 14404. DOI: 10.3390/ijms232214404 - A new class of uracil–DNA glycosylase inhibitors active against human and vaccinia virus enzyme. Grin I.R., Mechetin G.V., Kasymov R.D., Dyatlova E., Yudkina A.V., Shchelkunov S.N., Gileva I.P., Denisova A.D., Stepanov G.A., Chilov G.G., Zharkov D.O. Molecules. 2021. V. 26. N 21. P. 6668. DOI: 10.3390/molecules26216668 - Antiviral activity of nanocomplexes of antisense oligonucleotides targeting VP72 protein in vero cells infected by african swine fever virus. Hakobyan A.V., Arabyan E.A., Kotsinyan A.R., Zakaryan O.S., Burakova E.A., Fokina A.A., Stetsenko D.A., Vasilyeva S.V. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 411-419. DOI: 10.1134/S1068162021020035 **(перевод)** - Противовирусная активность нанокомплексов антисмысловых олигонуклеотидов, нацеленных на белок VP72, в клетках VERO, инфицированных вирусом африканской чумы свиней. Акобян А.В., Буракова Е.А., Арабян Э.А., Фокина А.А., Коцинян А.Р., Васильева С.В., Закарян О.С., Стеценко Д.А. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С. 208-217. DOI: 10.31857/S0132342321020032 - Molecular dynamics approach to identification of new OGG1 cancer-associated somatic variants with impaired activity. Popov A.V., Endutkin A.V., Yacenko D.D., Yudkina A.V., Barmatov A.E., Makasheva K.A., Raspopova D.Y., Dyatlova E., Zharkov D.O. J. Biol. Chem. 2021. V. 296. P. 100229. DOI: 10.1074/jbc.RA120.014455 - Сравнительный анализ активности полиморфных вариантов урацил-днк-гликозилаз человека SMUG1 и MBD4. Алексеева И.В., Бакман А.С., Яковлев Д.А., Кузнецов Н.А., Федорова О.С. Молекулярная биология. 2021. Т. 55. № 2. С. 277-288. DOI: 10.31857/S0026898421020026 - Начальные стадии эксцизионной репарации оснований ДНК в нуклеосомах. Кладова О.А., Кузнецов Н.А., Федорова О.С. Молекулярная биология. 2021. Т. 55. № 2. С. 194-209. DOI: 10.31857/S0026898421020087 - Мутационный и кинетический анализ эндорибонуклеазной активности APE1. Кузнецова А.А., Гаврилова А.А., Новопашина Д.С., Федорова О.С., Кузнецов Н.А. Молекулярная биология. 2021. Т. 55. № 2. С. 243-257. DOI: 10.31857/S0026898421020099 - The Enigma of Substrate Recognition and Catalytic Efficiency of APE1-like enzymes. Davletgildeeva A.T., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Front. Cell Dev Biol. 2021. V. 9. P. 617161. DOI: 10.3389/fcell.2021.617161 - Initial stages of DNA base excision repair in nucleosomes. Kladova O.A., Kuznetsov N.A., Fedorova O.S. Молекулярная биология. 2021. V. 55. N 2. P. 167-181. DOI: 10.1134/S0026893321020096 **(перевод)** - Roles of active-site amino acid residues in RNA cleavage by human AP endonuclease APE1. Kuznetsova A.A., Gavrilova A.A., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 246. DOI: 10.1002/2211-5463.13205** (тезисы конференции)** - Mechanism of target nucleotide recognition and cleavage in the model non-canonical DNA and RNA structures by human APendonuclease APE1. Davletgildeeva A.T., Kuznetsova A.A., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 246. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 **(тезисы конференции)** - The effect of BER enzymes on the activity of APE1 polymorphic variants. Kladova O.A., Alekseeva I.V., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 248. DOI: 10.1002/2211-5463.12453 **(тезисы конференции)** - Functional roles of active-site amino acid residues Asp210, Asn212, Thr268, Met270, Asp308 in the course of damage recognition and catalysis by human AP endonuclease APE1. Bakman A.S., Alekseeva I.V., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 248. DOI: 10.1002/2211-5463.12453 **(тезисы конференции)** - DNA binding and catalysis by singlenucleotide polymorphic variants of human uracil-DNA glycosylases SMUG1 and MBD4I. Alekseeva I.V., Bakman A.S., Kuznetsov N.A., Fedorova O.S. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 249. DOI: 10.1002/2211-5463.12453 **(тезисы конференции)** - Common Kinetic Mechanism of Abasic Site Recognition by Structurally Different Apurinic/Apyrimidinic Endonucleases. Kuznetsova A.A., Senchurova S.I., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. P. 8874. DOI: 10.3390/ijms22168874 - DNA Demethylation in the Processes of Repair and Epigenetic Regulation Performed by 2-Ketoglutarate-Dependent DNA Dioxygenases. Kuznetsov N.A., Kanazhevskaya L.Y., Fedorova O.S. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. N 19. P. 10540. DOI: 10.3390/ijms221910540 - Kinetic Analysis of the Interaction of Nicking Endonuclease BspD6I with DNA. Abrosimova L.A., Kuznetsov N.A., Astafurova N.A., Samsonova A.R., Karpov A.S., Perevyazova T.A., Oretskaya T.S., Fedorova O.S., Kubareva E.A. Biomolecules. 2021. V. 11. P. 1420. DOI: 10.3390/biom11101420 - Pre-Steady-State Kinetics of the SARS-CoV-2 Main Protease as a Powerful Tool for Antiviral Drug Discovery. Zakharova M.Y., Kuznetsova A.A., Uvarova V.I., Fomina A.D., Kozlovskaya L., Kaliberda E., Kurbatskaia I.N., Smirnov I.V., Bulygin A.A., Knorre D.G., Fedorova O.S., Varnek A., Osolodkin D.I., Ishmukhametov A.A., Egorov A.M., Gabibov A.G., Kuznetsov N.A. Front. Pharmacol. 2021. V. 12. P. 773198. DOI: 10.3389/fphar.2021.773198 - Ферменты для ДНК: скальпели, ножницы и швейные иголки. Кузнецов Н.А., Алексеева И.В., Кузнецова А.А., Бакман А.С.Наука из первых рук. 2021. № 5-6 (93). С. 24-33. ---- \\ \\ =====Текущие гранты===== **Гранты Российского научного фонда** \\ * № 21-64-00017 «Модификация нуклеиновых кислот и репарация ДНК как источник новых инструментов управления ген/ **Проекты бюджетного финансирования, выполняемых в рамках Государственного задания ФГБУН ИХБФМ СО РАН** * № 121112900214-2 «Разработка ингибиторов протеазы Mpro коронавируса SARS-CoV-2». **Проекты, выполняемых в рамках соглашений с Минобрнауки РФ** * № 075-15-2021-1085 «Всероссийский атлас почвенных микроорганизмов, как основа для поиска новых противомикробных продуцентов и ферментов с уникальными свойствами». ----