Лаборатория биоорганической химии ферментов

Лаврик Ольга Ивановна
Академик РАН, профессор, доктор химических наук, г.н.с.,
Лауреат Государственной премии СССР, лауреат премий Сибирского Отделения РАН, стипендиат государственной стипендии для выдающихся ученых России, иностранный профессор Парижского Университета 6 (имени Пьера и Марии Кюри), кавалер Ордена Академических Пальм, Лауреат премии РАН имени А.Н. Белозерского, 2022 Заслуженный деятель науки СО РАН с вручением знака «Золотая Сигма», 2023
телефон: (383) 363-51-95, Email

• Почетное звание «Заслуженный деятель науки НСО» 2021
• Медаль Ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени. 2018
• Медаль «Памяти академика Н.М. Эмануэля» 2019 За достижения в области химической и биохимической физики
• Почетная грамота СО РАН. За многолетний добросовестный труд, выдающиеся достижения в области физико-химической биологии, плодотворную научную, научно-организационную, педагогическую деятельность и в связи с юбилеем.2018
• Почетная грамота Губернатора Новосибирской области. За заслуги в развитии науки, многолетний добросовестный труд. 2018
• Звание «Почетный доктор Алтайского государственного университета» 2018
• Почетная грамота в связи с 60-летием СО РАН. За добросовестный труд на благо отечественной науки, достигнутые в научной и производственной деятельности 2017
• Звание «Почётной Академины». Награда, полученная в рамках конкурса «Академина - 2016» (вне конкурсной программы). 2016
• Звание Кавалера Ордена Академических Пальм.За неоценимый вклад в укрепление научного сотрудничества между Россией и Францией. 2016
• Почетная грамота НГУ и Президиума СО РАН «За укрепление связей между образованием и наукой» 2010
• Памятный знак «За труд на благо города» в честь 115-летия со дня основания г. Новосибирска. 2008
• Лауреат Государственной премии 1984. За цикл работ «Химические основы биологического катализа»
• Лауреат Премии «Академина. Женщина в науке». 2012
• Медаль «За вклад в развитие Новосибирской области» 2012
• Диплом Союза женщин Новосибирской области, участница фестиваля «Современница-2013» За активное участие в общественной жизни региона, достойный вклад в социальное развитие НСО, стремление работать во имя добрых перемен и готовность реализовать себя в решении значимых вопросов.
• Медаль «За заслуги перед НГУ» 2014. За многолетний добросовестный труд на благо университета и в связи с 55-летием НГУ.

• Исследование процесса эксцизионной репарации оснований ДНК у высших эукариот. Изучение взаимодействий ДНК-полимераз бета, лямбда, апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазы (APE1), флэп-эндонуклеазы-1 (FEN1), PCNA, XRCC1, поли(ADP-pибозо)полимеразы-1 (PARP1) человека с ДНК-структурами, имитирующими интермедиаты эксцизионной репарации оснований. Идентификация новых участников репарации оснований в клеточных экстрактах с помощью метода аффинной модификации в сочетании с MALDI-MS и установление их функций.
  
• Исследование процесса узнавания повреждений и механизма эксцизионной репарации нуклеотидов.
  
• Изучение механизмов репарации множественных повреждений в ДНК.
  
• Исследование синтеза ДНК через повреждение, катализируемого ДНК-полимеразами бета, лямбда, йота.
  
• Кристаллографический анализ белков репарации ДНК и их комплексов.
  
• Поиск новых эффективных ингибиторов ключевых ферментов систем репарации /репликации и их регуляторов на основе природных и синтетических соединений как потенциальных лекарств для терапии рака и других болезней человека.
  
• В лаборатории выделяются практически все известные белки репликации и эксцизионной репарации ДНК, а также ключевые ферменты молекулярно-биологических исследований (обратная транскриптаза вируса лейкемии мышей, полинуклеотидкиназа фага Т4, ДНК-лигаза фага Т4, Taq ДНК-полимераза, Taq ДНК-секвеназа, фрагмент Штоффеля Taq ДНК-полимеразы, РНК-полимераза фага Т7, урацил-ДНК-гликозилаза E. coli) для научно-исследовательских работ Института.
  

• Развит оригинальный подход для исследования ансамблей белков репликации и репарации ДНК in vitro, в том числе в клеточных экстрактах, основанный на использовании реакционноспособных интермедиатов этих процессов, синтезированных с помощью ДНК-полимераз и различных фотореакционноспособных аналогов dNTP. [Lavrik O.I. et al., J. Biol. Chem. 2001. 276, 25541; Khodyreva S.N. & Lavrik O.I., Curr. Med. Chem. 2005. 12, 641; Rechkunova N.I. & Lavrik O.I., Subcell Biochem. 2010. 50, 251].
• Открыта ключевая роль PARP1 в координации путей репарации оснований и нуклеотидов через взаимодействие c белками и ДНК-интермедиатами процессов. [Sukhanova M.V. et. al., Nucleic Acids Res. 2005. 33, 1222; Sukhanova M.V. et al., Mutat. Res. 2010. 80, 685; Sukhanova M.V. et al., Nucleic Acids Res. 2016. 44, 9279; Maltseva E.A. et al., J. Biol. Chem. 2015. 290, 21811; Sukhanova M.V. et al., J. Mol. Biol. 2019, 431, 2655].
• Обнаружены новые механизмы регуляции активности PARP1 многофункциональными РНК-связывающими белками (FUS и YB-1) и репликативным белком А [Alemasova E.E. et al., Oncotarget. 2018. 9, 23349; Maltseva E.A. et al., DNA Repair. 2018. 72, 28; Alemasova E.E. & Lavrik O.I. Nucleic Acids Res. 2019. 47, 3811; Singatulina A.S. et al., Cell. Rep. 2019. 27, 1809; Naumenko K.N. et al., Biomolecules. 2020. 10, 1325].
• Открыта новая мишень поли(АDP-рибозилирования), катализируемого ферментами семейства PARP (PARP1, PARP2, PARP3), – ДНК, содержащая разрывы [Talhaoui I. Et al., Nucleic Acids Res. 2016. 44, 9279; Zarkovic G. et al., Nucleic Acids Res. 2018. 46, 2417; Belousova E.A. et al., Sci. Rep. 2018. 8, 4176].
• Выявлено специфическое взаимодействие ряда белков (HMGB1, Ku70/80, XRCC1, GAPDH) с наиболее распространенными повреждениями в ДНК – апуриновыми/ апиримидиновыми сайтами – для их временной защиты и последующей репарации. [Prasad R. et al., Mol. Cell. 2007. 27, 829; Nazarkina Z.K. et al., DNA repair. 2007. 6, 254; Ilina E.S. et al., Biochim. Biophys. Acta. 2008. 1784, 1777; Kosova A.A. et al., Mutat. Res. 2015. 779, 46; Kosova A.A. et al., Biochim. Biophys. Acta. 2016. 1864, 1244].
• Идентифицированы новые участники процессинга АР-сайтов, PARP1 и тирозил-ДНК-фосфодиэстераза 1. [Khodyreva S.N. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2010. 107, 22090; Lebedeva N.A. et al., FEBS Lett. 2011. 585, 683; Lebedeva N.A. et al., DNA Repair. 2013. 12, 1037].
• Впервые обнаружена полярность в связывании с однонитчатой ДНК ключевого фактора эукариотической репликации и репарации – репликативного белка А. Установлена роль малых субъединиц RPA (p32, p14) в формировании его функциональных комплексов с ДНК в процессах репарации и репликации. [Lavrik O.I. et al., Nucleic Acids Res. 1999. 27, 4235; Kolpashchikov D.M. et al., Nucleic Acids Res. 2001. 29, 373].
• Установлено расположение ХРА, RPA и XPC на поврежденной ДНК в процессе эксцизионной репарации нуклеотидов. [Krasikova Y.S. et al., Nucleic Acids Res. 2010. 38, 8083; Krasikova Y.S. et al., J. Biol. Chem. 2013. 288, 10936; Krasikova Y.S. et al., PLoS One. 2018. 13, e0190782].
• Установлено, что комплекс белков, осуществляющих репарацию оснований, предформирован в виде надмолекулярной структуры (репаросомы) через белок-белковые взаимодействия. Впервые количественно оценена термодинамическая эффективность этих взаимодействий и композиция репаросомы. [Moor N.A. et al., Nucleic Acids Res. 2015. 43, 6009; Vasil'eva I.A. et al., Biochim. Biophys. Acta Proteins Proteom. 2019. 1867, 297].
• Впервые установлено, что репарация объемных и оксидативных повреждений ДНК происходит более интенсивно в клетках долгоживущего организма голого землекопа по сравнению с мышью, что может быть отнесено к ключевым факторам обеспечения долголетия высших организмов. [Evdokimov A.N. et al., Aging. 2018. 10, 1454; Kosova A.A. et al., Aging. 2019. 11, 2852].
• Установлены структурные основы функционирования фенилаланил-тРНК-синтетаз из бактерий, митохондрий и цитоплазмы человека с помощью рентгеноструктурного анализа ферментов и их комплексов с различными субстратами. [Safro M. et al., In book: The aminoacyl-tRNA synthetases. 2005. Georgetown, USA, 251; Moor N.A. et al., Biochemistry. 2006. 45, 10572; Klipcan L. et al., Structure. 2008. 16, 1095; Finarov I. et al., Structure. 2010. 18, 343]. Открыт уникальный механизм продуктивного взаимодействия синтетаз с тРНК, координируемого низкомолекулярными субстратами. [Moor N.A. et al., Biochemistry. 2003. 42, 10697; Klipcan L. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009. 106, 11045; Moor N.A. et al., Chemistry&Biology. 2011. 18, 1221; Klipcan L. et al., J. Mol. Biol. 2012. 415, 527].
  
  

Лаборатория имеет обширные международные контакты. Сотрудничество лаборатории развивается с ведущими научными центрами Франции, США, Нидерландов, Израиля, Ирландии, Италии, Германии и Японии.

Базовые проекты
Программа фундаментальных научных исследований государственных академий наук (2017 - 2020 гг.)

• Тема № 57.1.3.Механизмы репарации множественных повреждений ДНК и их регуляция. (0309-2014-0003).
  
• Тема № 57.1.2. ПФНИ ГАН Механизмы функционирования систем репарации, транскрипции и трансляции. Патологические процессы, связанные с этими системами. (0309-2016-0001)

Гранты Российского научного фонда

• № 20-14-00086 «Роль внутренне неупорядоченных белков в образовании безмембранных компартментов в клетке» (2020-2022 гг.)
• № 17-74-20075 «Поли(ADP-рибоза) полимеразы – ключевые регуляторы репарации ДНК и потенциальные терапевтические мишени».(2017-2020 гг.)
• № 19-74-10056_мол_гр «Белки репарации голого землекопа и их устойчивость к повреждающим воздействиям» (2019-2022 гг.)
• № 19-14-00204 «Модифицированные ДНК как ингибиторы систем репарации ДНК: определение клеточных мишеней и оптимальных структур для сенсибилизации опухолевых клеток» (2019-2021 гг.)
• № 19-14-00107 «Интерактом репарации ДНК: роль в регуляции активности процессов репарации и онкогенезе»(2019-2021 гг.)
• № 20-14-00086 «Роль внутренне неупорядоченных белков в образовании безмембранных компартментов в клетке»
• № 21-14-00105 «Ингибиторы тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 для сенсибилизации опухолевых клеток к химиопрепаратам, используемым в клинике»
• № 22-14-00112 «Роль белков-партнеров PARP1 в регуляции процесса поли(ADP-рибозил)ирования»
• № 19-14-00204 П «Модифицированные ДНК как ингибиторы систем репарации ДНК: определение клеточных мишеней и оптимальных структур для сенсибилизации опухолевых клеток»
• № 22-74-10059 «Нуклеосомы-зонды как инструмент поиска новых регуляторов системы эксцизионной репарации оснований ДНК»
• № 19-74-10056 П «Белки репарации голого землекопа и их устойчивость к повреждающим воздействиям»

Гранты Российского фонда фундаментальных исследований.

• № 18-04-00882-а «Роль поли(ADP-рибозил)ирования и поли(ADP-рибозы) в регуляции функциональной активности мРНК-связывающих белков». (2018-2020 гг.)
• № 18-04-00596-а «Механизм преодоления объемных повреждений ДНК-полимеразами в процессе эксцизионной репарации оснований». (2018-2020 гг.)
• № 17-00-00097 комфи «Механизмы регуляции процессинга множественных повреждений в нуклеосомах и свободной ДНК». (2018-2020 гг.)
• № 18-44-540023 р_а «Ингибиторы фермента репарации ДНК тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 как сенсибилизаторы опухолей к действию химиотерапии» (2018-2020 гг.)
• № 19-04-00018 «Исследование механизма верификации повреждений ДНК в процессе эксцизионной репарации нуклеотидов» (2019-2021 гг.)
• № 19-04-00481 » Поиск моллекулярных партнеров белков семейства RARP в процессах репарации ДНК» (2019-2021гг.)
• № 20-04-00674 А «Исследование (АДФ-рибозил)ирования ДНК в составе динуклеосомы» (2020-2022гг.)
• № 19-415-540002 р_а «Исследование механизма сенсибилизации опухолевых клеток ингибиторами тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 человека к действию известных противораковых препаратов» (2019-2021г)
• № 19-44-543001 р_мол_а «Ингибиторы ферментов репарации ДНК на основе производных хроменов как потенциальные противораковые препараты» (2019-2021гг.)
• № 20-34-70028 Стабильность «Регуляция эксцизионной репарации оснований ДНК в контексте динуклеосом как простейшей модели компактизации ДНК» (2019-2021гг.)

Отчеты по проектам МинОбрНауки России

1. Synthesis of Norabietyl and Nordehydroabietyl Imidazolidine-2,4,5-Triones and Their Activity against Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1. Kovaleva K.S., Yarovaya O.I., Chernyshova I.A., Zakharenko A.L., Cheresiz S.V., Azimirad A., Pokrovsky A.G., Lavrik O.I., Salakhutdinov N.F. Molbank. 2023. V. 2023. N 4. P. 1743. DOI: 10.3390/m1743
2. Effects of Dendrimer-microRNA Nanoformulations against Glioblastoma Stem Cells. Knauer N.Yu., Meschaninova M.I., Muhammad S., Hänggi D., Majoral J.-P., Kahlert U.D., Kozlov V.A., Apartsin E. Pharmaceutics. 2023. V. 15. N.3. P. 968. DOI: 10.3390/pharmaceutics15030968
3. FUS RRM regulates poly(ADP-ribose) levels after transcriptional arrest and PARP-1 activation on DNA damage. Mamontova E.M., Clément, M.-J., Sukhanova M.V., Joshi V., Bouhss A., Gonzalez J., Desforges B., Hamon L, Lavrik O.I., Pastre D. Cell Reports. 2023. V. 42. N 10. P. 113199. DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113199
4. Нокаут по гену PARP1 подавляет экспрессию генов эксцизионной репарации оснований ДНК. Захаренко А.Л., Малахова А.А., Дырхеева Н.С., Окорокова Л.С., Медведев С.П., Закиян С.М., Кабилов М.Р., Тупикин А.Е., Лаврик О.И. Доклады Академии Наук (науки о жизни). 2023. Т. 510. № 1. С. 219-224. DOI: 10.31857/S2686738922600959
5. PARP1 gene knockout suppresses expression of DNA base excision repair genes. Zakharenko A.L., Malakhova A.A., Dyrkheeva N.S., Okorokova L.S., Medvedev S.P., Zakiyan S.M., Kabilov M.R., Tupikin A.E., Lavrik O.I. Доклады Академии Наук (науки о жизни). 2023. V. 508. N 1. P. 6-11. DOI: 10.1134/S1607672922700028 (перевод)
6. Синтез 3-оксабицикло[3.3.1]ноненов и их изучение как ингибиторов тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1. Дырхеева Н.С., Ильина И.В., Волчо К.П., Салахутдинов Н.Ф., Лаврик О.И. Известия АН. Серия химическая. 2023. Т. 72. № 10. С. 2525-2535.
7. Консервативный белок RCC1 – новый компонент черных дисков политенных хромосом DROSOPHILA MELANOGASTER. Зыкова Т.Ю., Мальцева М.В., Демаков С.А., Похолкова Г.В., Веряскина Ю.А., Лаврик О.И., Колесникова Т.Д., Жимулев И.Ф. Онтогенез. 2023. Т. 54.№ 2. С. 176-180. DOI: 10.31857/S0475145023020076
8. Подавление EGFR ингибирует сферообразование клеток культуры MCF7 со сверхэкспрессией EGFR. Новак Д.Д., Троицкая О.С., Нуштаева А.А., Жильникова М.В., Рихтер В.А., Мещанинова М.И., Коваль О.А. Acta Naturae. 2023. Т. 15. № 2 (57). С. 60-69. DOI: 10.32607/actanaturae.17857
9. PARP3 Affects Nucleosome Compaction Regulation. Ukraintsev A.A., Kutuzov M.M., Belousova E.A., Joyeau M., Golyshev V.M., Lomzov A.A., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 10. P. 9042. DOI: 10.3390/ijms24109042
10. Влияние уровня поли(ADP-рибоза)полимеразы 1 на статус системы эксцизионной репарации оснований в клетках человека. Ильина Е.С., Кочеткова А.С., Белоусова Е.А., Кутузов М.М., Лаврик О.И., Ходырева С.Н. Молекулярная биология. 2023. Т. 52. № 2. С. 285-298. DOI: 10.31857/S0026898423020106
11. Поли(АDP-рибоза)полимеразы 1 и 2: классические функции и взаимодействие с HPF1 ‒ новым фактором поли(ADP-рибозил)ирования гистонов. Кургина Т.А., Лаврик О.И. Молекулярная биология. 2023. Т. 57. №2. С. 254-268. DOI: 10.31857/S0026898423020167
12. New 5-Hydroxycoumarin-Based Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase I Inhibitors Sensitize Tumor Cell Line to Topotecan. Khomenko T.M., Zakharenko A.L., Kornienko T.E., Chepanova A.A., Dyrkheeva N.S., Artemova A.O., Korchagina D.V., Achara C., Curtis A., Reynisson J., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I.Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 11. P. 9155. DOI: 10.3390/ijms24119155
13. Влияние производного усниновой кислоты (ингибитора тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1) на трансплантированные опухоли in vivo в качестве монотерапии и в сочетании с олапарибом. Корниенко Т.Е., Захаренко А.Л., Ильина Е.С., Чепанова А.А., Захарова О.Д., Дырхеева Н.С., Попова Н.А., Николин В.П., Филимонов А.С., Лузина О.А., Салахутдинов Н.Ф., Лаврик О.И. Молекулярная биология. 2023. Т. 57. № 2. С. 220-231. DOI: 10.31857/S0026898423020143
14. Natural Products and Their Derivatives as Inhibitors of the DNA Repair Enzyme Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1. Zakharenko A.L., Luzina O.A., Chepanova A.A., Dyrkheeva N.S., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 6. P. 5781. DOI: 10.3390/ijms24065781
15. Inhibition of DNA Repair Enzymes as a Valuable Pharmaceutical Approach. Volcho К.P., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 9. P. 7954. DOI: 10.3390/ijms24097954
16. Novel TDP1 Inhibitors: Disubstituted Thiazolidine-2,4-Diones Containing Monoterpene Moieties. Ivankin D.I., Kornienko T.E., Mikhailova M.A., Dyrkheeva N.S., Zakharenko A.L., Achara C., Reynisson J., Golyshev V.M., Luzina O.A., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 4. P. 3834. DOI: 10.3390/ijms24043834
17. Transcriptomic Analysis of CRISPR/Cas9-Mediated PARP1-Knockout Cells under the Influence of Topotecan and TDP1 Inhibitor. Dyrkheeva N.S., Malakhova A.A., Zakharenko A.L., Okorokova L.S., Shtokalo D.N., Pavlova S.V., Medvedev S.P., Zakiyan S.M., Nushtaeva A.A., Tupikin A.E., Kabilov M.R., Khodyreva S.N., Luzina O.A., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 6. P. 5148. DOI: 10.3390/ijms24065148
18. Influence of Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 Inhibitor on the Proapoptotic and Genotoxic Effects of Anticancer Agent Topotecan. Chepanova A.A., Zakharenko A.L., Dyrkheeva N.S., Chernyshova I.A., Zakharova O., Ilina E.S., Luzina O.A., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Dokl Biochem Biophys. 2023. P. 1-6. DOI: 10.1134/S1607672922700077
19. PARP1 Gene Knockout Suppresses Expression of DNA Base Excision Repair Genes. Zakharenko A.L., Malakhova A.A., Dyrkheeva N.S., Okorokova L.S., Medvedev S.P., Zakiyan S.M., Kabilov M.R., Tupikin A.E., Lavrik O.I. Dokl Biochem Biophys. 2023. P. 1-6. DOI: 10.1134/S1607672922700028
20. The Lipophilic Purine Nucleoside—Tdp1 Inhibitor—Enhances DNA Damage Induced by Topotecan In Vitro and Potentiates the Antitumor Effect of Topotecan In Vivo. Chernyshova I.A., Zakharenko A.L., Kurochkin N.N., Dyrkheeva N.S., Kornienko T.E., Popova N.A., Nikolin V.P., Ilina E.S., Zharkov T.D., Kupryushkin M.S., Oslovsky V.E., Drenichev M.S., Lavrik O.I. Molecules. 2023. V. 28. N 1. P. 323. DOI: 10.3390/molecules28010323
21. The Role of PARP1 and PAR in ATP-Independent Nucleosome Reorganisation during the DNA Damage Response. Genes. Belousova E.A., Lavrik O.I. 2023. V. 14. N 1. P. 112. DOI: 10.3390/genes14010112
22. New deoxycholic acid derived tyrosyl-dna phosphodiesterase 1 inhibitors also inhibit tyrosyl-dna phosphodiesterase 2. Salomatina O.V., Dyrkheeva N.S., Popadyuk I.I., Zakharenko A.L., Ilina E.S., Komarova N.I., Reynisson J., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I., Volcho К.P. Molecules. 2022. V. 27. N 1. P. 72. DOI: 10.3390/molecules27010072
23. Inhibition of the DNA repair enzyme TDP1 by the resin acid derivatives as a new way to increase the efficiency of glioblastoma chemotherapy. Kovaleva K., Oleshko O., Yarovaya O., Cheresiz S., Zakharenko A.L., Ponomarev K., Lavrik O.I., Pokrovsky A., Salakhutdinov N.F. AIP Conference Proceedings. 2022. V. 2390. pii. 0020036. DOI: 10.1063/5.0069407(труды)
24. In Vitro and In Silico Studies of Human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 (Tdp1) Inhibition by Stereoisomeric Forms of Lipophilic Nucleosides: The Role of Carbohydrate Stereochemistry in Ligand-Enzyme Interactions. Dyrkheeva N.S., Chernyshova I.A., Ivanov G.A., Porozov Y.B., Zenchenko A.A., Oslovsky V.E., Zakharenko A.L., Nasyrova D.I., Likhatskaya G., Mikhailov S.N., Lavrik O.I., Drenichev M.S. Molecules. 2022. V. 27. P. 2433. DOI: 10.3390/molecules27082433
25. Structural features of DNA polymerases β and λ in complex with benzo[a]pyrene-adducted DNA cause a difference in lesion tolerance. Rechkunova N.I., Zhdanova P.V., Lebedeva N.A., Maltseva E.A., Koval V.V., Lavrik O.I. DNA Repair. 2022. V. 116. P. 103353. DOI: 10.1016/j.dnarep.2022.103353
26. Ингибиторное ДЕЙСТВИЕ 7-метилгуанина и его метаболита 8-гидрокси-7-метилгуанина на поли(ADP-рибозо)полимеразу 1 человека. Кургина Т.А., Шрам С.И., Кутузов М.М., Абрамова Т.В., Щербакова Т.А., Мальцева Е.А., Поройков В.В., Лаврик О.И., Швядас В.К., Нилов Д.К. Биохимия. 2022. Т. 87. № 6. С. 794-803. DOI: 10.31857/S0320972522060070
27. Study of interaction of the parp family DNA-dependent proteins with nucleosomes containing dna intermediates of the initial stages of ber process. Ukraintsev A.A., Belousova E.A., Kutuzov M.M., Lavrik O.I. Biochemistry (Moscow). 2022. V. 87. N 4. С. 331-345. DOI: 10.1134/S0006297922040034 (перевод)
28. The C-Terminal Domain of Y-Box Binding Protein 1 Exhibits Structure-Specific Binding to Poly(ADP-Ribose), Which Regulates PARP1 Activity. Naumenko K.N., Sukhanova M.V., Hamon L, Kurgina T.A., Anarbayev R.O., Mangerich A., Pastre D., Lavrik O.I. Front. Cell Dev Biol. 2022. V. 21. N 10. P. 831741. DOI: 10.3389/fcell.2022.831741
29. Monoterpene substituted thiazolidin-4-ones as novel TDP1 inhibitors: Synthesis, biological evaluation and docking. Ivankin D.I., Dyrkheeva N.S., Zakharenko A.L., Ilina E.S., Zarkov T.O., Reynisson J., Luzina O.A., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2022. V. 73. P. 128909. DOI: 10.1016/j.bmcl.2022.128909
30. Inhibitory Effects of 7-Methylguanine and Its Metabolite 8-Hydroxy-7-Methylguanine on Human Poly(ADP-Ribose) Polymerase 1. Kurgina T.A., Shram S.I., Kutuzov M.M., Abramova T.V., Shcherbakova T.A., Maltseva E.A., Poroikov V., Lavrik O.I., Švedas V.K., Nilov D.K. Biochemistry (Moscow). 2022. V. 87. N 8. P. 823-831. DOI: 10.1134/S0006297922080132 (перевод)
31. Role of YB-1 in regulation of poly(ADP-ribosylation) catalyzed by poly(ADP-ribose) polymerases. Alemasova E.E., Naumenko K.N., Sukhanova M.V., Lavrik O.I. Biochemistry (Moscow). 2022. V. 87. S. 1. S32-S47. DOI: 10.1134/S0006297922140048 (перевод)
32. Adamantane-Monoterpenoid Conjugates Linked via Heterocyclic Linkers Enhance the Cytotoxic Effect of Topotecan. Munkuev A.A., Dyrkheeva N.S., Kornienko T.E., Ilina E.S., Ivankin D.I., Suslov E.V., Korchagina D.V., Gatilov Yu.V., Zakharenko A.L., Malakhova A.A., Reynisson J., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Molecules. 2022. V.27. N 11. P. 3374. DOI: 10.3390/molecules27113374
33. Изучение взаимодействия ДНК-зависимых белков семейства PARP с нуклеосомными частицами, содержащими интермедиаты начальных стадий процесса BER. Украинцев А.А., Белоусова Е.А., Кутузов М.М., Лаврик О.И. Биохимия. 2022. Т. 87. № 3. С. 321-336. DOI: 10.31857/S0320972522030022
34. The HPF1-dependent histone PARylation catalyzed by PARP2 is specifically stimulated by an incised AP site-containing BER DNA intermediate. Kurgina T.A., Moor N.A., Kutuzov M.M., Lavrik O.I. DNA Repair. 2022. V. 120. P. 103423. DOI: 10.1016/j.dnarep.2022.103423
35. FUS Microphase Separation: Regulation by Nucleic Acid Polymers and DNA Repair Proteins. Sukhanova M.V., Anarbayev R.O., Maltseva E.A., Pastré, D., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 11. P. 13200. DOI: 10.3390/ijms232113200
36. A sePARate phase? Poly(ADP-ribose) versus RNA in the organization of biomolecular condensates. Alemasova E.E., Lavrik O.I. Nucleic Acids Res. 2022. V. 50. N 19. P. 10817-10838. DOI: 10.1093/nar/gkac866
37. Poly(ADP-ribose) in condensates: the PARtnership of phase separation and specific interactions. Alemasova E.E., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2022. N 23. P. 14075. DOI: 10.3390/ijms232214075
38. Объемные аддукты в составе кластерных повреждений ДНК: причины устойчивости к удалению системой NER. Науменко Н.В., Петрусева И.О., Лаврик О.И. Acta Naturae. 2022. Т. 14. № 4 (55). С. 32-43.
39. The XPA Protein: Life under Precise Control. Krasikova Y.S., Lavrik O.I., Rechkunova N.I. Cells. 2022. V. 11. P. 3723. DOI: 10.3390/cells11233723
40. PARP1 Activation Controls Stress Granule Assembly in the Cytoplasm in Response to Oxidative Stress. Singatulina A., Sukhanova M.V., Desforges B., Joshi V., Pastre D., Lavrik O.I. Cells. 2022. V. 11. P. 3932. DOI: 10.3390/cells11233932
41. The Interaction Efficiency of XPD-p44 With Bulky DNA Damages Depends on the Structure of the Damage. Petruseva I.O., Naumenko N.V., Kuper J., Anarbayev R.O., Kappenberger J., Kisker C., Lavrik O.I. Front. Cell Dev Biol. 2021. V. 9. P. 617160. DOI: 10.3389/fcell.2021.617160
42. Интерактом систем репарации оснований и нуклеотидов. Речкунова Н.И., Красикова Ю.С., Лаврик О.И. Молекулярная биология. 2021. Т. 55. № 2. С. 181-193. DOI: 10.31857/S0026898421020129
43. 5'‑дезоксирибозофосфатлиазная активность апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазы 1. Ильина Е.С., Лаврик О.И., Ходырева С.Н. Молекулярная биология. 2021. Т. 55. № 2. С. 269-276. DOI: 10.31857/S0026898421020075
44. Противоопухолевая активность комбинации топотекана и ингибитора тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 на модели асцитной карциномы Кребс-2 мыши. Дырхеева Н.С., Захаренко А.Л., Новоселова Е.С., Чепанова А.А., Попова Н.А., Николин В.П., Лузина О.А., Салахутдинов Н.Ф., Рябчикова Е.И., Лаврик О.И. Молекулярная биология. 2021. Т. 55. № 2. С. 312-317. DOI: 10.31857/S0026898421020051
45. Uncovering molecular mechanisms of regulated cell death in the naked mole rat. Evdokimov A.N., Popov A.A., Ryabchikova E.I., Koval O.A., Romanenko S., Trifanov V.A., Petruseva I.O., Lavrik I.N., Lavrik O.I. Aging-US. 2021. V. 13. N 3. P. 3239-3253. DOI: 10.18632/aging.202577
46. The contribution of PARP1, PARP2 and poly(ADP-ribosyl)ation to base excision repair in the nucleosomal context. Kutuzov M.M., Belousova E.A., Kurgina T.A., Ukraintsev A.A., Vasil'eva I.A., Khodyreva S.N., Lavrik O.I. Scientific Reports. 2021. V. 11. N 1. P. 4849. DOI: 10.1038/s41598-021-84351-1
47. Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease 1 and Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 Prevent Suicidal Covalent DNA-Protein Crosslink at Apurinic/Apyrimidinic Site. Lebedeva N.A., Rechkunova N.I., Endutkin A.V., Lavrik O.I. Front. Cell Dev Biol. 2021. V. 8. P. 617301. DOI: 10.3389/fcell.2020.617301
48. Discovery of Novel Sultone Fused Berberine Derivatives as Promising Tdp1 Inhibitors. Gladkova E.D., Chepanova A.A., Ilina E.S., Zakharenko A.L., Reynisson J., Luzina O.A., Volcho К.P., Lavrik O.I., Salakhutdinov N.F. Molecules. 2021. V. 26. N 7. P. 1945. DOI: 10.3390/molecules26071945
49. Interactome of base and nucleotide excision DNA repair systems. Rechkunova N.I., Krasikova Y.S., Lavrik O.I. Молекулярная биология. 2021. V. 55. N 2. P. 155-166. DOI: 10.1134/S0026893321020126 (перевод)
50. Functional Roles of PARP2 in Assembling Protein–Protein Complexes Involved in Base Excision DNA Repair. Vasil'eva I.A., Moor N.A., Anarbayev R.O., Kutuzov M.M., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. P. 4679. DOI: 10.3390/ijms22094679
51. Deoxycholic acid as a molecular scaffold for tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibition: a synthesis, structure–activity relationship and molecular modeling study. Salomatina O.V., Popadyuk I.I., Komarova N.I., Salakhutdinov N.F., Volcho К.P., Zakharenko A.L., Zakharova O., Chepanova A.A., Dyrkheeva N.S., Anarbayev R.O., Lavrik O.I., Reynisson J. Steroids. 2021. V. 165 С. 108771. DOI: 10.1016/j.steroids.2020.108771
52. Nucleotide excision repair: From molecular defects to neurological abnormalities. Krasikova Y.S., Rechkunova N.I., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci.. 2021. V. 22. N 122. P. 6220. DOI: 10.3390/ijms22126220
53. A structural mechanism of DNA polymerase lambda action that promotes error-free bypass of bulky modifications in DNA. Zhdanova P.V., Lomzov A.A., Rechkunova N.I., Koval V.V. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 180. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
54. Impact of various poly(ADP-ribose)polymerase 1 level on DNA base excision repair status in human cells. Kochetkova A.S., Ilina E.S., Khodyreva S.N., Lavrik O.I. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 190. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
55. Structural basis of antiviral activity of a protective antibody against tick-borne encephalitis virus and structure-guided rational design of this antibody. Baykov I.K., Chojnowski G., Matveev A.L., Pachl P., Emelyanova L., Moor N.A., Rezacova P., Lamzin V., Tikunova N.V. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 214. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
56. A single molecule atomic force microscopy study of PARP1 and PARP2 recognition of DNA strand breaks. Sukhanova M.V., Hamon L., Joshi V., Khodyreva S.N., Pastre D., Lavrik O.I. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 244. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
57. Recognition and removal of DNA clustered damages via NERN.. Lukianchikova N., Petruseva I.O., Lomzov A.A., Lavrik O.I. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 248. DOI: 10.1002/2211-5463.12453 (тезисы конференции)
58. New hybrid compounds combining fragments of usnic acid and monoterpenoids for effective tyrosyl-dna phosphodiesterase 1 inhibition. Dyrkheeva N.S., Filimonov A.S., Luzina O.A., Zakharenko A.L., Ilina E.S., Malakhova A.A., Medvedev S.P., Reynisson J., Volcho К.P., Zakiyan S.M., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Biomolecules. 2021. V. 11. N 7. P. 973. DOI: 10.3390/biom11070973
59. Novel tdp1 inhibitors based on adamantane connected with monoterpene moieties via heterocyclic fragments. Munkuev A.A., Mozhaitsev E.S., Chepanova A.A., Suslov E.V., Korchagina D.V., Zakharova O., Ilina E.S., Dyrkheeva N.S., Zakharenko A.L., Reynisson J., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Molecules. 2021. V. 26. N 111. P. 3128. DOI: 10.3390/molecules26113128
60. PARP1 Regulates the Biogenesis and Activity of Telomerase Complex Through Modification of H/ACA-Proteins. Savelyev N., Shepelev N.M., Lavrik O.I., Rubtsova M.P., Dontsova O.A. Front. Cell Dev Biol. 2021. V. 919. P. 621134. DOI: 10.3389/fcell.2021.621134
61. Design, synthesis, and molecular docking study of new tyrosyl-dna phosphodiesterase 1 (Tdp1) inhibitors combining resin acids and adamantane moieties. Kovaleva K., Yarovaya O., Ponomarev K.Yu., Cheresiz S., Azimirrad A., Chernyshova I.A., Zakharenko A.L., Konev V., Khlebnikova T., Mozhaytsev E., Suslov E., Nilov D., Švedas V.K., Pokrovsky A., Lavrik O.I., Salakhutdinov N.F. Pharmaceuticals. 2021. V. 14. N 5. P. 422. DOI: 10.3390/ph14050422
62. Триазиниламидофосфатные олигонуклеотиды: получение и исследование их взаимодействия с клетками и ДНК-связывающими белками. Купрюшкин М.С., Жарков Т.Д., Ильина Е.С., Марков О.В., Кочеткова А.С., Ахметова М.М., Ломзов А.А., Пышный Д.В., Лаврик О.И., Ходырева С.Н. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 3. С. 348-364. DOI: 10.31857/S0132342321030118
63. PARP1, PARP2 and PARP3 interaction with nucleosomes containing DNA-lesions. Kurgina T.A., Kutuzov M.M., Belousova E.A., Ukraitsev A.A., Anarbayev R.O., Lavrik O.I. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 244-245. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
64. 5'-deoxyribose phosphate lyase activity of apurinic/apyrimidinic endonuclease 1. Ilina E.S., Lavrik O.I., Khodyreva S.N. Молекулярная биология. 2021. V. 55. N 2. P. 234-240. DOI: 10.1134/S0026893321020084 (перевод)
65. Antitumor activity of the combination of topotecan and tyrosyl-DNA-phosphodiesterase 1 inhibitor on model krebs-2 mouse ascite carcinoma. Dyrkheeva N.S., Zakharenko A.L., Novoselova E.S., Chepanova A.A., Ryabchikova E.I., Lavrik O.I., Popova N.A., Nikolin V.P., Luzina O.A., Salakhutdinov N.F. Молекулярная биология. 2021. V. 55. N 2. P. 273-277. DOI: 10.1134/S0026893321020060 (перевод)
66. Dual function of HPF1 in the modulation of PARP1 and PARP2 activities. Kurgina T.A., Moor N.A., Kutuzov M.M., Naumenko K.N., Ukraintsev A.A., Lavrik O.I. Commun Biol. 2021. V. 4. N 1. P. 1259. DOI: 10.1038/s42003-021-02780-0
67. DNA repair as a key mechanism for ensuring genome stability and overcoming human diseases. Lavrik O.I. Mol Biol. 2021. V. 55. N 2. P. 179-180. DOI: 10.31857/S0026898421020105 (редакторское)
68. Recognition and removal of clustered DNA lesions via nucleotide excision repair. Naumenko N.V., Petruseva I.O., Lomzov A.A., Lavrik O.I. DNA Repair. 2021. V. 108. P. 103225. DOI: 10.1016/j.dnarep.2021.103225
69. A Method for Assessing the Efficiency of the Nucleotide Excision Repair System Ex Vivo. Popov A.A., Orishchenko K.E., Naumenko K.N., Evdokimov A.N., Petruseva I.O., Lavrik O.I. Acta Naturae. 2021. V. 13. N 3. P. 122-125. DOI: 10.32607/actanaturae.11430
70. The influence of an enamine usnic acid derivative (a tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibitor) on the therapeutic effect of topotecan against transplanted tumors in vivo. Nikolin V.P., Popova N.A., Kaledin V.I., Luzina O.A., Zakharenko A.L., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Clin Exp Metastasis. 2021. V. 38. N 5. P. 431-440. DOI: 10.1007/s10585-021-10113-y
71. New Hybrid Compounds Combining Fragments of Usnic Acid and Thioether Are Inhibitors of Human Enzymes TDP1, TDP2 and PARP1. Dyrkheeva N.S., Filimonov A.S., Luzina O.A., Orlova K., Chernyshova I.A., Kornienko T.E., Malakhova A.A., Medvedev S.P., Zakharenko A.L., Ilina E.S., Anarbayev R.O., Naumenko K.N., Klabenkova K.V., Burakova E.A., Stetsenko D.A., Zakiyan S.M., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. N 21. P. 11336. DOI: 10.3390/ijms222111336
72. Метод оценки эффективности работы системы эксцизионной репарации нуклеотидов ex vivo. Попов А.А., Орищенко К.Е., Науменко К.Н., Евдокимов А.Н., Петрусева И.О., Лаврик О.И. Acta Naturae. 2021. Т. 13. № 3. С. 122-125. DOI: 10.32607/actanaturae.11430 (перевод)

—-

1. СРЕДСТВА ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ТИРОЗИЛ-ДНК-ФОСФОДИЭСТЕРАЗЫ 1 НА ОСНОВЕ ЖЕЛЧНЫХ КИСЛОТ. Саломатина О.В., Захаренко А.Л., Попадюк Ирина Леонидовна, Дырхеева Н.С., Йоханнес Рейниссон, Волчо К.П.*, Лаврик О.И., Салахутдинов Н.Ф.* 2018 г. № 2689335
2. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ТИРОЗИЛ-ДНК-ФОСФОДИЭСТЕРАЗЫ 1 ЧЕЛОВЕКА. Захаренко А.Л., Лебедева Н.А., Лузина О.А., Салахутдинов Н.Ф., Лаврик О.И. 2016 г. № 2605329.
   
3. НАНОКОМПОЗИТЫ ДИОКСИДА ТИТАНА ДЛЯ ИНАКТИВАЦИИ ВИРУСНОГО ГЕНОМА ВНУТРИ КЛЕТОК, СПОСОБ ИХ ПОЛУЧЕНИЯ. Исмагилов З.Р., Шикина Н.В., Пармон В.Н., Зарытова В.Ф., Левина А.С., Репкова М.Н., Беланов Е.Ф., Зиновьев В.В., Малыгин Э.Г., Загребельный С.Н., Байбородин С.И., Нетесов С.В., Евдокимов А.Н. 2012 г. № 2444571.
   
4. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ПОЛИ(АДФ-РИБОЗО)ПОЛИМЕРАЗЫ-1 ЧЕЛОВЕКА. Ходырева С.Н., Лаврик О.И., Захаренко А.Л., Михайлов С.Н., Куликова И.В., Ефимцева Е.В. 2011 г.№ 2411948.
   
5. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ТИРОЗИЛ-ДНК-ФОСФОДИЭСТЕРАЗЫ 1 ЧЕЛОВЕКА. Хоменко Т.М., Волчо К.П., Захаренко А.Л., Жукова С.В., Анарбаев Р.О., Лаврик О.И., Салахутдинов Н.Ф. 2016 г. № 2581060.
   
6. СПОСОБ ДЕТЕКЦИИ Ku-АНТИГЕНА В ЭКСТРАКТАХ КЛЕТОК ЧЕЛОВЕКА. Ильина Е.С., Лаврик О.И., Ходырева С.Н. 2010 г. № 2384623.
   
7. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ПОЛИ(АДФ-РИБОЗО)ПОЛИМЕРАЗЫ-1 ЧЕЛОВЕКА. Захаренко А.Л., Соколов Д.Н., Лузина О.А., Суханова М.В., Ходырева С.Н., Захарова О.Д., Салахутдинов Н.Ф., Лаврик О.И. 2013 г. № 2500675.
   
8. СПОСОБ ОЦЕНКИ АКТИВНОСТИ СИСТЕМЫ ЭКСЦИЗИОННОЙ РЕПАРАЦИИ НУКЛЕОТИДОВ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Евдокимов А.Н., Петрусева И.О., Цидулко А.Е., Королева Л.С., Серпокрылова И.Ю., Сильников В.Н., Лаврик О.И. 2013 г. № 2492242.
   

• Лаборатория располагает уникальной биохимической базой для исследования процессов репликации, эксцизионной репарации оснований и нуклеотидов ДНК человека.
  
• Лаборатория использует в работе методы аффинной модификации белков в качестве основного инструмента современной протеомики, что позволяет в сочетании с методами спектроскопии МАЛДИ идентифицировать в клеточных и ядерных экстрактах новые белковые факторы систем репарации ДНК.