====== Лаборатория биомедицинской химии ====== ===== Заведующий лабораторией ===== \\ {{:ru:structure:labs:дмитриенко_е_в.jpg?nolink&110 |}} \\ \\ \\ **Дмитриенко Елена Владимировна**\\ **н.с., к.х.н.** \\ \\ телефон: (383) 363-51-02, [[elenad@niboch.nsc.ru|elenad@niboch.nsc.ru]] \\ \\ ---- ===== Сотрудники ===== ^ ФИО ^ Должность ^ Звание ^ Телефон ^ Researcher ID ^ |Бауэр Ирина Алексеевна |ст.лаборант | | 363-51-72 | [[http://www.researcherid.com/rid/GABE-3380-2021|ABE-3380-2021]] | |Бушуева Татьяна Юрьевна |инженер | |363-51-36 | | |Веньяминова Лариса Николаевна |вед. инженер | | 363-51-72 | | |Гаврилова Ксения Сергеевна |ст.лаборант| |363-51-90 | | |Григорьева Евгения Владимировна |инженер| |363-51-90 | | |Гуляева Оксана Андреевна|вед. инженер | | 363-51-72 | | |Дмитриенко Елена Владимировна| зав. лабораторией, с.н.с. |к.х.н. | 363-51-02| [[http://www.researcherid.com/rid/I-4567-2017 |I-4567-2017]]| |Дюдеева Евгения Сергеевна|м.н.с. |к.х.н. | 363-51-72 | [[http://www.researcherid.com/rid/ABE-4879-2021|ABE-4879-2021]]| |Зайцев Дмитрий Евгеньевич|вед. инженер | | 363-51-72 | | |Ковригина (Бобрикова) Екатерина Николаевна |инженер | |363-51-02 | [[http://www.researcherid.com/rid/ABE-3339-2021|ABE-3339-2021]]| |Корниенко Татьяна Евгеньевна |ст. лаборант| |363-51-96| | |Костина Елена Викторовна |н.с. |к.б.н. | 363-51-72 | [[http://www.researcherid.com/rid/H-4152-2017|H-4152-2017]]| |Митин Дмитрий Евгеньевич |лаборант | | 363-51-72 | | |Павлова Анна Сергеевна | м.н.с. | | 363-51-34 |[[http://www.researcherid.com/rid/G-9383-2013|G-9383-2013]] | |Петров Кирилл Дмитриевич |лаборант | | | | |Пышный Дмитрий Владимирович |г.н.с.|чл.-корр.РАН, \\ профессор, д.х.н. | | [[http://www.researcherid.com/rid/F-4729-2013|F-4729-2013]] | |Пышная Инна Алексеевна |с.н.с.| к.х.н. |363-51-35 |[[http://www.researcherid.com/rid/F-9519-2013|F-9519-2013]] | |Седельникова Анастасия Юрьевна |лаборант | | 363-51-72 | | |Синяков Александр Николаевич |в.н.с. |к.х.н. | 363-51-73 | [[http://www.researcherid.com/rid/H-1129-2013|H-1129-2013]] | |Степанова Татьяна Владимировна |вед. инженер| |363-51-72 | | |Хомякова Галина Викторовна |инженер | | 363-51-72 | | |Федотов Кирилл Юрьевич |вед.инженер | | 363-51-72 | | |Чуканов Никита Владимирович |н.с. | к.х.н.| 363-51-72 | [[http://www.researcherid.com/rid/AAU-4411-2020|AAU-4411-2020]] | ---- ===== Основные направления исследований ===== \\ * Исследование фундаментальных аспектов ДНК-диагностики и действия ген-направленных биологически активных веществ: гибридизация нуклеиновых кислот с олигонуклеотидами, их аналогами и производными, термодинамический анализ комплексообразования нуклеиновых кислот. * Термодинамический анализ комплексообразования нуклеиновых кислот. * Разработка биоаналитических систем на основе микро- и наноструктурированных материалов, в том числе молекулярно-импринтированных полимеров и аптамеров. * ДНК-наноархитектоника – исследование самоорганизующихся супрамолекулярных ансамблей на основе нуклеиновых кислот. ---- ===== Важнейшие научные результаты ===== \\ * Разработаны принципы рационального конструирования олигонуклеотидов, их производных и аналогов – необходимого инструментария для молекулярной диагностики, молекулярной биологии, биофизики, а также НК-направленных агентов как перспективных терапевтических препаратов //Kupryushkin M.S. Organic Letters. 2014; Pyshnaya I.A. et al., BioMed Research Intern. 2014; Пышный Д.В. Успехи химии. 2012//.\\ * Изучены физико-химические особенности образования тандемных олигонуклеотидных комплексов с ДНК, конкатамерных олигонуклеотидных комплексов и ДНК-ДНК комплексов олигонуклеотидов, несущих ненуклеотидные вставки на основе фосфодиэфиров олигометилендиолов и олигоэтиленгликолей. Полученные термодинамические характеристики позволяют создавать олигонуклеотидные зонды с направленно пониженной гибридизационной способностью и производить расчет стабильности как совершенных, так и несовершенных тандемных комплексов в различных буферных условиях //Pyshnyi D.V. et al., J. Biomol. Struct. Dyn. 2003; Pyshnyi D.V. et al., J. Biomol. Struct. Dyn. 2006; Ломзов А.А. и др., Докл. АН. 2006.//\\ * С использованием олигонуклеотидов, несущих ненуклеотидные вставки, разработан высокоселективный подход к анализу точечных мутаций в ДНК и направленной функционализации олигонуклеотидов //Дмитриенко Е.В. и др., Биоорган. химия. 2010.; Виноградова О.А. и др., Молекуляр. биология. 2007; Kupryushkin M.S. Organic Letters. 2014.//\\ * Исследованы особенности ферментативного лигирования олигонуклеотидов на ДНК матрице в зависимости от нуклеотидной композиции в точке одноцепочечного разрыва ДНК. Выявленные характеристики позволяют производить выбор оптимальной структуры олигонуклеотидных зондов для выявления точечных мутаций в ДНК методом лигирования олигонуклеотидов (OLA) Skobeltsyna L.M. et al., Mol. Biotechnol. 2010.\\ * Предложен новый подход к получению молекулярно импринтированных полимеров (МИПов), содержащих в своей структуре отпечатки биомолекул и способных к их специфическому распознаванию //Dmitriyenko E.V. et al., J. Mol. Recognit. 2013//.\\ * Доказано, что пространственную организацию супрамолекулярных конкатамерных комплексов ДНК можно направлено изменять, используя в качестве мономерных блоков модифицированные дуплексы ДНК, несущие вставки ненуклеотидной природы Виноградова О.А. и др.,// Успехи химии. 2012; Lomzov A.A. J. Nanosci. Nanotechno. 2015.// \\ * Разработан метод введения спиновых меток различной природы в структуру комплексов нуклеиновых кислот. Впервые продемонстрирована возможность измерения спин-спинового расстояния в таких комплексах при физиологических температурах (37oC) методом ЭПР //Shevelev G.Y. Journal of the American Chemical Society. 2014//. ---- ===== Текущие гранты ===== \\ **Базовые проекты**\\ **Программа фундаментальных научных исследований государственных академий наук **\\ * Проект ФИМТ-154 Разработка электронного нанопроволочного биосенсора для анализа РНК-маркеров немелкоклеточного рака легкого.(0309-2014-0044) * Проект 1.1.5.Разработка микроустройств для проведения параллельного массивного анализа ДНК (0309-2015-0003) рук. Синяков А.Н. * ПФНИ ГАН VI.62.1.4, 0309-2016-0004 Интеллектуальные материалы для биомедицины. (2018 - 2020 гг.) * Проект КП ФНИ СО РАН II.1 (ГЗ № 0309-2018-0017) Разработка новых способов экспресс-диагностики заболеваний человека на основе детекции органоспецифических маркеров с помощью современных физических и физико-химических подходов. (2018 - 2020 гг.) **Гранты Российского научного фонда**\\ * № 21-64-00017 "Модификация нуклеиновых кислот и репарация ДНК как источник новых инструментов управления геномами" (2021-2024 гг.) * № 22-24-00996 "Фосфорилгуанидиновые олигонуклеотиды как перспективные инструменты для создания высокочувствительных систем диагностики нуклеиновых кислот" (2022-2023 гг.) ---- ===== Публикации 2021-2023 года ===== \\ - New photoacids in microarray synthesis of oligonucleotides. Sinyakov A.N., Kostina E.V., Zaytsev D.E., Chukanov N.V., Kamaev G.N., Bessmeltsev V.P., Shelkovnikov V.V., Vasiliev E.V. J. of Saudi Chem. Soc. 2023. V. 27. N 4. P. 101709. DOI: 10.1016/j.jscs.2023.101709 - Electrospun Scaffolds Enriched with Nanoparticle-Associated DNA: General Properties, DNA Release and Cell Transfection. Chernonosova V.S., Khlebnikova M., Popova V., Starostina E., Kiseleva E., Chelobanov B.P., Kvon R., Dmitrienko E.V., Laktionov P.P. Polymers (Basel). 2023. V. 15. P. 3202. DOI: 10.3390/polym15153202 - Preparation of Magnetic Molecularly Imprinted Polymer for Methylene Blue Capture. Sedelnikova A., Poletaeva Y., Golyshev V.M., Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Magnetochemistry. 2023. V. 9. P. 196. DOI: 10.3390/magnetochemistry9080196 - Noncovalent Adsorption of Single-Stranded and Double-Stranded DNA on the Surface of Gold Nanoparticles. Gorbunova E.A., Epanchintseva A.V., Pyshnyi D.V., Pyshnaya I.A. Applied Sciences (Basel). 2023. V. 13. P. 7324. DOI: 10.3390/app13127324 - Высокоёмкие частицы карбоната кальция как основа для рН-чувствительных контейнеров для доксорубицина. Паллаева Т.Н., Михеев А.В., ХмелениН Д.Н., Еуров Д.А., Курдюков Д.А., Попова В.К., Дмитриенко Е.В., Трушина Д.Б. Кристаллография. 2023. Т. 68. № 2. С. 298-305. DOI: 10.31857/S0023476123020121 - Long non-coding RNA DINO promotes cisplatin sensitivity in lung adenocarcinoma via the p53-Bax axis. Liu Z., Wang O., Chubarov A.S., Li Y., Yang X., Dmitrienko E.V., Zheng Y. J Thorac Dis. 2023. V. 15. N 4. P. 2198-2212. DOI: 10.21037/jtd-23-465 - Nylon-6-Coated Doxorubicin-Loaded Magnetic Nanoparticles and Nanocapsules for Cancer Treatment. Bobrikova E.N., Poletaeva Y., Zheng Y, Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Magnetochemistry. 2023. V. 9. N 4. P. 106. DOI: 10.3390/magnetochemistry9040106 - pH-Responsible Doxorubicin-Loaded Fe3O4@CaCO3 Nanocomposites for Cancer Treatment Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Pharmaceutics. 2023. V. 15. N 3. P. 771. DOI: 10.3390/pharmaceutics15030771 - Doxorubicin-Loaded Silica Nanocomposites for Cancer Treatment. Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Pyshnyi D.V., Dmitriyenko E.V. Coatings. 2023. V. 13. N 2. C. 324. DOI: 10.3390/coatings13020324 - Solution pH Effect on Drain-Gate Characteristics of SOI FET Biosensor. Bulgakova A.E., Berdyugin A., Naumova O., Fomin B., Pyshnyi D.V., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V., Lomzov A.A. Electronics. 2023. V. 12. N 3. P. 777. DOI: 10.3390/electronics12030777 - Synthesis of Oligonucleotides Carrying Inter-nucleotide N‑(Benzoazole)-phosphoramide Moieties. Vasilyeva S.V., Baranovskaya E.E., Dyudeeva E., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. ACS Omega. 2023 V. 8. N 1. P. 1556−1566. DOI: 10.1021/acsomega.2c07083 - Allele-Specific PCR for PIK3CA Mutation Detection Using Phosphoryl Guanidine Modified Primers. Chubarov A.S., Oskorbin I.P., Novikova L.M., Filipenko M.L., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Diagnostics. 2023. V. 13. N 2. P. 250. DOI: 10.3390/diagnostics13020250 - Magnetic Nanocomposites and Imprinted Polymers for Biomedical Applications of Nucleic Acids. Popova V.K., Dmitriyenko E.V., Chubarov A.S. Magnetochemistry. 2023. V. 9. N 1. P. 12. DOI: 10.3390/magnetochemistry9010012 - The Lipophilic Purine Nucleoside—Tdp1 Inhibitor—Enhances DNA Damage Induced by Topotecan In Vitro and Potentiates the Antitumor Effect of Topotecan In Vivo. Chernyshova I.A., Zakharenko A.L., Kurochkin N.N., Dyrkheeva N.S., Kornienko T.E., Popova N.A., Nikolin V.P., Ilina E.S., Zharkov T.D., Kupryushkin M.S., Oslovsky V.E., Drenichev M.S., Lavrik O.I. Molecules. 2023. V. 28. N 1. P. 323. DOI: 10.3390/molecules28010323 - Фосфорилгуанидиновые олигонуклеотиды как праймеры для РНК-зависимого ДНК синтеза с помощью обратной транскриптазы вируса лейкемии мышей. Дюдеева Е.С., Пышная И.А. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2022. Т. 26. № 1. С. 5-13. DOI 10.18699/VJGB-22-02 - Antisense oligonucleotide gapmers containing phosphoryl guanidine groups reverse MDR1 mediated multiple drug resistance of tumor cells. Kupryushkin M.S., Filatov A.V., Mironova N.L., Patutina O.A., Chernikov I.V., Chernolovskaya E.L., Zenkova M.A., Pyshnyi D.V., Stetsenko D.A., Altman S., Vlassov V.V. Mol. Ther. Nucl. Acids. 2022. V. 27. P. 211-226. DOI: 10.1016/j.omtn.2021.11.025 - Pairing nanoarchitectonics of oligodeoxyribonucleotides with complex diversity: concatemers and self-limited complexes. Zamoskovceva A.A., Golyshev V.M., Kizilova V.A., Shevelev G.Yu, Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. RSC Advances. 2022. V. 12. P. 6416 - 6431. DOI: 10.1039/d2ra00155a - Application of W-band 19F electron nuclear double resonance (ENDOR) spectroscopy to distance measurement using a trityl spin probe and a fluorine label. Asanbaeva N., Sukhanov A., Diveikina A., Rogozhnikova O., Trukhin D., Tormyshev V.M., Chubarov A.S., Maryasov A., Genaev A., Shernyukov A., Salnikov G., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V., Bagryanskaya E.G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2022. V. 24. N 10. P. 5982-6001. DOI: 10.1039/D1CP05445G - Диагностика рекомбинантной формы вируса гепатита С RF1_2k/1b с использованием микрочипа, функционирующего по принципу “много проб/один спот”. Рябинин В.А., Акимов И.A., Синяков А.Н., Пичко Н.П., Иванов М.К. Биоорганическая химия. 2022. Т. 48. № 1. С. 1-6. DOI: 10.31857/S0132342322010092 - Hepatitis C Virus RF1_2k/1b Chimeras and a "Many Probes/One Spot" Approach to Their Identification. Ryabinin V.A., Akimov I.A., Sinyakov A.N., Pichko N.P., Ivanov M.K. Russ. J. Bioorganic Chem. 2022. V. 48. N 1. P. 173-177. DOI: 10.1134/S1068162022010095 - High Drug Capacity Doxorubicin-Loaded Iron Oxide Nanocomposites for Cancer Therapy. Bobrikova E.N., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Magnetochemistry. 2022. V. 8. N 5. P. 54. DOI: 10.3390/magnetochemistry8050054 - Recognition of a clickable abasic site analog by DNA polymerases and DNA repair enzymes. Endutkin A.V., Yudkina A.V., Zharkov T.D., Kim D.V., Zharkov D.O. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 21. P. 13353. DOI: 10.3390/ijms232113353 - Magnetic Nylon 6 Nanocomposites for the Microextraction of Nucleic Acids from Biological Samples. Bulgakova A.E., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Magnetochemistry. 2022. V. 8. N 8. P. 85. DOI: 10.3390/magnetochemistry8080085 - In vivo hypotensive effect of aminosilanol-based nanocomposites bearing antisense oligonucleotides. Levina A.S., Repkova M.N., Kupryushkin M.S., Seryapina A.A., Shevelev O., Pyshnyi D.V., Zarytova V.F., Markel A.L. J Drug Deliv Sci. and Technol. 2022. V. 75. P. 103612. DOI: 10.1016/j.jddst.2022.103612 - Синтетические антимикробные пептиды. IV. Влияние катионных групп лизина, аргинина и гистидина на антимикробную активность пептидов с “круговым” типом амфипатичности. Амирханов Н.В., Бардашева А.В., Тикунова Н.В., Пышный Д.В. Биоорганическая химия. Т. 48. № 5. С. 537–550. 2022. DOI: 10.31857/S0132342322050049 - Synthetic Antimicrobial Peptides: IV. Effect of Cationic Groups of Lysine, Arginine, and Histidine on Antimicrobial Activity of Peptides With a ‘Circular’ Type of Amphipathicity. Amirkhanov N.V., Bardasheva A., Tikunova N.V., Pyshnyi D.V. Биоорганическая химия. 2022. V. 48. N 5. P. 937–948. DOI 10.1134/S1068162022050041 **(перевод)** - Flow-Seq Evaluation of Translation Driven by a Set of Natural Escherichia coli 5′-UTR of Variable Length. Komarova E.S., Slesarchuk A.N., Rubtsova M.P., Osterman I.A., Tupikin A.E., Pyshnyi D.V., Dontsova O.A., Kabilov M.R., Sergiev P.V. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 20. P. 12293. DOI: 10.3390/ijms232012293 - Synthesis of the new nucleoside 5′ -alpha-iminophosphates using Staudinger reaction. Vasilyeva S.V., Kuznetsova A.A., Baranovskaya E.E., Kuznetsov N.A., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Bioorg. Chem. 2022. V. 127. P. 105987. DOI: 10.1016/j.bioorg.2022.105987 - Magnetite Nanoparticles for Biomedical Applications. Petrov K.D., Chubarov A.S. Encyclopedia. 2022. V. 2. N 4. P. 1811-1828. DOI: 10.3390/encyclopedia2040125 - Chemical Modifications Influence the Number of siRNA Molecules Adsorbed on Gold Nanoparticles and the Efficiency of Downregulation of a Target Protein. Epanchintseva A.V., Poletaeva Y., Dome A.S., Dovydenko I.S., Pyshnaya I.A., Ryabchikova E.I. Nanomaterials. 2022. V. 12. P. 4450. DOI: 10.3390/nano12244450 - Flow-seq-метод: особенности и применение в изучении бактериальной трансляции. Комарова Е.С., Донцова О.А., Пышный Д.В., Кабилов М.Р., Сергиев П.В. Acta Naturae. 2022. Т. 14. № 4 (55). С. 20-37. DOI: 10.32607/actanaturae.11820 - Delivery of mRNA Vaccine against SARS-CoV-2 Using a Polyglucin:Spermidine Conjugate. Karpenko L.I., Rudometov A.P., Sharabrin S.V., Shcherbakov D.N., Borgoyakova M.B., Bazhan S.I., Volosnikova E.A., Rudometova N.B., Orlova L.A., Pyshnaya I.A., Zaitsev B.N., Volkova N.V., Azaev M.Sh., Zaykovskaya A.V., Pyankov O.V., Ilyichev A.A. Vaccines (Basel). 2021. V. 9. N 2. P. 76. DOI: 10.3390/vaccines9020076 - Проблемы синтеза олигонуклеотидных производных при реализации анхимерного эффекта. Дюдеева Е.С., Павлова А.С., Купрюшкин М.С., Пышный Д.В., Пышная И.А. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С. 287–296. DOI: 10.31857/S0132342321020093 - Получение новых представителей класса фосфорилгуанидиновых олигонуклеотидов. Жуков С.А., Пышный Д.В., Купрюшкин М.С. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С. 184-194. DOI: 10.31857/S0132342321020299 - Синтетические антимикробные пептиды. III. Влияние катионных групп лизина, аргинина и гистидина на антимикробную активность пептидов с линейным типом амфипатичности. Амирханов Н.В., Бардашева А.В., Тикунова Н.В., Пышный Д.В. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 23. C. 315-326. DOI: 10.31857/S0132342321030027 - Pronounced therapeutic potential of oligonucleotides fixed on inorganic nanoparticles against highly pathogenic H5N1 influenza A virus in vivo. Levina A.S., Repkova M.N., Shikina N., Ismagilov Z., Pavlova A.S., Kupryushkin M.S., Filippova E., Mazurkova N.A., Pyshnyi D.V., Zarytova V.F. Eur. J. Pharm. Biopharm. 2021. V. 162. P. 92-98. DOI: 10.1016/j.ejpb.2021.03.006 - Effects of phosphoryl guanidine modification of phosphate residues on the structure and hybridization of oligodeoxyribonucleotides. Golyshev V.M., Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. J. Phys. Chem. B. 2021. V. 125. N 11. P. 2841-2855. DOI: 10.1021/acs.jpcb.0c10214 - Сравнительное исследование гибридизационных свойств фосфорилгуанидиновых олигонуклеотидов с ДНК И РНК. Ломзов А.А., Купрюшкин М.С., Дюдеева Е.С., Пышный Д.В. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С. 250-258. DOI: 10.31857/S0132342321020159 - Rational Design of Albumin Theranostic Conjugates for Gold Nanoparticles Anticancer Drugs: Where the Seed Meets the Soil? Popova T.V., Pyshnaya I.A., Zakharova O., Akulov A.E., Shevelev O.B., Poletaeva Y., Zavjalov E L, Silnikov V.N., Ryabchikova E.I., Godovikova T.S. Biomedicines. 2021. V. 9. N 1. P. 74. DOI: 10.3390/biomedicines9010074 - Reversible Dimerization of Human Serum Albumin. Chubarov A.S., Spitsyna A., Krumkacheva O.A., Mitin D.E., Suvorov D.A., Tormyshev V.M., Fedin M.V., Bowman M.K., Bagryanskaya E.G. Molecules. 2021. V. 26. N 1. P. 108. DOI: 10.3390/molecules26010108 - Валидация гетерофазного анализа РНК с помощью КНИ-биосенсора. Дмитриенко Е.В., Порываева А.В., Наумова О. В., Фомин Б. И., Купрюшкин М.С., Пышная И.А., Пышный Д.В. Автометрия. 2021. Т. 57. № 1. С. 50-56. DOI: 10.15372/AUT20210106 - Isolation of Extracellular Vesicles from Biological Fluids via the Aggregation-Precipitation Approach for Downstream miRNAs Detection. Konoshenko M.Y., Lekchnov E., Bryzgunova O.E., Kiseleva E., Pyshnaya I.A., Laktionov P.P. Diagnostics. 2021. V. 11. N 3. P. 384. DOI: 10.3390/diagnostics11030384 - Расчет энергии формирования дуплексов РНК/РНК и ДНК/РНК на основании метода молекулярной динамики. Голышев В.М., Пышный Д.В., Ломзов А.А. Молекулярная биология. 2021. Т. 55. № 6. С. 1030-1044. DOI: 10.31857/S0026898421060069 - Применение олигонуклеотидов, полученных с помощью микрочиповых синтезаторов ДНК, для синтеза генетических конструкций. Синяков А.Н., Рябинин В.А., Костина Е.В. 2021. Молекулярная биология. Т. 55. № 4. С. 562-577. DOI: 10.31857/S0026898421040108 - Effect of Fluorescent Labels on DNA Affinity for Gold Nanoparticles. Epanchintseva A.V., Gorbunova E.A., Ryabchikova E.I., Pyshnaya I.A., Pyshnyi D.V. Nanomaterials. 2021. V. 11. N 5. P. 1178. DOI: 10.3390/nano11051178 - Detection of SARS-CoV-2 RNA by a Multiplex Reverse-Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Coupled with Melting Curves Analysis. Oskorbin I.P., Shevelev G.Yu., Pronyaeva K.A., Stepanov A.A., Shamovskaya D.V., Mishukova O.V., Pyshnyi D.V., Filipenko M.L. Int. J. Mol. Sci.2021. V. 22. N 11. P. 5743. DOI: 10.3390/ijms22115743 - Триазиниламидофосфатные олигонуклеотиды: получение и исследование их взаимодействия с клетками и ДНК-связывающими белками. Купрюшкин М.С., Жарков Т.Д., Ильина Е.С., Марков О.В., Кочеткова А.С., Ахметова М.М., Ломзов А.А., Пышный Д.В., Лаврик О.И., Ходырева С.Н. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 3. С. 348-364. DOI: 10.31857/S0132342321030118 - The prospective antibacterial conjugates of modified oligonucleotides. Danilin N.A., Novopashina D.S., Matveev A.L., Bardasheva A., Tikunova N.V., Kupryushkin M.S., Pyshnyi D.V., Venyaminova A.G. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 307. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 **(тезисы конференции)** - Synthesis of novel representatives of phosphoryl guanidine oligonucleotides. Zhukov S., Pyshnyi D.V., Kupryushkin M.S. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 380-389. DOI: 10.1134/S1068162021020291 **(перевод)** - A comparative study of the hybridization of phosphoryl guanidine oligonucleotides with DNA and RNA. Lomzov A.A., Kupryushkin M.S., Dyudeeva E., Pyshnyi D.V. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 461-468. DOI: 10.1134/S1068162021020151 **(перевод)** - Problems of the synthesis of oligonucleotide derivatives in the realization of the anchimeric effect. Dyudeeva E., Pavlova A.S., Kupryushkin M.S., Pyshnyi D.V., Pyshnaya I.A. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 505-513. DOI: 10.1134/S1068162021020096 **(перевод)** - An Influence of Modification with Phosphoryl Guanidine Combined with a 2 0 -O-Methyl or 20 -Fluoro Group on the Small-Interfering-RNA Effect. Pavlova A.S., Yakovleva K.I., Epanchintseva A.V., Kupryushkin M.S., Pyshnaya I.A., Pyshnyi D.V., Ryabchikova E.I., Dovydenko I.S. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. P. 9784. DOI: 10.3390/ijms22189784 - The Effect of pH and Buffer on Oligonucleotide Affinity for Iron Oxide Nanoparticles. Bobrikova E.N., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Magnetochemistry. 2021. V. 7. N 9. P. 218. DOI: 10.3390/magnetochemistry7090128 - A Lipid-Coated Nanoconstruct Composed of Gold Nanoparticles Noncovalently Coated with Small Interfering RNA: Preparation, Purification and Characterization. Epanchintseva A.V., Poletaeva Y., Dovydenko I.S., Chelobanov B.P., Pyshnyi D.V., Ryabchikova E.I., Pyshnaya I.A. Nanomaterials. 2021. V. 11. P. 2775. DOI: 10.3390/nano11112775 - Designing pH-Dependent Systems Based on Nanoscale Calcium Carbonate for the Delivery of an Antitumor Drug. Popova V.K., Poletaeva Y., Pyshnaya I.A., Pyshnyi D.V., Dmitriyenko E.V. Nanomaterials. 2021. V. 11. P. 2794. DOI: 10.3390/nano11112794 - Structure and hybridization properties of phosphoryl guanidine oligonucleotides under crowding conditions. Kanarskaya M., Golyshev V.M., Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. Biochem. and Biophys. Res. Com. 2021. V. 577. P. 110-115. DOI: 10.1016/j.bbrc.2021.09.001 - Application of Array-Based Oligonucleotides for Synthesis of Genetic Designs. Sinyakov A.N., Ryabinin V.A., Kostina E.V. Молекулярная биология. 2021. V. 55. N 4. P. 487–500. DOI: 10.1134/S0026893321030109 **(перевод)** - Linkers for oligonucleotide microarray synthesis Sinyakov A.N., Ryabinin V.A., Kostina E.V., Zaytsev D.E., Chukanov N.V., Kamaev G.N. J. of Saudi Chem. Soc. 2021. V. 25. N 12. P. 101382. DOI: 10.1016/j.jscs.2021.101382 ---- ===== Патенты ===== \\ - **"Ноу-хау". Устройство для параллельного автоматического измерения КНИ-сенсоров**. Пышный Д.В., Пышная И.А., Ломзов А.А., Дмитриенко Е.В. 2017 г. - **"СПОСОБ КОНСЕРВАЦИИ ТВЕРДОТЕЛЬНОЙ ПОВЕРХНОСТИ И КОНСЕРВИРУЮЩЕЕ ТВЕРДОТЕЛЬНУЮ ПОВЕРХНОСТЬ ПОКРЫТИЕ"**. Наумова О. В., Фомин Б. И., Кайгородова Ю. В., Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В. 2016 г. № 2601745.\\ - **"БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ПАТОГЕНОВ I ГРУППЫ, ОТНОСЯЩИХСЯ К СЕМЕЙСТВАМ АРЕНА- И ФИЛОВИРУСОВ"**. Синяков А.Н., Рябинин В.А. 2015 г.№ 2562117. \\ - **"БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ГЕНОВ ГЕМАГГЛЮТИНИНА И НЕЙРАМИНИДАЗЫ ВИРУСА ГРИППА А"**. Костина Е.В., Синяков А.Н., Рябинин В.А. 2015 г.№ 2560591.\\ - **"НОВЫЕ ТИПЫ МОДИФИЦИРОВАННЫХ НУКЛЕОТИДОВ С ЗАМЕЩЕННОЙ ФОСФАТНОЙ ГРУППОЙ И МЕТОД ИХ ПОЛУЧЕНИЯ"**. "Ноу-хау" (Секрет производства).Стеценко Д.А., Пышный Д.В., Купрюшкин М.С. 2013 г.\\ - **"СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ АМИДОФОСФИТНОГО МОНОМЕРА АХИРАЛЬНОЙ НЕНУКЛЕОТИДНОЙ ВСТАВКИ ДЛЯ МОДИФИКАЦИИ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ"**. Пышный Д.В., Купрюшкин М.С. 2012 г.№ 2460721.\\ - **"СПОСОБ ВЫБОРА ДНК-ЗОНДОВ ДЛЯ МИКРОЧИПОВОЙ ДИАГНОСТИКИ, БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ГЕНА НЕЙРАМИНИДАЗЫ И ГЕМАГГЛЮТИНИНА ВИРУСА ГРИППА А"**. Костина Е.В., Синяков А.Н., Рябинин В.А., Максакова Г.А. 2012 г. № 2470076.\\ - **"СПОСОБ СЕЛЕКТИВНОГО ВЫДЕЛЕНИЯ ПОПУЛЯЦИИ ЖИЗНЕСПОСОБНЫХ КЛЕТОК ИЗ БИОЛОГИЧЕСКИХ ЖИДКОСТЕЙ"** Лактионов П.П., Вайнер О.Б., Запорожченко И.А., Пышная И.А., Пышный Д.В., Дмитриенко Е.В., Романов С.И., Власов В.В. 2011 г. № 2423698.\\ - **"СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ИМПРИНТИРОВАННОГО ПОЛИМЕРА**". Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В., Рогоза А.В., Пышный Д.В. 2010 г. № 2385889.\\ - "СПОСОБ ДИАГНОСТИКИ ВИРУСНОГО ГЕПАТИТА С И ОПРЕДЕЛЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ТИПА ВИРУСА" Шопаева Г.А., Бейсембаева Ш.А., Пышная И.А., Дмитриенко Е.В., Зарытова В.Ф., Пышный Д.В. 2010 г. № 22681.\\ - **"СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ДНК-ЧИПА"**.Пышная И.А., Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В. 2008 г. № 2340677.\\ - **"ОЛИГОНУКЛЕОТИДПЕПТИДНЫЙ КОНЪЮГАТ, ОБЛАДАЮЩИЙ СПОСОБНОСТЬЮ РАСЩЕПЛЯТЬ ФОСФОДИЭФИРНЫЕ СВЯЗИ РНК В ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ 5'GpN3'**" Миронова Н.Л., Пышный Д.В., Штадлер Д.В., Зенкова М.А., Власов В.В.2007 г. № 2305108.\\ - **"СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ АНАЛИЗИРУЕМОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК"**. Пышный Д.В., Иванова Е.М., Пышная И.А., Зарытова В.Ф. 2005 г. № 2259402.\\ - **"СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ОДНОНУКЛЕОТИДНЫХ ЗАМЕН В ИЗВЕСТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ"**. Пышный Д.В., Иванова Е.М., Пышная И.А., Дымшиц Г.М., Зарытова В.Ф. 2005 г. № 2247781.\\ ---- ===== Оборудование ===== \\ * ДНК-синтезатор ASM-800 (БИОССЕТ, Россия); * высокоэффективные жидкостные хроматографы Аgilent 1200 (Аgilent Technology, США) и Милихром А4 (ЭкоНова, Россия); * спектрофотометр Cary 300 Biomelt (Varian, Австралия), оснащенный терморегулируемой 6-ти кюветной приставкой; * БИК-Фурье спектрометр MPA (Bruker Optics, Германия); * микроскоп Leica DM 5000 (Leica Microsystems, Германия); * система капиллярного электрофореза P/ACE MDQ (Becman Coulter, США); * спектрофотометр Nanoview (GE, США); биоаналитическая система Bio-Plex 200 (BioRad, США); * система для характеризации наночастиц Malvern Zetasizer Nano (Malvern Instruments Ltd, Великобритания), атомно-силовой микроскоп Multimode 8 (Bruker); * автоматические синтезаторы ДНК; * ДНК-амплификаторы; * ВЭЖХ-хроматографы; * споттеры для изготовления ДНК-микрочипов; * сканеры микрочипов; * оборудование для тонкого химического синтеза. ---- ===== Услуги ===== \\ [[http://www.niboch.nsc.ru/doku.php/oligo_synth_lbmc|Синтез олигонуклеотидов]]