Лаборатория органического синтеза

Сильников Владимир Николаевич
доктор химических наук,
Лауреат премии Ленинского комсомола в области науки и техники, г.н.с.

телефон: (383) 363-51-82
Email

• Конструирование и разработка методов синтеза реагентов для молекулярно-биологических исследований, в том числе модифицированных нуклеозидов, трифосфатов и нуклеиновых кислот.
• Дизайн и синтез искусственных рибонуклеаз – низкомолекулярных катализаторов расщепления РНК.
• Создание противовирусных и антибактериальных препаратов на основе искусственных рибонуклеаз.

• Разработаны подходы к конструированию низкомолекулярных катализаторов расщепления фосфодиэфирных связей в РНК, основанные на получении конъюгатов органических молекул, моделирующих фрагменты каталитических центров природных нуклеолитических ферментов, со структурами, обладающими аффинным сродством к нуклеиновым кислотам.
  
• Разработаны новые методы синтеза конъюгатов олигонуклеотидов с широким спектром соединений, содержащих в своем составе алифатические аминогруппы. На основе данного подхода синтезирован ряд олигонуклеотидных конъюгатов, содержащих в своем составе РНК-гидролизующие каталитические центры, фотоактивные и флюоресцентные группы. [Митрофанов Д.В. и др., Генетика. 2008. 44, 1684; Koroleva L.S. et al., Protein & Peptide Letters. 2007. 14, 151].
  
• Осуществлен дизайн и синтез новых аналогов нуклеиновых кислот и терминирующих трифосфатов на основе морфолинонуклеозидов. [Abramova T.V. et al., Indian J. Chem. 2009. 48B, 1721; Абрамова Т.В. и др., Патент РФ № 2326888, 2006 г.; Abramova T.V. et al., Bioorg. Med. Chem. 2008. 16, 9127].
  
• Разработан ряд противовирусных и антибактериальных препаратов широкого спектра действия для нужд ветеринарии и медицины, находящихся на различных стадиях испытаний. [Сильников В.Н. и др., Патент РФ № 2443705, 2012 г.; Королева Л.С и др., Патент РФ №2402563, 2010 г.; Буракова Е.А. и др., Патент РФ № 2399669, 2010 г.; Королева Л.С. и др., Патент РФ № 2399388, 2010 г.].
  
• Предложен ряд искусственных рибонуклеаз, для которых продемонстрировано наличие высокой противовирусной и антибактериальной активности. [Гончарова Е.П. и др., Докл. АН. 2009. 427(6), 840-843].
• Разработана нанокомпазитная система на основе SiO2 наночастиц для внутриклеточной доставки аналогов нуклеозидтрифосфатов. Разработан новый тип линкерных групп для модификации пиримидиновых нуклеозидов. [Vasilyeva S.V. et. al., Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids. 2011. 30(10), 753-767; Vasilyeva S.V. et. al., Bioorg. Med. Chem. 2013. 21(3), 703-711].

Базовые проекты

• ПФНИ ГАН (2013-2020) VI.57.1.2 «Механизмы функционирования систем репарации, транскрипции и трансляции. Патологические процессы, связанные с этими системами». 0309-2016-0001 (2017-2020 гг.)
• ПФНИ ГАН (2013-2020) VI.62.1.4 «Интеллектуальные материалы для биомедицины». 0309-2016-0004. (2017-2020 гг.)
• Блок: Модификация полимерного каркаса функционально активными пептидами и оценки качества проведенной модификации. Проект КП ФНИ СО РАН II.1 (ГЗ № 0309-2018-0009): «Биодеградируемый сосудистый графт малого диаметра, модифицированный функционально активными пептидами» (2018-2020 гг.)

Гранты Российского фонда фундаментальных исследований

• № 18-04-00352-а «Дизайн, синтез и изучение ингибирующего действия 5’,5’-динуклеозидпирофосфатов и их модифицированных производных в реакциях, катализируемых ферментами семейства поли(АДФ-рибоза)-полимераз (ПАРП) (2018-2020 гг.)
• № 19-44-540005 р_а «Антибактериальные препараты, активные в отношении антибиотикоустойчивых штаммов микроорганизмов». (2019-2021 гг.)

Гранты Российского научного фонда

• № 19-74-20123 «Мультифункциональные бор-содержащие наноконструкции на основе конъюгатов терапевтических нуклеотидов с человеческим сывороточным альбумином для визуализации и терапии злокачественных опухолей». (2019-2022 гг.)
• № 19-74-20127 инфр «Новые таргетные агенты для БНЗТ глиобластом на основе борсодержащих конъюгатов опухолеспецифичных НК-аптамеров» (2019-2022 гг.)

1. Chemotherapeutic Boron-Containing Homocysteinamides of Human Serum Albumin. Wang M., Tsyrempilov S.A., Moskalev I.A., Zakharova O., Kasatova A.I., Silnikov V.N., Godovikova T.S., Popova T.V. Russ. J. Bioorganic Chem. 2025. V. 51. N 1. P. 354–371. DOI: 10.1134/s1068162025010297
2. Preparation of Boron-Containing S-Nitrosothiol Based on Homocysteinylamides of Human Serum Albumin for Combined NO-Chemical and Boron-Neutron-Capture Therapy. Raskolupova V.I., Wang M., Dymova M.A., Petrov G.O., Shchudlo I., Taskaev S.Y., Abramova T.V., Godovikova T.S., Silnikov V.N., Popova T.V. Russ. J. Bioorganic Chem. 2025. V. 51. N 1. P. 1–14. DOI: 10.3390/molecules28062672
3. Development of Theranostics Albumin Auristatin Conjugates for Combining Chemotherapy with Boron Neutron Capture Therapy. Wang M., Moskalev I.A., Zakharova O., Kasatova A.I., Silnikov V.N., Popova T.V., Godovikova T.S. Journal of Biology and Today's World. 2024. V. 13. N 1. P. 1-7. DOI: 10.35248/2322-3308-13.1.001
4. Синтетические антимикробные пептиды. V. Гистидин-содержащие антигрибковые пептиды c “линейным” типом амфипатичности. Амирханов Н.В., Бардашева А.В., Сильников В.Н., Тикунова Н.В. Биоорганическая химия. 2024. Т. 50. № 4. С. 538–555. DOI: 10.31857/S0132342324040135
5. Изучение биологической активности препаратов серебра на организменной модели инфекции болезни Ньюкасла. Сумарокова А.Д., Афонюшкин В.Н., Миронова Т.Е., Черепушкина В.С., Афонюшкин А.В., Стацевич Л.Н., Сильников В.Н. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки. 2024. Т. 54. № 7. C. 96-105. DOI: 10.26898/0370-8799-2024-7-10
6. Synthetic Antimicrobial Peptides. V. Histidine-containing Antifungal Peptides with a “Linear” Type of Amphipathicity. Amirkhanov N.V., Bardasheva A., Silnikov V.N., Tikunova N.V. Russ. J. Bioorganic Chem. 2024. V. 50. N 4. P.1325-1340. DOI: 10.1134/s1068162024040150 перевод
7. A New Approach for Studying Poly(ADP-Ribose) Polymerase Inhibitors Using Permeabilized Adherent Cells. Shram S.I., Shcherbakova T.A., Abramova T.V., Smirnovskaya M.S., Balandina A.I., Kulikov A.V., Švedas V.K., Silnikov V.N., Myasoedov N.F., Nilov D.K. Biochemistry (Moscow). 2024. V. 89. N 9. P. 1619-1630. DOI: 10.1134/10.1134/S0006297924090086 перевод
8. Aminomethylmorpholino Nucleosides as Novel Inhibitors of PARP1 and PARP2: Experimental and Molecular Modeling Analyses of their Selectivity and Mechanism of Action. Chernyshova I.A., Vasil'eva I.A., Moor N.A., Ivanisenko N., Kutuzov M.M., Abramova T.V., Zakharenko A.L., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 23. P. 12526. DOI: 10.3390/ijms252312526
9. Синтетические повреждения с флуоресцеинкарбамоильной группировкой как аналоги объемных повреждений, удаляемых системой эксцизионной репарации нуклеотидов. Сравнительное исследование свойств. Попов А.А., Голышев В.М., Королева Л.С., Назаров К.Д., Анарбаев Р.О., Петрусева И.О. Acta Naturae. 2024. Т. 16. № 3(62). С. 74-82. DOI: 10.32607/actanaturae.27419
10. Synthetic Lesions with a Fluorescein Carbamoyl Group As Analogs of Bulky Lesions Removable by Nucleotide Excision Repair: A Comparative Stady on Properties. Popov A.A., Golyshev V.M., Koroleva L.S., Nazarov K.D., Anarbayev R.O., Petruseva I.O. Acta Naturae. 2024. V.16. N3 (62). P. 74-82. DOI: 10.32607/actanaturae.27419 перевод
11. Изучение in vitro влияния гомоцистеинового линкера поведение конъюгатов человеческого сывороточного альбумина и монометилауристатина F. Ванг М., Рогалева В.И., Попова Т.В., Захарова О.Д., Годовикова Т.С., Сильников В.Н. Химия в интересах устойчивого развития. 2024. Т. 32. С. 773–782. DOI: 10.15372/KhUR2024610
12. Short-Term Changes in Fecal Bacteriobiome of Healthy Laboratory Mice After Antiviral Preparation Administration. Baturina O.A., Naumova N.B., Tupikin A.E., Dmitrienko E.V., Silnikov V.N., Kabilov M.R. Drugs Drug Candidates. 2024. V. 3. N 4. P. 879-889. DOI: 10.3390/ddc3040049
13. Новый подход для исследования ингибиторов поли(ADP-рибоза)-полимеразы, основанный на использовании пермеабилизованных адгезированных клеток. Шрам С.И., Щербакова Т.А., Абрамова Т.В., Смирновская М.С., Баландина А.И., Куликов А.В., Швядас В.К., Сильников В.Н., Мясоедов Н.Ф., Нилов Д.К. Биохимия. 2024. Т. 89. № 9. С. 1562 – 1575.
14. In vitro effect of the homocysteine linker on properties of conjugates between human serum albumin and monomethyl auristatin F. Wang M., М Rogaleva V.I., Popova T.V., Zakharova O., Godovikova T.S., Silnikov V.N. Химия в интересах устойчивого развития. 2024. V. 32. N 6. P. 750-759. DOI: 10.15372/csd2024610 перевод
15. Anti-cancer activity of ultra-short single-stranded polydeoxyribonucleotides. Vedenkin A.S., Stovbun S.V., Bukhvostov A.A., Zlenko D.V., Stovbun I.S., Silnikov V.N., Fursov V.V., Kuznetsov D.A. Invest New Drugs. 2023. V. 41. P. 153–161. DOI: 10.1007/s10637-023-01333-y
16. Design of the New Closo-Dodecarborate-Containing Gemcitabine Analogue for the Albumin-Based Theranostics Composition. Rogaleva V.I., Ван �., Dymova M.A., Petrov G.O., Shchudlo I., Taskaev S.Y., Abramova T.V., Godovikova T.S., Silnikov V.N., Popova T.V. Molecules. 2023. V. 28. P. 2672. DOI: 10.3390/molecules28062672
17. Comparison of the Patency and Regenerative Potential of Biodegradable Vascular Prostheses of Different Polymer Compositions in an Ovine Model. Antonova L.V., Sevostianova V.V., Silnikov V.N., Krivkina E.O., Velikanova E.A., Mironov A.V., Shabaev A.R., Senokosova E.A., Khanova M.Yu., Glushkova T.V., Akentieva T.N., Sinitskaya A.V., Markova V.E., Shishkova D.K., Lobov A.A., Repkin E.A., Stepanov A.D., Kutikhin A.G., Barbarash L.S. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. P. 8540. DOI: 10.3390/ijms24108540
18. Природные производные гуанина оказывают PARP-ингибиторное и цитопротекторное действие на модели повреждения кардиомиоцитов при окислительном стрессе. Шрам С.И., Щербакова Т.А., Абрамова Т.В., Барадиева Э.Ц., Ефремова М.С., Смирновская В.Н., Сильников В.Н., Швядас В.К., Нилов Д.К. Биохимия. 2023. Т. 88. № 6. С. 964-974. DOI: 10.31857/S0320972523060064
19. Natural Guanine Derivatives Exert PARP-Inhibitory and Cytoprotective Effects in a Model of Cardiomyocyte Damage under Oxidative Stress. Shram S.I., Shcherbakova T.A., Abramova T.V., Baradieva E.C., Efremova A.S., Smirnovskaya M.S., Silnikov V.N., Švedas V.K., Nilov D.K. Biochemistry (Moscow). 2023. V. 88. N 6. P. 962-972. DOI: 10.1134/S0006297923060068 перевод
20. Changes in the Ultrastructure of Staphylococcus aureus Cells Make It Possible to Identify and Analyze the Injuring Effects of Ciprofloxacin, Polycationic Amphiphile and Their Hybrid. Grigoryeva A.E., Bardasheva A., Ryabova E.S., Tupitsyna A.V., Zadvornykh D.A., Koroleva L.S., Silnikov V.N., Tikunova N.V., Ryabchikova E.I. Microorganisms. 2023. V. 11. P. 2192. DOI: 10.3390/microorganisms11092192

1. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ПРОТИВООПУХОЛЕВОГО КОНЬЮГАТА НА ОСНОВЕ ЧЕЛОВЕЧЕСКОГО СЫВОРОТОЧНОГО АЛЬБУМИНА, СОДЕРЖАЩЕГО ТЕРАПЕВТИЧЕСКИЕ И КОНТРАСТИРУЮЩИЙ АГЕНТЫ. Годовикова Т.С., Попова Т.В., Чубаров А.С., Лисицкий В.А., Сильников В.Н. 2016 г. № 2644280
2. КОНТРАСТИРУЮЩИЙ АГЕНТ ДЛЯ ВВЕДЕНИЯ ФТОР-19 МЕТКИ В БЕЛКИ, СОДЕРЖАЩИЕ ОСТАТКИ ЛИЗИНА. Годовикова Т.С., Сильников В.Н., Платонов В.Е., Чубаров А.С. 2016 г. № 2599500.
   
3. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ КОНТРАСТИРУЮЩЕГО ПРЕПАРАТА НА ОСНОВЕ ЧЕЛОВЕЧЕСКОГО СЫВОРОТОЧНОГО АЛЬБУМИНА ДЛЯ ВИЗУАЛИЗАЦИИ ОПУХОЛЕВЫХ ТКАНЕЙ. Годовикова Т.С., Чубаров А.С., Сильников В.Н. 2016 г. № 2629844
4. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ НАНОРАЗМЕРНОЙ СИСТЕМЫ ДОСТАВКИ ТРИФОСФАТА АЗИДОТИМИДИНА В КЛЕТКИ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Васильева С.В., Левина А.С., Репкова М.Н., Шацкая Н.В., Сильников В.Н., Мазуркова Н., Зарытова В.Ф. 2015 г. № 2563171.
   
5. СРЕДСТВО, ОБЛАДАЮЩЕЕ АНТИБАКТЕРИАЛЬНОЙ АКТИВНОСТЬЮ. Сильников В.Н., Буракова Е.А., Королева Л.С., Яринич Л.А. 2014 г. № 2532328.
   
6. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ НАНОРАЗМЕРНОЙ СИСТЕМЫ ДОСТАВКИ НУКЛЕОЗИДТРИФОСФАТОВ В КЛЕТКИ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Зарытова В.Ф., Левина А.С., Васильева С.В., Сильников В.Н., Шацкая Н.В., Репкова М.Н. 2014 г. № 2527681.
   
7. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНАКТИВАЦИИ ДНК-ВИРУСОВ. Федорова А.А., Гончарова Е.П., Королева Л.С., Сильников В.Н., Власов В.В., Зенкова М.А. 2013 г. № 2480478.
   
8. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ФТОРУГЛЕРОДНОГО ГЕМОСОРБЕНТА И ФТОРУГЛЕРОДНЫЙ ГЕМОСОРБЕНТ (ВНИИТУ-1Ф). Кнорре Д.Г., Годовикова Т.С., Лихолобов В.А., Даниленко А., Пьянова Л.Г., Седанова А.В., Долгих Т.И. 2013 г. № 2477652.
   
9. СРЕДСТВО, ПРОЯВЛЯЮЩЕЕ ПРОТИВИРУСНУЮ АКТИВНОСТЬ В ОТНОШЕНИИ ДНК- ВИРУСОВ. Федорова А.А., Гончарова Е.П., Буракова Е.А., Сильников В.Н., Власов В.В., Зенкова М.А. 2013 г. № 2487876.
   
10. СПОСОБ ОЦЕНКИ АКТИВНОСТИ СИСТЕМЫ ЭКСЦИЗИОННОЙ РЕПАРАЦИИ НУКЛЕОТИДОВ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Евдокимов А.Н., Петрусева И.О., Цидулко А.Е., Королева Л.С., Серпокрылова И.Ю., Сильников В.Н., Лаврик О.И. 2013 г.№ 2492242.
    
11. СПОСОБ МОДИФИЦИРОВАНИЯ УГЛЕРОДНОГО ГЕМОСОРБЕНТА И УГЛЕРОДНЫЙ ГЕМОСОРБЕНТ С ИММОБИЛИЗОВАННЫМ БЕЛКОМ. Лихолобов В.А., Пьянова Л.Г., Седанова А.В., Кнорре Д.Г., Годовикова Т.С.2012 г. № 2452499.
    
12. СРЕДСТВО, ОБЛАДАЮЩЕЕ АНТИБАКТЕРИАЛЬНОЙ АКТИВНОСТЬЮ. Сильников В.Н., Буракова Е.А., Глотова Т.И., Глотов А.Г., Репин В.Е. 2012 г. № 2443705.
    
13. ПРОИЗВОДНЫЕ N-ЗАМЕЩЕННОГО 1,4-ДИАЗАБИЦИКЛО-[2.2.2]-ОКТАНА, ПРОЯВЛЯЮЩИЕ ПРОТИВОВИРУСНУЮ АКТИВНОСТЬ В ОТНОШЕНИИ РНК-ВИРУСОВ. Буракова Е.А., Власов В.В., Гончарова Е.П., Зенкова М.А., Ковалев Н.А., Ковпак М.П., Сильников В.Н., Тамкович Н.В. 2010 г.№ 2399669.
    
14. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА 8-ОКСОГУАНИН-ДНК-ГЛИКОЗИЛАЗЫ ЧЕЛОВЕКА. Кузнецов Н.А., Коваль В.В., Воробьев Ю.Н., Жарков Д.О., Сильников В.Н., Федорова О.С. 2010 г. № 2380417.
    
15. СРЕДСТВО, ОБЛАДАЮЩЕЕ ПРОТИВОВИРУСНОЙ АКТИВНОСТЬЮ. Королева Л.С., Власов В.В., Гончарова Е.П., Зенкова М.А., Ковалев Н.А., Ковпак М.П., Сильников В.Н., Тамкович Н.В. 2010 г. № 2402563.
    
16. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНАКТИВАЦИИ ВИРУСОВ, ОБЛАДАЮЩЕЕ ОДНОВРЕМЕННОЙ РИБОНУКЛЕАЗНОЙ, МЕМБРАНОЛИТИЧЕСКОЙ И ПРОТИВОВИРУСНОЙ АКТИВНОСТЯМИ. Королева Л.С., Власов В.В., Гончарова Е.П., Зенкова М.А., Ковалев Н.А., Ковпак М.П., Сильников В.Н., Тамкович Н.В. 2010 г. № 2399388.
    
17. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ СОЛЕЙ 5'-ТРИФОСФАТОВ ДЕЗОКСИРИБО- И РИБООЛИГОНУКЛЕОТИДОВ. Абрамова Т.В., Васильева С.В., Серпокрылова И.Ю., Власов В.В., Сильников В.Н. 2008 г. № 2326888.
    

• оборудование для проведения работ по синтезу и доказательству строения сложных органических молекул и модифицированных биополимеров.
  

Помимо стандартного оборудования, необходимого для проведения органического синтеза, в распоряжении лаборатории имеются:

• твердофазный пептидный синтезатор оригинальной конструкции, позволяющий проводить твердофазный органический синтез;
• олигонуклеотидный синтезатор;
• аналитические хроматографы Милихром различных модификаций.