ru:structure:labs:ven
Содержание

Лаборатория химии РНК

Заведующий лабораторией



Воробьева Мария Александровна

с.н.с., к.х.н.

телефон: (383) 363-51-29,


Сотрудники

ФИО Должность Звание Телефон Researcher ID
Воробьев Павел Евгеньевич н.с. к.х.н. 363-51-29 A-9989-2019
Воробьева Мария Александровна зав.лаб., с.н.с. к.х.н. 363-51-29 G-4632-2013
Горленко Елена Сергеевна лаборант 363-51-29
Давыдова Анна Сергеевна н.с. к.х.н. 363-51-29 G-3084-2013
Данилин Николай Александрович инженер 363-51-29 AGG-5841-2021
Зыков Вячеслав Андреевич ст.лаборант 363-51-29
Кожев Арсений Александрович лаборант 363-51-29
Кропачева Надежда Олеговналаборант 363-51-29
Мещанинова Мария Ивановна с.н.с. к.х.н. 363-51-29 G-3496-2013
Новопашина Дарья Сергеевна c.н.с. к.х.н., доцент 363-51-29 G-1731-2013
Шатунова Елизавета Андреевнам.н.с. 363-51-29 ABD-9728-2021


Основные направления исследований


Малые интерферирующие РНК (siРНК) и их модифицированные аналоги с улучшенными физико-химическими, биологическими и фармакологическими характеристиками;
Устойчивые в биологических средах модифицированные РНК-аптамеры как перспективные терапевтические и диагностические средства;
Антисенс- и антиген- реагенты и зонды на основе 2'-О-модифицированных олигорибонуклеотидов;
Технологии автоматического mid-scale синтеза олигорибонуклеотидов, их аналогов и конъюгатов.


Важнейшие научные результаты


Оптимизированы условия и разработаны протоколы синтеза олигорибонуклеотидов и их аналогов на автоматическом синтезаторе ASM 800 и планшетных синтезаторах ASM 1000 и ASM 2000 (БИОССЕТ, Россия), что позволяет обеспечивать научно-исследовательские работы ЛХРНК и других лабораторий Института.


Текущие гранты


Базовый проект

Гранты Российского научного фонда

Гранты Российского фонда фундаментальных исследований

Публикации 2021-2023 года


  1. Inner Amino Acid Contacts Are Key Factors of Multistage Structural Rearrangements of DNA and Affect Substrate Specificity of Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease APE1. Bulygin A.A., Syryamina V.N., Kuznetsova A.A., Novopashina D.S., Dzuba S.A., Kuznetsov N.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24 N 14. P. 11474. DOI: 10.3390/ijms241411474
  2. The Interleukine-17 Cytokine Family: Role in Development and Progression of Spondyloarthritis, Current and Potential Therapeutic Inhibitors. Davydova A.S., Kurochkina Yu.D., Goncharova V., Vorobyeva M.A., Korolev M. Biomedicines. 2023. V. 11. N 5. P. 1328. DOI: 10.3390/biomedicines11051328
  3. The Activity of Natural Polymorphic Variants of Human DNA Polymerase β Having an Amino Acid Substitution in the Transferase Domain. Kladova O.A., Tyugashev T.E., Mikuchina E.S., Kuznetsov N.A., Novopashina D.S., Kuznetsova A.A.Cells. 2023. V. 12. N 9. P. 1300. DOI: 10.3390/cells12091300
  4. Human Polβ Natural Polymorphic Variants G118V and R149I Affects Substate Binding and Catalysis. Kladova O.A., Tyugashev T.E., Mikuchina E.S., Soloviev N.O., Kuznetsov N.A., Novopashina D.S., Kuznetsova A.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 6. P. 5892.DOI: 10.3390/ijms24065892
  5. Impact of Double-Stranded RNA Internalization on Hematopoietic Progenitors and Krebs-2 Cells and Mechanism. Ritter G.S., Proskurina A.S., Meschaninova M.I., Potter E.A., Petrova D.D., Ruzanova V.S., Kirikovich S.S., Levites E.V., Efremov Y.R., Nikolin V.P., Popova N.A., Venyaminova A.G., Taranov O.S., Ostanin A.A., Chernykh E.R., Kolchanov N.A., Bogachev S.S. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 5. P. 4858. DOI: 10.3390/ijms24054858
  6. Convenient Solid-Phase Attachment of Small-Molecule Ligands to Oligonucleotides via a Biodegradable Acid-Labile P-N-Bond. Kropacheva N.O., Golyshkin A.A., Vorobyeva M.A., Meschaninova M.I. Molecules. 2023. V. 28. N 4. P. 1904. DOI: 10.3390/molecules28041904
  7. Aptamers for Addressed Boron Delivery in BNCT: Effect of Boron Cluster Attachment Site on Functional Activity. Novopashina D.S., Dymova M.A., Davydova A.S., Meschaninova M.I., Malysheva D.O., Kuligina E.V., Richter V.A., Kolesnikov V.A., Taskaev S.Y., Vorobyeva M.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. 306. DOI: 10.3390/ijms24010306
  8. Effects of Cationic Dendrimers and Their Complexes with microRNAs on Immunocompetent Cells. Knauer N.Yu., Pashkina E., Aktanova А., Boeva O., Arkhipova V., Barkovskaya M., Meschaninova M.I., Karpus A., Majoral J.-P., Kozlov V., Apartsin E.K. Pharmaceutics. 2023. V. 15. N 1. P. 148. DOI: 10.3390/pharmaceutics15010148
  9. Triazine-Carbosilane Dendrimersomes Enhance Cellular Uptake and Phototoxic Activity of Rose Bengal in Basal Cell Skin Carcinoma Cells. Sztandera K., Gorzkiewicz M., Bątal M., Arkhipova V., Knauer N., Sánchez-Nieves J., Javier de la Mata F., Gomez R., Apartsin E.K., Klajnert-Maculewicz B. International journal of nanomedicine. 2022. V. 17. 1139-1154. DOI: 10.2147/IJN.S352349
  10. Dendriplex-Impregnated Hydrogels With Programmed Release Rate. Apartsin E.K., Venyaminova A.G., Majoral J-P., Caminade A-M. Front. Chem. 2022. V. 9. 780608. DOI: 10.3389/fchem.2021.780608
  11. In vitro validation of the therapeutic potential of dendrimer-based nanoformulations against tumor stem cells. Knauer N.Yu, Pashkina E.A., Kozlov V.A., Hewera M., Arkhipova V., Meschaninova M.I., Apartsin E.K., Nguyen P.-H., Zhang W., Caminade A.-M., Majoral J.-P., Croner R.S., Kahlert U.D. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 10. P. 5691. DOI: 10.3390/ijms23105691
  12. Amphiphilic Triazine‐Phosphorus Metallodendrons Possessing Anti‐Cancer Stem Cell Activity. Apartsin E.K., Knauer N.Yu., Kahlert U.D., Caminade A.-M. Pharmaceutics. 2022. V. 14. N 2. P. 393. DOI: 10.3390/pharmaceutics14020393
  13. Structural and Functional Differences between Homologous Bacterial Ribonucleases. Ulyanova V., Nadyrova A., Dudkina E., Kuznetsova A.A., Ahmetgalieva A., Faizullin D., Surchenko Y., Novopashina D.S., Zuev Y., Kuznetsov N.A., Ilinskaya O. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 3. P. 1867. DOI: 10.3390/ijms23031867
  14. Comparative Analysis of Exo- and Endonuclease Activities of APE1-like Enzymes. Davletgildeeva A.T., Kuznetsova A.A., Novopashina D.S., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 5. 2869. DOI: 10.3390/ijms23052869
  15. CD133-Functionalized Gold Nanoparticles as a Carrier Platform for Telaglenastat (CB-839) against Tumor Stem Cells. Poonaki E., Nickel A.-C., Ardestani M.S., Rademacher L., Kaul M., Apartsin E.K., Meuth S.G., Gorji A., Janiak C., Kahlert U.D. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 10. P. 5479. DOI: 10.3390/ijms23105479
  16. Новый подход к синтезу фотоблокированных малых интерферирующих РНК для активируемой светом РНК-интерференции. Ахметова Е.А., Ким Д.В., Доме А.С., Мещанинова М.И., Новопашина Д.С. Биоорганическая химия. 2022. Т. 48. № 5. С.580-588. DOI: 10.31857/S0132342322050037
  17. Aptamer-Based Biosensors for the Colorimetric Detection of Blood Biomarkers: Paving the Way to Clinical Laboratory Testing. Davydova A.S., Vorobyeva M.A. Biomedicines. 2022. V. 10. N 7. P. 1606. DOI: 10.3390/biomedicines10071606
  18. Clinical Diagnostic Value of Dkk-1 Level in Ankylosing Spondylitis: Comparison of Test Systems Based on Aptamers and Antibodies. Vorobyeva M.A., Shatunova E.A., Kolpakov K., Kurochkina Yu.D., Korolev M.A. Bulletin of Experimental Biology and Medicine. 2022. V. 173. I. 3. P. 317-321. DOI: 10.1007/s10517-022-05541-z (перевод)
  19. Клинико-диагностическое значение уровня DKK-1 при анкилозирующем спондилите: сравнение тест-систем на основе аптамеров и антител. Воробьева М.А., Шатунова Е.А., Колпаков К.И., Курочкина Ю.Д., Королев М.А. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2022. Т. 173. № 3. С. 307-312. DOI: 10.47056/0365-9615-2022-173-3-307-312
  20. The mechanism of damage recognition by apurinic/apyrimidinic endonuclease Nfo from Escherichia coli. Senchurova S.I., Syryamina V.N., Kuznetsova A.A., Novopashina D.S., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Dzuba S.A., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Biochim. Biophys. Acta - General Subjects. 2022. V. 1866. N 11. P. 130216. DOI: 10.1016/j.bbagen.2022.130216
  21. Improving Stability and Specificity of CRISPR/Cas9 System by Selective Modification of Guide RNAs with 2′-fluoro and Locked Nucleic Acid Nucleotides. Sakovina L., Vokhtantsev I.P., Vorobyeva M.A., Vorobyev P.E., Novopashina D.S. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 21. P. 13460. DOI: 10.3390/ijms232113460
  22. Oligonucleotide aptamers as novel cell-specific delivery agents for boron neutron capture therapy. Vorobyeva M.A., Dymova M.A., Novopashina D.S., Kuligina E.V., Kolesnikov I.A., Taskaev S.Y., Richter V.A., Meschaninova M.I. Сибирское медицинское обозрение. 2022. V. 2022. N 5. P. 108. DOI: 10.20333/25000136-2022-5-108 (тезисы конференции)
  23. PB2207: In vitro validation of dendrimer-based approach for micro-RNA delivery into Leukemia cells HemaSphere. Knauer N.Yu., Pashkina E.A., Boeva O., Aktanova А., Arkhipova V., Meschaninova M.I., Gomez R., Sánchez-Nieves J., Nickel A.-C., Kahlert U., Majoral J.-P., Kozlov V., Apartsin E.K. HemaSphere. 2022. V. 6. S.3. P. 2077-2078. DOI: 10.1097/01.HS9.0000851656.23415.d9
  24. Photocaged Small Interfering RNA. Akhmetova E.A., Kim D.V., Dome A.S., Meschaninova M.I., Novopashina D.S. Биоорганическая химия. 2022. V. 48. N 5. P. 1036-1042. DOI: 10.1134/S106816202205003X (перевод)
  25. Knockdown of the mRNA encoding the ribosomal protein eL38 in mammalian cells causes a substantial reorganization of genomic transcription. Gopanenko A.V., Kolobova A.V., Meschaninova M.I., Venyaminova A.G., Tupikin A.E., Kabilov M.R., Malygin A.A., Karpova G.G. Biochimie. 2021. V. 184. 132-142. DOI: 10.1016/j.biochi.2021.02.017
  26. Lipophilic conjugates for carrier-free delivery of RNA importable into human mitochondria. Dovydenko I.S., Meschaninova M.I., Heckel A.-M., Venyaminova A.G., Entelis N. Methods in Molecular Biology. 2021. V. 2277. Chapter 4. P. 1-27. DOI: 10.1007/978-1-0716-1270-5_4
  27. Фотоактивируемая система CRISPR/CAS9. Ахметова Е.А., Голышев В.М., Вохтанцев И.П., Мещанинова М.И., Веньяминова А.Г., Новопашина Д.С. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С. 276-286. DOI: 10.31857/S0132342321020020
  28. Направляющие РНКазу Р конъюгаты олигонуклеотидов с олиго(N-метилпирролом) как перспективные антибактериальные препараты. Данилин Н.А., Матвеев А.Л., Бардашева А.В., Тикунова Н.В., Новопашина Д.С., Веньяминова А.Г. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С. 259-269. DOI: 10.31857/S0132342321020081
  29. Новые двухкомпонентные пиренильные зонды на основе олиго(2'-О-метилрибонуклеотидов) для детекции микроРНК. Семиколенова О.А., Голышев В.М., Ким Б-Х., Веньяминова А.Г., Новопашина Д.С. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С.218-227. DOI: 10.31857/S0132342321020238
  30. A versatile solid-phase approach to the synthesis of oligonucleotide conjugates with biodegradable hydrazone linker. Meschaninova M.I., Entelis N.S., Chernolovskaya E.L., Venyaminova A.G. Molecules. 2021. V. 26. N 8. P. 2119. DOI: 10.3390/molecules26082119
  31. Terminal mono- and bis-conjugates of oligonucleotides with closo-dodecaborate: synthesis and physico-chemical properties. Novopashina D.S., Vorobyeva M.A., Lomzov A.A., Silnikov V.N., Venyaminova A.G. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. N 1. P. 182. DOI: 10.3390/ijms22010182
  32. Мутационный и кинетический анализ эндорибонуклеазной активности APE1. Кузнецова А.А., Гаврилова А.А., Новопашина Д.С., Федорова О.С., Кузнецов Н.А. Молекулярная биология. 2021. Т. 55. № 2. С. 243-257. DOI: 10.31857/S0026898421020099
  33. Interaction of Lipophilic Conjugates of Modified siRNAs with Hematopoietic Cells in vitro and in vivo. Chernikov I.V., Meschaninova M.I., Gladkikh D.V., Venyaminova A.G., Zenkova M.A., Vlassov V.V., Chernolovskaya E.L. Russ. J. Bioorganic Chem. 2021. V. 47. N 2. P. 399-410. DOI: 10.1134/S1068162021020072
  34. Взаимодействие липофильных конъюгатов модифицированных siРНК с гемопоэтическими клетками in vitro и in vivo. Черников И.В., Мещанинова М.И., Гладких Д.В., Веньяминова А.Г., Зенкова М.А., Власов В.В., Черноловская Е.Л. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С. 195-207. DOI: 10.31857/S013234232102007X
  35. Two alternative conformations of mRNA in the human ribosome during elongation and termination of translation as revealed by EPR spectroscopy. Bulygin K.N., Timofeev I.O., Malygin A.A., Graifer D.M., Meschaninova M.I., Venyaminova A.G., Babaylova E.S., Fedin M.V., Frolova L.Y., Karpova G.G., Bagryanskaya E.G. Comput Struct Biotechnol J. 2021. V. 19. 4702-4710. DOI: 10.1016/j.csbj.2021.08.024
  36. Photoactivatable System CRISPR/Cas9. Akhmetova E.A., Golyshev V.M., Vokhtantsev I.P., Venyaminova A.G., Novopashina D.S. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 276–286. DOI: 10.1134/S1068162021020023 (перевод)
  37. Conjugates of RNase P-Guiding Oligonucleotides with Oligo(N-Methylpyrrole) as Prospective Antibacterial Agents. Danilin N.A., Matveev A.L., Tikunova N.V., Venyaminova A.G., Novopashina D.S. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 469–477. DOI: 10.1134/S1068162021020084 (перевод)
  38. New Two-Component Pyrene Probes Based on Oligo(2'-O-Methylribonucleotides) for microRNA Detection. Semikolenova O.A., Golyshev V.M., Kim B.H., Venyaminova A.G., Novopashina D.S. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 432-440. DOI: 10.1134/S1068162021020230 (перевод)
  39. Recent Advances in the Synthesis of High Boron-loaded Nucleic Acids for BNCT. Novopashina D.S., Vorobyeva M.A., Venyaminova A.G. Front. Chem. 2021. V. 9. 619052. DOI: 10.3389/fchem.2021.619052
  40. Tumor Cell-Specific 2′-Fluoro RNA Aptamer Conjugated with Closo-Dodecaborate as A Potential Agent for Boron Neutron Capture Therapy. Vorobyeva M.A., Dymova M.A., Novopashina D.S., Kuligina E.V., Timoshenko V.V., Kolesnikov I.A., Taskaev S.Y., Richter V.A., Venyaminova A.G. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. N 14. P. 7326. DOI: 10.3390/ijms22147326
  41. Novel approach to the delivery into the cells and light-activation of the guide RNA for the genome editing CRISPR/Cas9 system. Yakovlev A.N., Akhmetova E.A., Danilin N.A., Semikolenova O.A., Vokhtantsev I.P., Kim D.V., Zharkov D.O., Venyaminova A.G., Novopashina D.S. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 122. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
  42. Comparative study of PyA-cluster system and excimer forming oligonucleotide probes for the detection of miRNA. Semikolenova O.A., Lee H.J., Kim B.H., Venyaminova A.G., Novopashina D.S. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 241. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
  43. AP sites in various mRNA positions cross-link to the protein uS3 in the translating mammalian ribosome. Ochkasova A., Meschaninova M.I., Venyaminova A.G., Graifer D.M., Karpova G.G. Biochim. Biophys. Acta - Proteins and Proteomics. 2021. V. 1869. N 10. P. 140698. DOI: 10.1016/j.bbapap.2021.140698
  44. The prospective antibacterial conjugates of modified oligonucleotides. Danilin N.A., Novopashina D.S., Matveev A.L., Bardasheva A., Tikunova N.V., Kupryushkin M.S., Pyshnyi D.V., Venyaminova A.G. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 307. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
  45. Interaction of Lipophilic Conjugates of Modified siRNAs with Hematopoietic Cells In Vitro and In Vivo. Chernikov I.V., Meschaninova M.I., Gladkikh D.V., Venyaminova A.G., Zenkova M.A., Vlassov V.V., Chernolovskaya E.L. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 399-410. DOI: 10.1134/S1068162021020072 (перевод)
  46. Photoactivatable CRISPR/CAS9 system. Akhmetova E.A., Golyshev V.M., Vokhtantsev I.P., Meschaninova M.I., Venyaminova A.G., Novopashina D.S. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 496-504. DOI: 10.1134/S1068162021020023 (перевод)
  47. Photoactivatable nanoCRISPR/Cas9 System Based on crRNA Reversibly Immobilized on Carbon Nanoparticles. Semikolenova O.A., Sakovina L., Akhmetova E., Kim D.V., Vokhtantsev I.P., Golyshev V.M., Vorobyeva M.A., Novopashin S., Novopashina D.S. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. 10919. DOI: 10.3390/ijms222010919
  48. Supramolecular Self-Associations of Amphiphilic Dendrons and Their Properties. Apartsin E.K., Caminade A.-M. Chem. Eur. J. 2021. V. 27. 1–24. DOI: 10.1002/chem.202102589

Патенты


  1. РНК-АПТАМЕР, ОБЛАДАЮЩИЙ СПОСОБНОСТЬЮ УЗНАВАТЬ АУТОАНТИТЕЛА, ХАРАКТЕРНЫЕ ДЛЯ РАССЕЯННОГО СКЛЕРОЗА. Тимошенко В.В., Воробьева М.А., Невинский Г.А., Веньяминова А.Г. 2017 № 2644229
  2. РНК-АПТАМЕР, ОБЛАДАЮЩИЙ СПОСОБНОСТЬЮ УЗНАВАТЬ ХАРАКТЕРНЫЕ ДЛЯ РАССЕЯННОГО СКЛЕРОЗА АУТОАНТИТЕЛА. Фокина А.А., Воробьева М.А., Тимошенко В.В., Поповецкая А.С., Невинский Г.А., Веньяминова А.Г. 2015 № 2549704.
  3. СПОСОБ ДЕТЕКЦИИ СПЕЦИФИЧЕСКИХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ (ВАРИАНТЫ) И УСТРОЙСТВО ДЛЯ ЕГО ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ. Федоровская Е.О., Апарцин Е.К., Новопашина Д.С., Булушева Л.Г., Веньяминова А.Г., Окотруб А.В. 2014 № 2509157.

Оборудование