ru:structure:labs:ven
Содержание

Лаборатория химии РНК

Заведующий лабораторией



Воробьева Мария Александровна

с.н.с., к.х.н.

телефон: (383) 363-51-29,


Сотрудники

ФИО Должность Звание Телефон Researcher ID
Воробьев Павел Евгеньевич н.с. к.х.н. 363-51-29 A-9989-2019
Воробьева Мария Александровна зав.лаб., с.н.с. к.х.н. 363-51-29 G-4632-2013
Горленко Елена Сергеевна лаборант 363-51-29
Давыдова Анна Сергеевна н.с. к.х.н. 363-51-29 G-3084-2013
Данилин Николай Александрович инженер 363-51-29 AAG-5841-2021
Зыков Вячеслав Андреевич ст.лаборант 363-51-29
Мещанинова Мария Ивановна с.н.с. к.х.н. 363-51-29 G-3496-2013
Новопашина Дарья Сергеевна c.н.с. к.х.н., доцент 363-51-29 G-1731-2013
Шатунова Елизавета Андреевнам.н.с. 363-51-29 ABD-9728-2021


Основные направления исследований


Малые интерферирующие РНК (siРНК) и их модифицированные аналоги с улучшенными физико-химическими, биологическими и фармакологическими характеристиками;
Устойчивые в биологических средах модифицированные РНК-аптамеры как перспективные терапевтические и диагностические средства;
Антисенс- и антиген- реагенты и зонды на основе 2'-О-модифицированных олигорибонуклеотидов;
Технологии автоматического mid-scale синтеза олигорибонуклеотидов, их аналогов и конъюгатов.


Важнейшие научные результаты


Оптимизированы условия и разработаны протоколы синтеза олигорибонуклеотидов и их аналогов на автоматическом синтезаторе ASM 800 и планшетных синтезаторах ASM 1000 и ASM 2000 (БИОССЕТ, Россия), что позволяет обеспечивать научно-исследовательские работы ЛХРНК и других лабораторий Института.


Текущие гранты


Базовый проект

Гранты Российского научного фонда

Гранты Российского фонда фундаментальных исследований

Публикации 2023-2025 года


  1. Exploring combined spin-labeling approach for structural studies of mRNA in the human ribosome. Kolokolov M., Malygin A.A., Graifer D.M., Meschaninova M.I., Vorobyeva M.A., Fedin M.V., Babaylova E.S., Bagryanskaya E.G. J. Chem. Phys. 2025. V. 162. N.11. P. 115103. DOI: 10.1063/5.0245722
  2. Novel DNA Aptamers to Dickkopf-1 Protein and Their Application in Colorimetric Sandwich Assays for Target Detection in Patients with Axial Spondyloarthritis. Shatunova E.A., Rychkova A.S., Meschaninova M.I., Kabilov M.R., Tupikin A.E., Kurochkina Y.D., Korolev M.A., Vorobyeva M.A. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. P. 12214. DOI: 10.3390/ijms252212214
  3. Фоторасщепляемые направляющие РНК для фоторегулируемой системы CRISPR/Cas9. Ахметова Е.А., Вохтанцев И.П., Мещанинова М.И., Воробьева М.А., Жарков Д.О., Новопашина Д.С. Биоорганическая химия. 2024. Т. 50. № 4. С. 556–567. DOI: 10.31857/S0132342324040107
  4. Kinetic Features of Degradation of R-Loops by RNase H1 from Escherichia coli. Kuznetsova A.A., Kosarev Y.A., Timofeyeva N.A., Novopashina D.S., Kuznetsov N.A. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 22. P. 12263. DOI: 10.3390/ijms252212263
  5. Extracellular vesicle mimetics as delivery vehicles for oligonucleotide-based therapeutics and plasmid DNA. Oshchepkova A.L., Chernikov I.V., Miroshnichenko S.K., Patutina O.A., Markov O.V., Savin I.A., Meschaninova M.I., Zhukov S., Kupryushkin M.S., Maslov M.A., Sen'kova A.V., Vlassov V.V., Chernolovskaya E.L., Zenkova M.A. Front. bioengin. and Biotech. 2024. V. 12. P. 1-18. DOI: 10.3389/fbioe.2024.1437817
  6. Effect of modification of siRNA molecules delivered with aminopropylsilanol nanoparticles on suppression of A/H5N1 virus in cell culture. Repkova M.N., Mazurkov O.Yu., Filippova E.I., Procenko M.A., Mazurkova N.A., Meschaninova M.I., Levina A.S., Zarytova V.F. Biochim. Biophys. Acta - General Subjects. 2024. V. 1868. N 12. P. 130727. DOI: 10.1016/j.bbagen.2024.130727
  7. Aptasensors Based on Non-Enzymatic Peroxidase Mimics: Current Progress and Challenges. Davydova A.S., Vorobyeva M.A. Biosensors. 2024. V. 14. N 1. P. 1. DOI: 10.3390/bios14010001
  8. Cholesterol Conjugates of Small Interfering RNA: Linkers and Patterns of Modification. Chernikov I.V., Ponomareva U.A., Meschaninova M.I., Bachkova I.K., Vlassov V.V., Zenkova M.A., Chernolovskaya E.L. Molecules. 2024. V. 29. N 4. P. 786. DOI: 10.3390/molecules29040786
  9. The Impact of SNP-Induced Amino Acid Substitutions L19P and G66R in the dRP-Lyase Domain of Human DNA Polymerase β on Enzyme Activities. Kladova O.A., Tyugashev T.E., Yakimov D.V., Mikushina E.S., Novopashina D.S., Kuznetsov N.A., Kuznetsova A.A. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 8. P. 4182. DOI: 10.3390/ijms25084182
  10. Cholesterol-Modified Anti-Il6 siRNA Reduces the Severity of Acute Lung Injury in Mice. Chernikov I.V., Bachkova I.K., Sen'kova A.V., Meschaninova M.I., Savin I.A., Vlassov V.V., Zenkova M.A., Chernolovskaya E.L. Cells. 2024. V. 13. P. 767. DOI: 10.3390/cells13090767
  11. SNP-Associated Substitutions of Amino Acid Residues in the dNTP Selection Subdomain Decrease Polβ Polymerase Activity. Kladova O.A., Tyugashev T.E., Miroshnikov A.A., Novopashina D.S., Kuznetsov N.A., Kuznetsova A.A. Biomolecules. 2024. V. 14. N 5. P. 547. DOI: 10.3390/biom14050547
  12. Фоторегулируемые на уровне направляющей РНК системы CRISPR/CAS. Саковина Л.В., Горленко Е.С., Новопашина Д.С. Биофизика. 2024. Т. 69. № 3. С. 421-431. 10.31857/S0006302924030012
  13. Photocleavable Guide RNA for Photocontrolled CRISPR/Cas9 System. Akhmetova E.A., Vokhtantsev I.P., Meschaninova M.I., Vorobyeva M.A., Zharkov D.O., Novopashina D.S. Биоорганическая химия. 2024. V. 50. N 4. P. 1314–1324. DOI: 10.1134/S1068162024040046 перевод
  14. LPS-Induced Acute Lung Injury: Analysis of the Development and Suppression by the TNF-α-Targeting Aptamer. Sen'kova A.V., Savin I.A., Chernolovskaya E.L., Davydova A.S., Meschaninova M.I., Bishani А., Vorobyeva M.A., Zenkova M.A. Acta Naturae. 2024. V. 16. № 2 (61). P. 61-71. DOI: 10.32607/actanaturae.27393 перевод
  15. The Impact of Chemical Modifications on the Interferon-Inducing and Antiproliferative Activity of Short Double-Stranded Immunostimulating RNA. Bishani А., Meschaninova M.I., Zenkova M.A., Chernolovskaya E.L. Molecules. 2024. V. 29. N 13. P. 3225. DOI: 10.3390/molecules29133225
  16. An Approach to the Synthesis of Cyclic Photocleavable RNA for Photoactivatable CRISPR/Cas9 System. Ivanskaya E.V., Meschaninova M.I., Vorobyeva M.A., Zharkov D.O., Novopashina D.S. Russ. J. Bioorganic Chem. 2024. V. 50. N 5. P. 1807–1821. DOI: 10.1134/S1068162024050327 перевод
  17. Подход к получению циклических фоторасщепляемых РНК для фотоактивируемой системы CRISPR/Cas9. Иванская Е.В., Мещанинова М.И., Воробьева М.А., Жарков Д.О., Новопашина Д.С. Биоорганическая химия. 2024. Т. 50. № 5. С. 619–632. DOI: 10.31857/S0132342324050051
  18. Photocleavable Guide crRNAs for a Light-Controllable CRISPR/Cas9 System. Sakovina L.V., Vokhtantsev I.P., Akhmetova E.A., Vorobyeva M.A., Vorobyev P.E., Zharkov D.O., Novopashina D.S. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 22. P. 12392. DOI: 10.3390/ijms252212392
  19. Role of R-Loop Structure in Efficacy of RNA Elongation Synthesis by RNA Polymerase from Escherichia coli. Timofeyeva N.A., Tsoi E.I., Novopashina D.S., Kuznetsova A.A., Kuznetsov N.A. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 22. P. 12190. DOI: 10.3390/ijms252212190
  20. Липополисахарид-индуцированное острое повреждение легких: анализ особенностей развития и возможность подавления аптамером к TNF-α. Сенькова А.В., Савин И.А., Черноловская Е.Л., Давыдова А.С., Мещанинова М.И., Бишани М.И., Воробьева М.А., Зенкова М.А. Acta Naturae. 2024. Т. 16. № 2. С. 61. DOI: 10.32607/actanaturae.27393
  21. Design of Aptamer Sandwich Pairs for Colorimetric Detection of TNFa, Interleukin-17A and Dickkopf-1 Proteins Associated with Ankylosing Spondylitis. Shatunova E.A., Davydova A.S., Danilin N.A., Golyshkin A.A., Korolev M.A., Vorobyeva M.A. J. Sib. Fed. Univ. Math. Phys. 2024. V. 17. N 6. P. 791-797.
  22. CRISPR/Cas System Photocontrolled at the Guide RNA Leve. Sakovina L.V., Gorlenko E.S., Novopashina D.S. Биофизика. 2024. V. 69. N 3. P. 349–358. DOI: 10.1134/S000635092470043X перевод
  23. Адаптация протокола автоматического твердофазного фосфитамидного синтеза олигодезоксирибонуклеотидов для получения их N-незамещенных амидофосфатных аналогов (P-NH2). Малова Е.А., Пышная И.А., Мещанинова М.И., Пышный Д.В. Биоорганическая химия. 2024. № 6. С. 788-804. DOI: 10.31857/S0132342324060065
  24. Adaptation of the Protocol of the Automated Solid-Phase Phosphoramidite Synthesis of Oligodeoxyribonucleotides for Preparing Their N-Unsubstituted Phosphoramidate Analogs (P–NH2). Malova E.A., Pyshnaya I.A., Meschaninova M.I., Pyshnyi D.V. Russ. J. Bioorganic Chem. 2024. V. 50. P. 2455–2472. DOI: 10.1134/S106816202406027X перевод
  25. Концепция природной реконструкции генома. Часть 2. Влияние фрагментов экстраклеточной двуцепочечной ДНК на гемопоэтические стволовые клетки. Рузанова В.С., Ошихмина С.Г., Проскурина А.С., Риттер Г.С., Кирикович С.С., Левитес Е.В., Ефремов Я.Р., Карамышева Т.В., Мещанинова М.И., Мамаев А.Л., Таранов О.С., Богачев А.С., Сидоров С.В., Никонов С.Д., Леплина О.Ю., Останин А.А., Черных Е.Р., Колчанов Н.А., Долгова Е.В., Богачев С.С. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2024. Т. 28. № 8. С. 993-1007. DOI: 10.18699/vjgb-24-106
  26. Aptamers for Addressed Boron Delivery in BNCT: Effect of Boron Cluster Attachment Site on Functional Activity. Novopashina D.S., Dymova M.A., Davydova A.S., Meschaninova M.I., Malysheva D.O., Kuligina E.V., Richter V.A., Kolesnikov V.A., Taskaev S.Y., Vorobyeva M.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. P. 306. DOI: 10.3390/ijms24010306
  27. Effects of Cationic Dendrimers and Their Complexes with microRNAs on Immunocompetent Cells. Knauer N.Yu., Pashkina E., Aktanova А., Boeva O., Arkhipova V., Barkovskaya M., Meschaninova M.I., Karpus A., Majoral J.-P., Kozlov V., Apartsin E.K. Pharmaceutics. 2023. V. 15. N 1. P. 148. DOI: 10.3390/pharmaceutics15010148
  28. Impact of Double-Stranded RNA Internalization on Hematopoietic Progenitors and Krebs-2 Cells and Mechanism. Ritter G.S., Proskurina A.S., Meschaninova M.I., Potter E.A., Petrova D.D., Ruzanova V.S., Kirikovich S.S., Levites E.V., Efremov Y.R., Nikolin V.P., Popova N.A., Venyaminova A.G., Taranov O.S., Ostanin A.A., Chernykh E.R., Kolchanov N.A., Bogachev S.S. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 5. P. 4858. DOI: 10.3390/ijms24054858
  29. Convenient Solid-Phase Attachment of Small-Molecule Ligands to Oligonucleotides via a Biodegradable Acid-Labile P-N-Bond. Kropachava N.O., Golyshkin A.A., Vorobyeva M.A., Meschaninova M.I. Molecules. 2023. V. 28. N 4. P. 1904. DOI: 10.3390/molecules28041904
  30. Human Polβ Natural Polymorphic Variants G118V and R149I Affects Substate Binding and Catalysis. Kladova O.A., Tyugashev T.E., Mikushina E.S., Soloviev N.O., Kuznetsov N.A., Novopashina D.S., Kuznetsova A.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 6. P. 5892. DOI: 10.3390/ijms24065892
  31. The Activity of Natural Polymorphic Variants of Human DNA Polymerase β Having an Amino Acid Substitution in the Transferase Domain. Kladova O.A., Tyugashev T.E., Mikushina E.S., Kuznetsov N.A., Novopashina D.S., Kuznetsova A.A. Cells. 2023. V. 12. N 9. P. 1300. DOI: 10.3390/cells12091300
  32. The Interleukine-17 Cytokine Family: Role in Development and Progression of Spondyloarthritis, Current and Potential Therapeutic Inhibitors. Davydova A.S., Kurochkina Yu.D., Goncharova V., Vorobyeva M.A., Korolev M. Biomedicines. 2023. V. 11. N 5. P. 1328. DOI: 10.3390/biomedicines11051328
  33. Подавление EGFR ингибирует сферообразование клеток культуры MCF7 со сверхэкспрессией EGFR. Новак Д.Д., Троицкая О.С., Нуштаева А.А., Жильникова М.В., Рихтер В.А., Мещанинова М.И., Коваль О.А. Acta Naturae. 2023. Т. 15. № 2 (57). С. 60-69. DOI: 10.32607/actanaturae.17857
  34. EGFR Suppression Inhibits the Sphere Formation of MCF7 Cells Overexpressing EGFR. Novak D.D., Troitskaya O.S., Nushtaeva A.A., Zhilnikova M., Richter V.A., Meschaninova M.I., Koval O.A. Acta Naturae. 2023. V. 15. N 2 (57). P. 59-69. DOI: 10.32607/actanaturae.17857 перевод
  35. 19F electron nuclear double resonance (ENDOR) spectroscopy for distance measurements using trityl spin labels in DNA duplexes. Asanbaeva N.B., Novopashina D.S., Rogozhnikova O.Yu., Tormyshev V.M., Kehl A., Sukhanov A., Shernyukov A.V., Genaev A., Lomzov A.A., Bennati M., Meyerde A., Bagryanskaya E.G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2023. V. 25. P. 23454–23466. DOI: 10.1039/d3cp02969g
  36. Inner Amino Acid Contacts Are Key Factors of Multistage Structural Rearrangements of DNA and Affect Substrate Specificity of Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease APE1. Bulygin A.A., Syryamina V.N., Kuznetsova A.A., Novopashina D.S., Dzuba S.A., Kuznetsov N.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 14. P. DOI: 11474. 10.3390/ijms241411474
  37. Cholesterol-conjugated supramolecular multimeric siRNAs: effect of isRNA length on accumulation and silencing in vitro and in vivo. Chernikov I.V., Ponomareva U.A., Meschaninova M.I., Bachkova I.K., Teterina A.A., Gladkikh D.V., Savin I.A., Vlassov V.V., Zenkova M.A., Chernolovskaya E.L. Nucleic Acid Ther. 2023. V. 33. N 6. P. 361-373. DOI: 10.1089/nat.2023.0051
  38. Effects of Dendrimer-microRNA Nanoformulations against Glioblastoma Stem Cells. Knauer N.Yu., Meschaninova M.I., Muhammad S., Hänggi D., Majoral J.-P., Kahlert U.D., Kozlov V.A., Apartsin E. Pharmaceutics. 2023. V. 15. N.3. P. 968. DOI: 10.3390/pharmaceutics15030968
  39. Efficacy of cell penetration by boron-containing aptamers - novel potential boron delivery agents for boron neutron capture therapy. Novopashina D.S., Dymova M.A., Davydova A.S., Meschaninova M.I., Malysheva D.O., Kuligina E.V., Richter V.A., Kolesnikov Y.A., Taskaev S.Y., Vorobyeva M.A. Biophysical Reviews. 2023. V. 15. P. 1845-1846. DOI: 10.1007/s12551-023-01150-w тезисы конференции
  40. 98P Cationic dendrimers as prospective vehicles of therapeutic nucleic acids into tumor cells: Approaches, advantages and challenges. Knauer N., Pashkina E., Boeva O., Aktanova А., Arkhipova V., Meschaninova M.I., Majoral J.-P., Nickel A.-C., Muhammad S., Hänggi D., Kahlert U.D., Kozlov V., Apartsin E. ESMO Open. 2023. V. 8. N 1. Supplement 2. 10.1016/j.esmoop.2023.100956. тезисы конференции

Патенты


  1. РНК-АПТАМЕР, ОБЛАДАЮЩИЙ СПОСОБНОСТЬЮ УЗНАВАТЬ АУТОАНТИТЕЛА, ХАРАКТЕРНЫЕ ДЛЯ РАССЕЯННОГО СКЛЕРОЗА. Тимошенко В.В., Воробьева М.А., Невинский Г.А., Веньяминова А.Г. 2017 № 2644229
  2. РНК-АПТАМЕР, ОБЛАДАЮЩИЙ СПОСОБНОСТЬЮ УЗНАВАТЬ ХАРАКТЕРНЫЕ ДЛЯ РАССЕЯННОГО СКЛЕРОЗА АУТОАНТИТЕЛА. Фокина А.А., Воробьева М.А., Тимошенко В.В., Поповецкая А.С., Невинский Г.А., Веньяминова А.Г. 2015 № 2549704.
  3. СПОСОБ ДЕТЕКЦИИ СПЕЦИФИЧЕСКИХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ (ВАРИАНТЫ) И УСТРОЙСТВО ДЛЯ ЕГО ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ. Федоровская Е.О., Апарцин Е.К., Новопашина Д.С., Булушева Л.Г., Веньяминова А.Г., Окотруб А.В. 2014 № 2509157.

Оборудование