Таксономическая идентификация бактерий и архей

Как правило, таксономическая идентификация прокариот начинается с секвенирования и анализа гена 16S рРНК. Однако, нередко наблюдается ситуация когда близкие виды имеют полностью или почти одинаковые гены 16S рРНК. В этом случае необходимо анализировать дополнительные маркеры, набор которых может отличаться для разных видов.

В качестве более точной альтернативы ЦКП «Геномика» проводит таксономическую идентификацию по результатам полногеномного секвенирования, данные которого используются для построения общего филогенетического дерева (GTDB) по порядку 120 прокариотическим генам. Именно такой подход является наиболее точным вариантом установления таксономии в настоящий момент и его результаты в некоторых случаях привели к существенному изменению положения ряда таксонов.