Лаборатория структурной биологии

Ломзов Александр Анатольевич
к.ф.-м.н.

телефон: (383) 363-51-35
Email

Базовые проекты

Гранты Российского научного фонда

• № 21-74-00120 «Разработка современных основ конструирования биоинспирированных агентов для терапии и диагностики онкологических заболеваний»

Гранты Российского фонда фундаментальных исследований (РФФИ)

1. Novel TDP1 Inhibitors: Disubstituted Thiazolidine-2,4-Diones Containing Monoterpene Moieties. Ivankin D.I., Kornienko T.E., Mikhailova M.A., Dyrkheeva N.S., Zakharenko A.L., Achara C., Reynisson J., Golyshev V.M., Luzina O.A., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 4. P. 3834. DOI: 10.3390/ijms24043834
2. Long non-coding RNA DINO promotes cisplatin sensitivity in lung adenocarcinoma via the p53-Bax axis. Liu Z., Wang O., Chubarov A.S., Li Y., Yang X., Dmitrienko E.V., Zheng Y. J Thorac Dis. 2023. V. 15. N 4. P. 2198-2212. DOI: 10.21037/jtd-23-465
3. Nylon-6-Coated Doxorubicin-Loaded Magnetic Nanoparticles and Nanocapsules for Cancer Treatment. Bobrikova E.N., Poletaeva Y., Zheng Y, Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Magnetochemistry. 2023. V. 9. N 4. P. 106. DOI: 10.3390/magnetochemistry9040106
4. All Domains of SARS-CoV-2 nsp1 Determine Translational Shutoff and Cytotoxicity of the Protein. Frolov I., Agback T., Palchevska O., Dominguez F., Lomzov A.A., Agback P., Frolova E.I. Journal of Virology. 2023. e0186522. DOI: 10.1128/jvi.01865-22
5. pH-Responsible Doxorubicin-Loaded Fe3O4@CaCO3 Nanocomposites for Cancer Treatment Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Pharmaceutics. 2023. V. 15. N 3. P. 771. DOI: 10.3390/pharmaceutics15030771
6. Fluorescently labeled human apurinic/apyrimidinic endonuclease APE1 reveals effects of DNA polymerase β on the APE1–DNA interaction. Bakman A.S., Kuznetsova A.A., Yanshole L.V., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. DNA Repair. 2023. V. 123. P. 103450 . DOI: 10.1016/j.dnarep.2023.103450
7. Synthesis of Oligonucleotides Carrying Inter-nucleotide N‑(Benzoazole)-phosphoramide Moieties Vasilyeva S.V., Baranovskaya E.E., Dyudeeva E., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. ACS Omega 2023. V. 8 N 1. P. 1556−1566. DOI: 10.1021/acsomega.2c07083
8. Chloroquine Enhances Death in Lung Adenocarcinoma A549 Cells Exposed to Cold Atmospheric Plasma Jet. Patrakova E.A., Biryukov M.M., Troitskaya O.S., Gugin P., Milakhina E., Semenov D.V., Poletaeva Y., Ryabchikova E.I., Novak D.D., Kryachkova N., Polyakova A., Zhilnikova M., Zakrevsky D., Schweigert I., Koval O.A. Cells. 2023. V. 12. N 2 P. 290. DOI: 10.3390/cells12020290
9. Solution pH Effect on Drain-Gate Characteristics of SOI FET Biosensor. Bulgakova A.E., Berdyugin A., Naumova O., Fomin B., Pyshnyi D.V., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V., Lomzov A.A. Electronics. 2023. V. 12. N 3. P. 777. DOI: 10.3390/electronics12030777
10. Effect of Sterilization Methods on Electrospun Scaffolds Produced from Blend of Polyurethane with Gelatin. Chernonosova V.S., Kuzmin I.E., Shundrina I.K., Korobeynikov M.V., Golyshev V.M., Chelobanov B.P., Laktionov P.P. Journal of Functional Biomaterial. 2023. V. 14. N 2. P. 70. DOI: 10.3390/jfb14020070
11. Magnetic Nanocomposites and Imprinted Polymers for Biomedical Applications of Nucleic Acids Popova V.K., Dmitriyenko E.V., Chubarov A.S. Magnetochemistry. 2023. V. 9. N 1. P. 12. DOI: 10.3390/magnetochemistry9010012
12. Doxorubicin-Loaded Silica Nanocomposites for Cancer Treatment. Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Pyshnyi D.V., Dmitriyenko E.V. Coatings. 2023. V. 13. N 2. C. 324. DOI: 10.3390/coatings13020324
13. Allele-Specific PCR for PIK3CA Mutation Detection Using Phosphoryl Guanidine Modified Primers. Chubarov A.S., Oskorbin I.P., Novikova L.M., Filipenko M.L., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Diagnostics. 2023. V. 13. N 2. P. 250. DOI: 10.3390/diagnostics13020250
14. Fluorinated Human Serum Albumin as Potential 19F Magnetic Resonance Imaging Probe. Mitin D.E., Chubarov A.S. Molecules 2023. V. 28. N 4. P. 1695. DOI: 10.3390/molecules28041695
15. Pre-steady-state kinetic and mutational insights into mechanisms of endo- and exonuclease DNA processing by mutant forms of human AP endonuclease. Bakman A.S., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Biochim. Biophys. Acta - General Subjects 2022 V. 1866. N 12. P. 130198. DOI: 10.1016/j.bbagen.2022.130198
16. Synthesis of the new nucleoside 5′ -alpha-iminophosphates using Staudinger reaction. Vasilyeva S.V., Kuznetsova A.A., Baranovskaya E.E., Kuznetsov N.A., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Bioorg. Chem. 2022. V. 127. P. 105987. DOI: 10.1016/j.bioorg.2022.105987
17. A grounded electrode beneath dielectric targets, including cancer cells, enhances the impact of cold atmospheric plasma jet. Schweigert I., Zakrevsky D., Milakhina E., Gugin P., Biryukov M.M., Patrakova E.A., Koval O.A. Plasma Phys. Control. Fusion. 2022 V. 64 N 4 P. 044015. DOI: 10.1088/1361-6587/ac53f1
18. Immunological Effects of Cold Atmospheric Plasma-Treated Cells in Comparison with Those of Cells Treated with Lactaptin-Based Anticancer Drugs Troitskaya O.S., Novak D.D., Varlamov M., Biryukov M.M., Nushtaeva A.A., Kochneva G.V., Zakrevsky D., Schweigert I., Richter V.A., Koval O.A. Biophysica 2022. V. 2. N 3. P. 266-280. DOI: 10.3390/biophysica2030025
19. Оптимизация параметров холодной плазменной струи при возбуждении синусоидальным напряжением для эффективного подавления жизнеспособности раковых клеток Гугин П.П., Закревский Д.Э., Милахина Е.В., Бирюков М.М., Коваль О.А., Патракова Е.А., Швейгерт И.В. Медицинская техника. 2022. № 6. С. 26-29.
20. Исследование взаимодействия холодной плазмы со сфероидами, сформированными клетками человека. Бирюков М.М., Патракова Е.А., Коваль О.А., Милахина Е.В., Закревский Д.Э., Швейгерт И.В. Цитология. 2022. Т. 64. N 7. С. 665-666. DOI: 10.31857/S004137712207001X (тезисы конференции)
21. Клеточная линия увеальной меланомы для моделирования метастатических поражений центральной нервной системы. Коваль О.А., Нуштаева А.А., Бирюков М.М., Троицкая О.С., Новак Д.Д., Гайнер Т.А., Милахина Е.В., Закревский Д.Э., Атаманов В.В., Кононова Н.В., Соболева М.Е., Мун В.Р., Черных В.В., Швейгерт И.В. Гены и клетки. 2022 Том XVII. № 3. С. 113. (тезисы конфренции)
22. Effect of voltage pulse duration on electrophysical and thermalcharacteristics of cold atmospheric plasma jet. Schweigert I.V., Zakrevsky D.E., Gugin P.P., Milakhina E.V., Biryukov M.M., Keidar M., Koval O.A. Plasma Sources Science and Technology. 2022 V. 31. N 11. P. 114004 DOI: 10.1088/1361-6595/aca120
23. Magnetic Nylon 6 Nanocomposites for the Microextraction of Nucleic Acids from Biological Samples Bulgakova A.E., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Magnetochemistry. 2022. V. 8. N 8 P. 85. DOI: 10.3390/magnetochemistry8080085
24. Pairing nanoarchitectonics of oligodeoxyribonucleotides with complex diversity: concatemers and self-limited complexes. Zamoskovceva A.A., Golyshev V.M., Kizilova V.A., Shevelev G.Yu, Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. RSC Advances. 2022. V. 12. P. 6416 – 6431. DOI: 10.1039/d2ra00155a
25. Comparative Analysis of Exo- and Endonuclease Activities of APE1-like Enzymes Davletgildeeva A.T., Kuznetsova A.A., Novopashina D.S., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 5. 2869. DOI: 10.3390/ijms23052869
26. Application of W-band 19F electron nuclear double resonance (ENDOR) spectroscopy to distance measurement using a trityl spin probe and a fluorine label. Asanbaeva N., Sukhanov A., Diveikina A., Rogozhnikova O., Trukhin D., Tormyshev V.M., Chubarov A.S., Maryasov A., Genaev A., Shernyukov A., Salnikov G., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V., Bagryanskaya E.G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2022. V. 24. N 10. P. 5982-6001. DOI: 10.1039/D1CP05445G
27. Serum Albumin for Magnetic Nanoparticles Coating. Chubarov A.S. Magnetochemistry. 2022. V. 8. N 2. P. 13. DOI: 10.3390/magnetochemistry8020013
28. High Drug Capacity Doxorubicin-Loaded Iron Oxide Nanocomposites for Cancer Therapy. Bobrikova E.N., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Magnetochemistry. 2022. V. 8. N 5. P. 54. DOI: 10.3390/magnetochemistry8050054
29. Basic Cheminformatics Course for First-Year Chemistry. Kadtsyna A.S., Chubarov A.S., Kadtsyn E.D. J. Chem. Educ. 2022. V. 99. N 8. P. 2932–2942. DOI: 10.1021/acs.jchemed.2c00175
30. Magnetite Nanoparticles for Biomedical Applications. Petrov K.D., Chubarov A.S. Encyclopedia. 2022. V. 2. N 4. P. 1811-1828. DOI: 10.3390/encyclopedia2040125
31. Thermodynamic Swings: How Ideal Complex of Cas9-RNA/DNA Forms. Zhdanova P.V., Lomzov A.A., Prokhorova D.V., Stepanov G.A., Chernonosov A.A., Koval V.V. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 16. P. 8891. DOI: 10.3390/ijms23168891
32. Structure- and Content-Dependent Efficiency of Cas9-Assisted DNA Cleavage in Genome-Editing Systems. Baranova S.V., Zhdanova P.V., Lomzov A.A., Koval V.V., Chernonosov A.A. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 22. P. 13889. DOI: 10.3390/ijms232213889
33. Сравнительный анализ активности полиморфных вариантов урацил-днк-гликозилаз человека SMUG1 и MBD4. Алексеева И.В., Бакман А.С., Яковлев Д.А., Кузнецов Н.А., Федорова О.С. Молекулярная биология. 2021. Т. 55 № 2. С. 277-288. DOI: 10.31857/S0026898421020026
34. Functional roles of active-site amino acid residues Asp210, Asn212, Thr268, Met270, Asp308 in the course of damage recognition and catalysis by human AP endonuclease APE1. Bakman A.S., Alekseeva I.V., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Febs Open Bio. 2021 V. 11. S. 1. P. 248. DOI: 10.1002/2211-5463.12453 (тезисы конференции)
35. DNA binding and catalysis by singlenucleotide polymorphic variants of human uracil-DNA glycosylases SMUG1 and MBD4I. Alekseeva I.V., Bakman A.S., Kuznetsov N.A., Fedorova O.S Febs Open Bio 2021.V. 11. S. 1. P. 249. DOI: 10.1002/2211-5463.12453 (тезисы конференции)
36. A structural mechanism of DNA polymerase lambda action that promotes error-free bypass of bulky modifications in DNA. Zhdanova P.V., Lomzov A.A., Rechkunova N.I., Koval V.V. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 180. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
37. Recognition and removal of DNA clustered damages via NERN. Lukianchikova N., Petruseva I.O., Lomzov A.A., Lavrik O.I. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 248. DOI: 10.1002/2211-5463.12453 (тезисы конференции)
38. Effects of cold atmospheric plasma on cancer and normal cells in vitro Patrakova E.A., Troitskaya O.S., Biryukov M.M., Zakrevsky D., Schweigert I., Richter V.A., Koval O.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 299 2.693. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
39. The autophagy contribution into the cells killing by cold atmospheric plasma irradiation. Patrakova E.A., Biryukov M.M., Schweigert I., Zakrevsky D., Troitskaya O.S., Gugin P., Milakhina E., Koval O.A. Cell Death Discovery. 2021 V. 7. S. 1. С. 10-11. (тезисы конференции)
40. Ферменты для ДНК: скальпели, ножницы и швейные иголки. Кузнецов Н.А., Алексеева И.В., Кузнецова А.А., Бакман А.С. Наука из первых рук. 2021. № 5-6 (93). С. 24-33.
41. Фотоактивируемая система CRISPR/CAS9. Ахметова Е.А., Голышев В.М., Вохтанцев И.П., Мещанинова М.И., Веньяминова А.Г., Новопашина Д.С. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С. 276-286. DOI: 10.31857/S0132342321020020
42. Триазиниламидофосфатные олигонуклеотиды: получение и исследование их взаимодействия с клетками и ДНК-связывающими белками. Купрюшкин М.С., Жарков Т.Д., Ильина Е.С., Марков О.В., Кочеткова А.С., Ахметова М.М., Ломзов А.А., Пышный Д.В., Лаврик О.И., Ходырева С.Н. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 3.С. 348-364. DOI: 10.31857/S0132342321030118
43. Новые двухкомпонентные пиренильные зонды на основе олиго(2'-О-метилрибонуклеотидов) для детекции микроРНК. Семиколенова О.А., Голышев В.М., Ким Б-Х., Веньяминова А.Г., Новопашина Д.С. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С.218-227. DOI: 10.31857/S0132342321020238
44. Recognition and removal of clustered DNA lesions via nucleotide excision repair. Naumenko N.V., Petruseva I.O., Lomzov A.A., Lavrik O.I. DNA Repair. 2021. V. 108. P. 103225. DOI: 10.1016/j.dnarep.2021.103225
45. A comparative study of the hybridization of phosphoryl guanidine oligonucleotides with DNA and RNA. Lomzov A.A., Kupryushkin M.S., Dyudeeva E., Pyshnyi D.V. Биоорганическая химия 2021. V. 47. N 2. P. 461-468. DOI: 10.1134/S1068162021020151
46. Mismatch of frequencies of ac voltage and streamers propagation in cold atmospheric plasma jet for typical regimes of cancer cell treatment. Schweigert I., Alexandrova A., Zakrevsky D., Milakhina E., Gugin P., Biryukov M.M., Patrakova E.A., Koval O.A. J. Phys.: Conf. Ser. 2021. V. 2100. N 012020 P. 1-7. DOI: 10.1088/1742-6596/2100/1/012020
47. Effects of phosphoryl guanidine modification of phosphate residues on the structure and hybridization of oligodeoxyribonucleotides. Golyshev V.M., Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. J. Phys. Chem. B. 2021. V. 125. N 11. P. 2841-2855. DOI: 10.1021/acs.jpcb.0c10214
48. Противовирусная активность нанокомплексов антисмысловых олигонуклеотидов, нацеленных на белок VP72, в клетках VERO, инфицированных вирусом африканской чумы свиней. Акобян А.В., Буракова Е.А., Арабян Э.А., Фокина А.А., Коцинян А.Р., Васильева С.В., Закарян О.С., Стеценко Д.А. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С. 208-217. DOI: 10.31857/S0132342321020032
49. Antiviral activity of nanocomplexes of antisense oligonucleotides targeting VP72 protein in vero cells infected by african swine fever virus. Hakobyan A.V., Arabyan E.A., Kotsinyan A.R., Zakaryan O.S., Burakova E.A., Fokina A.A., Stetsenko D.A., Vasilyeva S.V. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 411-419. DOI: 10.1134/S1068162021020035 (перевод)
50. Photoactivatable System CRISPR/Cas9. Akhmetova E.A., Golyshev V.M., Vokhtantsev I.P., Venyaminova A.G., Novopashina D.S. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 276–286. DOI: 10.1134/S1068162021020023 (перевод)
51. New Two-Component Pyrene Probes Based on Oligo(2'-O-Methylribonucleotides) for microRNA Detection. Semikolenova O.A., Golyshev V.M., Kim B.H., Venyaminova A.G., Novopashina D.S.Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 432-440. DOI: 10.1134/S1068162021020230 (перевод)
52. The Enigma of Substrate Recognition and Catalytic Efficiency of APE1-like enzymes Davletgildeeva A.T., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Front. Cell Dev Biol. 2021. V. 9. P. 617161. DOI: 10.3389/fcell.2021.617161
53. Mechanism of target nucleotide recognition and cleavage in the model non-canonical DNA and RNA structures by human APendonuclease APE1 Davletgildeeva A.T., Kuznetsova A.A., Fedorova O.S., Kuznetsov N.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 246. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
54. Расчет энергии формирования дуплексов РНК/РНК и ДНК/РНК на основании метода молекулярной динамики. Голышев В.М., Пышный Д.В., Ломзов А.А. Молекулярная биология 2021. Т. 55. № 6. С. 1030-1044. DOI: 10.31857/S0026898421060069
55. Photoactivatable CRISPR/CAS9 system. Akhmetova E.A., Golyshev V.M., Vokhtantsev I.P., Meschaninova M.I., Venyaminova A.G., Novopashina D.S. Биоорганическая химия. 2021. V. 47 N 2. P. 496-504. DOI: 10.1134/S1068162021020023 (перевод)
56. Photoactivatable nanoCRISPR/Cas9 System Based on crRNA Reversibly Immobilized on Carbon Nanoparticles. Semikolenova O.A., Sakovina L., Akhmetova E., Kim D.V., Vokhtantsev I.P., Golyshev V.M., Vorobyeva M.A., Novopashin S., Novopashina D.S. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. P. 10919. DOI: 10.3390/ijms222010919
57. Structure and hybridization properties of phosphoryl guanidine oligonucleotides under crowding conditions. Kanarskaya M., Golyshev V.M., Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. Biochem. and Biophys.Res. Com. 2021. V. 577. P. 110-115. DOI: 10.1016/j.bbrc.2021.09.001
58. Effect of Fluorescent Labels on DNA Affinity for Gold Nanoparticles. Epanchintseva A.V., Gorbunova E.A., Ryabchikova E.I., Pyshnaya I.A., Pyshnyi D.V. Nanomaterials. 2021. V. 11. N 5. P. 1178. DOI: 10.3390/nano11051178
59. Designing pH-Dependent Systems Based on Nanoscale Calcium Carbonate for the Delivery of an Antitumor Drug. Popova V.K., Poletaeva Y., Pyshnaya I.A., Pyshnyi D.V., Dmitriyenko E.V. Nanomaterials. 2021. V. 11. P. 2794. DOI: 10.3390/nano11112794
60. Homocysteine Thiolactone: Biology and Chemistry. Chubarov A.S. Encyclopedia. 2021. V. 1. P. 445–459. DOI: 10.3390/encyclopedia102003
61. Reversible Dimerization of Human Serum Albumin. Chubarov A.S., Spitsyna A., Krumkacheva O.A., Mitin D.E., Suvorov D.A., Tormyshev V.M., Fedin M.V., Bowman M.K., Bagryanskaya E.G. Molecules. 2021. V. 26. N 1. P. 108. DOI: 10.3390/molecules26010108
62. The Effect of pH and Buffer on Oligonucleotide Affinity for Iron Oxide Nanoparticles. Bobrikova E.N., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Magnetochemistry. 2021. V. 7. N 9. P. 218. DOI: 10.3390/magnetochemistry7090128
63. Terminal mono- and bis-conjugates of oligonucleotides with closo-dodecaborate: synthesis and physico-chemical properties. Novopashina D.S., Vorobyeva M.A., Lomzov A.A., Silnikov V.N., Venyaminova A.G. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. N 1. P. 182. DOI: 10.3390/ijms22010182
64. Сравнительное исследование гибридизационных свойств фосфорилгуанидиновых олигонуклеотидов с ДНК И РНК. Ломзов А.А., Купрюшкин М.С., Дюдеева Е.С., Пышный Д.В. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С. 250-258. DOI: fe10.31857/S013234232102015