Группа Омиксных Технологий (ГОТ)

Кечин Андрей Андреевич
к.б.н., с.н.с.

Email

Группа Омиксных Технологий (ГОТ) ИХБФМ СО РАН создана на основании решения Ученого Совета Института от 04.06.2025 г. , протокол № 5.
Цель создания группы: создание и развитие инструментов омиксных технологий для диагностики заболеваний и поиска новых мишеней для их терапии.

1. Разработка новых алгоритмов дизайна праймеров и протоколов приготовления и очистки таргетных NGS-библиотек.
2. Разработка методов конвертации таргетной NGS-библиотеки для эффективного секвенирования с помощью технологии Oxford Nanopore с разработкой методов анализа получаемых данных.
3. Исследование структуры и встречаемости крупных геномных перестроек в опухолях различной этиологии с помощью технологии Oxford Nanopore.
4. Разработка таргетной NGS-панели для оценки дефицита гомологичной рекомбинации в опухоли.
5. Исследование механизмов, связывающих накопление крупных геномных перестроек в опухоли с изменением уровня экспрессии генов и количества метаболитов клетки, связанных с репарацией ДНК.

1. Боярских У.А., Кечин А.А., Зюзюкина А.В., Храпов Е.А., Оскорбин И.П., Алесеенок Е.Ю., Авдиюк Г.А., Зуков Р.А., Кушлинский Н.Е., Филипенко М.Л. Выявление активирующих соматических мутаций в гене PIK3CA в опухолях молочной железы и определение их минимального набора для клинико-диагностического тестирования Альманах клинической медицины. – 2024. – Т. 42. – №. 3. – С. 132–139. – https://doi.org/10.18786/2072-0505-2024-52-017.
   
2. Koryukov MA, Oscorbin IP, Novikova LM, Gordukova MA, Turina IE, Galeeva EV, Kudlay DA, Filipenko ML. A Novel Multiplex LAMP Assay for the Detection of Respiratory Human Adenoviruses. – 2024. – International Journal of Molecular Sciences. – V. 25. – I. 13. – P. 7215. –https://doi.org/10.3390/ijms25137215.
   
3. Andrey Kechin, Maksim Koryukov, Regina Mikheeva,·Maksim Filipenko. Homologous recombination deficiency (HRD) diagnostics: underlying mechanisms and new perspectives Cancer and Metastasis Reviews. – 2025. – V. 44. – I. 19. – P. 1–17. – http://dx.doi.org/10.1007/s10555-024-10238-y.
   
4. Кечин А.А., Боробова В.С., Шералиев Т.У., Кретьен С.О., Троменшлегер И.Н., Павлов В.В., Филипенко М.Л. Случаи развития повторной перипротезной инфекции Staphylococcus aureus: реинфекция или реактивация патогена? Травматология и ортопедия России. – 2025. – https://doi.org/10.17816/2311-2905-17610.
   
5. Maria Gridina, Timofey Lagunov, Polina Belokopytova, Nikita Torgunakov, Miroslav Nuriddinov, Artem Nurislamov, Lyudmila P. Nazarenko, Anna A. Kashevarova, Maria E. Lopatkina, Stanislav Vasilyev, Andrey Zuev, Elena O. Belyaeva, Olga A. Salyukova, Aleksandr D. Cheremnykh, Natalia N. Sukhanova, Marina E. Minzhenkova, Zhanna G. Markova, Nina A. Demina, Yana Stepanchuk, Anna Khabarova, Alexandra Yan, Emil Valeev, Galina Koksharova, Elena V. Grigor’eva, Natalia Kokh, Tatiana Lukjanova, Yulia Maximova, Elizaveta Musatova, Elena Shabanova, Andrey Kechin, Evgeniy Khrapov, Uliana Boyarskih, Oxana Ryzhkova, Maria Suntsova, Alina Matrosova, Mikhail Karoli, Andrey Manakhov, Maxim Filipenko, Evgeny Rogaev, Nadezhda V. Shilova, Igor N. Lebedev & Veniamin Fishman. Combining chromosome conformation capture and exome sequencing for simultaneous detection of structural and single-nucleotide variants. Genome Medicine. – 2025. – V. 17. – I. 47. – http://dx.doi.org/10.1186/s13073-025-01471-3.
   
6. Yana Khlusevich, Bogdana Kravchuk, Andrey Kechin, Alena Stepanova, Lyudmila Emelyanova, Sargis Khachatryan, Nina Tikunova, Andrey Matveev. TBEV NS1 Induces Tissue-Specific Microvascular Endothelial Cell Permeability by Activation TNF-α Signaling Pathway. International Journal of Molecular Sciences. – 2025. – V. 26. – I. 11. – https://doi.org/10.3390/ijms26115311.
   
7. Kravchuk, B.I.; Matveev, A.L.; Kechin, A.A.; Stepanova, A.O.; Emelyanova, L.A.; Khachatryan, S.M.; Tikunova, N.V.; Khlusevich, Y.A. Orthoflavivirus omskense NS1 Protein Induces Microvascular Endothelial Permeability In Vitro. Viruses. – 2025. – V. 17. – I. 923. – https://doi.org/10.3390/v17070923.
   
8. Koryukov MA, Oscorbin IP, Gordukova MA, Turina IE, Aminova AI, Filipenko ML. Novel multitarget LAMP and PCR assays for the detection of Bordetella species. – 2025. – Methods. – V. 240. – P. 63–72. https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2025.04.005.