Лаборатория геномного редактирования

Степанов Григорий Александрович
к.х.н.,с.н.с.,

телефон: (383) 363-51-89
Email

• Создание клеточных линий с модифицированным геномом методами направленного геномного редактирования
• Разработка модифицированных направляющих РНК с целью регуляции активности систем геномного редактирования
• Разработка подходов к синтезу искусственных мРНК для создания терапевтических агентов и мРНК-вакцин
• Изучение свойств и функций малых регуляторных РНК с целью создания новых средств регуляции экспрессии генов

Базовый проект

• Базовый проект. Нацпроект Наука. № 122022100238-7 (Молодежные лаборатории) «Создание методов и подходов технологии геномного редактирования» (2022-2024 гг.)
  

Гранты Российского научного фонда

• № 22-75-10153 «Структурные особенности мРНК, определяющие эффективность формирования иммунного ответа, на модели мРНК-вакцины против вируса гриппа»
• № 21-64-00017 «Модификация нуклеиновых кислот и репарация ДНК как источник новых инструментов управления геномами»
• № 18-75-10069 «Разработка стратегии создания высокопермиссивных к вирусу гриппа клеточных линий для получения вакцинных препаратов» (2018-2021 гг.)

Гранты РФФИ

• № 18-29-07073 «м» «Разработка универсальной стратегии селективного ингибирования сплайсинга с помощью редактирования генов малых ядрышковых РНК» (2018-2021 гг.)
• № 19-34-90168 Аспиранты «Определение роли малых ядрышковых РНК в регуляции инфекции клеток человека вирусом гриппа А» (2019-2021 гг.)

1. Cold Atmospheric Plasma Jet and Conjugates of Gold Nanoparticles ith Tyrp1 Antibodies Efficiently Suppress Growth of B16 Tumor. Biryukov M.M., Schweigert I., Polyakova A.A., Kryackova N.V., Varlamov M., Gorbunova E.A., Epanchintseva A.V., Pyshnaya I.A., Zakrevsky D., Milakhina E., ang R., Koval O.A. Plasma Medicine. 2025. V. 15. N 1. P. 1-16. DOI: 10.1615/PlasmaMed.2025057895
2. Увеальная меланома: молекулярно-генетические механизмы развития и подходы к терапии. Жильникова М.В., Троицкая О.С., Новак Д.Д., Атаманов В.В., Коваль О.А. Молекулярная биология. 2024. Т. 58. № 2. С. 189-203. DOI: 10.31857/S0026898424020017
3. Фоторасщепляемые направляющие РНК для фоторегулируемой системы CRISPR/Cas9. Ахметова Е.А., Вохтанцев И.П., Мещанинова М.И., Воробьева М.А., Жарков Д.О., Новопашина Д.С. Биоорганическая химия. 2024. Т. 50. № 4. С. 556–567. DOI: 10.31857/S0132342324040107
4. CRISPR/Cas9 as a New Antiviral Strategy for Treating Hepatitis Viral Infections. Bartosh U.I., Dome A.S., Zhukova N.V., Karitskaya P.E., Stepanov G.A. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 1. P. 334. DOI: 10.3390/ijms25010334
5. A Knockout of the IFITM3 Gene Increases the Sensitivity of I-38 VA13 Cells to the Influenza A Virus. Eshchenko N., Sergeeva M.V., Zhuravlev E.S., Kudria K., Goncharova E.P., Komissarov A.B., Stepanov G.A. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 1. P. 625. DOI: 10.3390/ijms25010625
6. Combination of Oncolytic Virotherapy ith Different Antitumor Approaches against Glioblastoma. Ageenko A.B., Vasileva N.S., Richter V.A., Kuligina E.V. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N. 4. P. 2042. DOI: 10.3390/ijms25042042
7. Uveal Melanoma: Molecular and Genetic Mechanisms of Development and Therapeutic Approaches. Zhilnikova M., Troitskaya O.S., Novak D.D., Atamanov V.V., Koval O.A. Molecular Biology. 2024. V. 58. N 2. P. 165–177. DOI: 10.1134/S0026893324020183
8. Исследование электрофизических параметров холодной плазменной струи в гелии и аргоне. Михалина Е.В., Гугин П.П., Закревский Д.Э., Швейгерт И.В., Бирюков М.М., Патракова Е.А., Коваль О.А. Журнал технической физики. 2024. Т. 94. № 5. С. 727-736. DOI: 10.61011/JTF.2024.05.57811.4-24
9. The Recombinant Oncolytic Virus VV-GMCSF-Lact and Chemotherapy Drugs against Human Glioma. Vasileva N.S., Ageenko A.B., Byvakina A.A., Sen'kova A.V., Kochneva G.V., Mishinov S.V., Richter V.A., Kuligina E.V. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 8. P. 4244. DOI: 10.3390/ijms25084244
10. Novel Efficient Lipid-Based Delivery Systems Enable a Delayed Uptake and Sustained Expression of mRNA in Human Cells and Mouse Tissues. Fedorovskiy A.G., Antropov D.N., Dome A.S., Puchkov P.A., Makarova D.M., Konopleva M.V., Matveeva A.M., Panova E., Shmendel E.V., Maslov M.A., Dmitriev S.E., Stepanov G.A., Markov O.V. Pharmaceutics. 2024. V. 16. N 5. P. 84. DOI: 10.3390/pharmaceutics16050684
11. Therapy-induced secretion of spliceosomal components mediates pro-survival crosstalk between ovarian cancer cells. Shender V.O., Anufrieva K.S., Shnaider P.V., Arapidi G.P., Pavlyukov M.S., Ivanova O.M., Malyants I.K., Stepanov G.A., Zhuravlev E.S., Ziganshin R.H., Butenko I.O., Bukato O.N., Klimina K.M., Veselovsky V.A., Grigorieva T.V., Malanin S.Yu., Aleshikova O.I., Slonov A.V., Babaeva N.A., Ashrafyan L.A., Khomyakova E., Evtushenko E.G., Lukina M.M., ang Z., Silantiev A.S., Nushtaeva A.A., Kharlampieva D.D., Lazarev V.N., Lashkin A.I., Arzumanyan L.K., Petrushanko I.Y., Makarov A.A., Lebedeva O.S., Bogomazova A.N., Lagarkova M.A., Govorun V.M. Nature Communications. 2024. V. 15. P. 5237. DOI: 10.1038/s41467-024-49512-6
12. Photocleavable Guide RNA for Photocontrolled CRISPR/Cas9 System. Akhmetova E.A., Vokhtantsev I.P., Meschaninova M.I., Vorobyeva M.A., Zharkov D.O., Novopashina D.S. Биоорганическая химия. 2024. V. 50. N 4. P. 1314–1324. DOI: 10.1134/S1068162024040046
13. Effect of the Phosphoryl Guanidine Modification in Chimeric DNA–RNA crRNAs on the Activity of the CRISPR-Cas9 System In Vitro. Prokhorova D.V., Kupryushkin M.S., Zhukov S., Zharkov T.D., Dovydenko I.S., Yakovleva K.I., Pereverzev I.M., Matveeva A.M., Pyshnyi D.V., Stepanov G.A. ACS Chem. Biol. 2024. V. 19. N 6. P. 1311-1319. DOI: 10.1021/acschembio.4c00147
14. Cleavage of DNA Substrate Containing Nucleotide Mismatch in the Complementary Region to sgRNA by Cas9 Endonuclease: Thermodynamic and Structural Features. Baranova S.V., Zhdanova P.V., Koveshnikova A.D., Pestryakov P.E., Vokhtantsev I.P., Chernonosov A.A., Koval V.V. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. P. DOI: 10862. 10.3390/ijms251910862
15. Using Computer Modeling and Experimental Methods to Screen for Aptamers That Bind to the VV-GMCSF-LACT Virus. Dymova M.A., Vasileva N.S., Malysheva D.O., Ageenko A.B., Shchugoreva I.A., Artyushenko P.V., Tomilin F.N., Kichkailo A.S., Kuligina E.V., Richter V.A. Molecules. 2024. V. 29. P. 5424. DOI: 10.3390/molecules29225424
16. Photocleavable Guide crRNAs for a Light-Controllable CRISPR/Cas9 System. Sakovina L.V., Vokhtantsev I.P., Akhmetova E.A., Vorobyeva M.A., Vorobyev P.E., Zharkov D.O., Novopashina D.S. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 22. P. 12392. DOI: 10.3390/ijms252212392
17. Expanding Horizons of CRISPR/Cas Technology: Clinical Advancements, Therapeutic Applications, and Challenges in Gene Therapy. Bairqdar A., Karitskaya P.E., Stepanov G.A. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 24. P. 13321. DOI: 10.3390/ijms252413321
18. Цитотоксическая активность атмосферной холодной плазменной струи в отношении 3D-клеточной модели рака молочной железы человека. Патракова Е.А., Бирюков М.М., Троицкая О.С., Новак Д.Д., Милахина Е.В., Гугин П.П., Закревский Д.Э., Швейгерт И.В., Коваль О.А. Цитология. 2023. Т.65. № 1. С. 398-53. DOI: 10.31857/S004137712301008X
19. Механизмы специфичности системы CRISPR/Cas9 в геномном редактировании. Кулишова Л.М., Вохтанцев И.П., Ким Д.В., Жарков Д.О. Молекулярная биология. 2023. Т. 57. № 2. C. 269-284. DOI: 10.31857/S0026898423020155
20. Chloroquine Enhances Death in Lung Adenocarcinoma A549 Cells Exposed to Cold Atmospheric Plasma Jet. Patrakova E.A., Biryukov M.M., Troitskaya O.S., Gugin P., Milakhina E., Semenov D.V., Poletaeva Y., Ryabchikova E.I., Novak D.D., Kryackova N.V., Polyakova A.A., Zhilnikova M., Zakrevsky D., Schweigert I., Koval O.A. Cells. 2023. V. 12. N 2. P. 290. DOI: 10.3390/cells12020290
21. “Pulsed Hypoxia” Gradually Reprograms Breast Cancer Fibroblasts into Pro-Tumorigenic Cells via Mesenchymal–Epithelial Transition. Nushtaeva A.A., Ermakov M., Abdurakhmanova M.M., Troitskaya O.S., Belovezhets T.N., Varlamov M., Gayner T.A., Richter V.A., Koval O.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 3. P. 2494. DOI: 10.3390/ijms24032494
22. Molecular Mechanisms Underlying CRISPR/Cas-Based Assays for Nucleic Acid Detection. Antropov D.N., Stepanov G.A. Curr. Issues Mol. Biol. 2023. V. 45. N 1. P. 649-662. DOI: 10.3390/cimb45010043
23. Optimization of the Parameters of a Cold Plasma Jet Produced by Sinusoidal Voltage Excitation for Effective Suppression of Cancer Cell Viability. Gugin P.P., Zakrevskii D., Milakhina E.V., Biryukov M.M., Koval O.A., Patrakova E.A., Schweigert I.V. Медицинская техника. 2023. V. 56. P. 409–413. DOI: 10.1007/s10527-023-10246-2
24. Characteristics of Cold Atmospheric Plasma Jet hen Excited by Sinusoidal and Positive Pulse Voltages for Medical Applications. Schweigert I.V., Zakrevsky D.E., Milakhina E.V., Gugin P.P., Biryukov M.M., Patrakova E.A., Troitskaya O.S., Koval O.A. Физика плазмы. 2023. V. 49. N 5. P. 595–601. DOI: 10.1134/S1063780X2360010X
25. New uveal melanoma cell model for the study of aging-inducing and melanosome-specific drugs. Koval O.A., Nushtaeva A.A., Zhilnikova M., Troitskaya O.S., Novak D.D., Atamanov V.V., Chernykh D.V. Febs Open Bio. 2023. V. 13. S. 2. P. 83. DOI: 10.1002/2211-5463.13646 тезисы конференции
26. Cytotoxic Activity of a Cold Atmospheric Plasma Jet in Relation to a 3D Cell Model of Human Breast Cancer. Patrakova E.A., Biryukov M.M., Troitskaya O.S., Novak D.D., Milakhina E.V., Gugin P.P., Zakrevsky D.E., Schweigert I.V., Koval O.A. Cell and Tissue Biology. 2023. V. 17. P. 233–246. DOI: 10.1134/S1990519X23030094 перевод
27. Подавление EGFR ингибирует сферообразование клеток культуры MCF7 со сверхэкспрессией EGFR. Новак Д.Д., Троицкая О.С., Нуштаева А.А., Жильникова М.В., Рихтер В.А., Мещанинова М.И., Коваль О.А. Acta Naturae. 2023. Т. 15. № 2 (57). С. 60-69. DOI: 10.32607/actanaturae.17857
28. EGFR Suppression Inhibits the Sphere Formation of MCF7 Cells Overexpressing EGFR. Novak D.D., Troitskaya O.S., Nushtaeva A.A., Zhilnikova M., Richter V.A., Meschaninova M.I., Koval O.A. Acta Naturae. 2023. V. 15. N 2 (57). P. 59-69. DOI: 10.32607/actanaturae.17857 перевод
29. Характеристики холодной плазменной струи при возбуждении синусоидальным и положительным импульсным напряжениями для медицинских приложений. Швейгерт И.В., Закревский Д.Э., Милахина Е.В., Гугин П.П., Бирюков М.М., Патракова Е.А., Троицкая О.С., Коваль О.А. Физика плазмы. 2023. Т. 49. №5. С. 447-453. DOI: 10.31857/S0367292122601400
30. Transcriptome Changes in Glioma Cells upon Infection ith the Oncolytic Virus VV-GMCSF-Lact. Semenov D.V., Vasileva N.S., Dymova M.A., Mishinov S.V., Savinovskaya Y.I., Ageenko A.B., Dome A.S., Zinchenko N.D., Stepanov G.A., Kochneva G.V., Richter V.A., Kuligina E.V. Cells. 2023. V. 12. P. 2616. DOI: 10.3390/cells12222616
31. The Molecular Basis for Selectivity of the Cytotoxic Response of Lung Adenocarcinoma Cells to Cold Atmospheric Plasma. Biryukov M.M., Semenov D.V., Kryachkova N., Polyakova A.A., Patrakova E.A., Troitskaya O.S., Milakhina E., Poletaeva Y., Gugin P., Ryabchikova E.I., Zakrevsky D., Schweigert I., Koval O.A. Biomolecules. 2023. V. 13. P. 1672. DOI: 10.3390/biom13111672
32. RL2 Enhances the Elimination of Breast Cancer Cells by Doxorubicin. Wohlfromm F., Seyrek K., Ivanisenko N., Troitskaya O.S., Kulms D., Richter V.A., Koval O.A., Lavrik O.I. Cells. 2023. V. 12. N 24. P. 2779. DOI: 10.3390/cells12242779
33. Cas9 is mostly orthogonal to human systems of DNA break sensing and repair. Maltseva E.A., Vasil'eva I.A., Moor N.A., Kim D.V., Dyrkheeva N.S., Kutuzov M.M., Vokhtantsev I.P., Kulishova L.M., Zharkov D.O., Lavrik O.I. PloS ONE. 2023. V. 18. N 11. e0294683. DOI: 10.1371/journal.pone.0294683
34. Mechanisms of the specificity of the CRISPR/Cas9 system in genome editing. Kulishova L.M., Vokhtantsev I.P., Kim D.V., Zharkov D.O. Молекулярная биология. 2023. V. 57. N 2. P. 258–271. DOI: 10.1134/S0026893323020139 перевод
35. Expression and Functional Analysis of the Compact Thermophilic Anoxybacillus flavithermus Cas9 Nuclease. Matveeva A.M., Ryabchenko A., Petrova V.A., Prokhorova D.V., Zhuravlev E.S., Zakabunin A.I., Tikunov A., Stepanov G.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 23. P. 17121. DOI: 10.3390/ijms242317121
36. Influence of N1-Methylpseudouridine in Guide RNAs on CRISPR/Cas9 Activity. Prokhorova D.V., Matveeva A.M., Zakabunin A.I., Ryabchenko A., Stepanov G.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 2. P. 17116. DOI: 10.3390/ijms242317116
37. Цитотоксическое действие онколитического вируса VV-GMCSF-Lact в отношении 3D-культур клеток глиобластомы человека U-87 MG. Дымова М.А., Шнайдер Т.А., Чечеткина С.А., Петров Г.О., Малышева Д.О., Дроков Д.В., Агеенко А.Б., Васильева Н.С., Рихтер В.А., Кулигина Е.В. Acta Biomedica Scientifica. 2023. Т. 8. № 6. С. 162-169. DOI: 10.29413/ABS.2023-8.6.15
38. Intron Editing Reveals SNORD-Dependent Maturation of the Small Nucleolar RNA Host Gene GAS5 in Human Cells. Matveeva A.M., Vinogradov D.I., Zhuravlev E.S., Semenov D.V., Vlassov V.V., Stepanov G.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 24. P. 17621. DOI: 10.3390/ijms242417621
39. Лауреаты Нобелевской премии по физиологии или медицине 2023 года — Каталин Карико и Дрю Вайсман. Антопов Д.Н., Прохорова Д.В., Степанов Г.А. Природа. 2023. №12. С. 64-71. DOI: 10.7868/S0032874X23120086
40. Effect of Complexation ith Modified β-Cyclodextrins on the Luminescent Properties of Bisphenol A in Aqueous Solution. Belikov Yu.A., Zhdankin G.I. Marikovskaya S.M., Sulima M.T., Pozdnyakov I.P. High energy chemistry. 2023. V. 57. S. 3. S386–S390. DOI: 10.1134/S0018143923090023
41. A New Human Uveal Melanoma Cell Line: Melanin Production andMolecular Markers for Targeted Therapy. Zhilnikova M., Novak D.D., Troitskaya O.S., Nushtaeva A.A., Biryukov M.M., Zvereva S., Varlamov M., Koval V.V., Stanishevskaya O.M., Chernykh D.V., Kononova N.V., Atamanov V.V., Koval O.A. Biochemistry (Moscow). 2023. V. 17. N 4. P. 165–171. DOI: 10.1134/S1990750823600607. перевод