Лаборатория геномного редактирования

Степанов Григорий Александрович
к.х.н.,с.н.с.,

телефон: (383) 363-51-89
Email

• Создание клеточных линий с модифицированным геномом методами направленного геномного редактирования
• Разработка модифицированных направляющих РНК с целью регуляции активности систем геномного редактирования
• Разработка подходов к синтезу искусственных мРНК для создания терапевтических агентов и мРНК-вакцин
• Изучение свойств и функций малых регуляторных РНК с целью создания новых средств регуляции экспрессии генов

Базовый проект

• Базовый проект. Нацпроект Наука. № 122022100238-7 (Молодежные лаборатории) «Создание методов и подходов технологии геномного редактирования» (2022-2024 гг.)
  

Гранты Российского научного фонда

• № 22-75-10153 «Структурные особенности мРНК, определяющие эффективность формирования иммунного ответа, на модели мРНК-вакцины против вируса гриппа»
• № 21-64-00017 «Модификация нуклеиновых кислот и репарация ДНК как источник новых инструментов управления геномами»
• № 18-75-10069 «Разработка стратегии создания высокопермиссивных к вирусу гриппа клеточных линий для получения вакцинных препаратов» (2018-2021 гг.)

Гранты РФФИ

• № 18-29-07073 «м» «Разработка универсальной стратегии селективного ингибирования сплайсинга с помощью редактирования генов малых ядрышковых РНК» (2018-2021 гг.)
• № 19-34-90168 Аспиранты «Определение роли малых ядрышковых РНК в регуляции инфекции клеток человека вирусом гриппа А» (2019-2021 гг.)

1. Chloroquine Enhances Death in Lung Adenocarcinoma A549 Cells Exposed to Cold Atmospheric Plasma Jet. Patrakova E.A., Biryukov M.M., Troitskaya O.S., Gugin P., Milakhina E., Semenov D.V., Poletaeva Y., Ryabchikova E.I., Novak D.D., Kryachkova N., Polyakova A., Zhilnikova M., Zakrevsky D., Schweigert I., Koval O.A. Cells. 2023. V. 12. N 2. P. 290. DOI: 10.3390/cells12020290
2. Иммуногенная гибель опухолевых клеток в терапии онкологических заболеваний. Троицкая О.С., Новак Д.Д., Рихтер В.А., Коваль О.А. Acta Naturae. 2022. Т. 14. № 1. С. 40-53. DOI: 10.32607/actanaturae.11523
3. CRISPR-Cas9 mediated knockout of AnxA6 gene enhances influenza A virus replication in low-permissive HEK293FT cell line. Komissarov A.B., Sergeeva M.V., Zhuravlev E.S., Medvedev S.P., Malakhova A.A., Andreeva E., Shurygina A.-P., Gorshkov A., Timofeeva M., Balahonova E.A., Grudinin M., Zakiyan S.M., Richter V.A., Stepanov G.A. Gene. .2022. V. 809. P. 146024. DOI: 10.1016/j.gene.2021.146024
4. Probing the Dynamics of Streptococcus pyogenes Cas9 Endonuclease Bound to the sgRNA Complex Using Hydrogen-Deuterium Exchange Mass Spectrometry. Zhdanova P.V., Chernonosov A.A., Prokhorova D.V., Stepanov G.A., Kanazhevskaya L.Y., Koval V.V. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. P. 1129. DOI: 10.3390/ijms23031129
5. A low-activity polymorphic variant of human NEIL2 DNA glycosylase. Kakhkharova Z.I., Zharkov D.O., Grin I.R. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 4. P. 2212. DOI: 10.3390/ijms23042212
6. Application of the CRISPR/Cas9 System to Study Regulation Pathways of the Cellular Immune Response to Influenza Virus. Prokhorova D.V., Eschenko N.V., Lemza A.E., Sergeeva M.V., Amirkhanov R.N., Stepanov G.A. Viruses. 2022. V. 14. N 2. P. 437. DOI: 10.3390/v14020437
7. A grounded electrode beneath dielectric targets, including cancer cells, enhances the impact of cold atmospheric plasma jet. Schweigert I., Zakrevsky D., Milakhina E., Gugin P., Biryukov M.M., Patrakova E.A., Koval O.A. Plasma Phys. Control. Fusion. 2022. V. 64. N 4. P. 044015. DOI: 10.1088/1361-6587/ac53f1
8. Noncatalytic domains in DNA glycosylases. Torgasheva N.A., Dyatlova E., Grin I.R., Endutkin A.V., Mechetin G.V., Vokhtantsev I.P., Yudkina A.V., Zharkov D.O. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 13. P. 7286. DOI: 10.3390/ijms23137286
9. Recognition of a clickable abasic site analog by DNA polymerases and DNA repair enzymes. Endutkin A.V., Yudkina A.V., Zharkov T.D., Kim D.V., Zharkov D.O. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 21. P. 13353. DOI: 10.3390/ijms232113353
10. Новый подход к синтезу фотоблокированных малых интерферирующих РНК для активируемой светом РНК-интерференции. Ахметова Е.А., Ким Д.В., Доме А.С., Мещанинова М.И., Новопашина Д.С. Биоорганическая химия. 2022. Т. 48. № 5. С.580-588. DOI: 10.31857/S0132342322050037
11. Клетки рака молочной железы изменяют чувствительность к гормональным и ростовым стимулам при 3D-культивировании. Нуштаева А.А., Савинкова М.М., Ермаков М.С., Варламов М.Е., Новак Д.Д., Рихтер В.А., Коваль О.А. Цитология. 2022. Т. 64. № 4. С. 353–365. DOI: 10.31857/S0041377122040046
12. Post‐Transcriptional Modifications of RNA as Regulators of Apoptosis in Glioblastoma. Dome A.S., Dymova M.A., Richter V.A., Stepanov G.A. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. P. 9272. DOI: 10.3390/ijms23169272
13. Сигнальные пути, определяющие эффективность терапии глиобластомы вирусом осповакцины. Васильева Н.С., Агеенко А.Б., Рихтер В.А., Кулигина Е.В. Acta Naturae. 2022. Т. 14. № 2. С. 62-70. DOI: 10.32607/actanaturae.11623
14. Immunogenic Cell Death in Cancer Therapy. Troitskaya O.S., Novak D.D., Richter V.A., Koval O.A. Acta Naturae. 2022. V. 14. N 1. P. 40 - 53. DOI: 10.32607/actanaturae.11523 (перевод)
15. Immunological Effects of Cold Atmospheric Plasma-Treated Cells in Comparison with Those of Cells Treated with Lactaptin-Based Anticancer Drugs. Troitskaya O.S., Novak D.D., Varlamov M., Biryukov M.M., Nushtaeva A.A., Kochneva G.V., Zakrevsky D., Schweigert I., Richter V.A., Koval O.A. Biophysica. 2022. V. 2. N 3. P. 266-280. DOI: 10.3390/biophysica2030025
16. Thermodynamic Swings: How Ideal Complex of Cas9-RNA/DNA Forms. Zhdanova P.V., Lomzov A.A., Prokhorova D.V., Stepanov G.A., Chernonosov A.A., Koval V.V. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 16. P. 8891. DOI: 10.3390/ijms23168891
17. Transcriptome Changes in Glioma Cells Cultivated under Conditions of Neurosphere Formation. Vasileva N.S., Kuligina E.V., Dymova M.A., Savinovskaya Y.I., Zinchenko N.D., Ageenko A.B., Mishinov S.V., Dome A.S., Stepanov G.A., Richter V.A., Semenov D.V. Cells. 2022. V. 11. P. 3106. DOI: 10.3390/cells11193106
18. MicroRNA and mRNA Expression Changes in Glioblastoma Cells Cultivated under Conditions of Neurosphere Formation. Dymova M.A., Vasileva N.S., Kuligina E.V., Savinovskaya Y.I., Zinchenko N.D., Ageenko A.B., Mishinov S.V., Stepanov G.A., Richter V.A. Curr. Issues Mol. Biol. 2022. V. 44. N 11. P. 5294-5311. DOI: 10.3390/cimb44110360
19. Роль ингибитора апоптоза XIAP в устойчивости клеток глиобластомы к действию рекомбинантного вируса осповакцины VV-GMCSF-LACT. Васильева Н.С., Агеенко А.Б., Чинак О.А., Рихтер В.А., Кулигина Е.В. Биотехнология. 2022. Т. 38. № 5. С. 73-79. DOI: 10.56304/S0234275822050155
20. Analysis of Expression Pattern of snoRNAs in Human Cells A549 Infected by Influenza A Virus. Zhuravlev E.S., Sergeeva M.V., Malanin S., Amirkhanov R.N., Semenov D.V., Grigoryeva T., Komissarov A.B., Stepanov G.A. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. P. 13666. DOI: 10.3390/ijms232213666
21. Improving Stability and Specificity of CRISPR/Cas9 System by Selective Modification of Guide RNAs with 2′-fluoro and Locked Nucleic Acid Nucleotides. Sakovina L., Vokhtantsev I.P., Vorobyeva M.A., Vorobyev P.E., Novopashina D.S. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 21. P. 13460. DOI: 10.3390/ijms232113460
22. Inactivation and Degradation of Influenza A Virus on the Surface of Photoactive Self-Cleaning Cotton Fabric Functionalized with Nanocrystalline TiO2. Selishchev D., Stepanov G.A., Sergeeva M.V., Solovyeva M., Zhuravlev E.S., Komissarov A.B., Richter V.A., Kozlov D. Catalysts. 2022. V. 12. P. 1298. DOI: 10.3390/catal12111298
23. Natural Nucleoside Modifications in Guide RNAs Can Modulate the Activity of the CRISPR-Cas9 System In Vitro. Prokhorova D.V., Vokhtantsev I.P., Tolstova P.O., Zhuravlev E.S., Kulishova L.M., Zharkov D.O., Stepanov G.A. CRISPR J. 2022. V. 5. N 6. P. 799-812. DOI: 10.1089/crispr.2022.0069
24. Исследование взаимодействия холодной плазмы со сфероидами, сформированными клетками человека. Бирюков М.М., Патракова Е.А., Коваль О.А., Милахина Е.В., Закревский Д.Э., Швейгерт И.В. Цитология. 2022. Т. 64. N 7. С. 665-666. DOI: 10.31857/S004137712207001X (тезисы конференции)
25. Оптимизация параметров холодной плазменной струи при возбуждении синусоидальным напряжением для эффективного подавления жизнеспособности раковых клеток. Гугин П.П., Закревский Д.Э., Милахина Е.В., Бирюков М.М., Коваль О.А., Патракова Е.А., Швейгерт И.В. Медицинская техника. 2022. № 6. С. 26-29.
26. Breast cancer cells in 3D model alters their sensitivity to hormonal and growth factors. Nushtaeva A.A., Savinkova M.M., Ermakov M., Varlamov M., Novak D.D., Richter V.A., Koval O.A. Cell and Tissue Biology. 2022. V. 16. N 6. P. 555–567. DOI: 10.1134/S1990519X22060050 (перевод)
27. Photocaged Small Interfering RNA. Akhmetova E.A., Kim D.V., Dome A.S., Meschaninova M.I., Novopashina D.S. Биоорганическая химия. 2022. V. 48. N 5. P. 1036-1042. DOI: 10.1134/S106816202205003X (перевод)
28. Клеточная линия увеальной меланомы для моделирования метастатических поражений центральной нервной системы. Коваль О.А., Нуштаева А.А., Бирюков М.М., Троицкая О.С., Новак Д.Д., Гайнер Т.А., Милахина Е.В., Закревский Д.Э., Атаманов В.В., Кононова Н.В., Соболева М.Е., Мун В.Р., Черных В.В., Швейгерт И.В. Гены и клетки. 2022. Том XVII. № 3. С. 113. (тезисы конференции)
29. Human Blood Extracellular Vesicles Activate Transcription of NF-kB-Dependent Genes in A549 Lung Adenocarcinoma Cells. Savinovskaya Y.I., Nushtaeva A.A., Savelyeva A.V., Morozov V.V., Ryabchikova E.I., Kuligina E.V., Richter V.A., Semenov D.V. Curr. Issues Mol. Biol. 2022. V. 44. P. 6028–6045. DOI: 10.3390/cimb44120411
30. Chemical Modifications Influence the Number of siRNA Molecules Adsorbed on Gold Nanoparticles and the Efficiency of Downregulation of a Target Protein. Epanchintseva A.V., Poletaeva Y., Dome A.S., Dovydenko I.S., Pyshnaya I.A., Ryabchikova E.I. Nanomaterials. 2022. V. 12. P. 4450. DOI: 10.3390/nano12244450
31. Influence of modified nucleotides on the activity of the CRISPR/Cas9 system in vitro. Prokhorova D.V., Zhuravlev E.S., Tolstova P., Stepanov G.A., Stepanov G.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 285. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
32. Фотоактивируемая система CRISPR/CAS9. Ахметова Е.А., Голышев В.М., Вохтанцев И.П., Мещанинова М.И., Веньяминова А.Г., Новопашина Д.С. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С. 276-286. DOI: 10.31857/S0132342321020020
33. Photoactivatable System CRISPR/Cas9. Akhmetova E.A., Golyshev V.M., Vokhtantsev I.P., Venyaminova A.G., Novopashina D.S. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 276–286. DOI: 10.1134/S1068162021020023 (перевод)
34. Construction and Immunogenicity of Modified mRNA-Vaccine Variants Encoding Influenza Virus Antigens. Starostina E.V., Sharabrin S.V., Antropov D.N., Stepanov G.A., Shevelev G.Yu., Lemza A.E., Rudometov A.P., Borgoyakova M.B., Rudometova N.B., Marchenko V.Yu., Danilchenko N.V., Chikaev A.N. Vaccines (Basel). 2021. V. 9. N 5. P. 452. DOI: 10.3390/vaccines9050452
35. Novel approach to the delivery into the cells and light-activation of the guide RNA for the genome editing CRISPR/Cas9 system. Yakovlev A.N., Akhmetova E.A., Danilin N.A., Semikolenova O.A., Vokhtantsev I.P., Kim D.V., Zharkov D.O., Venyaminova A.G., Novopashina D.S. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 122. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
36. Structural features of Cas9 protein complex with RNA-DNA duplex based on the HDX-MS technique. Chernonosov A.A., Zhdanova P.V., Stepanov G.A., Koval V.V. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 234. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
37. CRISPR-Cas9 mediated knockout of host restriction factors allows increasing influenza A virus replication in human cell line. Stepanov G.A., Sergeeva М., Eschenko N.V., Vasilieva A., Vasiliev K., Zhuravlev E.S., Komissarov А. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 284. DOI: 10.1002/2211-5463.12453 (тезисы конференции)
38. Effects of cold atmospheric plasma on cancer and normal cells in vitro. Patrakova E.A., Troitskaya O.S., Biryukov M.M., Zakrevsky D., Schweigert I., Richter V.A., Koval O.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 299. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
39. Anticancer peptide RL2 – a promising tool for intracellular delivery of therapeutics and diagnostic molecules. Chinak O.A., Patrakova E.A., Ovcherenko S., Shernyukov A., Koval O.A., Kuligina E.V., Bagryanskaya E.G., Richter V.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 299-300. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
40. IDO inhibitors increase the antitumor immunity of ICD-dying cells. Troitskaya O.S., Varlamov M., Kuligina E.V., Richter V.A., Koval O.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 401-402. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
41. Tumor stem cells could promote glioblastoma sensitivity to oncolytic virus. Vasileva N.S., Ageenko A.B., Dmitrieva M.D., Richter V.A., Kuligina E.V. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 410. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
42. Photoactivatable CRISPR/CAS9 system. Akhmetova E.A., Golyshev V.M., Vokhtantsev I.P., Meschaninova M.I., Venyaminova A.G., Novopashina D.S. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 496-504. DOI: 10.1134/S1068162021020023 (перевод)
43. Mild phenotype of knockouts of the major apurinic/apyrimidinic endonuclease APEX1 in a non-cancer human cell line. Kim D.V., Kulishova L.M., Torgasheva N.A., Melentyev V.S., Dianov G.L., Medvedev S.P., Zakiyan S.M., Zharkov D.O. PloS ONE. 2021. V. 16. N 9. P. e0257473. DOI: 10.1371/journal.pone.0257473
44. Photoactivatable nanoCRISPR/Cas9 System Based on crRNA Reversibly Immobilized on Carbon Nanoparticles. Semikolenova O.A., Sakovina L., Akhmetova E., Kim D.V., Vokhtantsev I.P., Golyshev V.M., Vorobyeva M.A., Novopashin S., Novopashina D.S. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. P. 10919. DOI: 10.3390/ijms222010919
45. Double Recombinant Vaccinia Virus: A Candidate Drug against Human Glioblastoma. Vasileva N.S., Ageenko A.B., Dmitrieva M.D., Nushtaeva A.A., Mishinov S., Kochneva G.V., Richter V.A., Kuligina E.V. Life-Basel. 2021. V. 11. P. 1084. DOI: 10.3390/life11101084
46. EGFR Transgene Stimulates Spontaneous Formation of MCF7 Breast Cancer Cells Spheroids with Partly Loss of HER3 Receptor. Troitskaya O.S., Novak D.D., Nushtaeva A.A., Savinkova M.M., Varlamov M., Ermakov M., Richter V.A., Koval O.A. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. N 23. P. 12937. DOI: 10.3390/ijms222312937
47. Modulation of long non-coding RNA Gas5 splicing using CRISPR/Cas9 editing of small nucleolar RNA genes. Matveeva A.M., Vinogradov D.I., Zhuravlev E.S., Semenov D.V., Vlassov V.V., Stepanov G.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 32. DOI: 10.1002/2211-5463.13206 (тезисы конференции)
48. Mismatch of frequencies of ac voltage and streamers propagation in cold atmospheric plasma jet for typical regimes of cancer cell treatment. Schweigert I., Alexandrova A., Zakrevsky D., Milakhina E., Gugin P., Biryukov M.M., Patrakova E.A., Koval O.A. J. Phys.: Conf. Ser. 2021. V. 2100. N 012020. P. 1-7. DOI: 10.1088/1742-6596/2100/1/012020
49. The autophagy contribution into the cells killing by cold atmospheric plasma irradiation. Patrakova E.A., Biryukov M.M., Schweigert I., Zakrevsky D., Troitskaya O.S., Gugin P., Milakhina E., Koval O.A. Cell Death Discovery. 2021. V. 7. S. 1. С. 10-11. (тезисы конференции)