Лаборатория геномной и белковой инженерии [Институт химической биологии и фундаментальной медицины]
ИХБФМ СО РАН » ru » Структура института » Лаборатории » Лаборатория геномной и белковой инженерии
Лаборатория геномной и белковой инженерии

Лаборатория геномной и белковой инженерии

Заведующий лабораторией


Жарков Дмитрий Олегович
Чл.-корр. РАН, доктор биологических наук, доцент
Победитель конкурса Фонда содействия отечественной науке «Лучшие ученые РАН»; победитель конкурса научно-популярных статей РФФИ; член редакционной коллегии журнала «Journal of Biomolecular Structure and Dynamics»; член Совета по науке Министерства образования и науки РФ, г.н.с.

телефон: (383) 363-51-87



Сотрудники

ФИО Должность Звание Телефон Researcher ID
Аманова Маргарита Маратовнаст.лаборант 363-51-28
Барматов Александр Евгеньевич инженер 363-51-28 ABE-2455-2021
Булгаков Никита Алексеевич инженер 363-51-28
Грин Инга Ростиславовна н.с. к.х.н. 363-51-88 I-8188-2014
Денисова Анна Сергеевна лаборант 363-51-28
Дворникова (Довгерд) Антонина Павловна ст.лаборант 363-51-28 E-9310-2014
Дятлова (Лаптева) Евгения Алексеевна н.с. к.б.н. 363-51-28 AAF-7949-2021
Ендуткин Антон Валентинович с.н.с. к.х.н. 363-51-28 G-6948-2013
Жарков Дмитрий Олегович зав.лабораторией профессор РАН, чл.-корр.РАН 363-51-87 K-2158-2012
Затеева Мария Вячеславовна лаборант 363-51-88
Кулишова Лилия Михайловна н.с. к.б.н. 363-51-88 M-8942-2016
Ким Дарья Вячеславовнам.н.с. 363-51-89 AAD-2118-2019
Мелентьев Василий Сергеевич ст.лаборант 363-51-88
Панферова Елена Петровна ст. лаборант 363-51-88
Петрова Дарья Витальевна м.н.с. 363-51-88 N-4527-2016
Юдкина Анна Владимировна н.с. к.б.н. 363-51-28 ABA-5710-2020

Основные направления исследований


  • Фундаментальные механизмы повреждения ДНК, репарации ДНК и клеточного ответа на генотоксический стресс.
  • Заболевания человека, связанные с генотоксическим стрессом и дефектами репарации ДНК.
  • Создание молекулярно-биологического инструментария с использованием ферментов репарации ДНК.
  • Дизайн ферментов и многокомпонентных комплексов биополимеров с заданными функциями.

Важнейшие научные результаты


  • Проведен комплекс исследований факторов, влияющих на субстратную специфичность фермента Fpg и OGG1. Часто возникающее в геноме поврежденное основание 8-оксогуанин (oxoG) стимулирует мутагенное включение dAMP при репликации. При репарации oxoG ферментами Fpg бактерий и OGG1 человека для предотвращения мутагенеза oxoG должен удаляться из пар oxoG:C, но не из пар oxoG:A. Установлены механизмы действия этих ферментов, основные параметры строения ДНК, влияющие на их активность, определены аминокислотные остатки, критичные для их функционирования. [Kirpota et al., Nucleic Acids Res. 2011. 39, 4836; Popov et al., J. Comput. Chem. 2013. 34, 319].
  • Проведен комплекс исследований ферментов NEIL1 и NEIL2 человека – гомологов белков Escherichia coli формамидопиримидин-ДНК-гликозилазы (Fpg) и эндонуклеазы VIII (Nei). Установлен подробный механизм узнавания поврежденных оснований ферментами этого класса. Показано, что NEIL1 вместе с 8-оксогуанин-ДНК-гликозилазой человека (OGG1) отвечает за репарацию поврежденного основания 8-оксоаденина в ДНК. Установлены участки белка NEIL2, ответственные за связывание с ДНК. [Grin et al., FEBS Lett. 2010. 584, 1553; Grin et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 2010. 394, 100; Kuznetsov et al., DNA Repair. 2012. 11, 884].
  • Поиск специфических участков в ДНК может идти по трем основным механизмам: ненаправленной трехмерной диффузии (дистрибутивный поиск), ненаправленной одномерной диффузии (процессивный поиск) и АТФ-зависимой направленной транслокации. Разработан новый метод, позволяющий количественно охарактеризовать процессивный поиск, в том числе оценить вклад в него разных механизмов транслокации. Метод использован для установления механизма поиска повреждений урацил-ДНК-гликозилазами и апурин-апиримидиновыми эндонуклеазами человека и E. coli. Показано, что эти ферменты способны вести коррелированный поиск при низкой ионной силе и переходить на дистрибутивную модель при ее повышении, количественно охарактеризован механизм поиска. [Zharkov et al., Mutat. Res. 2010. 685, 11; Mechetin & Zharkov, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2011; Мечетин, Жарков, ДАН. 2011. 437, 695].
  • Исследована роль репарации ДНК в разрастании тринуклеотидных повторов и в регуляции статуса эпигенетического метилирования ДНК – процессов, связанных с нейродегенеративными и онкологическими заболеваниями. Установлены закономерности эффективности репарации внутри трактов тринуклеотидных повторов. Показана роль ДНК-гликозилазы MBD4 в активном деметилировании CpG-островков в ДНК. [Деревянко и др., Биохимия. 2012. 77, 342; Morera et al., Nucleic Acids Res. 2012. 40, 9917].

Текущие гранты

Базовые проекты

  • Программа фундаментальных научных исследований, № 12103130056-8 «Поиск, дизайн и валидация новых белков как фармакологических мишеней и инструментов для генетических технологий» (2021-2024)


Гранты Российского научного фонда

  • № 21-64-00017 «Модификация нуклеиновых кислот и репарация ДНК как источник новых инструментов управления геномами» (2021-2024)
  • № 21-74-10104 «Биоортогональность в свете защитных механизмов клетки: взаимодействие неприродных нуклеиновых кислот с системой эксцизионной репарации оснований ДНК» (2021-2024)
  • № 23-44-00050 «Репарация ДНК как фактор устойчивости растений к солевому и температурному стрессу: модель сахарной свеклы» (2023-2025)
  • № 23-74-10040 «Точность действия ДНК-полимераз на поврежденных и неповрежденных ДНК-матрицах при синтезе с вытеснением цепи» (2023-2026)


Министерство науки и высшего образования РФ

  • № 2021-646-ФП5-0002-013 «Реализация на уникальной научной установке Станция EXAFS спектроскопии научных исследований мирового уровня в области фундаментальной медицины» (2022-2024)

Публикации 2021-2023 года

  1. Grin I.R., Petrova D.V., Endutkin A.V., Chunquan M., Bing Y., Haiying L., Zharkov D.O. Base excision DNA repair in plants: Arabidopsis and beyond. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 19. P. 14746. DOI: 10.3390/ijms241914746
  2. Yudkina A.V., Bulgakov N.A., Kim D.V., Baranova S.V., Ishchenko A.A., Saparbaev M.K., Koval V.V., Zharkov D.O. Abasic site–peptide cross-links are blocking lesions repaired by AP endonucleases. Nucleic Acids Res. 2023. V. 51. N 12. P. 6321-6336. DOI: 10.1093/nar/gkad423
  3. Шилкин Е.С., Петрова Д.В., Жарков Д.О., Макарова А.В. Альтернативные механизмы мутагенеза в mCpG сайтах при репликации и репарации. Молекулярная биология. 2023. Т. 57. № 4. С. 587-596. DOI: 10.31857/S0026898423040195
  4. Zharkov D. O., Yudkina A. V., Riesebeck T., Loshchenova P. S., Mostovich E. A., Dianov G. L. Boron-containing nucleosides as tools for boron–neutron capture therapy. Am. J. Cancer Res. – 2021. – V. 11. – No. 10. – P. 4668–4682.
  5. Prorok P., Grin I. R., Matkarimov B. T., Ishchenko A. A., Laval J., Zharkov D. O., Saparbaev M. Evolutionary origis of DNA repair pathways: Role of oxygen catastrophe in the emergence of DNA glycosylases. Cells. – 2021. – V. 10. – No. 7. – Article No. 1591. DOI: 10.3390/cells10071591
  6. Endutkin A. V., Panferova E. P., Barmatov A. E., Zharkov D. O. DNA glycosylases for 8-oxoguanine repair in Staphylococcus aureus. DNA Repair. – 2021. – V. 105. – Article No. 103160. DOI: 10.1016/j.dnarep.2021.103160
  7. Lebedeva N. A., Rechkunova N. I., Endutkin A. V., Lavrik O. I. Apurinic/apyrimidinic endonuclease 1 and tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 prevent suicidal covalent DNA-protein crosslink at apurinic/apyrimidinic site. Front. Cell Dev. Biol. – 2021. – V. 8. – Article No. 617301. DOI: 10.3389/fcell.2020.617301
  8. Semikolenova O., Sakovina L., Akhmetova E., Kim D., Vokhtantsev I., Golyshev V., Vorobyeva M., Novopashin S., Novopashina D. Photoactivatable nanoCRISPR/Cas9 system based on crRNA reversibly immobilized on carbon nanoparticles. Int. J. Mol. Sci. – 2021. – V. 22. – No. 20. – Article No. 10919. DOI: 10.3390/ijms222010919
  9. Popov A. V., Endutkin A. V., Yatsenko D. D., Yudkina A. V., Barmatov A. E., Makasheva K. A., Raspopova D. Yu., Diatlova E. A., Zharkov D. O. Molecular dynamics approach to identification of new OGG1 cancer-associated somatic variants with impaired activity. J. Biol. Chem. – 2021. – V. 296. – Article No. 100229. DOI: 10.1074/jbc.RA120.014455
  10. Grin I. R., Mechetin G. V., Kasymov R. D., Diatlova E. A., Yudkina A. V., Shchelkunov S. N., Gileva I. P., Denisova A. A., Stepanov G. A., Chilov G. G., Zharkov D. O. A new class of uracil–DNA glycosylase inhibitors active against human and vaccinia virus enzyme. Molecules. – 2021. – V. 26. – No. 21. – Article No. 6668. DOI: 10.3390/molecules26216668
  11. Kim D. V., Kulishova L. M., Torgasheva N. A., Melentyev V. S., Dianov G. L., Medvedev S. P., Zakian S. M., Zharkov D. O. Mild phenotype of knockouts of the major apurinic/apyrimidinic endonuclease APEX1 in a non-cancer human cell line. PLoS ONE. – 2021. – V. 16. – No. 9. – Article No. e0257473. DOI: 10.1371/journal.pone.0257473
  12. Boldinova E. O., Yudkina A. V., Shilkin E. S., Gagarinskaya D. I., Baranovskiy A. G., Tahirov T. H., Zharkov D. O., Makarova A. V. Translesion activity of PrimPol on DNA with cisplatin and DNA–protein cross-links. Sci. Rep. – 2021. – V. 11. – Article No. 17588. DOI: 10.1038/s41598-021-96692-y
  13. Ендуткин А. В., Жарков Д. О. GO-система: путь репарации ДНК для борьбы с окислительными повреждениями. Молекулярная биология. – 2021. – Т. 55. – № 2. – С. 223–242. DOI: 10.31857/S0026898421020063. Переводной вариант: Endutkin A. V., Zharkov D. O. GO system, a DNA repair pathway to cope with oxidative damage. Mol. Biol. (Mosk). – 2021. – V. 55. – No. 2. – P. 193–210. DOI: 10.1134/S0026893321020072
  14. Ахметова Е. А., Голышев В. М., Вохтанцев И. П., Мещанинова М. И., Веньяминова А. Г., Новопашина Д. С. Фотоактивируемая система CRISPR/Cas9. Биоорган. химия. – 2021. – Т. 47. – № 2. – С. 276–286. DOI: 10.31857/S0132342321020020. Переводной вариант: Akhmetova E. A., Golyshev V. M., Vokhtantcev I. P., Meschaninova M. I., Venyaminova A. G., Novopashina D. S. Photoactivatable CRISPR/Cas9 system. Russ. J. Bioorg. Chem. – 2021. – V. 47. – No. 2. – P. 496–504. DOI: 10.1134/S1068162021020023
  15. Дымова М. А., Ендуткин А. В., Полуновский В. В., Закабунин А. И., Храпов Е. А., Торгашева Н. А., Юдкина А. В., Мечетин Г. В., Филипенко М. Л., Жарков Д. О. Изучение свойств рекомбинантной эндонуклеазы IV Mycobacterium tuberculosis. Молекулярная биология. – 2021. – Т. 55. – № 2. – С. 258–268. DOI: 10.31857/S002689842102004X. Переводной вариант: Dymova M. A., Endutkin A. V., Polunovsky V. V., Zakabunin A. I., Khrapov E. A., Torgasheva N. A., Yudkina A. V., Mechetin G. V., Filipenko M. L., Zharkov D. O. Characterization of recombinant endonuclease IV from Mycobacterium tuberculosis. Mol. Biol. (Mosk). – 2021. – V. 55. – No. 2. – P. 225–233. DOI: 10.1134/S0026893321020059
  16. Шилкин Е. С., Петрова Д. В., Полтораченко В. А., Болдинова Е. О., Жарков Д. О., Макарова А. В. Матричные свойства 5-метил-2′-дезоксицитидина и 5-гидроксиметил-2′-дезоксицитидина в реакциях с транслезионными и репаративными ДНК-полимеразами человека. Молекулярная биология. – 2021. – Т. 55. – № 2. – С. 305–311. DOI: 10.31857/S0026898421020130. Переводной вариант: Shilkin E. S., Petrova D. V., Poltorachenko V. A., Boldinova E. O., Zharkov D. O., Makarova A. V. Template properties of 5-methyl-2′-deoxycytidine and 5-hydroxymethyl-2′-deoxycytidine in reactions with human translesion and reparative DNA polymerases. Mol. Biol. (Mosk). – 2021. – V. 55. – No. 2. – P. 267–272. DOI: 10.1134/S0026893321020138
  17. Endutkin A. V., Zharkov D. O. Substrate specificities of DNA glycosylases in vitro and in vivo. DNA Damage, DNA Repair and Disease: V. 1. Dizdaroglu M., Lloyd R. S., Eds. – London: Royal Society of Chemistry, 2021. – P. 175–203. ISBN 978-1-78801-889-0. DOI: 10.1039/9781839160769-00175
  18. Diatlova E. A., Mechetin G. V., Zharkov D. O. Distinct mechanisms of target search by endonuclease VIII-like DNA glycosylases. Cells. – 2022. – V. 11. – No. 20. – Article No. 3192. DOI: 10.3390/cells11203192
  19. Yudkina A. V., Zharkov D. O. Miscoding and DNA polymerase stalling by methoxyamine-adducted abasic sites. Chem. Res. Toxicol. – 2022. – V. 35. – No. 2. – P. 303–314. DOI: 10.1021/acs.chemrestox.1c00359
  20. Prokhorova D. V., Vokhtantsev I. P., Tolstova P. O., Zhuravlev E. S., Kulishova L. M., Zharkov D. O., Stepanov G. A. Natural nucleoside modifications in guide RNAs can modulate the activity of the CRISPR-Cas9 system in vitro. CRISPR J. – 2022. – V. 5. – No. 6. – P. 799–812. DOI: 10.1089/crispr.2022.0069
  21. Zhdanova P. V., Ishchenko A. A., Chernonosov A. A., Zharkov D. O., Koval V. V. Dataset for dynamics and conformational changes in human NEIL2 protein analyzed by integrative structural biology approach. Data Brief. – 2022. – V. 40. – Article No. 107760. DOI: 10.1016/j.dib.2021.107760
  22. Turgimbayeva A., Zein U., Zharkov D. O., Ramankulov Y., Saparbaev M., Abeldenov S. Cloning and characterization of the major AP endonuclease from Staphylococcus aureus. DNA Repair. – 2022. – V. 119. – Article No. 103390. DOI: 10.1016/j.dnarep.2022.103390
  23. Yudkina A. V., Shilkin E. S., Makarova A. V., Zharkov D. O. Stalling of eukaryotic translesion DNA polymerases at DNA-protein cross-links. Genes. – 2022. – V. 13. – No. 2. – Article No. 166. DOI: 10.3390/genes13020166
  24. Kakhkharova Z. I., Zharkov D. O., Grin I. R. A low-activity polymorphic variant of human NEIL2 DNA glycosylase. Int. J. Mol. Sci. – 2022. – V. 23. – No. 4. – Article No. 2212. DOI: 10.3390/ijms23042212
  25. Torgasheva N. A., Diatlova E. A., Grin I. R., Endutkin A. V., Mechetin G. V., Vokhtantsev I. P., Yudkina A. V., Zharkov D. O. Noncatalytic domains in DNA glycosylases. Int. J. Mol. Sci. – 2022. – V. 23. – No. 13. – Article No. 7286. DOI: 10.3390/ijms23137286
  26. Endutkin A. V., Yudkina A. V., Zharkov T. D., Kim D. V., Zharkov D. O. Recognition of a clickable abasic site analog by DNA polymerases and DNA repair enzymes. Int. J. Mol. Sci. – 2022. – V. 23. – No. 21. – Article No. 13353. DOI: 10.3390/ijms232113353
  27. Sakovina L., Vokhtantsev I., Vorobyeva M., Vorobyev P., Novopashina D. Improving stability and specificity of CRISPR/Cas9 system by selective modification of guide RNAs with 2′-fluoro and locked nucleic acid nucleotides. Int. J. Mol. Sci. – 2022. – V. 23. – No. 21. – Article No. 13460. DOI: 10.3390/ijms232113460
  28. Zhdanova P. V., Ishchenko A. A., Chernonosov A. A., Zharkov D. O., Koval V. V. Dynamics and conformational changes in human NEIL2 DNA glycosylase analyzed by hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry. J. Mol. Biol. – 2022. – V. 434. – No. 2. – Article No. 167334. DOI: 10.1016/j.jmb.2021.167334
  29. Ахметова Е. А., Ким Д. В., Доме А. С., Мещанинова М. И., Новопашина Д. С. Новый подход к синтезу фотоблокированных малых интерферирующих РНК для активируемой светом РНК-интерференции. Биоорган. химия. – 2022. – Т. 48. – № 5. – С. 580–588. DOI: 10.31857/S0132342322050037. Переводной вариант: Akhmetova E. A., Kim D. V., Dome A. S., Meschaninova M. I., Novopashina D. S. Photocaged small interfering RNA . Russ. J. Bioorg. Chem. – 2022. – V. 48. – No. 5. – P. 1036–1042. DOI: 10.1134/S106816202205003X
  30. Ендуткин А. В., Яценко Д. Д., Жарков Д. О. Влияние метилирования ДНК на 3′→5′-экзонуклеазную активность основной апурин-апиримидиновой эндонуклеазы человека APEX1. Биохимия. – 2022. – Т. 87. – № 1. – С. 3–15. DOI: 10.31857/S0320972522010018. Переводной вариант: Endutkin A. V., Yatsenko D. D., Zharkov D. O. Effect of DNA methylation on the 3′→5′ exonuclease activity of major human abasic site endonuclease APEX1. Biochemistry (Mosc). – 2022. – V. 87. – No. 1. – P. 10–20. DOI: 10.1134/S0006297922010023
  31. Ююкина С. К., Жарков Д. О. Механизмы обеспечения стабильности генома коронавирусов как потенциальные мишени для противовирусных средств. Вестник РАН. – 2022. – Т. 92. – № 8. – С. 737–746. DOI: 10.31857/S0869587322080175. Переводной вариант: Yuyukina S. K., Zharkov D. O. Mechanisms of coronavirus genome stability as potential targets for antviral drugs. Herald RAS. – 2022. – V. 92. – No. 4. – P. 470–478. DOI: 10.1134/S1019331622040256
  32. Петрова Д. В., Пермякова Н. В., Грин И. Р., Жарков Д. О. Характеристика деметилирующей ДНК-гликозилазы ROS1 из Nicotiana tabacum L. ВЖГиС. – 2022. – Т. 26. – № 4. – С. 341–348. DOI: 10.18699/VJGB-22-41. Переводной вариант: Petrova D. V., Permyakova N. V., Grin I. R., Zharkov D. O. Characterization of demethylating DNA glycosylase ROS1 from Nicotiana tabacum L. Vavilov J. Genet. Breed. – 2022. – V. 26. – No. 4. – P. 341–348. DOI: 10.18699/VJGB-22-41
  33. Zolotovskaia M. A., Modestov A. A., Suntsova M. V., Rachkova A. A., Koroleva E. V., Poddubskaya E. V., Sekacheva M. I., Tkachev V. S., Garazha A. V., Glusker A. A., Seryakov A. P., Vladimirova U. S., Rumiantsev P. O., Moisseev A. A., Zharkov D. O., Kuzmin D. V., Zhao X., Prassolov V. S., Shegay P. V., Li X., Steinbichler T. B., Kim E., Sorokin M. I., Wang Y., Buzdin A. A. Pan-cancer antagonistic inhibition pattern of ATM-driven G2/M checkpoint pathway vs other DNA repair pathways. DNA Repair. – 2023. – V. 123. – Article No. 103448. DOI: 10.1016/j.dnarep.2023.103448
  34. Wu Z., Zhang T., Li J., Chen S., Grin I. R., Zharkov D. O., Yu B., Li H. Genome-wide analysis of WD40 protein family and functional characterization of BvWD40-82 in sugar beet. Front. Plant Sci. – 2023. – V. 14. – Article No. 1185440. DOI: 10.3389/fpls.2023.1185440
  35. Mechetin G. V., Zharkov D. O. DNA damage response and repair in boron–neutron capture therapy. Genes. – 2023. – V. 14. – No. 1. – Article No. 127. DOI: 10.3390/genes14010127
  36. Diatlova E. A., Mechetin G. V., Yudkina A. V., Zharkov V. D., Torgasheva N. A., Endutkin A. V., Shulenina O. V., Konevega A. L., Gileva I. P., Shchelkunov S. N., Zharkov D. O. Correlated target search by vaccinia virus uracil–DNA glycosylase, a DNA repair enzyme and a processivity factor of viral replication machinery. Int. J. Mol. Sci. – 2023. – V. 24. – No. 11. – Article No. 9113. DOI: 10.3390/ijms24119113
  37. Yudkina A. V., Barmatov A. E., Bulgakov N. A., Boldinova E. O., Shilkin E. S., Makarova A. V., Zharkov D. O. Bypass of abasic site–peptide cross-links by human repair and translesion DNA polymerases. Int. J. Mol. Sci. – 2023. – V. 24. – No. 13. – Article No. 10877. DOI: 10.3390/ijms241310877
  38. Ovcherenko S. S., Shernyukov A. V., Nasonov D. M., Endutkin A. V., Zharkov D. O., Bagryanskaya E. G. Dynamics of 8-oxoguanine in DNA: Decisive effects of base pairing and nucleotide context. J. Am. Chem. Soc. – 2023. – V. 145. – No. 10. – P. 5613–5617. DOI: 10.1021/jacs.2c11230
  39. Yudkina A. V., Bulgakov N. A., Kim D. V., Baranova S. V., Ishchenko A. A., Saparbaev M. K., Koval V. V., Zharkov D. O. Abasic site–peptide cross-links are blocking lesions repaired by AP endonucleases. Nucleic Acids Res. – 2023. – V. 51. – No. 12. – P. 6321–6336. DOI: 10.1093/nar/gkad423
  40. Ююкина С. К., Барматов А. Е., Бизяев С. Н., Стеценко Д. А., Сергеева О. В., Зацепин Т. С., Жарков Д. О. Активность экзонуклеазы nsp14 вируса SARS-CoV-2 по отношению к РНК с модифицированными 3′-концевыми нуклеотидами. Докл. РАН Науки о жизни. – 2023. – Т. 509. – № 1. – С. 196–201. DOI: 10.31857/S268673892370018X. Переводной вариант: Yuyukina S. K., Barmatov A. E., Bizyaev S. N., Stetsenko D. A., Sergeeva O. V., Zatsepin T. S., Zharkov D. O. Activity of nsp14 exonuclease from SARS-CoV-2 towards RNAs with modified 3′-termini. Doklady Biol. Sci. – 2023. – V. 509. – No. 1. – P. 65–69. DOI: 10.1134/S1607672923700102
  41. Кулишова Л. М., Вохтанцев И. П., Ким Д. В., Жарков Д. О. Механизмы специфичности системы CRISPR/Cas9 в геномном редактировании. Молекулярная биология. – 2023. – Т. 57. – № 2. – С. 269–284. DOI: 10.31857/S0026898423020155. Переводной вариант: Kulishova L. M., Vokhtantsev I. P., Kim D. V., Zharkov D. O. Mechanisms of the specificity of the CRISPR/Cas9 system in genome editing.Mol. Biol. (Mosk). – 2023. – V. 57. – No. 2. – P. 258–271. DOI: 10.1134/S0026893323020139
  42. Юдкина А. В., Коваленко Е. А., Ендуткин А. В., Панфёрова Е. П., Кириленко А. А., Коханенко А. А., Жарков Д. О. Факторы, влияющие на стабильность тримерной формы 2′-дезоксиуридин-5′-трифосфатнуклеотидгидролазы Escherichia coli. Молекулярная биология. – 2023. – Т. 57. – № 2. – С. 330–339. DOI: 10.31857/S0026898423020246. Переводной вариант: Yudkina A. V., Kovalenko E. A., Endutkin A. V., Panferova E. P., Kirilenko A. A., Kokhanenko A. A., Zharkov D. O. Factors affecting the stability of the trimer of 2′-deoxyuridine 5′-triphosphate nucleotide hydrolase from Escherichia coli. Mol. Biol. (Mosk). – 2023. – V. 57. – No. 2. – P. 312–319. DOI: 10.1134/S002689332302022X
  43. Шилкин Е. С., Петрова Д. В., Жарков Д. О., Макарова А.В. Альтернативные механизмы мутагенеза в mCpG сайтах при репликации и репарации. Молекулярная биология. – 2023. – Т. 57. – № 4. – С. 587–596. DOI: 10.31857/S0026898423040195

Патенты

1.РЕКОМБИНАНТНЫЙ ШТАММ БАКТЕРИЙ ESCHERICHIA COLI ROSETTA 2(DE3)/PET24B(+)-ROS1 — ПРОДУЦЕНТ МЕТИЛЦИТОЗИН-СПЕЦИФИЧЕСКОЙ ДНК-ГЛИКОЗИЛАЗЫ ROS1. Петрова Д.В., Жарков Д.О. Патент РФ № 2775207, приоритет от 12.07.2021.

2.МОДИФИЦИРОВАННАЯ НАПРАВЛЯЮЩАЯ РНК, ОБЛАДАЮЩАЯ СПОСОБНОСТЬЮ ИНАКТИВИРОВАТЬ СИСТЕМУ РЕДАКТИРОВАНИЯ ГЕНОМА CRISPR/CAS9, И СПОСОБ ЕЕ ПОЛУЧЕНИЯ. Новопашина Д.С., Ахметова Е.А., Мещанинова М.И., Вохтанцев И.П., Жарков Д.О., Веньяминова А.Г. Патент РФ № 2765159, приоритет от 26.08.2020.

3.БАЗА ДАННЫХ УЧЕТА БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ И ОПИСАНИЯ КЛИНИКО-ПАТОЛОГИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ПАЦИЕНТОВ С ЗАБОЛЕВАНИЯМИ ЛЕГКОГО (БД-РЛ). Морозкин Е.С., Попов А.В., Пономарева А.А., Чердынцева Н.В., Рыкова Е.Ю., Аникеева О.Ю., Пашковская О.А., Покушалов Е.А., Лактионов П.П., Власов В.В. База данных № 2015620538, приоритет от 07.11.2014.

4.БАЗА ДАННЫХ УЧЕТА БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ И ОПИСАНИЯ КЛИНИКО-ПАТОЛОГИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ПАЦИЕНТОВ С НОВООБРАЗОВАНИЯМИ ПРЕДСТАТЕЛЬНОЙ ЖЕЛЕЗЫ. Брызгунова О.Е., Морозкин Е.С., Попов А.В., Бондарь А.А., Тамкович С.Н., Зарипов М.М., Покушалов Е.А., Лактионов П.П. База данных № 2014620509, приоритет от 06.12.2013.

5.БАЗА ДАННЫХ УЧЕТА БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ ОТ ПАЦИЕНТОВ С НОВООБРАЗОВАНИЯМИ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ (УБО-НМЖ). Тамкович С.Н., Милейко В.А., Попов А.В., Власов В.В., Лактионов П.П. 2012 г. База данных № 2012621042, приоритет от 13.08.2012.

6.СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА 8-ОКСОГУАНИН-ДНК-ГЛИКОЗИЛАЗЫ ЧЕЛОВЕКА. Кузнецов Н.А., Коваль В.В., Воробьев Ю.Н., Жарков Д.О., Сильников В.Н., Федорова О.С. 2010 г. Патент РФ № 2380417, приоритет от 25.04.2008.





© Copyright 2023. ИХБФМ СО РАН

Яндекс.Метрика