Лаборатория геномной и белковой инженерии

Жарков Дмитрий Олегович
Чл.-корр. РАН, доктор биологических наук, доцент
Победитель конкурса Фонда содействия отечественной науке «Лучшие ученые РАН»; победитель конкурса научно-популярных статей РФФИ; член редакционной коллегии журнала «Journal of Biomolecular Structure and Dynamics»; член Совета по науке Министерства образования и науки РФ, г.н.с.

телефон: (383) 363-51-87 Email

• Фундаментальные механизмы повреждения ДНК, репарации ДНК и клеточного ответа на генотоксический стресс.
• Заболевания человека, связанные с генотоксическим стрессом и дефектами репарации ДНК.
• Создание молекулярно-биологического инструментария с использованием ферментов репарации ДНК.
• Дизайн ферментов и многокомпонентных комплексов биополимеров с заданными функциями.
  

• Проведен комплекс исследований факторов, влияющих на субстратную специфичность фермента Fpg и OGG1. Часто возникающее в геноме поврежденное основание 8-оксогуанин (oxoG) стимулирует мутагенное включение dAMP при репликации. При репарации oxoG ферментами Fpg бактерий и OGG1 человека для предотвращения мутагенеза oxoG должен удаляться из пар oxoG:C, но не из пар oxoG:A. Установлены механизмы действия этих ферментов, основные параметры строения ДНК, влияющие на их активность, определены аминокислотные остатки, критичные для их функционирования. [Kirpota et al., Nucleic Acids Res. 2011. 39, 4836; Popov et al., J. Comput. Chem. 2013. 34, 319].
• Проведен комплекс исследований ферментов NEIL1 и NEIL2 человека – гомологов белков Escherichia coli формамидопиримидин-ДНК-гликозилазы (Fpg) и эндонуклеазы VIII (Nei). Установлен подробный механизм узнавания поврежденных оснований ферментами этого класса. Показано, что NEIL1 вместе с 8-оксогуанин-ДНК-гликозилазой человека (OGG1) отвечает за репарацию поврежденного основания 8-оксоаденина в ДНК. Установлены участки белка NEIL2, ответственные за связывание с ДНК. [Grin et al., FEBS Lett. 2010. 584, 1553; Grin et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 2010. 394, 100; Kuznetsov et al., DNA Repair. 2012. 11, 884].
• Поиск специфических участков в ДНК может идти по трем основным механизмам: ненаправленной трехмерной диффузии (дистрибутивный поиск), ненаправленной одномерной диффузии (процессивный поиск) и АТФ-зависимой направленной транслокации. Разработан новый метод, позволяющий количественно охарактеризовать процессивный поиск, в том числе оценить вклад в него разных механизмов транслокации. Метод использован для установления механизма поиска повреждений урацил-ДНК-гликозилазами и апурин-апиримидиновыми эндонуклеазами человека и E. coli. Показано, что эти ферменты способны вести коррелированный поиск при низкой ионной силе и переходить на дистрибутивную модель при ее повышении, количественно охарактеризован механизм поиска. [Zharkov et al., Mutat. Res. 2010. 685, 11; Mechetin & Zharkov, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2011; Мечетин, Жарков, ДАН. 2011. 437, 695].
• Исследована роль репарации ДНК в разрастании тринуклеотидных повторов и в регуляции статуса эпигенетического метилирования ДНК – процессов, связанных с нейродегенеративными и онкологическими заболеваниями. Установлены закономерности эффективности репарации внутри трактов тринуклеотидных повторов. Показана роль ДНК-гликозилазы MBD4 в активном деметилировании CpG-островков в ДНК. [Деревянко и др., Биохимия. 2012. 77, 342; Morera et al., Nucleic Acids Res. 2012. 40, 9917].

Базовые проекты

• Программа фундаментальных научных исследований, № 12103130056-8 «Поиск, дизайн и валидация новых белков как фармакологических мишеней и инструментов для генетических технологий» (2021-2024)
  

Гранты Российского научного фонда

• № 21-64-00017 «Модификация нуклеиновых кислот и репарация ДНК как источник новых инструментов управления геномами» (2021-2024)
  
• № 21-74-10104 «Биоортогональность в свете защитных механизмов клетки: взаимодействие неприродных нуклеиновых кислот с системой эксцизионной репарации оснований ДНК» (2021-2024)
  
• № 23-44-00050 «Репарация ДНК как фактор устойчивости растений к солевому и температурному стрессу: модель сахарной свеклы» (2023-2025)
  
• № 23-74-10040 «Точность действия ДНК-полимераз на поврежденных и неповрежденных ДНК-матрицах при синтезе с вытеснением цепи» (2023-2026)
  
• № 24-14-00285 «Регуляторные функции окислительных повреждений ДНК в экспрессии генов» (2024-2026)
  

Министерство науки и высшего образования РФ

• № 2021-646-ФП5-0002-013 «Реализация на уникальной научной установке Станция EXAFS спектроскопии научных исследований мирового уровня в области фундаментальной медицины» (2022-2024)
  

1. Beskrovnaia M., Agapov A., Makasheva K., Zharkov D. O., Esyunina D., Kulbachinskiy A. (2024) Sensing of DNA modifications by pAgo proteins in vitro. Biochimie. – 2024. – V. 220. – P. 39–47. DOI: 10.1016/j.biochi.2023.12.006
2. Endutkin A. V., Yudkina A. V., Zharkov T. D., Barmatov A. E., Petrova D. V., Kim D. V., Zharkov D. O. Repair and DNA polymerase bypass of clickable pyrimidine nucleotides. Biomolecules. – 2024. – V. 14. – No. 6. – Article No. 681. DOI: 10.3390/biom14060681
3. Yudkina A. V., Endutkin A. V., Diatlova E. A., Zharkov D. O. A non-canonical nucleotide from viral genomes interferes with the oxidative DNA damage repair system. DNA Repair. – 2024. – V. 133. – Article No. 103605. DOI: 10.1016/j.dnarep.2023.103605
4. Shilkin E. S., Petrova D. V., Novikova A. A., Boldinova E. O., Zharkov D. O., Makarova A. V. Methylation and hydroxymethylation of cytosine alter activity and fidelity of translesion DNA polymerases. DNA Repair. – 2024. – V. 141. – Article No. 103712. DOI: 10.1016/j.dnarep.2024.103712
5. Kim D. V., Diatlova E. A., Zharkov T. D., Melentyev V. S., Yudkina A. V., Endutkin A. V., Zharkov D. O. Back-up base excision DNA repair in human cells deficient in the major AP endonuclease, APE1. Int. J. Mol. Sci. – 2024. – V. 25. – No. 1. – Article No. 64. DOI: 10.3390/ijms25010064
6. Kruchinin A. A., Kamzeeva P. N., Zharkov D. O., Aralov A. V., Makarova A. V. 8-Oxoadenine: A “new” player of the oxidative stress in mammals? Int. J. Mol. Sci. – 2024. – V. 25. – No. 2. – Article No. 1342. DOI: 10.3390/ijms25021342
7. Yudkina A. V., Kim D. V., Zharkov T. D., Zharkov D. O., Endutkin A. V. Probing the conformational restraints of DNA damage recognition with β-L-nucleotides. Int. J. Mol. Sci. – 2024. – V. 25. – No. 11. – Article No. 6006. DOI: 10.3390/ijms25116006
8. Sakovina L., Vokhtantsev I., Akhmetova E., Vorobyeva M., Vorobyev P., Zharkov D. O., Novopashina D. Photocleavable guide crRNA for light-controllable CRISPR/Cas9 system. Int. J. Mol. Sci. – 2024. – V. 25. – No. 22. – Article No. 12392. DOI: 10.3390/ijms252212392
9. Sun Y., Chen S., Grin I. R., Zharkov D. O., Yu B., Li H. The dual role of methylglyoxal in plant stress response and regulation of DJ-1 protein. Physiol. Plant. – 2024. – V. 176. – No. 6. – Article No. e14608. DOI: 10.1111/ppl.14608
10. Manapkyzy D., Joldybayeva B., Ishchenko A. A., Matkarimov B. T., Zharkov D. O., Taipakova S., Saparbaev M. K. Enhanced thermal stability enables human mismatch-specific thymine–DNA glycosylase to catalyse futile DNA repair. PLoS ONE. – 2024. – V. 19. – No. 10. – Article No. e0304818. DOI: 10.1371/journal.pone.0304818
11. Ендуткин А. В., Жарков Д. О. Стратегии расщепления N-гликозидной связи ферментами репарации ДНК. Вестник МГУ. Химия. – 2024. – Т. 65. – № 2. – С. 136–143. DOI: 10.55959/MSU0579-9384-2-2024-65-2-136-143. Переводной вариант: Endutkin A. V., Zharkov D. O. Strategies of N-glycosidic bond cleavage by DNA repair enzymes. Mosc. Univ. Chem. Bull. – 2024. – V. 79. – No. 2. – P. 121–126. DOI: 10.3103/S0027131424700044
12. Ахметова Е. А., Вохтанцев И. П., Мещанинова М. И., Воробьева М. А., Жарков Д. О., Новопашина Д. С. Фоторасщепляемые направляющие РНК для фоторегулируемой системы CRISPR/Cas9. Биоорган. химия. – 2024. – Т. 50. – № 4. – С. 556–567. DOI: 10.31857/S0132342324040147. Переводной вариант: Akhmetova E. A., Vokhtancev I. P., Meschaninova M. I., Vorobyeva M. A., Zharkov D. O., Novopashina D. S. Photocleavable guide RNA for photocontrollable CRISPR/Cas9 system. Russ. J. Bioorg. Chem. – 2024. – V. 50. – No. 4. – P. 1314–1324. DOI: 10.1134/S1068162024040046
13. Иванская Е. В., Мещанинова М. И., Воробьева М. А., Жарков Д. О., Новопашина Д. С. Подход к получению циклических фоторасщепляемых РНК для фотоактивируемой системы CRISPR/Cas9. Биоорган. химия., в печати. Переводной вариант: Ivanskaya E. V., Meschaninova M. I., Vorobyeva M. A., Zharkov D. O., Novopashina D. S. An approach to the synthesis of cyclic photocleavable RNA for photoactivatable CRISPR/Cas9 system. Russ. J. Bioorg. Chem. – 2024. – V. 50. – No. 5. – P. 1807–1821. DOI: 10.1134/S1068162024050327
14. Саковина Л. В., Горленко Е. С., Новопашина Д. С. Фоторегулируемые на уровне направляющей РНК системы CRISPR/Cas. Биофизика. – 2024. – Т. 69. – № 3. – С. 421–431. DOI: 10.31857/S0006302924030012
15. Ерошенко Д. А., Дятлова Е. А., Голышев В. М., Ендуткин А. В., Жарков Д. О. Аберрантная репарация 8-оксогуанина в коротких выпетливаниях ДНК. Докл. РАН. Науки о жизни. – 2024. – Т. 515. – № 2. – С. 14–18. DOI: 10.31857/S2686738924020031. Переводной вариант: Eroshenko D. A., Diatlova E. A., Golyshev V. M., Endutkin A. V., Zharkov D. O. Aberrant repair of 8-oxoguanine in short DNA bulges. Doklady Biochem. Biophys. – 2023. – V. 513. – No. S1. – P. S82–S86. DOI: 10.1134/S1607672923600355
16. Варфоломеев С. Д., Швядас В. К., Ефременко Е. Н., Егоров А. М., Хренова М. Г., Тишков В. И., Атрошенко Д. Л., Пометун А. А., Савин С. С., Угарова Н. Н., Ломакина Г. Ю., Гачок И. В., Лягин И. В., Муронец В. И., Синицын А. П., Синицына О. А., Рожковa А. М., Махаева Г. Ф., Бачурин С. О., Лаврик О. И., Жарков Д. О., Юдкина А. В., Панасенко О. М., Байков А. А., Массон П., Паширова Т. Н., Шайхутдинова З. М., Попова Е. В., Тихомирова В. Е., Кост О. А., Кудряшова Е. В., Добрякова Н. В., Клячко Н. Л., Веселов М. М., Лопухов А. В., Ле-Дейген И. М., Усвалиев А. Д., Чудосай Ю. В., Еремеев Н. Л., Зверева М. Э., Рубцова М. Ю., Уляшова М. М., Преснова Г. В., Сиголаева Л. В., Пергушов Д. В., Курочкин И. Н., Евтушенко Е. Г., Богинская И. А., Звягина Ю. Ю., Слипченко Е. А., Крюкова О. В., Седова М. В., Рыжиков И. А., Шумянцева В. В., Королева П. И., Булко Т. В., Агафонова Л. Е., Масамрех Р. А., Филиппова Т. А., Кузиков А. В., Савицкий А. П., Шлеева М. О., Соловьев И. Д., Марынич Н. К. Биокатализ: современные проблемы и приложения. Успехи химии. – 2024. – Т. 93. – № 12. - RCR5144. DOI: 10.59761/RCR5144
17. Ендуткин А. В., Яковлев А. О., Жарков Т. Д., Голышев В. М., Юдкина А. В., Жарков Д. О. Высокоошибочный синтез ДНК на клик-лигированных матрицах Докл. РАН. Науки о жизни. – 2024. – Т. 518. – № 5. – С. 101–107. Переводной вариант: Endutkin A. V., Yakovlev A. O., Zharkov T. D., Golyshev V. M., Yudkina A. V., Zharkov D. O. Error-prone DNA synthesis on click-ligated templates Dokl. Biochem. Biophys. – 2024. – V. 518. – No. 1 – P. 376–381. DOI: 10.1134/S1607672924600416
18. Zolotovskaia M. A., Modestov A. A., Suntsova M. V., Rachkova A. A., Koroleva E. V., Poddubskaya E. V., Sekacheva M. I., Tkachev V. S., Garazha A. V., Glusker A. A., Seryakov A. P., Vladimirova U. S., Rumiantsev P. O., Moisseev A. A., Zharkov D. O., Kuzmin D. V., Zhao X., Prassolov V. S., Shegay P. V., Li X., Steinbichler T. B., Kim E., Sorokin M. I., Wang Y., Buzdin A. A. Pan-cancer antagonistic inhibition pattern of ATM-driven G2/M checkpoint pathway vs other DNA repair pathways. DNA Repair. – 2023. – V. 123. – Article No. 103448. DOI: 10.1016/j.dnarep.2023.103448
19. Wu Z., Zhang T., Li J., Chen S., Grin I. R., Zharkov D. O., Yu B., Li H. Genome-wide analysis of WD40 protein family and functional characterization of BvWD40-82 in sugar beet. Front. Plant Sci. – 2023. – V. 14. – Article No. 1185440. DOI: 10.3389/fpls.2023.1185440
20. Mechetin G. V., Zharkov D. O. DNA damage response and repair in boron–neutron capture therapy.Genes. – 2023. – V. 14. – No. 1. – Article No. 127. DOI: 10.3390/genes14010127
21. Diatlova E. A., Mechetin G. V., Yudkina A. V., Zharkov V. D., Torgasheva N. A., Endutkin A. V., Shulenina O. V., Konevega A. L., Gileva I. P., Shchelkunov S. N., Zharkov D. O. Correlated target search by vaccinia virus uracil–DNA glycosylase, a DNA repair enzyme and a processivity factor of viral replication machinery. Int. J. Mol. Sci. – 2023. – V. 24. – No. 11. – Article No. 9113. DOI: 10.3390/ijms24119113
22. Yudkina A. V., Barmatov A. E., Bulgakov N. A., Boldinova E. O., Shilkin E. S., Makarova A. V., Zharkov D. O. Bypass of abasic site–peptide cross-links by human repair and translesion DNA polymerases. Int. J. Mol. Sci. – 2023. – V. 24. – No. 13. – Article No. 10877. DOI: 10.3390/ijms241310877
23. Grin I. R., Petrova D. V., Endutkin A. V., Ma C., Yu B., Li H., Zharkov D. O. Base excision DNA repair in plants: Arabidopsis and beyond. Int. J. Mol. Sci. – 2023. – V. 24. – No. 19. – Article No. 14746. DOI: 10.3390/ijms241914746
24. Ovcherenko S. S., Shernyukov A. V., Nasonov D. M., Endutkin A. V., Zharkov D. O., Bagryanskaya E. G. Dynamics of 8-oxoguanine in DNA: Decisive effects of base pairing and nucleotide context. J. Am. Chem. Soc. – 2023. – V. 145. – No. 10. – P. 5613–5617. DOI: 10.1021/jacs.2c11230
25. Yudkina A. V., Bulgakov N. A., Kim D. V., Baranova S. V., Ishchenko A. A., Saparbaev M. K., Koval V. V., Zharkov D. O. Abasic site–peptide cross-links are blocking lesions repaired by AP endonucleases. Nucleic Acids Res. – 2023. – V. 51. – No. 12. – P. 6321–6336. DOI: 10.1093/nar/gkad423
26. Maltseva E. A., Vasil’eva I. A., Moor N. A., Kim D. V., Dyrkheeva N. S., Kutuzov M. M., Vokhtantsev I. P., Kulishova L. M., Zharkov D. O., Lavrik O. I. Cas9 is mostly orthogonal to human systems of DNA break sensing and repair. PLoS ONE. – 2023. – V. 18. – No. 11. – Article No. e0294683. DOI: 10.1371/journal.pone.0294683
27. Громова А. С., Болдинова Е. О., Ким Д. В., Чупров-Неточин Р. Н., Леонов С. В., Пустовалова М. В., Жарков Д. О., Макарова А. В. Особенности ответа клеток карциномы легких человека A549 с нокаутированным геном PRIMPOL на генотоксический стресс. Биохимия. – 2023. – Т. 88. – № 11. – С. 2340–2352. DOI: 10.31857/S0320972523110222. Переводной вариант: Gromova А. S., Boldinova Е. О., Kim D. V., Chuprov-Netochin R. N., Leonov S. V., Pustovalova М. V., Zharkov D. О., Makarova A. V. Response of PRIMPOL-knockout human lung adenocarcinoma A549 cells to genotoxic stress. Biochemistry (Mosc). – 2023. – V. 88. – No. 11. – P. 1933–1943. DOI: 10.1134/S0006297923110214
28. Ююкина С. К., Барматов А. Е., Бизяев С. Н., Стеценко Д. А., Сергеева О. В., Зацепин Т. С., Жарков Д. О. Активность экзонуклеазы nsp14 вируса SARS-CoV-2 по отношению к РНК с модифицированными 3′-концевыми нуклеотидами. Докл. РАН Науки о жизни. – 2023. – Т. 509. – № 1. – С. 196–201. DOI: 10.31857/S268673892370018X. Переводной вариант: Yuyukina S. K., Barmatov A. E., Bizyaev S. N., Stetsenko D. A., Sergeeva O. V., Zatsepin T. S., Zharkov D. O. Activity of nsp14 exonuclease from SARS-CoV-2 towards RNAs with modified 3′-termini. Doklady Biochem. Biophys. – 2023. – V. 509. – No. 1. – P. 65–69. DOI: 10.1134/S1607672923700102
29. Кулишова Л. М., Вохтанцев И. П., Ким Д. В., Жарков Д. О. Механизмы специфичности системы CRISPR/Cas9 в геномном редактировании. Молекулярная биология. – 2023. – Т. 57. – № 2. – С. 269–284. DOI: 10.31857/S0026898423020155. Переводной вариант: Kulishova L. M., Vokhtantsev I. P., Kim D. V., Zharkov D. O. Mechanisms of the specificity of the CRISPR/Cas9 system in genome editing. Mol. Biol. (Mosk). – 2023. – V. 57. – No. 2. – P. 258–271. DOI: 10.1134/S0026893323020139
30. Юдкина А. В., Коваленко Е. А., Ендуткин А. В., Панфёрова Е. П., Кириленко А. А., Коханенко А. А., Жарков Д. О. Факторы, влияющие на стабильность тримерной формы 2′-дезоксиуридин-5′-трифосфатнуклеотидгидролазы Escherichia coli. Молекулярная биология. – 2023. – Т. 57. – № 2. – С. 330–339. DOI: 10.31857/S0026898423020246. Переводной вариант: Yudkina A. V., Kovalenko E. A., Endutkin A. V., Panferova E. P., Kirilenko A. A., Kokhanenko A. A., Zharkov D. O. Factors affecting the stability of the trimer of 2′-deoxyuridine 5′-triphosphate nucleotide hydrolase from Escherichia coli.Mol. Biol. (Mosk). – 2023. – V. 57. – No. 2. – P. 312–319. DOI: 10.1134/S002689332302022X
31. Шилкин Е. С., Петрова Д. В., Жарков Д. О., Макарова А. В. Альтернативные механизмы мутагенеза в mCpG сайтах при репликации и репарации. Молекулярная биология. – 2023. – Т. 57. – № 4. – С. 587–596. DOI: 10.31857/S0026898423040195. Переводной вариант: Shilkin E. S., Petrova D. V., Zharkov D. O., Makarova A. V. Alternative mechanisms of mutagenesis at mCpG sites during replication and repair. Mol. Biol. (Mosk). – 2023. – V. 57. – No. 4. – P. 584–592. DOI: 10.1134/S0026893323040155
32. Diatlova E. A., Mechetin G. V., Zharkov D. O. Distinct mechanisms of target search by endonuclease VIII-like DNA glycosylases. Cells. 2022. V. 11. No. 20. Article No. 3192. DOI: 10.3390/cells11203192
    
33. Yudkina A. V., Zharkov D. O. Miscoding and DNA polymerase stalling by methoxyamine-adducted abasic sites. Chem. Res. Toxicol. 2022. V. 35. No. 2. P. 303–314. DOI: 10.1021/acs.chemrestox.1c00359
    
34. Prokhorova D. V., Vokhtantsev I. P., Tolstova P. O., Zhuravlev E. S., Kulishova L. M., Zharkov D. O., Stepanov G. A. Natural nucleoside modifications in guide RNAs can modulate the activity of the CRISPR-Cas9 system in vitro. CRISPR J. 2022. V. 5. No. 6. P. 799–812. DOI: 10.1089/crispr.2022.0069
    
35. Zhdanova P. V., Ishchenko A. A., Chernonosov A. A., Zharkov D. O., Koval V. V. Dataset for dynamics and conformational changes in human NEIL2 protein analyzed by integrative structural biology approach. Data Brief. 2022. V. 40. Article No. 107760. DOI: 10.1016/j.dib.2021.107760
    
36. Turgimbayeva A., Zein U., Zharkov D. O., Ramankulov Y., Saparbaev M., Abeldenov S. Cloning and characterization of the major AP endonuclease from Staphylococcus aureus. DNA Repair. 2022. V. 119. Article No. 103390. DOI: 10.1016/j.dnarep.2022.103390
    
37. Yudkina A. V., Shilkin E. S., Makarova A. V., Zharkov D. O. Stalling of eukaryotic translesion DNA polymerases at DNA-protein cross-links. Genes. 2022. V. 13. No. 2. Article No. 166. DOI: 10.3390/genes13020166
    
38. Kakhkharova Z. I., Zharkov D. O., Grin I. R. A low-activity polymorphic variant of human NEIL2 DNA glycosylase. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. No. 4. Article No. 2212. DOI: 10.3390/ijms23042212
    
39. Torgasheva N. A., Diatlova E. A., Grin I. R., Endutkin A. V., Mechetin G. V., Vokhtantsev I. P., Yudkina A. V., Zharkov D. O. Noncatalytic domains in DNA glycosylases. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. No. 13. Article No. 7286. DOI: 10.3390/ijms23137286
    
40. Endutkin A. V., Yudkina A. V., Zharkov T. D., Kim D. V., Zharkov D. O. Recognition of a clickable abasic site analog by DNA polymerases and DNA repair enzymes. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. No. 21. Article No. 13353. DOI: 10.3390/ijms232113353
    
41. Sakovina L., Vokhtantsev I., Vorobyeva M., Vorobyev P., Novopashina D. Improving stability and specificity of CRISPR/Cas9 system by selective modification of guide RNAs with 2′-fluoro and locked nucleic acid nucleotides. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. – No. 21. Article No. 13460. DOI: 10.3390/ijms232113460
    
42. Zhdanova P. V., Ishchenko A. A., Chernonosov A. A., Zharkov D. O., Koval V. V. Dynamics and conformational changes in human NEIL2 DNA glycosylase analyzed by hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry. J. Mol. Biol. 2022. V. 434. No. 2. Article No. 167334. DOI: 10.1016/j.jmb.2021.167334
    
43. Ахметова Е. А., Ким Д. В., Доме А. С., Мещанинова М. И., Новопашина Д. С. Новый подход к синтезу фотоблокированных малых интерферирующих РНК для активируемой светом РНК-интерференции. Биоорган. химия. – 2022. – Т. 48. – № 5. – С. 580–588. DOI: 10.31857/S0132342322050037. Переводной вариант: Akhmetova E. A., Kim D. V., Dome A. S., Meschaninova M. I., Novopashina D. S. Photocaged small interfering RNA . Russ. J. Bioorg. Chem. 2022. V. 48. No. 5. P. 1036–1042. DOI: 10.1134/S106816202205003X
    
44. Ендуткин А. В., Яценко Д. Д., Жарков Д. О. Влияние метилирования ДНК на 3′→5′-экзонуклеазную активность основной апурин-апиримидиновой эндонуклеазы человека APEX1. Биохимия. – 2022. – Т. 87. – № 1. – С. 3–15. DOI: 10.31857/S0320972522010018. Переводной вариант: Endutkin A. V., Yatsenko D. D., Zharkov D. O. Effect of DNA methylation on the 3′→5′ exonuclease activity of major human abasic site endonuclease APEX1. Biochemistry (Mosc). 2022. V. 87. No. 1. P. 10–20. DOI: 10.1134/S0006297922010023
    
45. Ююкина С. К., Жарков Д. О. Механизмы обеспечения стабильности генома коронавирусов как потенциальные мишени для противовирусных средств. Вестник РАН. 2022. Т. 92. № 8. С. 737–746. DOI: 10.31857/S0869587322080175. Переводной вариант: Yuyukina S. K., Zharkov D. O. Mechanisms of coronavirus genome stability as potential targets for antviral drugs. Herald RAS. 2022. V. 92. No. 4. P. 470–478. DOI: 10.1134/S1019331622040256
    
46. Петрова Д. В., Пермякова Н. В., Грин И. Р., Жарков Д. О. Характеристика деметилирующей ДНК-гликозилазы ROS1 из Nicotiana tabacum L. ВЖГиС. 2022. Т. 26. № 4. С. 341–348. DOI: 10.18699/VJGB-22-41. Переводной вариант: Petrova D. V., Permyakova N. V., Grin I. R., Zharkov D. O. Characterization of demethylating DNA glycosylase ROS1 from Nicotiana tabacum L. Vavilov J. Genet. Breed. 2022. V. 26. No. 4. P. 341–348. DOI: 10.18699/VJGB-22-41
    

1.РЕКОМБИНАНТНЫЙ ШТАММ БАКТЕРИЙ ESCHERICHIA COLI ROSETTA 2(DE3)/PET24B(+)-ROS1 — ПРОДУЦЕНТ МЕТИЛЦИТОЗИН-СПЕЦИФИЧЕСКОЙ ДНК-ГЛИКОЗИЛАЗЫ ROS1. Петрова Д.В., Жарков Д.О. Патент РФ № 2775207, приоритет от 12.07.2021.

2.МОДИФИЦИРОВАННАЯ НАПРАВЛЯЮЩАЯ РНК, ОБЛАДАЮЩАЯ СПОСОБНОСТЬЮ ИНАКТИВИРОВАТЬ СИСТЕМУ РЕДАКТИРОВАНИЯ ГЕНОМА CRISPR/CAS9, И СПОСОБ ЕЕ ПОЛУЧЕНИЯ. Новопашина Д.С., Ахметова Е.А., Мещанинова М.И., Вохтанцев И.П., Жарков Д.О., Веньяминова А.Г. Патент РФ № 2765159, приоритет от 26.08.2020.

3.БАЗА ДАННЫХ УЧЕТА БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ И ОПИСАНИЯ КЛИНИКО-ПАТОЛОГИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ПАЦИЕНТОВ С ЗАБОЛЕВАНИЯМИ ЛЕГКОГО (БД-РЛ). Морозкин Е.С., Попов А.В., Пономарева А.А., Чердынцева Н.В., Рыкова Е.Ю., Аникеева О.Ю., Пашковская О.А., Покушалов Е.А., Лактионов П.П., Власов В.В. База данных № 2015620538, приоритет от 07.11.2014.

4.БАЗА ДАННЫХ УЧЕТА БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ И ОПИСАНИЯ КЛИНИКО-ПАТОЛОГИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ПАЦИЕНТОВ С НОВООБРАЗОВАНИЯМИ ПРЕДСТАТЕЛЬНОЙ ЖЕЛЕЗЫ. Брызгунова О.Е., Морозкин Е.С., Попов А.В., Бондарь А.А., Тамкович С.Н., Зарипов М.М., Покушалов Е.А., Лактионов П.П. База данных № 2014620509, приоритет от 06.12.2013.

5.БАЗА ДАННЫХ УЧЕТА БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ ОТ ПАЦИЕНТОВ С НОВООБРАЗОВАНИЯМИ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ (УБО-НМЖ). Тамкович С.Н., Милейко В.А., Попов А.В., Власов В.В., Лактионов П.П. 2012 г. База данных № 2012621042, приоритет от 13.08.2012.

6.СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА 8-ОКСОГУАНИН-ДНК-ГЛИКОЗИЛАЗЫ ЧЕЛОВЕКА. Кузнецов Н.А., Коваль В.В., Воробьев Ю.Н., Жарков Д.О., Сильников В.Н., Федорова О.С. 2010 г. Патент РФ № 2380417, приоритет от 25.04.2008.