Лаборатория молекулярной медицины [Институт химической биологии и фундаментальной медицины]
ИХБФМ СО РАН » ru » Структура института » Лаборатории » Лаборатория молекулярной медицины
Лаборатория молекулярной медицины

Лаборатория молекулярной медицины

Заведующий лабораторией



Лактионов Павел Петрович
кандидат биологических наук, г.н.с.
телефон: (383) 363-51-43




Сотрудники

ФИО Должность Звание Телефон E-mail Researcher ID
1.Бондарь Анна Александровна лаборант 363-51-44 G-9811-2013
2.Брызгунова Ольга Евгеньевна н.с. к.б.н. 363-51-44 G-6279-2014
3.Елистратова Елена Владимировна ст. лаборант 363-51-44
4.Запорожченко Иван Андреевич м.н.с. 363-51-44 H-5318-2013
5.Коношенко Мария Юрьевна м.н.с. к.б.н. 363-51-44
6.Кузнецов Константин Анатольевич н.с. 363-51-44
7.Красножен Валентина Дмитриевна ст. лаборант 363-51-44
8.Лактионов Павел Петрович зав. лаб. к.б.н. 363-51-43 G-9804-2013
9.Лехнов Евгений Анатольевич ст.лаб. 363-51-44
10.Назаркина Жанна Константиновна н.с. к.х.н. 363-51-44 G-9827-2013
11.Попова Ирина Владимировна м.н.с. к.м.н. 363-51-58
12.Рассказов Георгий Александрович инженер 363-51-58
13.Рыкова Елена Юрьевна с.н.с. д.б.н. 363-51-44 H-5320-2013
14.Скворцова Татьяна Эвальдовна м.н.с. 363-51-44
15.Сомов Антон Константинович лаборант 363-51-44
16.Степанова Алена Олеговна м.н.с. 363-51-44 F-6337-2017
17.Тамкович Светлана Николаевна с.н.с. к.б.н., доцент 363-51-44 G-9790-2013
18.Тутанов Олег Сергеевич ст.лаборант 363-51-44 R-3938-2016
19.Харькова Мария Васильевна ст. лаборант 363-51-44 G-9815-2013
20.Черепанова Анна Витальевна м.н.с. к.б.н. 363-51-44 H-5316-2013
21.Черноносова Вера Сергеевна н.с. к.х.н. 363-51-44 L-5963-2017

Основные направления исследований

  • Свободно циркулирующие и связанные с клеточной поверхностью нуклеиновые кислоты – происхождение, последовательность, пути элиминации в организме.
  • Неинвазивная диагностика рака на основе циркулирующих нуклеиновых кислот и внеклеточных нуклеиновых кислот биологических жидкостей.
  • Изучение транспорта нуклеиновых кислот в клетки и внутриклеточные компартменты. Влияние внеклеточных нуклеиновых кислот на иммунный ответ.
  • Разработка новых материалов и технологий для тканевой инженерии.

Важнейшие научные результаты


  • Разработаны количественные методы выделения нуклеиновых кислот из биологических жидкостей и их количественного определения. [Патент РФ №2272072, 2004 г.; Патент РФ №2311640, 2006 г.; Morozkin E.S. et al., Anal. Biochem. 2003. 322(1), 48].
  • Исследовано распределение онкоспецифических ДНК в крови. Показано, что метилированные последовательности ДНК чаше встречаются в составе циркулирующей ДНК, связанной с поверхностью клеток крови, чем в составе циркулирующей ДНК плазмы крови. Показано, что определение уровня метилирования промоторных областей генов RASSF1A и RAR2 в циркулирующей ДНК крови может быть использовано для диагностики опухолей молочной железы, а анализ 18S рРНК и мРНК генов RASSF8 и Ki-67 в пуле циркулирующих РНК позволяет с чувствительностью (82%) и специфичностью (92%) дифференцировать злокачественные и доброкачественные новообразования, выявленные методом метил-специфичной ПЦР. [Tamkovich S.N. et. al., Clin. Chem. 2005. 51(7), 1317; Skvortsova T.E. et al., Br J Cancer. 2006. 94(10), 1492; Rykova E. Yu., Biomedical Chemistry (Rus). 2008. 54(1), 94].
  • Найдены новые потенциальные маркеры рака предстательной железы. [Cortese. R. et al., Human molecular genetics. 2012. 21(16), 3619].
  • Разработан протокол препаративного выделения апирогенной плазмидной ДНК для генной иммунизации. [Патент РФ №2408729, 2009 г.].
  • Показано, что циркулирующие внеклеточные ДНК ингибируют иммунный ответ, вызванный двуцепочечной РНК. Определены специфические нуклеотидные последовательности, обеспечивающие ингибирование иммунного ответа на дцРНК. [Cherepanova A.V. et al., «Circulating Nucleic Acids in Plasma and Serum». Ed P.B. Gahan, Springer. 2011. Part 5, 207].
  • Разработаны подходы к идентификации коротких участков нуклеиновых кислот, отвечающих за прочное связывание эндогенных нуклеиновых кислот с белками клеточной поверхности. [Патент РФ №2393230, 2010 г.; Mal'shakova V.S. et al., Ann. N.Y. Acad. Sci. 2008. 1137, 47].
  • Показано, что детекция абберантно метилированных генов p15 и hMLH1 в составе суммарных циркулирующих ДНК крови позволяет выявлять больных раком желудка в 2 раза более эффективно, чем анализ общепринятых белковых маркеров. [Kolesnikova E.V. et al., Ann. N.Y. Acad. Sci. 2008. 1137, 226; Kolesnikova E.V. et al., Biomedical Chemistry (Rus.). 2009. 55, 15].
  • Разработан метод высокоэффективного лигирования адапторов к одноцепочечным нуклеиновым кислотам, в растворах с фенто/пикомолярными концентрациями. [Патент РФ №2322508, 2006 г.].
  • Разработан метод выделения редких циркулирующих клеток крови на силикатных микроканальных матрицах. [Патент РФ №2423698, 2009 г.].

Текущие гранты


Базовый проект.

  • Проект КП ФНИ СО РАН II.1 (ГЗ № 0309-2018-0014) Блок: Изготовление 3Д матриксов и протезов сосудов методом электроспиннинга и исследование их биологических свойств. Проект: Тканевая инженерия протезов сосудов малого и среднего диаметров: синтез новых материалов, моделирование физических свойств, векторная доставка лекарств, исследование физико-химических и биологических свойств. (2018-2020)
  • ПФНИ ГАН, VI.62.1.3, 0309-2016-0005 Терапевтические нуклеиновые кислоты.(2017-2020)
  • ПФНИ ГАН, VI.62.2.1, 0309-2016-0006 Разработка технологий получения материалов для регенеративной медицины и развитие методов восстановления репродуктивного здоровья. (2017-2020)

Гранты Российского научного фонда

  • 18-15-00080 Исследование высвобождения лекарственных средств из 3Д матриксов изготовленных методом электроспиннинга. (2018-2020)

Публикации 2017-2019 года


  1. Protease Cargo in Circulating Exosomes of Breast Cancer and Ovarian Cancer Patients. Tamkovich S.N., Yunusova N.V., Tugutova E.A., Somov A.K., Proskura K., Kolomiets L.A., Stakheyeva M., Grigoryeva A.E., Laktionov P.P., Kondakova I.V. Asian Pacific Journal of Cancer Prevention. 2019 V. 20 N 1 P. 255-262.
  2. Aggressive behavior and stress response after oxytocin administration in male Norway rats selected for different attitudes to humans. Gulevich R., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Konoshenko M.Y., Herbeck Y. Physiol Behav. 2019 V. 199 P. 210-218
  3. Protease Cargo in Circulating Exosomes of Breast Cancer and Ovarian Cancer Patients. Tamkovich S.N., Yunusova N.V., Tugutova E.A., Somov A.K., Proskura K., Kolomiets L.A., Stakheyeva M., Grigoryeva A.E., Laktionov P.P., Kondakova I.V. Asian Pacific Journal of Cancer Prevention. 2019 V. 20 N 1 P. 255-262.
  4. Mechanical properties and biological behavior of 3D matrices produced by electrospinning from protein-enriched polyurethane Chernonosova V.S., Gostev A.A., Gao Y., Chesalov Y.A., Pokushalov E.A., Karpenko A.A., Laktionov P.P. BioMed Research International. 2018. V. 2018. ID 1380606. P. 1-10.
  5. MicroRNA-guided gene expression in prostate cancer: Literature and database overview. Bryzgunova O.E., Konoshenko M.Y., Laktionov P.P. J Gene Med. 2018 V. 20 N 5 e3016.
  6. Isolation of Extracellular Vesicles: General Methodologies and Latest Trends. Konoshenko M.Y., Lekchnov E.,Vlassov A.V., Laktionov P.P. BioMed Research International 2018 V. 2018 ID 8545347.
  7. Сравнительный субпопуляционный анализ экзосом плазмы крови больных злокачественными новообразованиями. Тамкович С.Н., Юнусова Н.В., Сомов А.К., Какурина Г.В.,Колегова Е.С., Тугутова Е.А., Лактионов П.П., Кондакова И.В. Биомедицинская химия 2018 Т. 64 № 1 С. 110-114.
  8. Эффекты ранней материнской изоляции на поведение и стрессорную реактивность у взрослых потомков ручных и агрессивных серых крыс. Коношенко М.Ю., Кожемякина Р.В.,Шихевич С.Г., Оськина Н.А.,Плюснина И.З. Журнал высшей нервной деятельности им. И.П. Павлова 2018 Т. 67 № 6 С. 814–830.
  9. Profiling of 179 miRNA Expression in Blood Plasma of Lung Cancer Patients and Cancer-Free Individuals. Zaporozhchenko I.A., Morozkin E.S.,Ponomaryova A.A., Rykova E.Y.,Cherdyntseva N.V., Zheravin А.А.,Pashkovskaya O.A., Pokushalov E.A., Vlassov V.V., Laktionov P.P. Scientific Reports. 2018 V. 8 P. 1-13.
  10. Circulating DNA-based lung cancer diagnostics and follow-up: looking for epigenetic markers. Rykova E.Y., Ponomaryova A.A., Zaporozhchenko I.A., Vlassov V.V.,Cherdyntseva N.V., Laktionov P.P. Transl. Cance. Res. 2018 V. 7 Suppl 2 S153-S170.
  11. The potential of circulating cell-free RNA as a cancer biomarker: challenges and opportunities. Zaporozhchenko I.A., Ponomaryova A.A., Rykova E.Y., Laktionov P.P. Expert Rev Mol Diagn. 2018 V. 18 N 2 P. 133-145.
  12. Анализ представленности микроРНК в микровезикулах мочи и бесклеточной моче при заболеваниях предстательной железы. Запорожченко И.А., Брызгунова О.Е., Лехнов Е.А., Осипов И.Д.,Зарипов М.М., Юрченко Ю.Б.,Ярмощук С.В., Пашковская О.А., Рыкова Е.Ю., Жеравин А. A., Лактионов П.П. Биомедицинская химия 2018 Т. 64 Выпуск 1 C. 38-45.
  13. Эффекты ранней материнской изоляции на поведение и стрессорную реактивность у взрослых потомков ручных и агрессивных серых крыс Коношенко М.Ю., Кожемякина Р.В., Шихевич С.Г., Оськина Н.А., Плюснина И.З. Журнал высшей нервной деятельности им. И.П. Павлова 2017. Т. 67. № 6. С. 814–830.
  14. Kossinova O.A., Gopanenko A.V., Tamkovich S.N., Krasheninina O.A., Tupikin A.E., Kisseleva E., Yanshina D.D., Malygin A.A., Venyaminova A.G., Kabilov M.R., Karpova G.G. Cytosolic YB-1 and NSUN2 are the only proteins recognizing specific motifs present in mRNAs enriched in exosomes. Biochim. Biophys. Acta - Proteins and Proteomics. 2017. V. 1865. N 6. P. 664-673.
  15. Zakharova I., Zhiven' M.K., Saaya Sh.B., Shevchenko A.I., Smirnova A.M., Strunov A., Karpenko A.A., Pokushalov E.A., Ivanova L.N., Makarevich P.I., Parfyonova Y.V., Aboian E., Zakiyan S.M. Endothelial and smooth muscle cells derived from cardiac explants demonstrate revascularization potential and suitable for design of cell-containing vascular grafts. Journal of Translational Medicine. 2017. V. 15. P. 54 (1-18).
  16. Chernonosova V.S., Kvon R.I., Stepanova A.O., Larichev Y.I., Karpenko A.A., Chelobanov B.P., Kiseleva E.V., Laktionov P.P. Human serum albumin in electrospun PCL fibers: structure, release, and exposure on fiber surface. Polym. Adv. Technol. 2017. V. 28. N 7. P. 819-827.
  17. Rykova E.Y., Sizikov A.E., Roggenbuck D., Antonenko O.V., Bryzgalov L., Morozkin E.S., Skvortsova K., Vlassov V.V., Laktionov P.P., Kozlov V.A. Circulating DNA in rheumatoid arthritis: pathological changes and association with clinically used serological markers. Rheumatology. . 2017. V. 19. N 1. P. 1-10.
  18. Sherstyuk Y.V., Medvedev S.P., Elisaphenko E.A., Pokushalov E.A., Zakiyan S.M. Genome-wide profiling and differential expression of microRNA in rat pluripotent stem cells. Scientific Reports. 2017. V. 7. N 1. P. 1-12.
  19. Тамкович С.Н., Юнусова Н.В., Cтахеева М.Н., Сомов А.К., Фролова А.Е., Кирюшина Н.А., Афанасьев С.Г., Григорьева А.Е., Лактионов П.П., Кондакова И.В. Выделение и характеризация экзосом плазмы крови больных паком молочной железы и колоректальным раком. Биомедицинская химия. 2017. Т. 63. № 2. С. 165-169.
  20. Черноносова В.С., Квон Р. И., Киселева Е.В., Степанова А.О., Лактионов П.П. Исследование поверхностного слоя 3D-матриксов для тканевой инженерии. Биомедицинская химия. 2017. Т. 63. № 1. С. 32-38.
  21. Григорьева А.Е., Дырхеева Н.С., Брызгунова О.Е., Тамкович С.Н., Челобанов Б.П., Рябчикова Е.И. Контаминация препаратов экзосом, выделенных из биологических жидкостей. Биомедицинская химия. 2017. Т. 63. № 1. С. 91-96.
  22. Тамкович С.Н., Бакакина Ю.С., Тутанов О.С., Сомов А.К., Кирюшина Н.А., Дубовская Л.В., Волотовский И.Д., Лактионов П.П. Протеомный анализ циркулирующих экзосом крови в норме и при злокачественных новообразованиях молочной железы. Биоорганическая химия. 2017. Т. 43. № 2. С. 146-156.
  23. Коношенко М.Ю., Плюснина И.З. Игровая борьба у крыс, селекционированных на отсутствие и усиление агрессивности по отношению к человеку. Журнал высшей нервной деятельности им. И.П. Павлова. 2017. Т. 67. № 1. С. 93–105.
  24. Брызгунова О.Е., Лактионов П.П. Современные методы исследования метилирования внеклеточных ДНК. Молекулярная биология. 2017. Т. 51. № 2. С. 195-214.
  25. Пономарева А.А., Чердынцева Н.В., Бондарь А.А., Добродеев А.Ю., Завьялов А.А., Тузиков С.А., Власов В.В., Чойнзонов Е.Л., Лактионов П.П., Рыкова Е.Ю. Динамика уровня метилирования ретротранспозонов line-1 во внеклеточной ДНК больных раком легкого на фоне противоопухолевой терапии. Молекулярная биология. 2017. Т. 51. № 4. С. 622-628.
  26. Юнусова Н.В., Тамкович С.Н., Кондакова И.В. Экзосомы в различных биологических жидкостях: состав и функции. Обзор. Молекулярная медицина. 2017. Т. 15. № 4. C. 14-22.



Патенты


  1. СПОСОБ ВЫДЕЛЕНИЯ ЦИРКУЛИРУЮЩИХ ДНК ИЗ ПЛАЗМЫ ИЛИ СЫВОРОТКИ КРОВИ. Морозкин Е.С., Лактионов П.П., Лехнов Е.А., Запорожченко И.А., Власов В.В. 2016 г. № 2603098.
  2. БАЗА ДАННЫХ УЧЕТА БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ И ОПИСАНИЯ КЛИНИКО-ПАТОЛОГИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ПАЦИЕНТОВ С ЗАБОЛЕВАНИЯМИ ЛЕГКОГО (БД-РЛ). Морозкин Е.С., Попов А.В., Пономарева А.А., Чердынцева Н.В., Рыкова Е.Ю., Аникеева О.Ю., Пашковская О.А., Покушалов Е.А., Лактионов П.П., Власов В.В. 2015 г. № 2015620538.
  3. СПОСОБ ДИАГНОСТИКИ И МОНИТОРИНГА ОНКОЛОГИЧЕСКИХ ЗАБОЛЕВАНИЙ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ЭКЗОСОМ КРОВИ. Тамкович С.Н., Лактионов П.П., Тутанов О.С., Власов В.В. 2015 г. № 2571507.
  4. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ЭКЗОСОМ ИЗ КРОВИ. Тамкович С.Н., Лактионов П.П., Тутанов О.С., Рябчикова Е.И., Григорьева А.Е., Власов В.В. 2015 г. № 2556825.
  5. СПОСОБ ВЫДЕЛЕНИЯ КОРОТКИХ РНК ИЗ БИОЛОГИЧЕСКИХ ЖИДКОСТЕЙ. Запорожченко И.А., Лактионов П.П., Морозкин Е.С., Скворцова Т.Э., Брызгунова О.Е., Власов В.В. 2015 г. № 2558292.
  6. БАЗА ДАННЫХ УЧЕТА БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ И ОПИСАНИЯ КЛИНИКО-ПАТОЛОГИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ПАЦИЕНТОВ С НОВООБРАЗОВАНИЯМИ ПРЕДСТАТЕЛЬНОЙ ЖЕЛЕЗЫ. Брызгунова О.Е., Морозкин Е.С., Попов А.В., Бондарь А.А., Тамкович С.Н., Зарипов М.М., Покушалов Е.А., Лактионов П.П. 2014 г. № 2014620509.
  7. БАЗА ДАННЫХ УЧЕТА БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ ОТ ПАЦИЕНТОВ С НОВООБРАЗОВАНИЯМИ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ (УБО-НМЖ). Тамкович С.Н., Милейко В.А., Попов А.В., Власов В.В., Лактионов П.П. 2012 г. № 2012621042.
  8. СПОСОБ СЕЛЕКТИВНОГО ВЫДЕЛЕНИЯ ПОПУЛЯЦИИ ЖИЗНЕСПОСОБНЫХ КЛЕТОК ИЗ БИОЛОГИЧЕСКИХ ЖИДКОСТЕЙ. Лактионов П.П., Вайнер О.Б., Запорожченко И.А., Пышная И.А., Пышный Д.В., Дмитриенко Е.В., Романов С.И., Власов В.В. 2011 г. № 2423698.
  9. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ПЛАЗМИДНОЙ ДНК ИЗ БАКТЕРИАЛЬНЫХ КЛЕТОК. Лактионов П.П., Черепанова А.В., Скворцова Т.Э., Черноносова В.С., Морозкин Е.С., Прохоренко В.М., Нечаева Е.А., Власов В.В. 2011 г. № 2408729.

Оборудование


  • оборудование для проведения работ в области молекулярной, клеточной биологии и тканевой инженерии, а также для получения 3Д матриксов для тканевой инженерии на основе волокнистых и фотополимеризуемых материалов.
  • приборы и установки для работы с клеточными культурами, проведения клонирования, ПЦР анализа (аналитического и количественного) пиросеквенирования и иммуногистохимии, флуоресцентной микроскопии, микроманипулирования и микродиссекции, хроматографии и др.
  • Дополнительное оборудование, такое как наносайзер или цитофлуориметр, имеющееся в других лабораториях института, доступно для использования сотрудниками ГКБ.

Молекулярная биология и клонирование:

  • спектрофотометр (Genesys 10uv, Thermo Electronics, США);
  • Флуориметр (VersaFluorTM, BioRed);
  • Планшетный фотометр (SDB NP Пущино, Россия);
  • УФ трансиллюминатор с регистрирующей системой;
  • сухие и водные термостаты и водяные бани;
  • шейкеры и термошейкеры (для 96 луночных планшетов и наращивания бактериальной биомассы);
  • биореактор для культивирования бактериальной массы;
  • крио- и микроцентрифуги (Pico, Heraeus, Sigma, Eppendorf 5810R, Beckman G21);
  • хроматографические установки (холодная комната для хроматографии, перистальтические насосы, коллектор фракций, УФ-детектор, колонки);
  • холодильные камеры (-20 ºC, -70 ºC);
  • оборудование для электрофореза (BioRed, Pharmacia, камеры для горизонтального и вертикального электрофореза белков и нуклеиновых кислот, охлаждающие камеры для изэлектрофокусировки, установка для сушки гелей и др.;
  • оборудование для работы с радиоактивными изотопами;
  • установки для проведения количественного и обычного ПЦР анализа (Mastercycler gradient, Eppendorf, TRrofessional Basic Gradient, Biometra, iCycler iQ5, Bio-Rad);
  • пиросеквенатор PSQ 96 DNA Sequencer (PyroMark ID, Pyrosequencing AB, Шведция);
  • система для УФ облучения образцов (Bio-LinkR crosslinker, Vilber Lourmat, Франция).

Работа с клеточными культурами:

  • ламинарные боксы (BDSL, BSC-EN);
  • CO2-инкубаторы (MCO-17AI, Sanyo; Hera-cell 150, Heraeus);
  • инвертированные микроскопы с встроенными CCD камерами (Axiovert 40C, AxioCam ICc 3, Zeiss, Германия);
  • инвертированный флуоресцентный микроскоп (Axiovert 200 M (motorized) с апотомом, СO2 термо модулями и микроманипулятором (Narishigi), Zeiss, Германия);
  • счетчик клеток (ScepterTM, Millipore, США);
  • цитофлуориметр (Cytomics FC 500, Beckman coulter, Италия, в лаборатории Лаборатория биохимии нуклеиновых кислот ИХБФМ СО РАН);
  • автоклав;
  • установка получения апирогенной воды (Arium 611VF, Sartorius stedium biotech, Германия)
  • Сосуд Дюара (Arpege 110, Germany);

Получение 3Д матриксов для тканевой инженерии:

  • установка для электроспиннинга (NF 103, MECC, Япония);
  • Вискозиметр DV-II+ Pro (Brookfield, США);
  • Лиофильная сушка;
  • УФ-лампы (365 nm, 405 nm, 454 nm);
  • установки для химического синтеза (вытяжные шкафы, термостаты, вакуумные насосы);




© Copyright 2019. ИХБФМ СО РАН

Яндекс.Метрика