Лаборатория биоорганической химии ферментов [Институт химической биологии и фундаментальной медицины]
ИХБФМ СО РАН » ru » Структура института » Лаборатории » Лаборатория биоорганической химии ферментов
Лаборатория биоорганической химии ферментов

Лаборатория биоорганической химии ферментов

Заведующая лабораторией



Лаврик Ольга Ивановна
Академик РАН, профессор, доктор химических наук, г.н.с.,
Лауреат Государственной премии СССР, лауреат премий Сибирского Отделения РАН, стипендиат государственной стипендии для выдающихся ученых России, иностранный профессор Парижского Университета 6 (имени Пьера и Марии Кюри), кавалер Ордена Академических Пальм.
телефон: (383) 363-51-95,


Награды

  • Медаль Ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени. 2018
  • Медаль «Памяти академика Н.М. Эмануэля» 2019 За достижения в области химической и биохимической физики
  • Почетная грамота СО РАН. За многолетний добросовестный труд, выдающиеся достижения в области физико-химической биологии, плодотворную научную, научно-организационную, педагогическую деятельность и в связи с юбилеем.2018
  • Почетная грамота Губернатора Новосибирской области. За заслуги в развитии науки, многолетний добросовестный труд. 2018
  • Звание «Почетный доктор Алтайского государственного университета» 2018
  • Почетная грамота в связи с 60-летием СО РАН. За добросовестный труд на благо отечественной науки, достигнутые в научной и производственной деятельности 2017
  • Звание «Почётной Академины». Награда, полученная в рамках конкурса «Академина - 2016» (вне конкурсной программы). 2016
  • Звание Кавалера Ордена Академических Пальм.За неоценимый вклад в укрепление научного сотрудничества между Россией и Францией. 2016
  • Почетная грамота НГУ и Президиума СО РАН «За укрепление связей между образованием и наукой» 2010
  • Памятный знак «За труд на благо города» в честь 115-летия со дня основания г. Новосибирска. 2008
  • Лауреат Государственной премии 1984. За цикл работ «Химические основы биологического катализа»
  • Лауреат Премии «Академина. Женщина в науке». 2012
  • Медаль « За вклад в развитие Новосибирской области» 2012
  • Диплом Союза женщин Новосибирской области, участница фестиваля «Современница-2013» За активное участие в общественной жизни региона, достойный вклад в социальное развитие НСО, стремление работать во имя добрых перемен и готовность реализовать себя в решении значимых вопросов.
  • Медаль «За заслуги перед НГУ» 2014. За многолетний добросовестный труд на благо университета и в связи с 55-летием НГУ.



Сотрудники

ФИО Должность Степень Телефон Researcher ID
Алемасова Елизавета Эдуардовна м.н.с к.б.н. 363-51-96 I-7882-2018
Анарбаев Рашид Октамович н.с. к.х.н. 363-51-96 G-8485-2013
Белоусова Екатерина Анатольевна с.н.с. к.х.н. 363-51-96 G-4718-2013
Васильева Инна Анатольевна н.с. к.х.н. 363-51-96 G-8450-2013
Дырхеева Надежда Сергеевна с.н.с.к.х.н. 363-51-96 G-2668-2013
Евдокимов Алексей Николаевич н.с. к.б.н. 363-51-94 G-4325-2013
Захаренко Александра Леонидовна с.н.с. к.х.н. 363-51-96 E-4534-2014
Ильина Екатерина Сергеевна н.с. к.х.н. 363-51-96 G-4224-2013
Корниенко Татьяна Евгеньевна лаборант 363-51-96
Кочеткова Алина Сергеевна инженер 363-51-96
Красикова Юлия Сергеевна н.с. к.х.н. 363-51-96 G-4748-2013
Кургина Татьяна Андреевна лаборант 363-51-96
Кутузов Михаил Михайлович н.с. к.х.н. 363-51-96 G-4239-2013
Лаврик Ольга Ивановна зав. лабораторией академик 363-51-95 G-4641-2013
Лебедева Наталья Александровна с.н.с. к.х.н. 363-51-96 G-4758-2013
Мальцева Екатерина Анатольевна н.с. к.х.н. 363-51-96 G-6953-2013
Мамонтова Евгения Михайловна ст.лаборант 363-51-96
Медведева Лидия Ильинична ст. лаборант 363-51-94
Моор Нина Александровна в.н.с. д.х.н., доцент 363-51-96 G-7097-2013
Науменко Константин Николаевич инженер 363-51-96
Науменко (Лукьянчикова) Наталья Вильевна ст.лаборан 363-51-96
Петрусева Ирина Олеговна с.н.с. к.х.н. 363-51-94 AAE-8923-2021
Попов Алексей Алексеевич ст.лаборант 363-51-94
Речкунова Надежда Ивановна с.н.с. к.х.н., доцент 363-51-96 G-5093-2013
Сайфуллина Динара Ильхамовна лаборант 363-51-96
Сингатулина Анастасия Шавкатовна м.н.с 363-51-96
Старостенко (Скосарева) Лидия Васильевна инженер 363-51-96 G-4672-2013
Суханова Мария Владиславовна с.н.с. к.б.н. 363-51-96 G-5539-2013
Укладов Егор Олегович лаборант 363-51-96
Украинцев Александр Андреевич инженер 363-51-96
Ходырева Светлана Николаевна в.н.с. д.б.н. 363-51-96 G-4659-2013
Чепанова Арина Александровна ст.лаборант 363-51-96
Чернышова Ирина Алексеевна ст.лаборант 363-51-96

Основные направления исследований


  • Исследование процесса эксцизионной репарации оснований ДНК у высших эукариот. Изучение взаимодействий ДНК-полимераз бета, лямбда, апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазы (APE1), флэп-эндонуклеазы-1 (FEN1), PCNA, XRCC1, поли(ADP-pибозо)полимеразы-1 (PARP1) человека с ДНК-структурами, имитирующими интермедиаты эксцизионной репарации оснований. Идентификация новых участников репарации оснований в клеточных экстрактах с помощью метода аффинной модификации в сочетании с MALDI-MS и установление их функций.
  • Исследование процесса узнавания повреждений и механизма эксцизионной репарации нуклеотидов.
  • Изучение механизмов репарации множественных повреждений в ДНК.
  • Исследование синтеза ДНК через повреждение, катализируемого ДНК-полимеразами бета, лямбда, йота.
  • Кристаллографический анализ белков репарации ДНК и их комплексов.
  • Поиск новых эффективных ингибиторов ключевых ферментов систем репарации /репликации и их регуляторов на основе природных и синтетических соединений как потенциальных лекарств для терапии рака и других болезней человека.
  • В лаборатории выделяются практически все известные белки репликации и эксцизионной репарации ДНК, а также ключевые ферменты молекулярно-биологических исследований (обратная транскриптаза вируса лейкемии мышей, полинуклеотидкиназа фага Т4, ДНК-лигаза фага Т4, Taq ДНК-полимераза, Taq ДНК-секвеназа, фрагмент Штоффеля Taq ДНК-полимеразы, РНК-полимераза фага Т7, урацил-ДНК-гликозилаза E. coli) для научно-исследовательских работ Института.

Важнейшие научные результаты


  • Развит оригинальный подход для исследования ансамблей белков репликации и репарации ДНК in vitro, в том числе в клеточных экстрактах, основанный на использовании реакционноспособных интермедиатов этих процессов, синтезированных с помощью ДНК-полимераз и различных фотореакционноспособных аналогов dNTP. [Lavrik O.I. et al., J. Biol. Chem. 2001. 276, 25541; Khodyreva S.N. & Lavrik O.I., Curr. Med. Chem. 2005. 12, 641; Rechkunova N.I. & Lavrik O.I., Subcell Biochem. 2010. 50, 251].
  • Открыта ключевая роль PARP1 в координации путей репарации оснований и нуклеотидов через взаимодействие c белками и ДНК-интермедиатами процессов. [Sukhanova M.V. et. al., Nucleic Acids Res. 2005. 33, 1222; Sukhanova M.V. et al., Mutat. Res. 2010. 80, 685; Sukhanova M.V. et al., Nucleic Acids Res. 2016. 44, 9279; Maltseva E.A. et al., J. Biol. Chem. 2015. 290, 21811; Sukhanova M.V. et al., J. Mol. Biol. 2019, 431, 2655].
  • Обнаружены новые механизмы регуляции активности PARP1 многофункциональными РНК-связывающими белками (FUS и YB-1) и репликативным белком А [Alemasova E.E. et al., Oncotarget. 2018. 9, 23349; Maltseva E.A. et al., DNA Repair. 2018. 72, 28; Alemasova E.E. & Lavrik O.I. Nucleic Acids Res. 2019. 47, 3811; Singatulina A.S. et al., Cell. Rep. 2019. 27, 1809; Naumenko K.N. et al., Biomolecules. 2020. 10, 1325].
  • Открыта новая мишень поли(АDP-рибозилирования), катализируемого ферментами семейства PARP (PARP1, PARP2, PARP3), – ДНК, содержащая разрывы [Talhaoui I. Et al., Nucleic Acids Res. 2016. 44, 9279; Zarkovic G. et al., Nucleic Acids Res. 2018. 46, 2417; Belousova E.A. et al., Sci. Rep. 2018. 8, 4176].
  • Выявлено специфическое взаимодействие ряда белков (HMGB1, Ku70/80, XRCC1, GAPDH) с наиболее распространенными повреждениями в ДНК – апуриновыми/ апиримидиновыми сайтами – для их временной защиты и последующей репарации. [Prasad R. et al., Mol. Cell. 2007. 27, 829; Nazarkina Z.K. et al., DNA repair. 2007. 6, 254; Ilina E.S. et al., Biochim. Biophys. Acta. 2008. 1784, 1777; Kosova A.A. et al., Mutat. Res. 2015. 779, 46; Kosova A.A. et al., Biochim. Biophys. Acta. 2016. 1864, 1244].
  • Идентифицированы новые участники процессинга АР-сайтов, PARP1 и тирозил-ДНК-фосфодиэстераза 1. [Khodyreva S.N. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2010. 107, 22090; Lebedeva N.A. et al., FEBS Lett. 2011. 585, 683; Lebedeva N.A. et al., DNA Repair. 2013. 12, 1037].
  • Впервые обнаружена полярность в связывании с однонитчатой ДНК ключевого фактора эукариотической репликации и репарации – репликативного белка А. Установлена роль малых субъединиц RPA (p32, p14) в формировании его функциональных комплексов с ДНК в процессах репарации и репликации. [Lavrik O.I. et al., Nucleic Acids Res. 1999. 27, 4235; Kolpashchikov D.M. et al., Nucleic Acids Res. 2001. 29, 373].
  • Установлено расположение ХРА, RPA и XPC на поврежденной ДНК в процессе эксцизионной репарации нуклеотидов. [Krasikova Y.S. et al., Nucleic Acids Res. 2010. 38, 8083; Krasikova Y.S. et al., J. Biol. Chem. 2013. 288, 10936; Krasikova Y.S. et al., PLoS One. 2018. 13, e0190782].
  • Установлено, что комплекс белков, осуществляющих репарацию оснований, предформирован в виде надмолекулярной структуры (репаросомы) через белок-белковые взаимодействия. Впервые количественно оценена термодинамическая эффективность этих взаимодействий и композиция репаросомы. [Moor N.A. et al., Nucleic Acids Res. 2015. 43, 6009; Vasil'eva I.A. et al., Biochim. Biophys. Acta Proteins Proteom. 2019. 1867, 297].
  • Впервые установлено, что репарация объемных и оксидативных повреждений ДНК происходит более интенсивно в клетках долгоживущего организма голого землекопа по сравнению с мышью, что может быть отнесено к ключевым факторам обеспечения долголетия высших организмов. [Evdokimov A.N. et al., Aging. 2018. 10, 1454; Kosova A.A. et al., Aging. 2019. 11, 2852].
  • Установлены структурные основы функционирования фенилаланил-тРНК-синтетаз из бактерий, митохондрий и цитоплазмы человека с помощью рентгеноструктурного анализа ферментов и их комплексов с различными субстратами. [Safro M. et al., In book: The aminoacyl-tRNA synthetases. 2005. Georgetown, USA, 251; Moor N.A. et al., Biochemistry. 2006. 45, 10572; Klipcan L. et al., Structure. 2008. 16, 1095; Finarov I. et al., Structure. 2010. 18, 343]. Открыт уникальный механизм продуктивного взаимодействия синтетаз с тРНК, координируемого низкомолекулярными субстратами. [Moor N.A. et al., Biochemistry. 2003. 42, 10697; Klipcan L. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009. 106, 11045; Moor N.A. et al., Chemistry&Biology. 2011. 18, 1221; Klipcan L. et al., J. Mol. Biol. 2012. 415, 527].

Лаборатория имеет обширные международные контакты. Сотрудничество лаборатории развивается с ведущими научными центрами Франции, США, Нидерландов, Израиля, Ирландии, Италии, Германии и Японии.



Текущие гранты


Базовые проекты
Программа фундаментальных научных исследований государственных академий наук (2017 - 2020 гг.)

  • Тема № 57.1.3.Механизмы репарации множественных повреждений ДНК и их регуляция. (0309-2014-0003).
  • Тема № 57.1.2. ПФНИ ГАН Механизмы функционирования систем репарации, транскрипции и трансляции. Патологические процессы, связанные с этими системами. (0309-2016-0001)

Гранты Российского научного фонда

  • № 20-14-00086 «Роль внутренне неупорядоченных белков в образовании безмембранных компартментов в клетке» (2020-2022 гг.)
  • № 17-74-20075 «Поли(ADP-рибоза) полимеразы – ключевые регуляторы репарации ДНК и потенциальные терапевтические мишени».(2017-2020 гг.)
  • № 19-74-10056_мол_гр «Белки репарации голого землекопа и их устойчивость к повреждающим воздействиям» (2019-2022 гг.)
  • № 19-14-00204 «Модифицированные ДНК как ингибиторы систем репарации ДНК: определение клеточных мишеней и оптимальных структур для сенсибилизации опухолевых клеток» (2019-2021 гг.)
  • № 19-14-00107 «Интерактом репарации ДНК: роль в регуляции активности процессов репарации и онкогенезе»(2019-2021 гг.)

Гранты Российского фонда фундаментальных исследований.

  • № 18-04-00882-а «Роль поли(ADP-рибозил)ирования и поли(ADP-рибозы) в регуляции функциональной активности мРНК-связывающих белков». (2018-2020 гг.)
  • № 18-04-00596-а «Механизм преодоления объемных повреждений ДНК-полимеразами в процессе эксцизионной репарации оснований». (2018-2020 гг.)
  • № 17-00-00097 комфи «Механизмы регуляции процессинга множественных повреждений в нуклеосомах и свободной ДНК». (2018-2020 гг.)
  • № 18-44-540023 р_а «Ингибиторы фермента репарации ДНК тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 как сенсибилизаторы опухолей к действию химиотерапии» (2018-2020 гг.)
  • № 19-04-00018 «Исследование механизма верификации повреждений ДНК в процессе эксцизионной репарации нуклеотидов» (2019-2021 гг.)
  • № 19-04-00481 » Поиск моллекулярных партнеров белков семейства RARP в процессах репарации ДНК» (2019-2021гг.)
  • № 20-04-00674 А «Исследование (АДФ-рибозил)ирования ДНК в составе динуклеосомы» (2020-2022гг.)
  • № 19-415-540002 р_а «Исследование механизма сенсибилизации опухолевых клеток ингибиторами тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 человека к действию известных противораковых препаратов» (2019-2021г)
  • № 19-44-543001 р_мол_а «Ингибиторы ферментов репарации ДНК на основе производных хроменов как потенциальные противораковые препараты» (2019-2021гг.)
  • № 20-34-70028 Стабильность «Регуляция эксцизионной репарации оснований ДНК в контексте динуклеосом как простейшей модели компактизации ДНК» (2019-2021гг.)


Отчеты по проектам МинОбрНауки России



Публикации 2018 - 2020 года


  1. Human apurinic/apyrimidinic endonuclease 1 is modified in vitro by poly(ADP-ribose) polymerase 1 under control of the structure of damaged DNA. Moor N.A., Vasil'eva I.A., Kuznetsov N.A., Lavrik O.I. Biochimie. 2020. V. 168. P. 144-155.
  2. Effective Inhibitors of Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 Based on Monoterpenoids as Potential Agents for Antitumor Therapy. Chepanova A.A., Li-Zhulanov N.S., Sukhikh A.S., Zafar A., Reynisson J., Zakharenko A.L., Zakharova O., Korchagina D.V., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I.Биоорганическая химия. 2020. V. 45. N 6. P. 647–655.
  3. Human tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 possesses transphosphooligonucleotidation activity with primary alcohols. Dyrkheeva N.S., Anarbayev R.O., Lebedeva N.A., Kupryushkin M.S., Kuznetsova A.A., Kuznetsov N.A., Rechkunova N.I., Lavrik O.I. Front. Cell Dev Biol. 2020. V. 8. P. 604732.
  4. Identification of novel inhibitors for the tyrosyl-DNA-phosphodiesterase 1 (Tdp1) mutant SCAN1 using virtual screening. Mamontova E.M., Zakharenko A.L., Zakharova O., Dyrkheeva N.S., Volcho К.P., Reynisson J., Arabshahi H.J., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Bioorg. Med. Chem. 2020. V. 28. N 1. P. 115234.
  5. Design, Synthesis and Molecular Modeling Study of Conjugates of ADP and Morpholino Nucleosides as A Novel Class of Inhibitors of PARP-1, PARP-2 and PARP-3. Sherstyuk Y.V., Ivanisenko N.V., Zakharenko A.L., Sukhanova M.V., Peshkov R.Y., Eltsov I.V., Kutuzov M.M., Kurgina T.A., Belousova E.A., Ivanisenko V.A., Lavrik O.I., Silnikov V.N., Abramova T.V.Int. J. Mol. Sci.2020. V. 21. N 1. pii: E214.
  6. Inhibition of Transcription Induces Phosphorylation of YB-1 at Ser102 and Its Accumulation in the Nucleus. Kretov D.A., Mordovkina D.A., Eliseeva I.A., Lyabin D.N., Polyakov D.N., Joshi V., Desforges B., Hamon L., Lavrik O.I., Pastre D., Curmi P.A., Ovchinnikova L.P. Cells. 2020. V. 9. N 1. E104.
  7. Влияние окисления белка XRCC1 человека на функциональную активность его комплексов с ключевыми ферментами эксцизионной репарации оснований ДНК. Васильева И.А., Моор Н.А., Лаврик О.И. Биохимия. 2020. Т. 85. № 3. С. 335 – 347.
  8. Effect of Human XRCC1 Protein Oxidation on the Functional Activity of Its Complexes with the Key Enzymes of DNA Base Excision Repair. Vasil'eva I.A., Moor N.A., Lavrik O.I.

Biochemistry (Moscow). 2020. V. 85. N 3. P. 288 – 299. (переводная версия)

  1. Photoreactive DNA as a Tool to Study Replication Protein A Functioning in DNA Replication and Repair. Rechkunova N.I., Lavrik O.I. Photochemistry and Photobiology. 2020. V. 96. N 2. P. 440-449.
  2. Functional Role of N-Terminal Extension of Human AP Endonuclease 1 in Coordination of Base Excision DNA Repair via Protein–Protein Interactions. Moor N.A., Vasil'eva I.A., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2020. V. 21. N 9. P. 3122.
  3. Non-canonical interaction of DNA repair proteins with intact and cleaved AP sites. Khodyreva S.N., Lavrik O.I. DNA Repair. 2020. V. 90. P. 102847.
  4. Design, Synthesis, and Biological Investigation of Novel Classes of 3-Carene-Derived Potent Inhibitors of TDP1. Il'ina I.V., Dyrkheeva N.S., Zakharenko A.L., Sidorenko A.Yu., Li-Zhulanov N., Korchagina D.V., Chand R., Ayine-Tora D.M., Chepanova A.A., Zakharova O., Ilina E.S., Reynisson J., Malakhova A.A., Medvedev S.P., Zakiyan S.M., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Molecules. 2020. V. 25. N 15. P. 3496.
  5. Dehydroabietylamine-based thiazolidin-4-ones and 2-thioxoimidazolidin-4-ones as novel tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibitors. Kovaleva K., Mamontova E.M., Yarovaya O., Zakharova O., Zakharenko A.L., Lavrik O.I., Salakhutdinov N.F. Molecular Diversity. 2020. (принята к печати)
  6. The first berberine-based inhibitors of tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (Tdp1), an important DNA repair enzyme. Gladkova E.D., Nechepurenko I.V., Bredikhin R.A., Chepanova A.A., Zakharenko A.L., Luzina O.A., Ilina E.S., Dyrkheeva N.S., Mamontova E.M., Anarbayev R.O., Reynisson J., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2020. V. 21. P. 7162.
  7. Fused in Sarcoma (FUS) in DNA Repair: Tango with Poly(ADP-ribose) Polymerase 1 and Compartmentalisation of Damaged DNA. Sukhanova M.V., Singatulina A., Pastre D., Lavrik O.I.Int. J. Mol. Sci. 2020. V. 21. P. 7020.
  8. Regulation of Poly(ADP-Ribose) Polymerase 1 Activity by Y-Box-Binding Protein 1. Naumenko K.N., Sukhanova M.V., Hamon L, Kurgina T.A., Alemasova E.E., Kutuzov M.M., Pastre D., Lavrik O.I.Biomolecules. 2020. V. 10. N 9. E1325.
  9. Inhibition of Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 by Lipophilic Pyrimidine Nucleosides. Zakharenko A.L., Drenichev M.S., Dyrkheeva N.S., Ivanov G.A., Oslovsky V.E., Ilina E.S., Chernyshova I.A., Lavrik O.I., Mikhailov S.N. Molecules. 2020. V. 25. N 16. P. 3694.
  10. Usnic Acid Conjugates with Monoterpenoids as Potent Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 Inhibitors. Luzina O., Filimonov A., Zakharenko A.L., Chepanova A.A., Zakharova O., Ilina E.S., Dyrkheeva N.S., Likhatskaya G., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Journal of Nat. Prod. 2020. V. 83. N 8. P. 2320-2329.
  11. Impact of PARP1, PARP2 & PARP3 on the Base Excision Repair of Nucleosomal DNA. Kutuzov M.M., Belousova E.A., Ilina E.S., Lavrik O.I. Adv. Exp. Med. Biol. 2020. V. 1241. P. 47-57 (глава в книге)
  12. Molecular Mechanisms of PARP-1 Inhibitor 7-Methylguanine. Nilov D., Maluchenko N., Kurgina T.A., Pushkarev S., Lys A., Kutuzov M.M., Gerasimova N., Feofanov A., Lavrik O.I., Studitsky V.M. Int. J. Mol. Sci. 2020. V. 21. N 6. P. 2159.
  13. Идентификация гена химозина Алтайского марала [Cervus elaphus sibiricus (Severtzov, 1873)], наработка его рекомбинантного аналога в прокариотической системе экспрессии и анализ некоторых биохимических свойств полученного фермента. Беленькая С.В., Бондарь А.А., Кургина Т.А., Ельчанинов В.В., Бакулина А.Ю., Рухлова Е.А., Лаврик О.И., Ильичев А.А., Щербаков Д.Н. Биохимия. 2020. Т. 85. В. 7. С. 916-928.
  14. Characterization of the Altai Maral Chymosin Gene, Production of a Chymosin Recombinant Analog in the Prokaryotic Expression System, and Analysis of Its Several Biochemical Properties. Belenkaya S.V., Bondar A.A., Kurgina T.A., Elchaninov V.V., Bakulina A.Yu., Rukhlova E.A., Lavrik O.I., Ilyichev A.A., Shcherbakov D.N. Biochemistry (Moscow). 2020. V. 85. N 7. P. P. 781-791. (переводная версия)
  15. PARPs’ impact on base excision. Lavrik O.I. DNA Repair. 2020. V.93. P. 102911.
  16. Inhibitory Effect of New Semisynthetic Usnic Acid Derivatives on Human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1. Dyrkheeva N.S., Luzina O., Filimonov A., Zakharova O., Ilina E.S., Zakharenko A.L., Kupryushkin M.S., Nilov D., Gushchina I., Švedas V.K., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Planta Med. 2019. V. 85. N 2. P. 103-111.
  17. DNA complexes with human purinic/apyrimidinic endonuclease 1: structural insights revealed by pulsed dipolar EPR with orthogonal spin labeling. Krumkacheva O.A., Shevelev G.Y., Lomzov A.A., Dyrkheeva N.S., Kuzhelev A.A., Koval V.V., Tormyshev V.M., Polienko Y.F., Fedin M.V., Pyshnyi D.V., Lavrik O.I., Bagryanskaya E.G. Nucleic Acids Res. 2019. V. 47. N 15. P. 7767-7780.
  18. Dynamic light scattering study of base excision DNA repair proteins and their complexes. Vasil'eva I.A., Anarbayev R.O., Moor N.A., Lavrik O.I. Biochim. Biophys. Acta - Proteins and Proteomics. 2019. V. 1867. N 3. P. 297-305.
  19. PARP-1 activation directs FUS to DNA damage sites to form PARG-reversible compartments enriched in damaged DNA. Singatulina A., Hamon L, Bouhss A., Desforges B., Sukhanova M.V., Lavrik O.I., Pastre D. Cell Reports. 2019. V. 27. N 6. P.1809-1821.
  20. Novel Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 Inhibitors Enhance the Therapeutic Impact of Topoteсan on In Vivo Tumor Models. Захаренко А.Л., Luzina O.A., Sokolov D.N., Kaledin V.I., Nikolin V.P., Popova N.A., Patel J., Чепанова А.А., Zafar A., Reynisson J., Leung E., Leung I.K.H., Volcho K.P., Salakhutdinov N.F., Лаврик О.И. Eur. J. Med. Chem. 2019. V. 161. P. 581-593.
  21. A Single-Molecule Atomic Force Microscopy Study of PARP1 and PARP2 Recognition of Base Excision Repair DNA Intermediates. Sukhanova M.V., Hamon L., Kutuzov M.M., Joshi V., Abrakhi S., Dobra I., Curmi P., Pastre D., Lavrik O.I. J.Mol. Biol. 2019. V. 431. N 15. P. 2655-2673.
  22. The Development of Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 Inhibitors. Combination of Monoterpene and Adamantine Moieties via Amide or Thioamide Bridges. Chepanova A.A., Mozhaitsev E.S., Munkuev A.A., Suslov E.V., Korchagina D.V., Zakharova O., Zakharenko A.L., Patel J., Ayine-Tora D.M., Reynisson J., Leung I.K.H., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I.Applied Sciences (Basel). 2019. V. 9. N 13. P. 2767.
  23. Double-Stranded DNA Fragments Bearing Unrepairable Lesions and Their Internalization into Mouse Krebs-2 Carcinoma Cells. Dolgova E.V., Evdokimov A.N., Proskurina A.S., Efremov Y.R., Bayborodin S.I., Potter E.A., Popov A.A., Petruseva I.O., Lavrik O.I., Bogachev S.S. Nucleic Acid Ther. 2019. V. 29. N 5. P. 278-290.
  24. Unrepairable substrates of nucleotide excision repair and their application to suppress the activity of this repair system. Popov A.A., Evdokimov A.N., Lukianchikova N., Petruseva I.O., Lavrik O.I. Biopolymers & Cell. 2019. V. 35. N 2. P. 107–117.
  25. Poly(ADP-ribosyl)ation and DNA repair synthesis in the extracts of naked mole rat, mouse, and human cells. Kosova A.A., Kutuzov M.M., Evdokimov A.N., Ilina E.S., Belousova E.A., Romanenko S.A., Trifonov V., Khodyreva S.N., Lavrik O.I. Aging-US. 2019. V. 11. N 9. P. 2852-2873.
  26. The Oligomeric State of Base Excision DNA Repair Proteins and Their Complexes Explored by Dynamic Light Scattering. Vasil'eva I.A., Moor N.A., Anarbayev R.O., Lavrik O.I. Int. J. of Biomedicine 2019. S. 1. P21 (тезисы коференции)
  27. Роль окисления белка XRCC1 в регуляции процесса репарации ДНК у млекопитающих. Васильева И.А., Моор Н.А., Лаврик О.И.Доклады Академии Наук (биохимия, биофизика, молекулярная биология). 2019. Т. 489. № 1. С. 93–98.
  28. Novel Inhibitors of DNA Repair Enzyme TDP1 Combining Monoterpenoid and Adamantane Fragments. Mozhaitsev E.S., Zakharenko A.L., Suslov E.V., Korchagina D.V., Zakharova O., Vasil'eva I.A., Chepanova A.A., Black E., Patel J., Chand R., Reynisson J., Leung I.K.H., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Anticancer Agents Med Chem. 2019. V. 19. N 4. P. 463-472.
  29. The Development of Tyrosyl-DNA Phosphodyesterase 1 (TDP1) Inhibitors Based on the Amines Combining Aromatic/Heteroaromatic and Monoterpenoid Moieties. Mozhaitsev E.S., Suslov E.V., Demidova Y., Korchagina D.V., Volcho K, Zakharenko A.L., Vasil'eva I.A., Kupryushkin M.S., Chepanova A.A., Moscoh Ayine-Tora D., Reynisson J., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Letters in Drug Design and Discovery. 2019. V. 16. P. 597-605.
  30. Посттрансляционные модификации белков эксцизионной репарации нуклеотидов и их роль в регуляции процесса. Речкунова Н.И., Мальцева Е.А., Лаврик О.И. Биохимия. 2019. Т. 84. № 9. С. 1244 – 1258.
  31. Antimetastatic Activity of Combined Topotecan and Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase-1 Inhibitor on Modeled Lewis Lung Carcinoma. Koldysheva E.V., Men'shchikova A.P., Lushnikova E.L., Popova N.A., Kaledin V.I., Nikolin V.P., Zakharenko A.L., Luzina O.A., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Bulletin of Experimental Biology and Medicine. 2019. V. 166. N 5. P.661-666 (переводная версия)
  32. Poly(ADP-ribosyl)ation by PARP1: reaction mechanism and regulatory proteins. Alemasova E.E., Lavrik O.I. Nucleic Acids Res. 2019. V. 47. N 8. P. 3811-3827.
  33. Dual DNA topoisomerase 1 and tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibition for improved anticancer activity. Zakharenko A.L., Dyrkheeva N.S., Lavrik O.I. Med Res Rev. 2019. V. 39. N 4. P. 1427-1441.
  34. Dehydroabietylamine Ureas and Thioureas as Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 Inhibitors That Enhance the Antitumor Effect of Temozolomide on Glioblastoma Cells. Kovaleva K., Oleshko O., Mamontova E.M., Yarovaya O., Zakharova O., Zakharenko A.L., Kononova A., Dyrkheeva N.S., Cheresiz S., Pokrovsky A., Lavrik O.I., Salakhutdinov N.F. Journal of Nat. Prod. 2019. V. 82. N 9. P. 2443-2450.
  35. New hydrazinothiazole derivatives of usnic acid as potent TDP1 inhibitors. Filimonov A.S., Chepanova A.A., Luzina O.A., Zakharenko A.L., Zakharova O., Ilina E.S., Dyrkheeva N.S., Kupryushkin M.S., Kolotaev A.V., Khachatryan D.S., Patel J., Leung I.K.H., Chand R., Ayine-Tora D.M., Reynisson J., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Molecules. 2019. V. 24. N 20. pii: E3711.
  36. Poly(ADP-ribose) polymerases in regulation of DNA repair. Lavrik O.I. Biopolymers & Cell. 2019. V. 35. Issue 3. P. 182-183 (тезисы конференции)
  37. Post-translational Modifications of Nucleotide Excision Repair Proteins and Their Role in the DNA Repair. Rechkunova N.I., Maltseva E.A., Lavrik O.I. Biochemistry (Moscow). 2019. V. 84. N 9. P. 1008-1020. (переводная версия)
  38. Optimization of nucleosome assembly from histones and model DNAs and estimation of the reconstitution efficiency. Kutuzov M.M., Kurgina T.A., Belousova E.A., Khodyreva S.N., Lavrik O.I. Biopolymers & Cell. 2019. V. 35. N 2. P. 91-98.
  39. Role of Oxidation of XRCC1 Protein in Regulation of Mammalian DNA Repair Process. Vasil'eva I.A., Moor N.A., Lavrik O.I.Доклады Академии Наук (биохимия, биофизика, молекулярная биология). 2019. V. 489. P. 357–361.(переводная версия)
  40. Tdp1 Inhibition as a Promising Approach to New Anticancer Drugs. Volcho K., Zakharenko A.L., Luzina O., Khomenko T., Suslov E., Salomatina O.V., Zakharova O., Li-Zhulanov N., Reynisson J., Lavrik O.I., Salakhutdinov N.F. Proceedings (MDPI). 2019. V. 22. N 1. P. 35 (тезисы конференции)
  41. DNA ADP-ribosylaion by PARP family proteins. Belousova E.A., Kutuzov M.M., Khodyreva S.N., Lavrik O.I. Гены и клетки. 2019. V. XIV. N 3. P.57 (тезисы конференции)
  42. Peculiarities of DNA excision repair in cells of mammals with different longevity. Khodyreva S.N., Kutuzov M.M., Belousova E.A., Ilina E.S., Lavrik O.I. Гены и клетки. 2019. V. XIV. N 3. P. 57 (тезисы конференции)
  43. Promising New Inhibitors of Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase I (Tdp 1) Combining 4-Arylcoumarin and Monoterpenoid Moieties as Components of Complex Antitumor Therapy.

Khomenko T.M., Zakharenko A.L., Chepanova A.A., Ilina E.S., Zakharova O., Kaledin V.I., Nikolin V.P., Popova N.A., Korchagina D.V., Reynisson J., Chand R., Ayine-Tora D.M., Patel J., Leung I.K.H., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2019. V. 21. N 1. pii: E126.

—-

Патенты


  1. СРЕДСТВА ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ТИРОЗИЛ-ДНК-ФОСФОДИЭСТЕРАЗЫ 1 НА ОСНОВЕ ЖЕЛЧНЫХ КИСЛОТ. Саломатина О.В., Захаренко А.Л., Попадюк Ирина Леонидовна, Дырхеева Н.С., Йоханнес Рейниссон, Волчо К.П.*, Лаврик О.И., Салахутдинов Н.Ф.* 2018 г. № 2689335
  2. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ТИРОЗИЛ-ДНК-ФОСФОДИЭСТЕРАЗЫ 1 ЧЕЛОВЕКА. Захаренко А.Л., Лебедева Н.А., Лузина О.А., Салахутдинов Н.Ф., Лаврик О.И. 2016 г. № 2605329.
  3. НАНОКОМПОЗИТЫ ДИОКСИДА ТИТАНА ДЛЯ ИНАКТИВАЦИИ ВИРУСНОГО ГЕНОМА ВНУТРИ КЛЕТОК, СПОСОБ ИХ ПОЛУЧЕНИЯ. Исмагилов З.Р., Шикина Н.В., Пармон В.Н., Зарытова В.Ф., Левина А.С., Репкова М.Н., Беланов Е.Ф., Зиновьев В.В., Малыгин Э.Г., Загребельный С.Н., Байбородин С.И., Нетесов С.В., Евдокимов А.Н. 2012 г. № 2444571.
  4. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ПОЛИ(АДФ-РИБОЗО)ПОЛИМЕРАЗЫ-1 ЧЕЛОВЕКА. Ходырева С.Н., Лаврик О.И., Захаренко А.Л., Михайлов С.Н., Куликова И.В., Ефимцева Е.В. 2011 г.№ 2411948.
  5. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ТИРОЗИЛ-ДНК-ФОСФОДИЭСТЕРАЗЫ 1 ЧЕЛОВЕКА. Хоменко Т.М., Волчо К.П., Захаренко А.Л., Жукова С.В., Анарбаев Р.О., Лаврик О.И., Салахутдинов Н.Ф. 2016 г. № 2581060.
  6. СПОСОБ ДЕТЕКЦИИ Ku-АНТИГЕНА В ЭКСТРАКТАХ КЛЕТОК ЧЕЛОВЕКА. Ильина Е.С., Лаврик О.И., Ходырева С.Н. 2010 г. № 2384623.
  7. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ПОЛИ(АДФ-РИБОЗО)ПОЛИМЕРАЗЫ-1 ЧЕЛОВЕКА. Захаренко А.Л., Соколов Д.Н., Лузина О.А., Суханова М.В., Ходырева С.Н., Захарова О.Д., Салахутдинов Н.Ф., Лаврик О.И. 2013 г. № 2500675.
  8. СПОСОБ ОЦЕНКИ АКТИВНОСТИ СИСТЕМЫ ЭКСЦИЗИОННОЙ РЕПАРАЦИИ НУКЛЕОТИДОВ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Евдокимов А.Н., Петрусева И.О., Цидулко А.Е., Королева Л.С., Серпокрылова И.Ю., Сильников В.Н., Лаврик О.И. 2013 г. № 2492242.



Оборудование


  • Лаборатория располагает уникальной биохимической базой для исследования процессов репликации, эксцизионной репарации оснований и нуклеотидов ДНК человека.
  • Лаборатория использует в работе методы аффинной модификации белков в качестве основного инструмента современной протеомики, что позволяет в сочетании с методами спектроскопии МАЛДИ идентифицировать в клеточных и ядерных экстрактах новые белковые факторы систем репарации ДНК.






© Copyright 2021. ИХБФМ СО РАН

Яндекс.Метрика