Лаборатория биоорганической химии ферментов

Лаврик Ольга Ивановна
Академик РАН, профессор, доктор химических наук, г.н.с.,
Лауреат Государственной премии СССР, лауреат премий Сибирского Отделения РАН, стипендиат государственной стипендии для выдающихся ученых России, иностранный профессор Парижского Университета 6 (имени Пьера и Марии Кюри), кавалер Ордена Академических Пальм, Лауреат премии РАН имени А.Н. Белозерского, 2022 Заслуженный деятель науки СО РАН с вручением знака «Золотая Сигма», 2023
телефон: (383) 363-51-95, Email

• Почетное звание «Заслуженный деятель науки НСО» 2021
• Медаль Ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени. 2018
• Медаль «Памяти академика Н.М. Эмануэля» 2019 За достижения в области химической и биохимической физики
• Почетная грамота СО РАН. За многолетний добросовестный труд, выдающиеся достижения в области физико-химической биологии, плодотворную научную, научно-организационную, педагогическую деятельность и в связи с юбилеем.2018
• Почетная грамота Губернатора Новосибирской области. За заслуги в развитии науки, многолетний добросовестный труд. 2018
• Звание «Почетный доктор Алтайского государственного университета» 2018
• Почетная грамота в связи с 60-летием СО РАН. За добросовестный труд на благо отечественной науки, достигнутые в научной и производственной деятельности 2017
• Звание «Почётной Академины». Награда, полученная в рамках конкурса «Академина - 2016» (вне конкурсной программы). 2016
• Звание Кавалера Ордена Академических Пальм.За неоценимый вклад в укрепление научного сотрудничества между Россией и Францией. 2016
• Почетная грамота НГУ и Президиума СО РАН «За укрепление связей между образованием и наукой» 2010
• Памятный знак «За труд на благо города» в честь 115-летия со дня основания г. Новосибирска. 2008
• Лауреат Государственной премии 1984. За цикл работ «Химические основы биологического катализа»
• Лауреат Премии «Академина. Женщина в науке». 2012
• Медаль «За вклад в развитие Новосибирской области» 2012
• Диплом Союза женщин Новосибирской области, участница фестиваля «Современница-2013» За активное участие в общественной жизни региона, достойный вклад в социальное развитие НСО, стремление работать во имя добрых перемен и готовность реализовать себя в решении значимых вопросов.
• Медаль «За заслуги перед НГУ» 2014. За многолетний добросовестный труд на благо университета и в связи с 55-летием НГУ.

• Исследование процесса эксцизионной репарации оснований ДНК у высших эукариот. Изучение взаимодействий ДНК-полимераз бета, лямбда, апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазы (APE1), флэп-эндонуклеазы-1 (FEN1), PCNA, XRCC1, поли(ADP-pибозо)полимеразы-1 (PARP1) человека с ДНК-структурами, имитирующими интермедиаты эксцизионной репарации оснований. Идентификация новых участников репарации оснований в клеточных экстрактах с помощью метода аффинной модификации в сочетании с MALDI-MS и установление их функций.
  
• Исследование процесса узнавания повреждений и механизма эксцизионной репарации нуклеотидов.
  
• Изучение механизмов репарации множественных повреждений в ДНК.
  
• Исследование синтеза ДНК через повреждение, катализируемого ДНК-полимеразами бета, лямбда, йота.
  
• Кристаллографический анализ белков репарации ДНК и их комплексов.
  
• Поиск новых эффективных ингибиторов ключевых ферментов систем репарации /репликации и их регуляторов на основе природных и синтетических соединений как потенциальных лекарств для терапии рака и других болезней человека.
  
• В лаборатории выделяются практически все известные белки репликации и эксцизионной репарации ДНК, а также ключевые ферменты молекулярно-биологических исследований (обратная транскриптаза вируса лейкемии мышей, полинуклеотидкиназа фага Т4, ДНК-лигаза фага Т4, Taq ДНК-полимераза, Taq ДНК-секвеназа, фрагмент Штоффеля Taq ДНК-полимеразы, РНК-полимераза фага Т7, урацил-ДНК-гликозилаза E. coli) для научно-исследовательских работ Института.
  

• Развит оригинальный подход для исследования ансамблей белков репликации и репарации ДНК in vitro, в том числе в клеточных экстрактах, основанный на использовании реакционноспособных интермедиатов этих процессов, синтезированных с помощью ДНК-полимераз и различных фотореакционноспособных аналогов dNTP. [Lavrik O.I. et al., J. Biol. Chem. 2001. 276, 25541; Khodyreva S.N. & Lavrik O.I., Curr. Med. Chem. 2005. 12, 641; Rechkunova N.I. & Lavrik O.I., Subcell Biochem. 2010. 50, 251].
• Открыта ключевая роль PARP1 в координации путей репарации оснований и нуклеотидов через взаимодействие c белками и ДНК-интермедиатами процессов. [Sukhanova M.V. et. al., Nucleic Acids Res. 2005. 33, 1222; Sukhanova M.V. et al., Mutat. Res. 2010. 80, 685; Sukhanova M.V. et al., Nucleic Acids Res. 2016. 44, 9279; Maltseva E.A. et al., J. Biol. Chem. 2015. 290, 21811; Sukhanova M.V. et al., J. Mol. Biol. 2019, 431, 2655].
• Обнаружены новые механизмы регуляции активности PARP1 многофункциональными РНК-связывающими белками (FUS и YB-1) и репликативным белком А [Alemasova E.E. et al., Oncotarget. 2018. 9, 23349; Maltseva E.A. et al., DNA Repair. 2018. 72, 28; Alemasova E.E. & Lavrik O.I. Nucleic Acids Res. 2019. 47, 3811; Singatulina A.S. et al., Cell. Rep. 2019. 27, 1809; Naumenko K.N. et al., Biomolecules. 2020. 10, 1325].
• Открыта новая мишень поли(АDP-рибозилирования), катализируемого ферментами семейства PARP (PARP1, PARP2, PARP3), – ДНК, содержащая разрывы [Talhaoui I. Et al., Nucleic Acids Res. 2016. 44, 9279; Zarkovic G. et al., Nucleic Acids Res. 2018. 46, 2417; Belousova E.A. et al., Sci. Rep. 2018. 8, 4176].
• Выявлено специфическое взаимодействие ряда белков (HMGB1, Ku70/80, XRCC1, GAPDH) с наиболее распространенными повреждениями в ДНК – апуриновыми/ апиримидиновыми сайтами – для их временной защиты и последующей репарации. [Prasad R. et al., Mol. Cell. 2007. 27, 829; Nazarkina Z.K. et al., DNA repair. 2007. 6, 254; Ilina E.S. et al., Biochim. Biophys. Acta. 2008. 1784, 1777; Kosova A.A. et al., Mutat. Res. 2015. 779, 46; Kosova A.A. et al., Biochim. Biophys. Acta. 2016. 1864, 1244].
• Идентифицированы новые участники процессинга АР-сайтов, PARP1 и тирозил-ДНК-фосфодиэстераза 1. [Khodyreva S.N. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2010. 107, 22090; Lebedeva N.A. et al., FEBS Lett. 2011. 585, 683; Lebedeva N.A. et al., DNA Repair. 2013. 12, 1037].
• Впервые обнаружена полярность в связывании с однонитчатой ДНК ключевого фактора эукариотической репликации и репарации – репликативного белка А. Установлена роль малых субъединиц RPA (p32, p14) в формировании его функциональных комплексов с ДНК в процессах репарации и репликации. [Lavrik O.I. et al., Nucleic Acids Res. 1999. 27, 4235; Kolpashchikov D.M. et al., Nucleic Acids Res. 2001. 29, 373].
• Установлено расположение ХРА, RPA и XPC на поврежденной ДНК в процессе эксцизионной репарации нуклеотидов. [Krasikova Y.S. et al., Nucleic Acids Res. 2010. 38, 8083; Krasikova Y.S. et al., J. Biol. Chem. 2013. 288, 10936; Krasikova Y.S. et al., PLoS One. 2018. 13, e0190782].
• Установлено, что комплекс белков, осуществляющих репарацию оснований, предформирован в виде надмолекулярной структуры (репаросомы) через белок-белковые взаимодействия. Впервые количественно оценена термодинамическая эффективность этих взаимодействий и композиция репаросомы. [Moor N.A. et al., Nucleic Acids Res. 2015. 43, 6009; Vasil'eva I.A. et al., Biochim. Biophys. Acta Proteins Proteom. 2019. 1867, 297].
• Впервые установлено, что репарация объемных и оксидативных повреждений ДНК происходит более интенсивно в клетках долгоживущего организма голого землекопа по сравнению с мышью, что может быть отнесено к ключевым факторам обеспечения долголетия высших организмов. [Evdokimov A.N. et al., Aging. 2018. 10, 1454; Kosova A.A. et al., Aging. 2019. 11, 2852].
• Установлены структурные основы функционирования фенилаланил-тРНК-синтетаз из бактерий, митохондрий и цитоплазмы человека с помощью рентгеноструктурного анализа ферментов и их комплексов с различными субстратами. [Safro M. et al., In book: The aminoacyl-tRNA synthetases. 2005. Georgetown, USA, 251; Moor N.A. et al., Biochemistry. 2006. 45, 10572; Klipcan L. et al., Structure. 2008. 16, 1095; Finarov I. et al., Structure. 2010. 18, 343]. Открыт уникальный механизм продуктивного взаимодействия синтетаз с тРНК, координируемого низкомолекулярными субстратами. [Moor N.A. et al., Biochemistry. 2003. 42, 10697; Klipcan L. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009. 106, 11045; Moor N.A. et al., Chemistry&Biology. 2011. 18, 1221; Klipcan L. et al., J. Mol. Biol. 2012. 415, 527].
  
  

Лаборатория имеет обширные международные контакты. Сотрудничество лаборатории развивается с ведущими научными центрами Франции, США, Нидерландов, Израиля, Ирландии, Италии, Германии и Японии.

Базовые проекты
Программа фундаментальных научных исследований государственных академий наук (2017 - 2020 гг.)

• Тема № 57.1.3.Механизмы репарации множественных повреждений ДНК и их регуляция. (0309-2014-0003).
  
• Тема № 57.1.2. ПФНИ ГАН Механизмы функционирования систем репарации, транскрипции и трансляции. Патологические процессы, связанные с этими системами. (0309-2016-0001)

Гранты Российского научного фонда

• № 23-74-01078 «Влияние ингибиторов Tdp1 на тип клеточной гибели и экспрессию белков репарации ДНК в клетках с нокаутом по генам Tdp1 и PARP1» (2023-2025)
• № 22-74-10059 «Нуклеосомы-зонды как инструмент поиска новых регуляторов системы эксцизионной репарации оснований ДНК» (2022-2025)
• № 20-14-00086 «Роль внутренне неупорядоченных белков в образовании безмембранных компартментов в клетке» (2020-2022 гг.)
• № 17-74-20075 «Поли(ADP-рибоза) полимеразы – ключевые регуляторы репарации ДНК и потенциальные терапевтические мишени».(2017-2020 гг.)
• № 19-74-10056_мол_гр «Белки репарации голого землекопа и их устойчивость к повреждающим воздействиям» (2019-2022 гг.)
• № 19-14-00204 «Модифицированные ДНК как ингибиторы систем репарации ДНК: определение клеточных мишеней и оптимальных структур для сенсибилизации опухолевых клеток» (2019-2021 гг.)
• № 19-14-00107 «Интерактом репарации ДНК: роль в регуляции активности процессов репарации и онкогенезе»(2019-2021 гг.)
• № 20-14-00086 «Роль внутренне неупорядоченных белков в образовании безмембранных компартментов в клетке»
• № 21-14-00105 «Ингибиторы тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 для сенсибилизации опухолевых клеток к химиопрепаратам, используемым в клинике»
• № 22-14-00112 «Роль белков-партнеров PARP1 в регуляции процесса поли(ADP-рибозил)ирования»
• № 19-14-00204 П «Модифицированные ДНК как ингибиторы систем репарации ДНК: определение клеточных мишеней и оптимальных структур для сенсибилизации опухолевых клеток»
• № 22-74-10059 «Нуклеосомы-зонды как инструмент поиска новых регуляторов системы эксцизионной репарации оснований ДНК»
• № 19-74-10056 П «Белки репарации голого землекопа и их устойчивость к повреждающим воздействиям»

Гранты Российского фонда фундаментальных исследований.

• № 18-04-00882-а «Роль поли(ADP-рибозил)ирования и поли(ADP-рибозы) в регуляции функциональной активности мРНК-связывающих белков». (2018-2020 гг.)
• № 18-04-00596-а «Механизм преодоления объемных повреждений ДНК-полимеразами в процессе эксцизионной репарации оснований». (2018-2020 гг.)
• № 17-00-00097 комфи «Механизмы регуляции процессинга множественных повреждений в нуклеосомах и свободной ДНК». (2018-2020 гг.)
• № 18-44-540023 р_а «Ингибиторы фермента репарации ДНК тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 как сенсибилизаторы опухолей к действию химиотерапии» (2018-2020 гг.)
• № 19-04-00018 «Исследование механизма верификации повреждений ДНК в процессе эксцизионной репарации нуклеотидов» (2019-2021 гг.)
• № 19-04-00481 » Поиск моллекулярных партнеров белков семейства RARP в процессах репарации ДНК» (2019-2021гг.)
• № 20-04-00674 А «Исследование (АДФ-рибозил)ирования ДНК в составе динуклеосомы» (2020-2022гг.)
• № 19-415-540002 р_а «Исследование механизма сенсибилизации опухолевых клеток ингибиторами тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 человека к действию известных противораковых препаратов» (2019-2021г)
• № 19-44-543001 р_мол_а «Ингибиторы ферментов репарации ДНК на основе производных хроменов как потенциальные противораковые препараты» (2019-2021гг.)
• № 20-34-70028 Стабильность «Регуляция эксцизионной репарации оснований ДНК в контексте динуклеосом как простейшей модели компактизации ДНК» (2019-2021гг.)

Отчеты по проектам МинОбрНауки России

1. Изучение структуры и функций нуклеосом методом атомно-силовой микроскопии. Украинцев А.А., Кутузов М.М., Лаврик О.И. Биохимия. 2024. Т. 89. № 4. С. 635-650. DOI: 10.31857/S0320972524040078
2. Новые производные дегидроабиетиламина и адамантана: синтез и активность в качестве ингибиторов фермента репарации TDP1. Ковалева К.С., Яровая О.И., Чернышева И.А., Лаврик О.И., Салахутдинов Н.Ф. Известия АН. Серия химическая. 2024. Т. 73. № 6. С. 1829-1835.
3. О хрупкой ДНК и ее паладине. Кургина Т.А., Лаврик О.И. Наука из первых рук. 2024. № 1 (99). С. 6-17.
4. Divalent and multivalent cations control liquid-like assembly of poly(ADP-ribosyl)ated PARP1 into multimolecular associates in vitro. Sukhanova M.V., Anarbayev R.O., Maltseva E.A., Kutuzov M.M., Lavrik O.I. Commun Biol. 2024. V. 7. N 1. P. 1-17. DOI: 10.1038/s42003-024-06811-4
5. Use of qPCR to Evaluate Efficiency of the Bulky DNA Damage Removal in Extracts of Mammalian Cells with Different Maximum Lifespan. Popov A.A., Shamanin V., Petruseva I.O., Evdokimov A.N., Lavrik O.I. Biochemistry (Moscow). 2024. V. 89. N 7. P. 1183-1191. DOI: 10.1134/s0006297924070022 перевод
6. Synthesis of Furanotriterpenoids from Betulin and Evaluation of Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 (Tdp1) Inhibitory Properties of New Semi-Synthetic Triterpenoids. Tolmacheva I.A., Eroshenko D.A., Chernyshova I.A., Nazarov M.A., Lavrik O.I., Grishko V.V. Eur. J. Med. Chem. 2024. V. 276. P. 116724. DOI: 10.1016/j.ejmech.2024.116724
7. Computational Modeling Study of the Molecular Basis of dNTP Selectivity in Human Terminal Deoxynucleotidyltransferase. Ukladov E.O., Tyugashev T.E., Kuznetsov N.A. Biomolecules. 2024. V. 14. N. 8. P. 961. DOI: 10.3390/biom14080961
8. Does the XPA–FEN1 Interaction Concern to Nucleotide Excision Repair or Beyond? Krasikova Y.S., Maltseva E.A., Khodyreva S.N., Evdokimov A.N., Rechkunova N.I., Lavrik O.I. Biomolecules. 2024. V. 14. N 7. P. 814. DOI: 10.3390/biom14070814
9. Apurinic/apyrimidinic endonuclease 1 has major impact in prevention of suicidal covalent DNA–protein crosslink with apurinic/apyrimidinic site in cellular extracts. Lebedeva N.A., Dyrkheeva N.S., Rechkunova N.I., Lavrik O.I. IUBMB Life. 2024. P. 1-10. DOI: 10.1002/iub.2890
10. Activity of DNA Repair Systems in the Cells of Long-Lived Rodents and Bats. Popov A.A., Petruseva I.O., Lavrik O.I. Biochemistry (Moscow). 2024. V. 89. N 6. P. 1014–1023. DOI: 10.1134/s0006297924060038 перевод
11. Studying Structure and Functions of Nucleosomes with Atomic Force Microscopy. Ukraintsev A.A., Kutuzov M.M., Lavrik O.I. Biochemistry (Moscow). 2024. V. 89. N. 4. P. 674–687. DOI: 10.1134/s0006297924040072 перевод
12. X-ray Repair Cross-Complementing Protein 1 XRCC1 Stimulates Activity of DNA Polymerase λ under Conditions of Microphase Separation. Lebedeva N.A., Anarbayev R.O., Maltseva E.A., Sukhanova M.V., Rechkunova N.I., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 13. P. 6927. DOI: 10.3390/ijms25136927
13. Transcriptomic analysis of HEK293A cells with a CRISPR/Cas9-mediated TDP1 knockout. Dyrkheeva N.S., Zakharenko A.L., Malakhova A.A., Okorokova L.S., Shtokalo D.N., Medvedev S.P., Tupikin A.E., Kabilov M.R., Lavrik O.I. Biochim. Biophys. Acta - General Subjects. 2024. V. 1868. N 7. P. 130616. DOI: 10.1016/j.bbagen.2024.130616
14. New Dual Inhibitors of Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 and 2 Based on Deoxycholic Acid: Design, Synthesis, Cytotoxicity, and Molecular Modeling. Salomatina O.V., Kornienko T.E., Zakharenko A.L., Komarova N.I., Achara C., Reynisson J., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I., Volcho К.P. Molecules. 2024. V. 29. N 3. P. 581. DOI: 10.3390/molecules29030581
15. A Knockout of Poly(ADP-Ribose) Polymerase 1 in a Human Cell Line: An Influence on Base Excision Repair Reactions in Cellular Extracts. Khodyreva S.N., Ilina E.S., Dyrkheeva N.S., Kochetkova A.S., Yamskikh A.A., Maltseva E.A., Malakhova A.A., Medvedev S.P., Zakiyan S.M., Lavrik O.I. Cells. 2024. V. 13. N 4. P. 302. DOI: 10.3390/cells13040302
16. Human DNA ligases I and IIIα as determinants of accuracy and efficiency of base excision DNA repair. Moor N.A., Vasil'eva I.A., Lavrik O.I. Biochimie. 2024. V. 219. P. 84-95. DOI: 10.1016/j.biochi.2023.08.007
17. Influence of Combinations of Lipophilic and Phosphate Backbone Modifications on Cellular Uptake of Modified Oligonucleotides. Zharkov T.D., Markov O.V., Zhukov S., Khodyreva S.N., Kupryushkin M.S. Molecules. 2024. V. 29. N. 2. P. 452. DOI: 10.3390/molecules29020452
18. Enhancement of the Antitumor and Antimetastatic Effect of Topotecan and Normalization of Blood Counts in Mice with Lewis Carcinoma by Tdp1 Inhibitors—New Usnic Acid Derivatives. Kornienko T.E., Chepanova A.A., Zakharenko A.L., Filimonov A., Luzina O.A., Dyrkheeva N.S., Nikolin V.P., Popova N.A., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 2. P. 1210. DOI: 10.3390/ijms25021210
19. Synthesis of adamantane-monoterpene conjugates with 1,3,4-thiadiazol-2(3H)-imine linker and evaluation of their inhibitory activity against TDP1. Munkuev A.A., Zakharenko A.L., Kornienko T.E., Dyrkheeva N.S., Ilina E.S., Suslov E.V., Issa F.B., Achara C., Reynisson J., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Medicinal Chemistry Research. 2024. V. 33. P. 324–335. DOI: 10.1007/s00044-023-03184-x
20. Methods for Assessment of Nucleotide Excision Repair Efficienc. Popov A.A., Petruseva I.O., Naumenko N.V., Lavrik O.I. Biochemistry (Moscow). 2023. V. 88. N 11. P. 1844–1856. DOI: 10.1134/s0006297923110147 перевод
21. FUS RRM regulates poly(ADP-ribose) levels after transcriptional arrest and PARP-1 activation on DNA damage. Mamontova E.M., Clément, M.-J., Sukhanova M.V., Joshi V., Bouhss A., Gonzalez J., Desforges B., Hamon L, Lavrik O.I., Pastre D. Cell Reports. 2023. V. 42. N 10. P. 113199. DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113199
22. RL2 Enhances the Elimination of Breast Cancer Cells by Doxorubicin. Wohlfromm F., Seyrek K., Ivanisenko N., Troitskaya O.S., Kulms D., Richter V.A., Koval O.A., Lavrik O.I. Cells. 2023. V. 12. N 24. P. 2779. DOI: 10.3390/cells12242779
23. The Role of PARP1 and PAR in ATP-Independent Nucleosome Reorganisation during the DNA Damage Response. Belousova E.A., Lavrik O.I. Genes. 2023. V. 14. N 1. P. 112. DOI: 10.3390/genes14010112
24. Usnic Acid Derivatives Inhibit DNA Repair Enzymes Tyrosyl-DNA Phosphodiesterases 1 and 2 and Act as Potential Anticancer Agents. Zakharenko A.L., Dyrkheeva N.S., Luzina O.A., Filimonov A.S., Mozhaitsev E.S., Malakhova A.A., Medvedev S.P., Zakiyan S.M., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Genes. 2023. V. 14. N 10. P. 1931. DOI: 10.3390/genes14101931
25. Transcriptomic Analysis of CRISPR/Cas9-Mediated PARP1-Knockout Cells under the Influence of Topotecan and TDP1 Inhibitor. Dyrkheeva N.S., Malakhova A.A., Zakharenko A.L., Okorokova L.S., Shtokalo D.N., Pavlova S.V., Medvedev S.P., Zakiyan S.M., Nushtaeva A.A., Tupikin A.E., Kabilov M.R., Khodyreva S.N., Luzina O.A., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 6. P. 5148. DOI: 10.3390/ijms24065148
26. Novel TDP1 Inhibitors: Disubstituted Thiazolidine-2,4-Diones Containing Monoterpene Moieties. Ivankin D.I., Kornienko T.E., Mikhailova M.A., Dyrkheeva N.S., Zakharenko A.L., Achara C., Reynisson J., Golyshev V.M., Luzina O.A., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 4. P. 3834. DOI: 10.3390/ijms24043834
27. Inhibition of DNA Repair Enzymes as a Valuable Pharmaceutical Approach. Volcho К.P., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 9. P. 7954. DOI: 10.3390/ijms24097954
28. Natural Products and Their Derivatives as Inhibitors of the DNA Repair Enzyme Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1. Zakharenko A.L., Luzina O.A., Chepanova A.A., Dyrkheeva N.S., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 6. P. 5781. DOI: 10.3390/ijms24065781
29. New 5-Hydroxycoumarin-Based Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase I Inhibitors Sensitize Tumor Cell Line to Topotecan. Khomenko T.M., Zakharenko A.L., Kornienko T.E., Chepanova A.A., Dyrkheeva N.S., Artemova A.O., Korchagina D.V., Achara C., Curtis A., Reynisson J., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 11. P. 9155. DOI: 10.3390/ijms24119155
30. PARP3 Affects Nucleosome Compaction Regulation. Ukraintsev A.A., Kutuzov M.M., Belousova E.A., Joyeau M., Golyshev V.M., Lomzov A.A., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 10. P. 9042. DOI: 10.3390/ijms24109042
31. Fork- and Comb-like Lipophilic Structures: Different Chemical Approaches to the Synthesis of Oligonucleotides with Multiple Dodecyl Residues. Zharkov T.D., Mironova E.M., Markov O.V., Zhukov S., Khodyreva S.N., Kupryushkin M.S. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 19. P. 14637. DOI: 10.3390/ijms241914637
32. Mutant-Huntingtin Molecular Pathways Elucidate New Targets for Drug Repurposing. Makeeva V.S., Dyrkheeva N.S., Lavrik O.I., Zakiyan S.M., Malakhova A.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 23. P. 16798. DOI: 10.3390/ijms242316798
33. Pharmacokinetic study of Tdp1 inhibitor resulted in a significant increase in antitumor effect in the treatment of Lewis lung carcinoma in mice by its combination with topotecan. Okhina A.A., Kornienko T.E., Rogachev A.D., Luzina O.A., Popova N.A., Nikolin V.P., Zakharenko A.L., Dyrkheeva N.S., Pokrovsky A.G., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis. 2023. V. 236. P. 115731. DOI: 10.1016/j.jpba.2023.115731
34. Synthesis of Norabietyl and Nordehydroabietyl Imidazolidine-2,4,5-Triones and Their Activity against Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1. Kovaleva K.S., Yarovaya O.I., Chernyshova I.A., Zakharenko A.L., Cheresiz S.V., Azimirad A., Pokrovsky A.G., Lavrik O.I., Salakhutdinov N.F. Molbank. 2023. V. 2023. N 4. P. 1743. DOI: 10.3390/m1743
35. The Lipophilic Purine Nucleoside—Tdp1 Inhibitor—Enhances DNA Damage Induced by Topotecan In Vitro and Potentiates the Antitumor Effect of Topotecan In Vivo. Chernyshova I.A., Zakharenko A.L., Kurochkin N.N., Dyrkheeva N.S., Kornienko T.E., Popova N.A., Nikolin V.P., Ilina E.S., Zharkov T.D., Kupryushkin M.S., Oslovsky V.E., Drenichev M.S., Lavrik O.I. Molecules. 2023. V. 28. N 1. P. 323. DOI: 10.3390/molecules28010323
36. Self-Penetrating Oligonucleotide Derivatives: Features of Self-Assembly and Interactions with Serum and Intracellular Proteins. Bauer I.A., Ilina E.S., Zharkov T.D., Grigoryeva E.V., Chinak O.A., Kupryushkin M.S., Golyshev V.M., Mitin D.E., Chubarov A.S., Khodyreva S.N., Dmitrienko E.V. Pharmaceutics. 2023. V. 15. N 12. P. 2779. DOI: 10.3390/pharmaceutics15122779
37. Cas9 is mostly orthogonal to human systems of DNA break sensing and repair. Maltseva E.A., Vasil'eva I.A., Moor N.A., Kim D.V., Dyrkheeva N.S., Kutuzov M.M., Vokhtantsev I.P., Kulishova L.M., Zharkov D.O., Lavrik O.I. PloS ONE. 2023. V. 18. N 11. e0294683. DOI: 10.1371/journal.pone.0294683
38. FUS fibrillation occurs through a nucleation-based process below the critical concentration required for liquid-liquid phase separation. Bertrand E., Demongin C., Dobra I., Rengifo-Gonzalez J.C., Singatulina A., Sukhanova M.V., Lavrik O.I., Pastre D., Hamon L Scientific Reports. 2023. V. 13. N 1. P. 7772. DOI: 10.1038/s41598-023-34558-1
39. Эксцизионная репарация нуклеотидов. Методы определения эффективности функционирования (обзор). Попов А.А., Петрусева И.О., Науменко Н.В., Лаврик О.И. Биохимия. 2023. T. 88. № 11. С. 2235-2250. DOI: 10.31857/S0320972523110155
40. Influence of Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 Inhibitor on the Proapoptotic and Genotoxic Effects of Anticancer Agent Topotecan. Chepanova A.A., Zakharenko A.L., Dyrkheeva N.S., Chernyshova I.A., Zakharova O., Ilina E.S., Luzina O.A., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Доклады Академии Наук (биохимия, биофизика, молекулярная биология). 2023. V. 508. P. 25–30. P. 1-6. DOI: 10.1134/S1607672922700077 перевод
41. Некаталитические домены ДНК-полимеразы λ: влияние на активность фермента и ее регуляцию. Мальцева Е.А., Речкунова Н.И., Лаврик О.И. Доклады Академии Наук (науки о жизни). 2023. Т. 512. № 1. С. 422-427. DOI: 10.31857/S2686738923600358
42. Нокаут по гену PARP1 подавляет экспрессию генов эксцизионной репарации оснований ДНК. Захаренко А.Л., Малахова А.А., Дырхеева Н.С., Окорокова Л.С., Медведев С.П., Закиян С.М., Кабилов М.Р., Тупикин А.Е., Лаврик О.И. Доклады Академии Наук (науки о жизни). 2023. Т. 510. № 1. С. 219-224. DOI: 10.31857/S2686738922600959
43. PARP1 gene knockout suppresses expression of DNA base excision repair genes. Zakharenko A.L., Malakhova A.A., Dyrkheeva N.S., Okorokova L.S., Medvedev S.P., Zakiyan S.M., Kabilov M.R., Tupikin A.E., Lavrik O.I. Доклады Академии Наук (науки о жизни). 2023. V. 508. N 1. P. 6-11. DOI: 10.1134/S1607672922700028 перевод
44. Влияние ингибитора тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 на проапоптотическое и генотоксическое действие антиракового препарата топотекана. Чепанова А.А., Захаренко А.Л., Дырхеева Н.С., Чернышова И.А., Захарова О.Д., Ильина Е.С., Лузина О.А., Салахутдинов Н.Ф., Лаврик О.И. Доклады Российской Академии Наук. 2023. Т. 510. № 1. С. 252-258. DOI: 10.31857/S2686738922601011
45. Синтез 3-оксабицикло[3.3.1]ноненов и их изучение как ингибиторов тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1. Дырхеева Н.С., Ильина И.В., Волчо К.П., Салахутдинов Н.Ф., Лаврик О.И. Известия АН. Серия химическая. 2023. Т. 72. № 10. С. 2525-2535.
46. 3-Oxabicyclo[3.3.1]nonenes: synthesis and investigation as tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibitors. Dyrkheeva N.S., Ilyina I.V., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Известия АН. Серия химическая. 2023. V. 72. N 10. P. 2525–2535. DOI: 10.1007/s11172-023-4055-z перевод
47. Влияние уровня поли(ADP-рибоза)полимеразы 1 на статус системы эксцизионной репарации оснований в клетках человека. Ильина Е.С., Кочеткова А.С., Белоусова Е.А., Кутузов М.М., Лаврик О.И., Ходырева С.Н. Молекулярная биология. 2023. Т. 52. № 2. С. 285-298. DOI: 10.31857/S0026898423020106 перевод
48. Влияние производного усниновой кислоты (ингибитора тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1) на трансплантированные опухоли in vivo в качестве монотерапии и в сочетании с олапарибом. Корниенко Т.Е., Захаренко А.Л., Ильина Е.С., Чепанова А.А., Захарова О.Д., Дырхеева Н.С., Попова Н.А., Николин В.П., Филимонов А.С., Лузина О.А., Салахутдинов Н.Ф., Лаврик О.И. Молекулярная биология. 2023. Т. 57. № 2. С. 220-231. DOI: 10.31857/S0026898423020143
49. Поли(АDP-рибоза)полимеразы 1 и 2: классические функции и взаимодействие с HPF1 ‒ новым фактором поли(ADP-рибозил)ирования гистонов. Кургина Т.А., Лаврик О.И. Молекулярная биология. 2023. Т. 57. №2. С. 254-268. DOI: 10.31857/S0026898423020167
50. Effect of Usnic Acid-Derived Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 Inhibitor Used as Monotherapy or in Combination with Olaparib on Transplanted Tumors in vivo. Kornienko T.E., Zakharenko A.L., Ilina E.S., Chepanova A.A., Zakharova O., Dyrkheeva N.S., Popova N.A., Nikolin V.P., Filimonov A.S., Luzina O.A., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Молекулярная биология. 2023. V. 57. N 2. P. 220-231. DOI: 10.1134/S0026893323020127 перевод
51. Influence of the Poly(ADP-Ribose) Polymerase 1 Level on the Status of Base Excision Repair in Human Cells. Ilina E.S., Kochetkova A.S., Belousova E.A., Kutuzov M.M., Lavrik O.I., Khodyreva S.N. Молекулярная биология. 2023. V. 57. N 2. P. 285-298. DOI: 10.1134/S0026893323020097 перевод
52. Poly(ADP-Ribose) Polymerases 1 and 2: Classical Functions and Interaction with New Histone Poly(ADP-Ribosyl)ation Factor HPF1. Kurgina T.A., Lavrik O.I. Молекулярная биология. 2023. V. 57. N 2. P. 245–257. DOI: 10.1134/s0026893323020140 перевод
53. Консервативный белок RCC1 – новый компонент черных дисков политенных хромосом DROSOPHILA MELANOGASTER. Зыкова Т.Ю., Мальцева М.В., Демаков С.А., Похолкова Г.В., Веряскина Ю.А., Лаврик О.И., Колесникова Т.Д., Жимулев И.Ф. Онтогенез. 2023. Т. 54. № 2. С. 176-180. DOI: 10.31857/S0475145023020076
54. Синтез новых производных усниновой кислоты и изучение их ингибирующей активности в отношении тирозил-ДНК-фосфодиэстераз 1 и 2. Филимонов А.С., Чепанова А.А., Михайлова М.А., Лузина О.А., Захаренко А.Л., Салахутдинов Н.Ф., Лаврик О.И. Химия в интересах устойчивого развития. 2023. Т. 31. № 6. С. 718-727. DOI: 10.15372/KhUR2023519
55. New deoxycholic acid derived tyrosyl-dna phosphodiesterase 1 inhibitors also inhibit tyrosyl-dna phosphodiesterase 2. Salomatina O.V., Dyrkheeva N.S., Popadyuk I.I., Zakharenko A.L., Ilina E.S., Komarova N.I., Reynisson J., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I., Volcho К.P. Molecules. 2022. V. 27. N 1. P. 72. DOI: 10.3390/molecules27010072
56. Inhibition of the DNA repair enzyme TDP1 by the resin acid derivatives as a new way to increase the efficiency of glioblastoma chemotherapy. Kovaleva K., Oleshko O., Yarovaya O., Cheresiz S., Zakharenko A.L., Ponomarev K., Lavrik O.I., Pokrovsky A., Salakhutdinov N.F. AIP Conference Proceedings. 2022. V. 2390. pii. 0020036. DOI: 10.1063/5.0069407труды
57. In Vitro and In Silico Studies of Human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 (Tdp1) Inhibition by Stereoisomeric Forms of Lipophilic Nucleosides: The Role of Carbohydrate Stereochemistry in Ligand-Enzyme Interactions. Dyrkheeva N.S., Chernyshova I.A., Ivanov G.A., Porozov Y.B., Zenchenko A.A., Oslovsky V.E., Zakharenko A.L., Nasyrova D.I., Likhatskaya G., Mikhailov S.N., Lavrik O.I., Drenichev M.S. Molecules. 2022. V. 27. P. 2433. DOI: 10.3390/molecules27082433
58. Structural features of DNA polymerases β and λ in complex with benzo[a]pyrene-adducted DNA cause a difference in lesion tolerance. Rechkunova N.I., Zhdanova P.V., Lebedeva N.A., Maltseva E.A., Koval V.V., Lavrik O.I. DNA Repair. 2022. V. 116. P. 103353. DOI: 10.1016/j.dnarep.2022.103353
59. Ингибиторное ДЕЙСТВИЕ 7-метилгуанина и его метаболита 8-гидрокси-7-метилгуанина на поли(ADP-рибозо)полимеразу 1 человека. Кургина Т.А., Шрам С.И., Кутузов М.М., Абрамова Т.В., Щербакова Т.А., Мальцева Е.А., Поройков В.В., Лаврик О.И., Швядас В.К., Нилов Д.К. Биохимия. 2022. Т. 87. № 6. С. 794-803. DOI: 10.31857/S0320972522060070
60. Study of interaction of the parp family DNA-dependent proteins with nucleosomes containing dna intermediates of the initial stages of ber process. Ukraintsev A.A., Belousova E.A., Kutuzov M.M., Lavrik O.I. Biochemistry (Moscow). 2022. V. 87. N 4. С. 331-345. DOI: 10.1134/S0006297922040034 перевод
61. The C-Terminal Domain of Y-Box Binding Protein 1 Exhibits Structure-Specific Binding to Poly(ADP-Ribose), Which Regulates PARP1 Activity. Naumenko K.N., Sukhanova M.V., Hamon L, Kurgina T.A., Anarbayev R.O., Mangerich A., Pastre D., Lavrik O.I. Front. Cell Dev Biol. 2022. V. 21. N 10. P. 831741. DOI: 10.3389/fcell.2022.831741
62. Monoterpene substituted thiazolidin-4-ones as novel TDP1 inhibitors: Synthesis, biological evaluation and docking. Ivankin D.I., Dyrkheeva N.S., Zakharenko A.L., Ilina E.S., Zarkov T.O., Reynisson J., Luzina O.A., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2022. V. 73. P. 128909. DOI: 10.1016/j.bmcl.2022.128909
63. Inhibitory Effects of 7-Methylguanine and Its Metabolite 8-Hydroxy-7-Methylguanine on Human Poly(ADP-Ribose) Polymerase 1. Kurgina T.A., Shram S.I., Kutuzov M.M., Abramova T.V., Shcherbakova T.A., Maltseva E.A., Poroikov V., Lavrik O.I., Švedas V.K., Nilov D.K. Biochemistry (Moscow). 2022. V. 87. N 8. P. 823-831. DOI: 10.1134/S0006297922080132 перевод
64. Role of YB-1 in regulation of poly(ADP-ribosylation) catalyzed by poly(ADP-ribose) polymerases. Alemasova E.E., Naumenko K.N., Sukhanova M.V., Lavrik O.I. Biochemistry (Moscow). 2022. V. 87. S. 1. S32-S47. DOI: 10.1134/S0006297922140048 перевод
65. Adamantane-Monoterpenoid Conjugates Linked via Heterocyclic Linkers Enhance the Cytotoxic Effect of Topotecan. Munkuev A.A., Dyrkheeva N.S., Kornienko T.E., Ilina E.S., Ivankin D.I., Suslov E.V., Korchagina D.V., Gatilov Yu.V., Zakharenko A.L., Malakhova A.A., Reynisson J., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Molecules. 2022. V.27. N 11. P. 3374. DOI: 10.3390/molecules27113374
66. Изучение взаимодействия ДНК-зависимых белков семейства PARP с нуклеосомными частицами, содержащими интермедиаты начальных стадий процесса BER. Украинцев А.А., Белоусова Е.А., Кутузов М.М., Лаврик О.И. Биохимия. 2022. Т. 87. № 3. С. 321-336. DOI: 10.31857/S0320972522030022
67. The HPF1-dependent histone PARylation catalyzed by PARP2 is specifically stimulated by an incised AP site-containing BER DNA intermediate. Kurgina T.A., Moor N.A., Kutuzov M.M., Lavrik O.I. DNA Repair. 2022. V. 120. P. 103423. DOI: 10.1016/j.dnarep.2022.103423
68. FUS Microphase Separation: Regulation by Nucleic Acid Polymers and DNA Repair Proteins. Sukhanova M.V., Anarbayev R.O., Maltseva E.A., Pastré, D., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 11. P. 13200. DOI: 10.3390/ijms232113200
69. A sePARate phase? Poly(ADP-ribose) versus RNA in the organization of biomolecular condensates. Alemasova E.E., Lavrik O.I. Nucleic Acids Res. 2022. V. 50. N 19. P. 10817-10838. DOI: 10.1093/nar/gkac866
70. Poly(ADP-ribose) in condensates: the PARtnership of phase separation and specific interactions. Alemasova E.E., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2022. N 23. P. 14075. DOI: 10.3390/ijms232214075
71. Объемные аддукты в составе кластерных повреждений ДНК: причины устойчивости к удалению системой NER. Науменко Н.В., Петрусева И.О., Лаврик О.И. Acta Naturae. 2022. Т. 14. № 4 (55). С. 32-43.
72. The XPA Protein: Life under Precise Control. Krasikova Y.S., Lavrik O.I., Rechkunova N.I. Cells. 2022. V. 11. P. 3723. DOI: 10.3390/cells11233723
73. PARP1 Activation Controls Stress Granule Assembly in the Cytoplasm in Response to Oxidative Stress. Singatulina A., Sukhanova M.V., Desforges B., Joshi V., Pastre D., Lavrik O.I. Cells. 2022. V. 11. P. 3932. DOI: 10.3390/cells11233932

—-

1. СРЕДСТВА ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ТИРОЗИЛ-ДНК-ФОСФОДИЭСТЕРАЗЫ 1 НА ОСНОВЕ ЖЕЛЧНЫХ КИСЛОТ. Саломатина О.В., Захаренко А.Л., Попадюк Ирина Леонидовна, Дырхеева Н.С., Йоханнес Рейниссон, Волчо К.П.*, Лаврик О.И., Салахутдинов Н.Ф.* 2018 г. № 2689335
2. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ТИРОЗИЛ-ДНК-ФОСФОДИЭСТЕРАЗЫ 1 ЧЕЛОВЕКА. Захаренко А.Л., Лебедева Н.А., Лузина О.А., Салахутдинов Н.Ф., Лаврик О.И. 2016 г. № 2605329.
   
3. НАНОКОМПОЗИТЫ ДИОКСИДА ТИТАНА ДЛЯ ИНАКТИВАЦИИ ВИРУСНОГО ГЕНОМА ВНУТРИ КЛЕТОК, СПОСОБ ИХ ПОЛУЧЕНИЯ. Исмагилов З.Р., Шикина Н.В., Пармон В.Н., Зарытова В.Ф., Левина А.С., Репкова М.Н., Беланов Е.Ф., Зиновьев В.В., Малыгин Э.Г., Загребельный С.Н., Байбородин С.И., Нетесов С.В., Евдокимов А.Н. 2012 г. № 2444571.
   
4. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ПОЛИ(АДФ-РИБОЗО)ПОЛИМЕРАЗЫ-1 ЧЕЛОВЕКА. Ходырева С.Н., Лаврик О.И., Захаренко А.Л., Михайлов С.Н., Куликова И.В., Ефимцева Е.В. 2011 г.№ 2411948.
   
5. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ТИРОЗИЛ-ДНК-ФОСФОДИЭСТЕРАЗЫ 1 ЧЕЛОВЕКА. Хоменко Т.М., Волчо К.П., Захаренко А.Л., Жукова С.В., Анарбаев Р.О., Лаврик О.И., Салахутдинов Н.Ф. 2016 г. № 2581060.
   
6. СПОСОБ ДЕТЕКЦИИ Ku-АНТИГЕНА В ЭКСТРАКТАХ КЛЕТОК ЧЕЛОВЕКА. Ильина Е.С., Лаврик О.И., Ходырева С.Н. 2010 г. № 2384623.
   
7. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА ПОЛИ(АДФ-РИБОЗО)ПОЛИМЕРАЗЫ-1 ЧЕЛОВЕКА. Захаренко А.Л., Соколов Д.Н., Лузина О.А., Суханова М.В., Ходырева С.Н., Захарова О.Д., Салахутдинов Н.Ф., Лаврик О.И. 2013 г. № 2500675.
   
8. СПОСОБ ОЦЕНКИ АКТИВНОСТИ СИСТЕМЫ ЭКСЦИЗИОННОЙ РЕПАРАЦИИ НУКЛЕОТИДОВ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Евдокимов А.Н., Петрусева И.О., Цидулко А.Е., Королева Л.С., Серпокрылова И.Ю., Сильников В.Н., Лаврик О.И. 2013 г. № 2492242.
   

• Лаборатория располагает уникальной биохимической базой для исследования процессов репликации, эксцизионной репарации оснований и нуклеотидов ДНК человека.
  
• Лаборатория использует в работе методы аффинной модификации белков в качестве основного инструмента современной протеомики, что позволяет в сочетании с методами спектроскопии МАЛДИ идентифицировать в клеточных и ядерных экстрактах новые белковые факторы систем репарации ДНК.