Группа микроскопических исследований

Рябчикова Елена Ивановна
профессор, доктор биологических наук, г.н.с.
телефон: (383) 363-51-63
Email

• Визуализация и изучение ультраструктуры наноконструкций разного типа.
• Исследование механизмов взаимодействия наночастиц с клетками в 2D- и 3D-клеточных системах (монослой и сфероиды).
• Изучение морфологии и репродукции вирусов, бактерий и других микроорганизмов.
• Исследование механизмов антибактериального эффекта новых химических соединений, синтезированных в ИХБФМ СО РАН.
• Изучение изменений ультраструктуры растительного сырья при механохимической обработке.
• Визуализация макромолекулярных конструкций и их взаимодействия с клетками.

• Описана ультраструктура многоуровневых наноконструкций (МУНК) на основе наночастиц золота (НЧЗ), несущих siРНК, и её изменения в процессе приготовления, очистки и концентрирования.
• Определены механизмы проникновения МУНК, несущих siРНК, в клетки линий HepG2, HEK293, SC-1 и HEK-FT в 2D- и 3D-клеточных системах (монослой и сфероиды).
• Выявлена зависимость структуры сфероидов от тканевого происхождения клеток.
• Определены механизмы проникновения НЧЗ, НЧЗ-БСА, НЧЗ-ПЭИ и НЧЗ-ПЭГ в клетки линий HepG2, HEK293, SC-1 и HEK-FT в 2D- и 3D-клеточных системах (монослой и сфероиды).
• Описаны изменения морфологии соломы злаковых и шелухи гречихи при механохимической обработке, изучены и описана ультраструктура чаги.
• Показана результативность и информативность электронно-микроскопического исследования механизмов действия противомикробных и противогрибковых препаратов.

Базовый проект ПФНИ ГАН

• VI.62.1.4 Интеллектуальные материалы для биомедицины. (2017-2020 гг.)
  

Гранты Российского фонда фундаментальных исследований

• № 18-34-00111 мол_а «льтраструктурные характеристики взаимодействия антимикробных пептидов с клетками патогенных для человека микроорганизмов» (2018-2019 гг.)
  
• № 18-29-08062 мк «Разработка новых подходов к созданию молекулярных биороботов на основе гибридных ДНК-РНК-наноконструкций»(2018-2021 гг.).
  

Российский научный фонд

• № 19-15-00217 «Многоуровневые транспортеры для эффективной доставки в клетки терапевтических нуклеиновых кислот с различным механизмом действия» (2019-2021гг.)
• № 22-15-00228 «Разработка метода определения состава белковой короны на липидных наночастицах при инкубации с сывороткой крови»

1. The Molecular Basis for Selectivity of the Cytotoxic Response of Lung Adenocarcinoma Cells to Cold Atmospheric Plasma. Biryukov M.M., Semenov D.V., Kryachkova N., Polyakova A., Patrakova E.A., Troitskaya O.S., Milakhina E., Poletaeva Y., Gugin P., Ryabchikova E.I., Zakrevsky D., Schweigert I., Koval O.A. Biomolecules. 2023. V. 13. P. 1672. DOI: 10.3390/biom13111672
2. Template-Assisted Assembly of Hybrid DNA/RNA Nanostructures Using Branched Oligodeoxy- and Oligoribonucleotides. Fokina A.A., Poletaeva Y., Dukova S., Klabenkova K.V., Rad’kova Z.V., Bakulina A., Zatsepin T.S., Ryabchikova E.I., Стеценко Д.А. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 21. P. 15978. DOI: 10.3390/ijms242115978
3. Isolation of Extracellular Vesicles of Holothuria (Sea Cucumber Eupentacta fraudatrix). Tupitsyna A.V., Grigoryeva A.E., Soboleva S.E., Maltseva N.A., Sedykh S.E., Poletaeva Y., Dmitrenok P.S., Ryabchikova E.I., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. P. 12907. DOI: 10.3390/ijms241612907
4. Changes in the Ultrastructure of Staphylococcus aureus Cells Make It Possible to Identify and Analyze the Injuring Effects of Ciprofloxacin, Polycationic Amphiphile and Their Hybrid. Grigoryeva A.E., Bardasheva A., Ryabova E.S., Tupitsyna A.V., Zadvornykh D.A., Koroleva L.S., Silnikov V.N., Tikunova N.V., Ryabchikova E.I. Microorganisms. 2023. V. 11. P. 2192. DOI: 10.3390/microorganisms11092192
5. Isolation of Extracellular Vesicles of Holothuria (Sea Cucumber Eupentacta fraudatrix). Tupitsyna A.V., Grigoryeva A.E., Soboleva S.E., Maltseva N.A., Sedykh S.E., Poletaeva Y., Dmitrenok P.S., Ryabchikova E.I., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. P. 12907. DOI: 10.3390/ijms241612907
6. Preparation of Magnetic Molecularly Imprinted Polymer for Methylene Blue Capture. Sedelnikova A., Poletaeva Y., Golyshev V.M., Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Magnetochemistry. 2023. V. 9. P. 196. DOI: 10.3390/magnetochemistry9080196
7. Comparative Analysis of Tumor-Associated microRNAs and Tetraspanines from Exosomes of Plasma and Ascitic Fluids of Ovarian Cancer Patients. Yunusova N., Dzhugashvili E., Yalovaya A.I., Kolomiets L., Shefer A.A., Grigoryeva A.E., Tupikin A.E., Kondakova I., Tamkovich S.N. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 23. N 1. P. 464. DOI: 10.3390/ijms24010464
8. Chloroquine Enhances Death in Lung Adenocarcinoma A549 Cells Exposed to Cold Atmospheric Plasma Jet. Patrakova E.A., Biryukov M.M., Troitskaya O.S., Gugin P., Milakhina E., Semenov D.V., Poletaeva Y., Ryabchikova E.I., Novak D.D., Kryachkova N., Polyakova A., Zhilnikova M., Zakrevsky D., Schweigert I., Koval O.A. Cells. 2023. V. 12. N 2. P. 290. DOI: 10.3390/cells12020290
9. Doxorubicin-Loaded Silica Nanocomposites for Cancer Treatment. Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Pyshnyi D.V., Dmitriyenko E.V. Coatings. 2023. V. 13. N 2. C. 324. DOI: 10.3390/coatings13020324
10. Blood Plasma Exosomes Contain Circulating DNA in Their Crown. Tutanov O.S., Shtam T., Grigoryeva A.E., Tupikin A.E., Tsentalovich Yu., Tamkovich S.N. Diagnostics. 2022. V. 12. N 4. P. 854. DOI: 10.3390/diagnostics12040854
11. Матриксные металлопротеиназы и белки теплового шока на внеклеточных везикулах у больных колоректальным раком: связь с метаболическим статусом. Юнусова Н.В., Сваровский Д.А., Дандарова Е.Э. Костромицкий Д.Н., Димча А.А., Черемисина О.В., Афанасьев С.Г., Коновалов А.И., Старцева Ж.А., Кондакова И.В., Патышева М.Р., Григорьева А.Е., Спирина Л.В. Успехи молекулярной онкологии. 2022. V. 9. № 3. С. 38-48. DOI: 10.17650/2313-805X-2022-9-3-38-48
12. Multicompartmental Mathematical Model of SARS-CoV-2 Distribution in Human Organs and Their Treatment. Afonyushkin V.N., Akberdin I., Kozlova Y.N., Schukin I., Mironova T., Bobikova A.S., Cherepushkina V., Donchenko N., Poletaeva Y., Kolpakov F. Mathematics. 2022. V. 10. N 11. P. 1925. DOI: 10.3390/math10111925
13. Novel Aeromonas popoffii Phage AerP_220 Proposed to Be a Member of a New Tolavirus Genus in the Autographiviridae Family. Morozova V.V., Kozlova Y.N., Jdeed G., Tikunov A., Ushakova T., Bardasheva A., Zhirakovskaia E.V., Poletaeva Y., Ryabchikova E.I., Tikunova N.V. Viruses. 2022. V. 14. N 12. P. 2733. DOI: 10.3390/v14122733
14. Human Blood Extracellular Vesicles Activate Transcription of NF-kB-Dependent Genes in A549 Lung Adenocarcinoma Cells. Savinovskaya Y.I., Nushtaeva A.A., Savelyeva A.V., Morozov V.V., Ryabchikova E.I., Kuligina E.V., Richter V.A., Semenov D.V. Curr. Issues Mol. Biol. 2022. V. 44. P. 6028–6045. DOI: 10.3390/cimb44120411
15. Analysis of Proteins and Peptides of Highly Purified CD9+ and CD63+ Horse Milk Exosomes Isolated by Affinity Chromatography. Sedykh S.E., Purvinsh L.V., Burkova E.E., Dmitrenok P.S., Ryabchikova E.I., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. P. 16106. DOI: 10.3390/ijms232416106
16. Chemical Modifications Influence the Number of siRNA Molecules Adsorbed on Gold Nanoparticles and the Efficiency of Downregulation of a Target Protein. Epanchintseva A.V., Poletaeva Y., Dome A.S., Dovydenko I.S., Pyshnaya I.A., Ryabchikova E.I. Nanomaterials. 2022. V. 12. P. 4450. DOI: 10.3390/nano12244450
17. Противоопухолевая активность комбинации топотекана и ингибитора тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 на модели асцитной карциномы Кребс-2 мыши. Дырхеева Н.С., Захаренко А.Л., Новоселова Е.С., Чепанова А.А., Попова Н.А., Николин В.П., Лузина О.А., Салахутдинов Н.Ф., Рябчикова Е.И., Лаврик О.И. Молекулярная биология. 2021. Т. 55. № 2. С. 312-317. DOI: 10.31857/S0026898421020051
18. Uncovering molecular mechanisms of regulated cell death in the naked mole rat. Evdokimov A.N., Popov A.A., Ryabchikova E.I., Koval O.A., Romanenko S., Trifanov V.A., Petruseva I.O., Lavrik I.N., Lavrik O.I. Aging-US. 2021. V. 13. N 3. P. 3239-3253. DOI: 10.18632/aging.202577
19. Rational Design of Albumin Theranostic Conjugates for Gold Nanoparticles Anticancer Drugs: Where the Seed Meets the Soil? Popova T.V., Pyshnaya I.A., Zakharova O., Akulov A.E., Shevelev O.B., Poletaeva Y., Zavjalov E L, Silnikov V.N., Ryabchikova E.I., Godovikova T.S. Biomedicines. 2021. V. 9. N 1. P. 74. DOI: 10.3390/biomedicines9010074
20. Analysis of peptides and small proteins in preparations of horse milk exosomes, purified on anti-CD81-Sepharose. Sedykh S.E., Purvinish L.V., Burkova E.E., Dmitrenok P.S., Vlassov V.V., Ryabchikova E.I., Nevinsky G.A. Int. Dairy Journal. 2021. V. 117. P. 104994. DOI: 10.1016/j.idairyj.2021.104994
21. Advances in Nanomaterials in Biomedicine. Ryabchikova E.I. Nanomaterials. 2021. V. 11. N 1. P. 118. DOI: 10.3390/nano11010118
22. Exosomal protease cargo as prognostic biomarker in colorectal cancer. Yunusova N.V., Zambalova E.A., Patysheva M.R., Kolegova E.S., Afanas’ev S.G., Cheremisina O.V., Grigoryeva A.E., Tamkovich S.N., Kondakova I.V. Asian Pacific Journal of Cancer Prevention. 2021. V. 22. N 3. P. 861-869. DOI: 10.31557/APJCP.2021.22.3.861
23. Effect of Fluorescent Labels on DNA Affinity for Gold Nanoparticles. Epanchintseva A.V., Gorbunova E.A., Ryabchikova E.I., Pyshnaya I.A., Pyshnyi D.V. Nanomaterials. 2021. V. 11. N 5. P. 1178. DOI: 10.3390/nano11051178
24. Матричная сборка ДНК-наноструктур из разветвленных олигонуклеотидов. Фокина А.А., Полетаева Ю.Е., Буракова Е.А., Бакунина А.Ю., Зацепин Т., Рябчикова Е.И., Стеценко Д.А. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 3. С. 327-340. DOI: 10.31857/S0132342321030064
25. An Influence of Modification with Phosphoryl Guanidine Combined with a 2 0 -O-Methyl or 20 -Fluoro Group on the Small-Interfering-RNA Effect. Pavlova A.S., Yakovleva K.I., Epanchintseva A.V., Kupryushkin M.S., Pyshnaya I.A., Pyshnyi D.V., Ryabchikova E.I., Dovydenko I.S. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. P. 9784. DOI: 10.3390/ijms22189784
26. Antitumor activity of the combination of topotecan and tyrosyl-DNA-phosphodiesterase 1 inhibitor on model krebs-2 mouse ascite carcinoma. Dyrkheeva N.S., Zakharenko A.L., Novoselova E.S., Chepanova A.A., Ryabchikova E.I., Lavrik O.I., Popova N.A., Nikolin V.P., Luzina O.A., Salakhutdinov N.F. Молекулярная биология. 2021. V. 55. N 2. P. 273-277. DOI: 10.1134/S0026893321020060 (перевод)
27. A Lipid-Coated Nanoconstruct Composed of Gold Nanoparticles Noncovalently Coated with Small Interfering RNA: Preparation, Purification and Characterization. Epanchintseva A.V., Poletaeva Y., Dovydenko I.S., Chelobanov B.P., Pyshnyi D.V., Ryabchikova E.I., Pyshnaya I.A. Nanomaterials. 2021. V. 11. P. 2775. DOI: 10.3390/nano11112775
28. Plasma Exosomes of Patients with Breast and Ovarian Tumors Contain an Inactive 20S Proteasome. Yunusova N., Kolegova E., Sereda E., Kolomiets L., Villert A., Patysheva M., Rekeda I., Grigoryeva A.E., Tarabanovskaya N., Kondakova I., Tamkovich S.N. Molecules. 2021. V. 26. N 22. P. 6965. DOI: 10.3390/molecules26226965
29. Designing pH-Dependent Systems Based on Nanoscale Calcium Carbonate for the Delivery of an Antitumor Drug. Popova V.K., Poletaeva Y., Pyshnaya I.A., Pyshnyi D.V., Dmitriyenko E.V.Nanomaterials. 2021 V. 11. P. 2794. DOI: 10.3390/nano11112794

Разработаны учебные пособия для школьников:

1. Практикум по микроскопии. Строение органов и тканей млекопитающих. Новосибирск, 2019
2. Практикум по микроскопии. Строение растений. Новосибирск, 2019.
3. Практикум по микроскопии. Строение животных. Новосибирск, 2019.
4. Курс занятий «Изучаем микромир» (4 шт.). Программа практикума. Новосибирск, 2018

1. ШТАММ БАКТЕРИОФАГА Staphylococcus aureus SA20, ОБЕСПЕЧИВАЮЩИЙ РАЗРУШЕНИЕ БИОПЛЕНОК, ОБРАЗУЕМЫХ БАКТЕРИЯМИ РОДА Staphylococcus. Козлова Ю.Н., Морозова В.В., Тикунова Н.В., Рябчикова Е.И., Курильщиков А.М., Власов В.В. 2015г № 2565824
2. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ЭКЗОСОМ ИЗ КРОВИ. Тамкович С.Н., Лактионов П.П., Тутанов О.С., Рябчикова Е.И., Григорьева А.Е., Власов В.В. 2015 г. № 2556825

1. Автомат для гистологической проводки тканей “Tissue-Tek” (Sakura Finetek Inc., США); микротом для изготовления парафиновых срезов RM 2255 (Leica, ФРГ);
2. Световой микроскоп Leica DM 2500 с цифровой камерой Leica DFC420 C (Leica, Германия);
3. Микроскоп инвертированный МИБ-Р (Ломо, Россия)
4. Бокс микробиологической безопасности БМБ-II (Ламинар-С, Россия)
5. Вакуумная напылительная установка JEE-420 (Jeol, Япония);
6. Ультрамикротом для изготовления полутонких и ультратонких срезов Leica EM UC7 (Leica, ФРГ);
7. Просвечивающий электронный микроскоп высокого разрешения JEM 1400 (Джеол, Япония), снабженный встроенной цифровой камерой производителя и цифровой камерой бокового ввода Veleta (SIS, Германия).