Лаборатория ферментов репарации

Невинский Георгий Александрович
профессор, доктор химических наук,
Лауреат Государственной премии России в области науки и техники, г.н.с.
телефон: (383) 363-51-26
Email

Молекулярные механизмы функционирования защитно-репарационных систем прокариот и человека:

• Направление I: Исследование структуры и общих закономерностей белково-нуклеиновых и белок-белковых взаимодействий, механизмов функционирования ферментов репарации, интеграции, топоизомеризации, вирусов про- и эукариот, ферментов, белков и антител с защитными функциями, а также пока не описанных в литературе супрамолекулярных комплексов белков и нуклеиновых кислот с расширенными биологическими функциями по сравнению с входящими в их состав компонентами у человека и экспериментальных животных моделей, включая морские организмы.
• Направление II: Анализ общих закономерностей и причин развития аутоиммунных заболеваний. Исследование механизмов образования, функционирования и биологической роли иммуноглобулинов человека и животных в норме и при патологиях, включая антитела, проявляющие свойства ферментов: поиск новых биомаркеров для дифференциальной диагностики аутоиммунных, вирусных, онкологических и других опасных для человека заболеваний и препаратов нового поколения для их лечения.
• Направление III: У людей утрачены механизмы регенерации тканей и органов. Анализ механизмов регенерации клеток, тканей и органов, включая поиск соединений, которые необходимы для запуска процессов и последующих этапов регенерации на примере организмов, для которых характерно их полное восстановление в течение нескольких недель после их разрезания на две или три части. Поиск общих механизмов регенерации у человека и модельных объектов.

Направление I:

• Анализ общих закономерностей узнавания ферментами, белками и антителами протяженных молекуд ДНК, РНК, белков и олигосахаридов. Разработанным в лаборатории методом последовательного усложнения структуры лиганда, методами стационарной и быстрой кинетики, химической и аффинной модификаций установлен на количественном уровне относительный вклад слабых аддитивных неспецифических взаимодействий, специфических контактов, стадии взаимной адаптации ДНК и белка (в том числе фермента или антитела), а также непосредственно стадий катализа в обеспечение высокого сродства ферментов к ДНК и специфичности их действия; все ферменты описаны с помощью полных термодинамических и кинетических моделей. [Bugreev et al., Biochemistry. 2003. 42, 9235; Ishchenko et al., Biochemistry. 2004. 43, 15210; Beloglazova et al., Nucleic Acids Res. 2004. 32. 5134; Grin et al., FEBS J. 2005. 272. 2734; Nevinsky et al., FEBS Lett. 2006. 580, 4916; Biochemistry. 2007. 46, 424; J. Biol. Chem. 2007. 282, 1029; Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008. 368, 175; FEBS J. 2008. 275, 3747; FEBS Lett. 2008. 582, 410; Mutat. Res., 2010, 685, 11; J. Mol. Recognit. 2011. 24, 656; Nucleic Acids Res. 2011. 39, 4836; Биохимия. 2011. 76, 94; Guschina et al., J. Mol. Recognit. 2013. 26, 136; Andreev et al. J Mol Recognit. 2016. 29, 596; Alinovskaya et al. Biol Chem. 2018. 399, 347; Luzhetskaya et al. Molecules. 2020. 25, E4556; Nevinsky GA. Int J Mol Sci. 2021. 22, 136].
• Анализ закономерностей узнавания ДНК и белков антителами против ДНК и белков с помощью метода последовательного усложнения структуры лиганда с использованием термодинамических моделей, позволил оценить относительный вклад каждого нуклеотидного звена ДНК и аминокислотного остатка специфического белка в сродство к легкой цепи IgG, идентифицировать гексапептид, вносящий основной вклад в это сродство, установить механизм и определить природу специфичности взаимодействия различных субстратов – ДНК и интактных белков и их олигопептидов с абзимами нуклеазами и протеазами против разных ДНК и белков-антигенов [Belov et al. J Mol Recognit. 2017. 30, е2637; Andreev et al., J. Mol. Recognit. 2016, 29, 596-610]
• Показано, что белок острой фазы и неспецифической защиты от вредных факторов окружающей среды – лактоферрин является ферментом, обладающим пятью различными ферментативными активностями: ДНКазной, РНКазной, АТРазной, полисахарид-гидролизующей и фосфатазной. Установлены закономерности узнавания ДНК лактоферрином. [Kanyshkova et al., FEBS Lett. 1999. 451, 235; Eur. J. Biochem. 2003. 270, 3353; Nevinsky et al., J. Mol. Recogn. 2009. 22(4), 330; Guschina et al., J. Mol. Recognit. 2013. 26(3), 136; Sedykh et al. In “Agricultural and Biological Sciences” «Milk Proteins – From Structure to Biological Properties and Health Aspects». 2016. P. 51-80; Soboleva et al. Biomolecules. 2019. 9, E208].
• Впервые из плаценты, молока человека, а также эмбрионов морского ежа и морской голотурии, получены природные высокостабильные мультибелковые комплексы (СБК) с молекулярной массой около 1000-2000 кДа. MALDI MS и MS/MS масс-спектрометрией идентифицированы белки комплексов, также обнаружены десятки пептидов с молекулярными массами от 2 до 10 кДа. СБК молока и плаценты обладают различными ферментативными активностями: ДНКазной, фосфатазной, протеазной и амилазной, кроме того, СБК молока дополнительно проявляет протеинкиназную, а СБК плаценты – РНКазную, АТРазную, каталазную, пероксидазную и H2O2-независимую оксидоредуктазную активности. Каждая активность СБК, как правило, значительно превышает суммарную активность индивидуальных белков комплекса. Комплексы обладают расширенными биогическими свойствами по сравнению с компонентами, входящими в их состав, а также высокой цитотоксичностью по отношению к раковым клеткам человека, при этом, цитотоксический эффект отдельных белков значительно меньше цитотоксичности комплексов [Burkova et al. PLoS ONE. 2014. 9, e111234; Soboleva et al. J Mol Recognit. 2015. 28, 20–34; Burkova et al. Biochem Anal Biochem. 2018. 7, 2; Soboleva et al. J Mol Recognit. 2018. 12, e2753; Soboleva et al. ScientificWorldJournal. 2019. 2019, 2578975; Timofeeva et al., Molecules. 2021, 26: 5703].
• Установлены закономерности накопления окислительных повреждений ДНК в клетках печени, легких и различных разделов мозга, а также динамики изменения ферментов репарации и ферментов с антиоксидантными свойствами в органах быстро стареющих крыс линии OXYS. Найдены новые антиоксиданты, эффективно защищающие клетки различных органов, включая мозг, от окислительного стресса, ведущего к развитию онкологических и других различных патологий пожилого возраста. Найден ряд новых полифторированных производных 1,4-нафтохинона, обладающих низкой цитотоксичностью по отношению к обычным клеткам, но проявляющим высокую активность в подавлении роста раковых клеток человека. [Kemeleva et al., Mutat. Res. 2006. 599, 88; Кемелева и др., Биохимия. 2006. 71, 760; Биоорган. химия. 2008. 34, 558; Sattarova et al., Biochim. Biophys. Acta. 2013. 1830(6), 3542; Zakharova et al., Eur. J. Med. Chem. 2010. 45. 270, 2321; ; Eur. J. Med. Chem. 2010. 45, 2321; Bioorg. Med. Chem. 2011. 19, 256; J. Fluor. Chem. 2014. 164, 18; Невинский и др., Патент РФ № 2387635, 2009 г.; Патент РФ № 2443678, 2010 г.; Патент РФ № 2443678, 2012 г.; Zakharova et al. Int J Med Pharm Sci. 2015. 5, 11; Zakharova et al. Adv Res. 6, 1; Zakharova et al. J Fluorine Chem. 2019. 226, 109353].

Направление II:

• Впервые показано, что развитие различных аутоиммунных заболеваний (АИЗ) происходит в результате изменения профиля дифференцировки стволовых клеток костного мозга, ведущей к образованию шести типов предшественников крови млекопитающих. Изменение профиля дифференцировки а также уровня пролиферации лимфоцитов в различных органах, в зависимости от стадии АИЗ, беременности и лактации ассоциировано с наработкой абзимов с разными активностями. Показано, что иммунизация мышей, склонных к спонтанному развитию системной красной волчанки (СКВ) с помощью ДНК приводит к резкому изменению профиля дифференцировки стволовых клеток костного мозга и появлению лимфоцитов, продуцирующих абзимы гидролизующие ДНК, нуклеоьтды и олигосазхариды. Показано, что иммунизация мышей C57BL/6, склонных к спонтанному развитию экспериментального аутоиммунного энцефаломиелита (ЭAЭ), тремя антигенами (MOG35-55 –гликопротеином основного белка миелина, комплексом ДНК-гистон или ДНК-метилированный БСА) изменяет профили дифференцировки стволовых клеток и уровень пролиферации лимфоцитов костного мозга. Эти изменения приводят к наработке аутоантител (ауто-АТ) против этих антигенов и образованию абзимов, гидролизующих ДНК, MOG, ОБМ и гистоны. Иммунизация мышей антигенами ускоряет развитие ЭAЭ. Показано, что в зависимости от антигена относительное количество токсичных ауто-АТ и абзимов с низкой или высокой каталитической активностью может продуцироваться только в начале и в острой фазе или фазе ремиссии EAE. Антиген регулирует скорость развития ЭAЭ, при этом соотношение ауто-AТ и абзимов, гидролизующих ОБМ, MOG, гистоны и ДНК, сильно варьируется между различными фазами заболевания. Показано, что профили дифференцировки стволовых клеток костного мозга у мышей склонных к СКВ и ЭАЭ очень похожие. Установлено, что наработка абзимов происходит даже на уровне ликвора костного мозга и активности абзимов в ликворе в 30-40 раз выше, чем в крови тех же мышей [Andryushkova et al., FEBS Lett. 2006. 580(21), 5089-5095; J. Cell. Mol. Med. 2007. 11, 531; Int. Immunol. 2009. 21, 935; Невинский, Бунева. Биохимия. 2009. 74, 1165; Doronin et al. J Cell Mol Med. 2016. 20, 81; Aulova et al. J Cell Mol Med. 2017. 21, 3795; J Cell Mol Med. 2018. 22, 5816; Biomolecules. 2019. 10, pii: E53; Mol Biol Rep. 2021. 48, 1055; J Cell Mol Med. 2021. 25, 2493].
• Впервые показано, что РНК- и ДНК-гидролизующие антитела содержатся в крови больных с аутоиммунными заболеваниями (АИЗ) (рассеянный склероз, системная красная волчанка, аутоиммунный тиреоидит, полиартрит, сахарный диабет), с некоторыми вирусными (гепатит, ВИЧ-инфекция, клещевой энцефалит) и бактериальными инфекциями, а также при шизофрении. Уровни их концентрации и активности могут служить показателем тяжести заболевания, а также мерой оценки эффективности различных лекарственных средств. Впервые показано, что при иммунизации и аутоиммунных процессах у млекопитающих ДНК- и РНК-гидролизующие абзимы являются «коктейлями» антител против РНК, ДНК, РНКазы А, ДНКазы I, ДНКазы II и других ферментов, расщепляющих нуклеиновые кислоты. Проведен анализ динамики нуклеазных активностей антител крови женщин в период беременности и лактации. Установлено, что запуск наработки абзимов с протекторными и регуляторными функциями происходит в период начала лактации. [Nevinsky, Buneva In book: “Catalytic antibodies”. 2005, 505; Nevinsky in: Autoimmune Diseases: Symptoms, Diagnosis and Treatment. 2010, 1; Nevinsky In: Understanding HIV/AIDS Management and Care – Pandemic Approaches in the 21st Century. InTech. 2011, 151-192; Nevinsky, Buneva Advances in Neuroim. Biol. 2012. 3, 157; Parkhomenko PLOS ONE. 2014. 9(4), e93001; Kostrikina et al., Biochim. Biophys. Acta. 2014. 1840(6), 1725; Int. Immunol. 2014. 26(8), 439; Ermakov et al. Open Biol. 2015. 5, 150064; Nevinsky In “Trending Topics in Multiple Sclerosis”. InTechOpen. 2016. P. 99-148; Nevinsky et al. In Lupus. InTechOpen. 2017. 41-101; Бунева, Невинский. Молекулярн. биология. 2017. 51, 969; Ermakov et al. IUBMB Life. 2018. 70, 153; Buneva In “Psychotic Disorders–An Update”. InTechOpen. 2018. P. 41-101; Ермаков et al. Биохимия. 2018. 83, 673; Ermakov et al. J Inflamm Res. 2020. 13, 681; Int J Mol Sci. 2021. 22, 2812; Kompaneets et al. Molecules. 2020. 25, E2366; J Dairy Sci. 2020. 103, 6782].
• Показано, что посттрансляционная модификация IgG и sIgA молока человека in vitro, связанная с обменом HL-фрагментами иммуноглобулинов IgG и sIgA (но не свободными легкими или тяжелыми цепями), обеспечивает полиспецифичность сродства и каталитическую полиреактивность природных иммуноглобулинов. [Nevinsky et al., PLOS ONE. 2012. 7, e42942; Sedykh et al., PLOS ONE. 2012. 7, e48756; Седых др. Биохимия. 2013. 78(12). 1651].
• В крови больных рассеянным склерозом, системной красной волчанкой, при ВИЧ-инфекции и шизофрении впервые обнаружены абзимы c протеолитической активностью, специфически гидролизующие гистоны и основной белок миелина. Установлены основные свойства и закономерности функционирования этих абзимов. Определены сайты расщепления абзимами молекулы ОБМ. Показано, что различные препараты анти-гистон антител из крови больных гидролизуют от одного до пяти различных гистонов человека. Идентифицированы сайты расщепления гистонов Н1, Н2а, Н2b, Н3 и Н4 анти-гистон антителами крови ВИЧ-инфицированных больных. Впервые показано, что IgG против H1 эффективно гидролизуют, как гистон H1, так и ОБМ, но не другие белки. Установлены сайты расщепления гистона H1 и ОБМ абзимами против этих белков. Впервые показано, что абзимы-протеазы против гистонов и ОБМ обладают не только кросс-комплексообразованием, но и перекрестными каталитическими активностями, что представляет большую опасность для человека. Это связано с тем, что ауто-антитела и абзимы против гистонов появляются в крови здоровых людей постоянно в результате апоптоза клеток. При этом такие абзимы могут гидролизовать не только гистоны, но и ОБМ оболочек аксонов, что приводит к нарушению проведения нервных импульсов. Статистический и корреляционный анализ показал, что уровень гистон-гидролизующей активности IgG зависит от течения рассеянного склероза, а ОБМ-гидролизующей – от формы и типа течения шизофрении [Polosukhina et al., J. Cell Mol. Med. 2004. 8, 359; Med. Sci. Monit. 2005. 1, BR266; Immunol. Lett. 2006. 103, 75; Legostaeva et al., J. Cell Mol. Med. 2010. 14, 699; Bezuglova et al., J. Mol. Recognit. 2011. 24, 960; Int. Immunol. 2012. 24, 759; Peptides. 2012. 37, 69; Timofeeva et al. PLOS ONE. 2013. 8(3), e51600; Doronin et al., PLOS ONE. 2014 . 9(9), e107807; Baranova et al. J Mol Recognit. 2016. 29, 346; Mol Biosyst. 2017. 13, 1090; J Mol Recognit. 2017. 30, е2588; J Mol Recognit. 2018. 31, 2703; BioFactors. 2019. 45, 211; Biomolecules. 2019. 9, pii: E741; Biomolecules. 2020. 10, 1501; Molecules. 2021. 26, 316; Parshukova et al. J Mol Recognit. 2019. 32, e2759; J Immunol Res. 2020. 2020:898652; Ermakov et al. Int J Mol Sci. 2020. 21, E7238]
• Моноклональные легкие цепи (МЛЦ), полученные с помощью фагового дисплея (с использованием фаговой библиотеки кДНК лимфоцитов периферической крови больных системной красной волчанкой), продемонстрировали многофункциональность и исключительное многообразие ферментативных свойств. Впервые показано, что в отличие от классических ферментов, катализирующих только одну химическую реакцию, абзимы больных АИЗ могут в одном активном центре содержать аминокислотные остатки, соответствующие от одного до трех разных канонических ферментов. Обнаружено, что МЛЦ человека обладали одной, или двумя различными типами протеолитических активностей: металлопротеазной и подобной сериновым протеазам. А другие МЛЦ, гидролизующие основной белок миелина, демонстрировали две протеолитические и ДНКазную активности. Идентифицированы белковые последовательности, отвечающие за специфическое связывание ОБМ, хелатирование ионов металлов и аминокислотные остатки активных центров, непосредственно участвующие в катализе двух протеолитических реакций, а также в связывании и гидролизе ДНК. Таким образом, в отличие от классических ферментов, абзимы могут совмещать в своих белковых последовательностях сайты для узнавания белков и нуклеиновых кислот, а также формировать активные центры, расположенные на легких цепях, включающие аминокислотные остатки, участвующие в катализе нескольких различных химических реакций [Timofeeva et al. J Mol Recognit. 2015. 28, 614; Mol Biosyst. 2016. 12, 3556; J Mol Biol & Mol Imaging. 2020. 6, 1031].
• Установлено, что поликлональные IgG крови здоровых доноров обладают пероксидазной, пероксид-независимой оксидоредуктазной и каталазной активностями, которые являются собственным свойством антител. Уровни пероксидазной и пероксид-независимой оксидоредуктазной активностей поликлональных IgG больных системной красной волчанкой и больных рассеянным склерозом, а при шизофрении и каталазной, значительно выше по сравнению со здоровыми донорами и их активность возрастает по мере развития АИЗ [Tolmacheva et al. J Mol Recognit. 2015, 28, 565; R Soc Open Sci. 2018, 5,P. 171097; . J Mol Recognit. 2015, 32, e2807; Ermakov et al. PLos One 2017, 12, e0183867; Рос Иммунол Ж. 2017, 11, 37].
• Показано, что поликлональные IgG и IgM крови ВИЧ-инфицированных больных содержат антитела, которые эффективно гидролизуют только интегразу ВИЧ. Установлено, что абзимы при ВИЧ-инфекции действуют по различным механизмам и расщепляют этот белок по примерно сорока сайтам, подавляя катализ 3’-процессинга и интеграции. [Baranova. et al., Biochimie. 2009. 91, 1081; Int. Immunol. 2010. 22, 671; Odintsova et al., J. Mol. Recognit. 2011. 24, 1067; Баранова и др., Биохимия. 2011. 76, 1300; Odintsova et al., J. Mol. Recognit. 2012. 25, 193 ; Int. Immunol. 2011. 23, 601; J. Mol. Recognit. 2013. 26, 121; Biochemistry (Mosc). 2015. 80(2), 180; Невинский и др., Патент РФ № 2396278, 2010 г.]

Направление III: В лаборатории начаты исследования в новой области знаний. Изучение механизмов регенерации органов и тканей является очень важным для биологии и медицины, поскольку поможет понять механизмы регенерации и использовать для лечения людей и животных, полностью лишенных способности к восстановлению утраченных частей тела. Морские огурцы – голотурии Eupentacta fraudatrix представляют собой удобный объект для изучения процессов регенерации, так как они обладают способностью к относительно быстрому и полному восстановлению утраченных частей тела после самых разнообразных повреждений. В частности, голотурии могут в течение нескольких недель полностью восстанавливать внутренние органы и полностью организм, утраченные при эвисцерации или разделении их на две половинки. Учитывая это, новым проектом лаборатории является исследование различных пептидов, ферментов, белков, нуклеиновых кислот, а также других соединений и их стабильных комплексов голотурии и установление их возможной биологической роли в регенерации голотурии. С этой целью будет проведен анализ всех указанных выше компонентов в организмах голотурий во времени через каждые 3–4 дня после их разрезания на две части. Это позволит понять, какую роль те или другие компоненты голотурий являются индукторами процессов регенерации тканей и органов. В настоящее время уже проводится активный поиск возможных соединений, запускающих процессы регенерации.

• [Timofeeva et al., Molecules. 2021, 26: 5703].

Базовые проекты

• Проект базового бюджетного финансирования ПФНИ РФ (2021-2030) 0245-2021-0009 № 121031300041-4 «Cистемы репарации и трансляции, их роль в поддержании стабильности генома, долголетии, предотвращении онкозаболеваний и нейродегенерации» (Лаврик О.И.)
  

Гранты Российского научного фонда

• № 19-15-00145 «Клеточные и молекулярные механизмы патогенеза при развитии аутоимунных заболеваний» (2019-2021 гг.)
• № 18-74-10055 «Анализ структурных компонентов экзосом молока человека и домашних животных» (2018-2021 гг.)
• № 20-15-00162 «Роль цитокинов и субпопуляций В-лимфоцитов в образовании каталитических аутоантител» (2020-2022 гг.)
• № 21-75-10105 «Полиреактивность антител к вирусу SARS-CoV-2: поиск маркеров аутоиммунных последствий COVID-19» (Тимофеева А.М.)
• № 21-75-00102 «Иммунные механизмы хронического системного воспаления в патогенезе шизофрении» (Ермаков Е.А.)
• № 18-74-10055 П «Анализ структурных компонентов экзосом молока человека и домашних животных»

Гранты Российского фонда фундаментальных исследований

• № 20-04-00281 А «Природные каталитически активные антитела в норме и при аутоиммунных заболеваниях» (2020-2022 гг.)
• № 20-04-00373 А «Поиск механизмов регенерации голотурии: пептиды, белки, нуклеиновые кислоты и их комплексы» (2020-2022 гг.)
• № 20-015-00156 А «Иммунологические нарушения и каталитически активные антитела при шизофрении» (2020-2022 гг.)
• № 20-34-70115 Стабильность «Природные биспецифичные иммуноглобулины при ВИЧ-инфекции: анализ биологической активности и диагностического потенциала» (2019-2021 гг.)

1. Immune Response and Production of Abzymes in Patients with Autoimmune and Neurodegenerative Diseases (обзор). Nevinsky G.A. Biochemistry (Moscow) supplement series B: biomedical chemistry. 2025. V. 90. Suppl. 1. P. S373-S400. DOI: 10.1134/S0006297924604167
2. Chemotherapeutic Boron-Containing Homocysteinamides of Human Serum Albumin. Wang M., Tsyrempilov S.A., Moskalev I.A., Zakharova O., Kasatova A.I., Silnikov V.N., Godovikova T.S., Popova T.V. Russ. J. Bioorganic Chem. 2025. V. 51. N 1. P. 354–371. DOI: 10.1134/s1068162025010297
3. Plasma high-mobility group nucleosome-binding domain 1 (HMGN1) protein levels in four common rheumatic diseases: A potential biomarker of rheumatoid arthritis, The Egyptian Rheumatologist. Ermakov E.A., Tolmacheva A.S., Kon’kov V.V., Melamud M.M., Sizikov A.E., Klyaus N.A., Nevinsky G.A., Buneva V.N. Egyptian Rheumatologist. 2025. V. 47. N 2. P. 51-55. DOI: 10.1016/j.ejr.2024.12.003
4. Аntibodies Specific to Rheumatologic and Neurologic Pathologies Found in Patient with Long COVID. Timofeeva A.M., Klyaus N.A., Sedykh S.E., Nevinsky G.A. Rheumato. 2025. V. 5. N 1. P. 1. DOI: 10.3390/rheumato5010001
5. Development of Theranostics Albumin Auristatin Conjugates for Combining Chemotherapy with Boron Neutron Capture Therapy. Wang M.., Moskalev I.A., Zakharova O., Kasatova A.I., Silnikov V.N., Popova T.V., Godovikova T.S. Journal of Biology and Today's World. 2024. V. 13. N 1. P. 1-7. DOI: 10.35248/2322-3308-13.1.001
6. Delivery of DNA and mRNA vaccines by human milk exosomes. Martyushova V., Timofeeva A.M., Sedykh S.E. Febs Open Bio. 2024. V. 14. P. 169. DOI: 10.1002/2211-5463.13837. тезисы конференции
7. Network research projects: organization of educational programs in life sciences for schoolchildren and teachers. Martyushova V., Galyamova M., Kakkharova Z., Voronina E.N., Sedykh S.E. Febs Open Bio. 2024. V. 14 P. 513. DOI: 10.1002/2211-5463.13837. тезисы конференции
8. Autoantibodies-Abzymes with Phosphatase Activity in Experimental Autoimmune Encephalomyelitis Mice. Urusov A.E., Aulova K.S., Nevinsky G.A. Molecules. 2024. V. 29. N 6. P. 1382. 10.3390/molecules29061382
9. Binding of Natural Antibodies Generated after COVID-19 and Vaccination with Individual Peptides Corresponding to the SARS-CoV-2 S-Protein. Timofeeva A.M., Sedykh S.E., Litvinova E.A., Dolgushin S.A., Matveev A.L., Tikunova N.V., Nevinsky G.A. Vaccines (Basel). 2024. V. 12. N 4. P. 426. DOI: 10.3390/vaccines12040426
10. Natural Antibodies Produced in Vaccinated Patients and COVID-19 Convalescents Hydrolyze Recombinant RBD and Nucleocapsid (N) Proteins. Timofeeva A.M., Shayakhmetova L.Sh., Nikitin A.O., Sedykh T.A., Matveev A.L., Shanshin D.V., Volosnikova E.A., Merkuleva I.A., Shcherbakov D.N., Tikunova N.V., Sedykh S.E., Nevinsky G.A. Biomedicines. 2024. V. 12. N 5. P. 1007. DOI: 10.3390/biomedicines12051007
11. Comparison of miR-106b, miR-191 and miR-30d expression dynamics in milk with regard to its composition in Holstein and Ayrshire cows. Pozovnikova M.V., Leibova V.B., Tulinova O.V., Romanova E.A., Dysin A.P., Dementieva N.V., Azovtseva A.I., Sedykh S.E. Animal Bioscience. 2024. V. 37. N 6. P. 965-981. DOI: 10.5713/ab.23.0427
12. Catalase Activity of IgG and κκ-IgG, λλ-IgG, and κλ-IgG Subfractions in HIV-Infected Patients and Healthy Donors. Front. Biosci. (Landmark Ed). Tolmacheva A.S., Sedykh S.E., Onvumere M.K., Timofeeva A.M., Maksimenko L.V., Gashnikova N.M., Nevinsky G.A. Front. Biosci. 2024. V. 29. N 5. P. 191. DOI: 10.31083/j.fbl2905191
13. Biochemical, Hematological, Inflammatory, and Gut Permeability Biomarkers in Patients with Alcohol Withdrawal Syndrome with and without Delirium Tremens. Melamud M.M., Bobrik D.V., Brit P.I., Efremov I.S., Buneva V.N., Nevinsky G.A., Akhmetova E.A., Asadullin A.R., Ermakov E.A. J. Clin. Med. 2024. V. 13 P. 2776. DOI: 10.3390/jcm13102776
14. Биологическая активность почвенных бактерий, стимулирующих рост растений: фиксация азота, солюбилизация фосфата, синтез сидерофоров. Перспективы разработки микробных консорциумов. Тимофеева А.М., Галямова М.Р., Седых С.Е. Агрохимия. 2024 № 5. С. 85-95. DOI: 10.31857/S0002188124050111
15. How Do Plant Growth-Promoting Bacteria Use Plant Hormones to Regulate Stress Reactions? Timofeeva A.M., Galyamova M., Sedykh S.E. Plants (Basel). 2024. V. 13. N 17. P. 2371. DOI: 10.3390/plants13172371
16. Circulating miRNAs in the Plasma of Post-COVID-19 Patients with Typical Recovery and Those with Long-COVID Symptoms: Regulation of Immune Response-Associated Pathways. Timofeeva A.M., Nikitin A.O., Nevinsky G.A. Non-Coding RNA. 2024. V. 10. N 5. P. 48. DOI: 10.3390/ncrna10050048
17. Experimental autoimmune encephalomyelitis of mice: Enzymatic cross site-specific hydrolysis of H3 histone by IgGs against H3, H1, H2A, H2B, and H4 histones, and myelin basic protein. Urusov A.E., Aulova K.S., Dmitrenok P.S., Buneva V.N., Nevinsky G.A. Journal of Biomed Research. 2024. V. 5. N 1. P. 71-95. DOI: 10.46439/biomedres.5.047
18. Cellular and Immunological Analysis of 2D2/Th Hybrid Mice Prone to Experimental Autoimmune Encephalomyelitis in Comparison with 2D2 and Th Lines. Aulova K.S., Urusov A.E., Chernyak A.Ya., Toporkova L.B., Chicherina G.S., Buneva V.N., Orlovskaya I.A., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 18. P. 9900. DOI: 10.3390/ijms25189900
19. Анализ гидролизующей активности ауто-антител из сыворотки и ликвора пациентов с рассеянным склерозом. Доронин В.Б., Невинский Г.А. Неврология Сибири. 2024 № 1 (10). С. 29-34.
20. Blood Growth Factor Levels in Patients with Systemic Lupus Erythematosus: High Neuregulin-1 is Associated with Comorbid Cardiovascular Pathology. Ermakov E.A., Melamud M.M., Boiko A.S., Ivanova S.A., Sizikov A.E., Nevinsky G.A., Buneva V.N. Life-Basel. 2024. V. 14. N 10. P. 1305. DOI: 10.3390/life14101305
21. Изучение in vitro влияния гомоцистеинового линкера поведение конъюгатов человеческого сывороточного альбумина и монометилауристатина F. Ванг М., Рогалева В.И., Попова Т.В., Захарова О.Д., Годовикова Т.С., Сильников В.Н. Химия в интересах устойчивого развития. 2024. Т. 32 С. 773–782. DOI: 10.15372/KhUR2024610
22. Investigation of Antibiotic Resistance of E. coli Associated with Farm Animal Feces with Participation of Citizen Scientists. Timofeeva A.M., Galyamova M., Krivosheev D.M., Karabanov S.Yu., Sedykh S.E. Microorganisms. 2024. V. 12. N 11. P. 2308. DOI: 10.3390/microorganisms12112308
23. In vitro effect of the homocysteine linker on properties of conjugates between human serum albumin and monomethyl auristatin F. Wang M., М Rogaleva V.I., Popova T.V., Zakharova O., Godovikova T.S., Silnikov V.N. Химия в интересах устойчивого развития. 2024. V. 32. N 6. P. 750-759. DOI: 10.15372/csd2024610. перевод
24. Влияние производного усниновой кислоты (ингибитора тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1) на трансплантированные опухоли in vivo в качестве монотерапии и в сочетании с олапарибом. Корниенко Т.Е., Захаренко А.Л., Ильина Е.С., Чепанова А.А., Захарова О.Д., Дырхеева Н.С., Попова Н.А., Николин В.П., Филимонов А.С., Лузина О.А., Салахутдинов Н.Ф., Лаврик О.И. Молекулярная биология. 2023. Т. 57. № 2. С. 220-231. DOI: 10.31857/S0026898423020143
25. Autoantibody-Abzymes with Catalase Activity in Experimental Autoimmune Encephalomyelitis Mice. Urusov A.E., Tolmacheva A.S., Aulova K.S., Nevinsky G.A. Molecules. 2023. V. 28. N 3. P. 1330. DOI: 10.3390/molecules28031330
26. Influence of Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 Inhibitor on the Proapoptotic and Genotoxic Effects of Anticancer Agent Topotecan. Chepanova A.A., Zakharenko A.L., Dyrkheeva N.S., Chernyshova I.A., Zakharova O., Ilina E.S., Luzina O.A., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Доклады Академии Наук (биохимия, биофизика, молекулярная биология). 2023. V. 508. P. 25–30. P. 1-6. DOI: 10.1134/S1607672922700077. перевод
27. Chemokine Dysregulation and Neuroinflammation in Schizophrenia: A Systematic Review. Ermakov E.A., Mednova I.A., Boiko A.S., Buneva V.N., Ivanova S.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 3. P. 2215. DOI: 10.3390/ijms24032215
28. Circulating Cell-Free DNA Levels in Psychiatric Diseases: A Systematic Review and Meta-Analysis. Melamud M.M., Buneva V.N., Ermakov E.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 4. P. 3402. DOI: 10.3390/ijms24043402
29. Experimental Autoimmune Encephalomyelitis of Mice: IgGs from the Sera of Mice Hydrolyze miRNAs. Nevinsky G.A., Urusov A.E., Aulova K.S., Ermakov E.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 5. P. 4433. DOI: 10.3390/ijms24054433
30. EAE of Mice: Enzymatic Cross Site-Specific Hydrolysis of H2B Histone by IgGs against H1, H2A, H2B, H3, and H4 Histones and Myelin Basic Protein. Urusov A.E., Aulova K.S., Dmitrenok P.S., Buneva V.N., Nevinsky G.A. Molecules. 2023. V. 28. N 7. P. 29738. DOI: 10.3390/molecules28072973
31. Association of Peripheral Inflammatory Biomarkers and Growth Factors Levels with Sex, Therapy and Other Clinical Factors in Schizophrenia and Patient Stratification Based on These Data. Ermakov E.A., Melamud M.M., Boiko A.S., Kamaeva D.A., Ivanova S.A., Nevinsky G.A., Buneva V.N. Brain Sciences. 2023. V. 13. N 5. P. 836. DOI: 10.3390/brainsci13050836
32. Новые В-клеточные эпитопы ненейтрализующих антител в рецептор-связывающем домене S-белка SARS-COV-2 с различающимся влиянием на тяжесть течения COVID-19. Матвеев А.Л., Pyankov O.V., Хлусевич Я.А., Tyazhelkova O.V., Емельянова Л.А., Тимофеева А.М., Shipovalov A.V., Чечушков А.В., Zaytseva N.S., Kudrov G.A., Iusubalieva S.M., Zhukova O.A., Тикунов А.Ю., Baklaushev V.P., Седых С.Е., Лифшиц Г.И., Тикунова Н.В. Биохимия. 2023. Т. 88. № 9. С. 1461-1472. DOI: 10.31857/S0320972523090026
33. Catalase Activity of IgGs of Patients Infected with SARS-CoV-2. Tolmacheva A.S., Onvumere M.K., Sedykh S.E., Timofeeva A.M., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24 P. 10081. DOI: 10.3390/ijms241210081
34. Milk Exosomes: Next-Generation Agents for Delivery of Anticancer Drugs and Therapeutic Nucleic Acids. Timofeeva A.M., Paramonik A.P., Sedykh S.E., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24 P. 10194. DOI: 10.3390/ijms241210194
35. Antibodies Capable of Enhancing SARS-CoV-2 Infection Can Circulate in Patients with Severe COVID-19. Matveev A.L., Pyankov O., Khlusevich Y.A., Tyazhelkova O.V., Emelyanova L., Timofeeva A.M., Shipovalov A.V., Chechushkov A.V., Zaitseva N., Kudrov G.A., Iusubalieva S.M., Yussubaliyeva S., Zhukova O., Baklaushev V., Sedykh S.E., Lifshits G.I., Tikunov A., Tikunova N.V. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24 P. 10799. DOI: 10.3390/ijms241310799
36. Analysis of methods for loading therapeutic nucleic acids into horse milk exosomes. Paramonik A.P., Sedykh S.E., Timofeeva A.M., Nevinsky G.A. Febs Open Bio. 2023. V. 13. S 2. P. 228. DOI: 10.1002/2211-5463.13646 тезисы конференции
37. ‘Atlas of Soil Microorganisms’—citizen science education program for school teachers. Paramonik A.P., Sedykh S.E., Galyamova M. Febs Open Bio. 2023. V. 13. S. 2. P. 257. DOI: 10.1002/2211-5463.13646. тезисы конференции
38. Isolation of Extracellular Vesicles of Holothuria (Sea Cucumber Eupentacta fraudatrix). Tupitsyna A.V., Grigoryeva A.E., Soboleva S.E., Maltseva N.A., Sedykh S.E., Poletaeva Y., Dmitrenok P.S., Ryabchikova E.I., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24 P. 12907. DOI: 10.3390/ijms241612907
39. Association of Single Nucleotide Polymorphisms of Cytokine Genes with Depression, Schizophrenia and Bipolar Disorder. Mikhalitskaya E.V., Vyalova N.M., Ermakov E.A., Levchuk L.A., Simutkin G.G., Bokhan N.A., Ivanova S.A. Genes. 2023. V. 14. N 7. P. 1460. DOI: 10.3390/genes14071460
40. Building Predictive Models for Schizophrenia Diagnosis with Peripheral Inflammatory Biomarkers. Kozyrev E.A., Ermakov E.A., Boiko A.S., Mednova I.A., Kornetova E.G., Bokhan N.A., Ivanova S.A. Biomedicines. 2023. V. 11. N 7. P. 1990. 1 DOI: 10.3390/biomedicines11071990
41. Natural Antibodies Produced in Vaccinated Patients and COVID-19 Convalescents Recognize and Hydrolyze Oligopeptides Corresponding to the S-protein of SARS-CoV-2. Timofeeva A.M., Sedykh S.E., Sedykh T.A., Nevinsky G.A. Vaccines (Basel). 2023. V. 11 P. 1494. DOI: 10.3390/vaccines11091494
42. Identification of Antibody-Mediated Hydrolysis Sites of Oligopeptides Corresponding to the SARS-CoV-2 S-Protein by MALDI-TOF Mass Spectrometry. Timofeeva A.M., Sedykh S.E., Dmitrenok P.S., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 18. P. 14342. DOI: 10.3390/ijms241814342
43. Plant Growth-Promoting Bacteria of Soil: Designing of Consortia Beneficial for Crop Production. Timofeeva A.M., Galyamova M., Sedykh S.E. Microorganisms. 2023. V. 11. N 12. P. 2864. DOI: 10.3390/microorganisms11122864
44. Effect of Usnic Acid-Derived Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 Inhibitor Used as Monotherapy or in Combination with Olaparib on Transplanted Tumors in vivo. Kornienko T.E., Zakharenko A.L., Ilina E.S., Chepanova A.A., Zakharova O., Dyrkheeva N.S., Popova N.A., Nikolin V.P., Filimonov A.S., Luzina O.A., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Молекулярная биология. 2023. V. 57. N 2. P. 220-231. DOI: 10.1134/S0026893323020127. перевод
45. Natural IgG autoantibodies hydrolyze recombinant extracellular fragments of the NR1 and NR2 subunits of the NMDA receptor. Smirnova L., Ermakov E.A., Boksha I., Kamaeva D.A., Ivanova S. Biophysical Reviews. 2023. V. 15 P. 1459. DOI: 10.1007/s12551-023-01150-w. тезисы конференции
46. Plant Growth-Promoting Soil Bacteria: Nitrogen Fixation, Phosphate Solubilization, Siderophore Production, and Other Biological Activities. Timofeeva A.M., Galyamova M., Sedykh S.E. Plants (Basel). 2023. V. 12. N 24. P. 4074. DOI: 10.3390/plants12244074
47. Novel B-Cell Epitopes of Non-Neutralizing Antibodies in the Receptor-Binding Domain of the SARS-CoV-2 S-Protein with Different Effects on the Severity of COVID-19. Matveev A.L., Pyankova O.V., Khlusevich Y.A., Tyazhelkova O.V., Emelyanova L., Timofeeva A.M., Shipovalov A.V., Chechushkov A.V., Zaitseva N., Kudrov G.A., Yusubalieva G.M., Yussubaliyeva S., Zhukova O.A., Tikunov A., Baklaushev V.P., Sedykh S.E., Lifshits G.I., Tikunova N.V. Biochemistry (Moscow). 2023. V. 88 P. 1205–1214. DOI: 10.1134/S000629792309002X. перевод
48. EAE of Mice: Enzymatic Cross Site-Specific Hydrolysis of H2A Histone by IgGs against H2A, H1, H2B, H3, and H4 Histones and Myelin Basic Protein. Urusov A.E., Aulova K.S., Dmitrenok P.S., Buneva V.N., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 10. P. 8636. DOI: 10.3390/ijms24108636
49. Experimental autoimmune encephalomyelitis of mice: Catalytic cross site-specific hydrolysis of H1 histone by IgG antibodies against H1, H2A, H2B, H3, H4 histones, and myelin basic protein. Urusov A.E., Aulova K.S., Dmitrenok P.S., Buneva V.N., Nevinsky G.A. Journal of Biomed Research. 2023. V. 4. N 1 DOI: 10.46439/biomedres.4.035
50. Hydrolysis of Oligodeoxyribonucleotides on the Microarray Surface and in Solution by Catalytic Anti-DNA Antibodies in Systemic Lupus Erythematosus. Novikova T.S., Ermakov E.A., Kostina E.V., Sinyakov A.N., Sizikov A.E., Nevinsky G.A., Buneva V.N. Curr. Issues Mol. Biol. 2023. V. 45. N 12. P. 9887-9903. DOI: 10.3390/cimb45120617
51. Влияние ингибитора тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 на проапоптотическое и генотоксическое действие антиракового препарата топотекана. Чепанова А.А., Захаренко А.Л., Дырхеева Н.С., Чернышова И.А., Захарова О.Д., Ильина Е.С., Лузина О.А., Салахутдинов Н.Ф., Лаврик О.И. Доклады Российской Академии Наук. 2023. Т. 510. № 1. С. 252-258. DOI: 10.31857/S2686738922601011
52. Научное волонтерство учащейся молодежи и организация генетических исследований в сельском хозяйстве. Анцифиров С.В., Галямова М.Р., Седых С.Е., Гичгелдиева М.О., Дорошенко А.С. Вестник ТГУ. Биология. 2023 № 497. С. 254–263. DOI: 10.17223/15617793/497/26

1. Ермаков Е.А., Меламуд М.М., Бойко А.С., Невинский Г.А., Бунева В.Н. База данных «Цитокиновые профили и клинические параметры пациентов с системной красной волчанкой, рассеянным склерозом и здоровых лиц» Свидетельство № 2022620287 от 04.02.2022 г.
2. Невинский Г.А., Захарова О.Д., Горюнов Л.И., Живетьева С.И., Штейнгарц В.Д. «Фосфор-содержащие фторированные производные 1,4-нафтохинона, обладающие цитотоксической активностью по отношению к раковым клеткам человека в культуре». 3. Положительное Решение от 08.09.2014 по Заявке № 2013137092
3. Невинский Г.А., Бунева В.Н. Патент № 2015129276/10 «Фракция ДНК-гидролизующих секреторных иммуноглобулинов класса А, обладающая избирательной апоптотической активностью по отношению к раковым клеткам человека», регистрация 25.10.2016

• Системы электрофоретического и иммунохимического анализа; вестерн-блот; термостат для ИФА (Helicon, Bio-Rad); приборы для клеточных работ (ламинары, СО2-инкубатор, микроскоп, термостатированный шейкер-инкубатор); аналитические ВЭЖХ (PerSeptive Biosystems BioCad, GE Akta Purifier, Waters Breeze 2), спектрофотометр (Varian Cary Eclipse, Agilent); система для радиолюминесцентного сканирования (Bio-Rad Pharos FX).