Лаборатория ферментов репарации

Невинский Георгий Александрович
профессор, доктор химических наук,
Лауреат Государственной премии России в области науки и техники, г.н.с.
телефон: (383) 363-51-26
Email

Молекулярные механизмы функционирования защитно-репарационных систем прокариот и человека:

• Направление I: Исследование структуры и общих закономерностей белково-нуклеиновых и белок-белковых взаимодействий, механизмов функционирования ферментов репарации, интеграции, топоизомеризации, вирусов про- и эукариот, ферментов, белков и антител с защитными функциями, а также пока не описанных в литературе супрамолекулярных комплексов белков и нуклеиновых кислот с расширенными биологическими функциями по сравнению с входящими в их состав компонентами у человека и экспериментальных животных моделей, включая морские организмы.
• Направление II: Анализ общих закономерностей и причин развития аутоиммунных заболеваний. Исследование механизмов образования, функционирования и биологической роли иммуноглобулинов человека и животных в норме и при патологиях, включая антитела, проявляющие свойства ферментов: поиск новых биомаркеров для дифференциальной диагностики аутоиммунных, вирусных, онкологических и других опасных для человека заболеваний и препаратов нового поколения для их лечения.
• Направление III: У людей утрачены механизмы регенерации тканей и органов. Анализ механизмов регенерации клеток, тканей и органов, включая поиск соединений, которые необходимы для запуска процессов и последующих этапов регенерации на примере организмов, для которых характерно их полное восстановление в течение нескольких недель после их разрезания на две или три части. Поиск общих механизмов регенерации у человека и модельных объектов.

Направление I:

• Анализ общих закономерностей узнавания ферментами, белками и антителами протяженных молекуд ДНК, РНК, белков и олигосахаридов. Разработанным в лаборатории методом последовательного усложнения структуры лиганда, методами стационарной и быстрой кинетики, химической и аффинной модификаций установлен на количественном уровне относительный вклад слабых аддитивных неспецифических взаимодействий, специфических контактов, стадии взаимной адаптации ДНК и белка (в том числе фермента или антитела), а также непосредственно стадий катализа в обеспечение высокого сродства ферментов к ДНК и специфичности их действия; все ферменты описаны с помощью полных термодинамических и кинетических моделей. [Bugreev et al., Biochemistry. 2003. 42, 9235; Ishchenko et al., Biochemistry. 2004. 43, 15210; Beloglazova et al., Nucleic Acids Res. 2004. 32. 5134; Grin et al., FEBS J. 2005. 272. 2734; Nevinsky et al., FEBS Lett. 2006. 580, 4916; Biochemistry. 2007. 46, 424; J. Biol. Chem. 2007. 282, 1029; Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008. 368, 175; FEBS J. 2008. 275, 3747; FEBS Lett. 2008. 582, 410; Mutat. Res., 2010, 685, 11; J. Mol. Recognit. 2011. 24, 656; Nucleic Acids Res. 2011. 39, 4836; Биохимия. 2011. 76, 94; Guschina et al., J. Mol. Recognit. 2013. 26, 136; Andreev et al. J Mol Recognit. 2016. 29, 596; Alinovskaya et al. Biol Chem. 2018. 399, 347; Luzhetskaya et al. Molecules. 2020. 25, E4556; Nevinsky GA. Int J Mol Sci. 2021. 22, 136].
• Анализ закономерностей узнавания ДНК и белков антителами против ДНК и белков с помощью метода последовательного усложнения структуры лиганда с использованием термодинамических моделей, позволил оценить относительный вклад каждого нуклеотидного звена ДНК и аминокислотного остатка специфического белка в сродство к легкой цепи IgG, идентифицировать гексапептид, вносящий основной вклад в это сродство, установить механизм и определить природу специфичности взаимодействия различных субстратов – ДНК и интактных белков и их олигопептидов с абзимами нуклеазами и протеазами против разных ДНК и белков-антигенов [Belov et al. J Mol Recognit. 2017. 30, е2637; Andreev et al., J. Mol. Recognit. 2016, 29, 596-610]
• Показано, что белок острой фазы и неспецифической защиты от вредных факторов окружающей среды – лактоферрин является ферментом, обладающим пятью различными ферментативными активностями: ДНКазной, РНКазной, АТРазной, полисахарид-гидролизующей и фосфатазной. Установлены закономерности узнавания ДНК лактоферрином. [Kanyshkova et al., FEBS Lett. 1999. 451, 235; Eur. J. Biochem. 2003. 270, 3353; Nevinsky et al., J. Mol. Recogn. 2009. 22(4), 330; Guschina et al., J. Mol. Recognit. 2013. 26(3), 136; Sedykh et al. In “Agricultural and Biological Sciences” «Milk Proteins – From Structure to Biological Properties and Health Aspects». 2016. P. 51-80; Soboleva et al. Biomolecules. 2019. 9, E208].
• Впервые из плаценты, молока человека, а также эмбрионов морского ежа и морской голотурии, получены природные высокостабильные мультибелковые комплексы (СБК) с молекулярной массой около 1000-2000 кДа. MALDI MS и MS/MS масс-спектрометрией идентифицированы белки комплексов, также обнаружены десятки пептидов с молекулярными массами от 2 до 10 кДа. СБК молока и плаценты обладают различными ферментативными активностями: ДНКазной, фосфатазной, протеазной и амилазной, кроме того, СБК молока дополнительно проявляет протеинкиназную, а СБК плаценты – РНКазную, АТРазную, каталазную, пероксидазную и H2O2-независимую оксидоредуктазную активности. Каждая активность СБК, как правило, значительно превышает суммарную активность индивидуальных белков комплекса. Комплексы обладают расширенными биогическими свойствами по сравнению с компонентами, входящими в их состав, а также высокой цитотоксичностью по отношению к раковым клеткам человека, при этом, цитотоксический эффект отдельных белков значительно меньше цитотоксичности комплексов [Burkova et al. PLoS ONE. 2014. 9, e111234; Soboleva et al. J Mol Recognit. 2015. 28, 20–34; Burkova et al. Biochem Anal Biochem. 2018. 7, 2; Soboleva et al. J Mol Recognit. 2018. 12, e2753; Soboleva et al. ScientificWorldJournal. 2019. 2019, 2578975; Timofeeva et al., Molecules. 2021, 26: 5703].
• Установлены закономерности накопления окислительных повреждений ДНК в клетках печени, легких и различных разделов мозга, а также динамики изменения ферментов репарации и ферментов с антиоксидантными свойствами в органах быстро стареющих крыс линии OXYS. Найдены новые антиоксиданты, эффективно защищающие клетки различных органов, включая мозг, от окислительного стресса, ведущего к развитию онкологических и других различных патологий пожилого возраста. Найден ряд новых полифторированных производных 1,4-нафтохинона, обладающих низкой цитотоксичностью по отношению к обычным клеткам, но проявляющим высокую активность в подавлении роста раковых клеток человека. [Kemeleva et al., Mutat. Res. 2006. 599, 88; Кемелева и др., Биохимия. 2006. 71, 760; Биоорган. химия. 2008. 34, 558; Sattarova et al., Biochim. Biophys. Acta. 2013. 1830(6), 3542; Zakharova et al., Eur. J. Med. Chem. 2010. 45. 270, 2321; ; Eur. J. Med. Chem. 2010. 45, 2321; Bioorg. Med. Chem. 2011. 19, 256; J. Fluor. Chem. 2014. 164, 18; Невинский и др., Патент РФ № 2387635, 2009 г.; Патент РФ № 2443678, 2010 г.; Патент РФ № 2443678, 2012 г.; Zakharova et al. Int J Med Pharm Sci. 2015. 5, 11; Zakharova et al. Adv Res. 6, 1; Zakharova et al. J Fluorine Chem. 2019. 226, 109353].

Направление II:

• Впервые показано, что развитие различных аутоиммунных заболеваний (АИЗ) происходит в результате изменения профиля дифференцировки стволовых клеток костного мозга, ведущей к образованию шести типов предшественников крови млекопитающих. Изменение профиля дифференцировки а также уровня пролиферации лимфоцитов в различных органах, в зависимости от стадии АИЗ, беременности и лактации ассоциировано с наработкой абзимов с разными активностями. Показано, что иммунизация мышей, склонных к спонтанному развитию системной красной волчанки (СКВ) с помощью ДНК приводит к резкому изменению профиля дифференцировки стволовых клеток костного мозга и появлению лимфоцитов, продуцирующих абзимы гидролизующие ДНК, нуклеоьтды и олигосазхариды. Показано, что иммунизация мышей C57BL/6, склонных к спонтанному развитию экспериментального аутоиммунного энцефаломиелита (ЭAЭ), тремя антигенами (MOG35-55 –гликопротеином основного белка миелина, комплексом ДНК-гистон или ДНК-метилированный БСА) изменяет профили дифференцировки стволовых клеток и уровень пролиферации лимфоцитов костного мозга. Эти изменения приводят к наработке аутоантител (ауто-АТ) против этих антигенов и образованию абзимов, гидролизующих ДНК, MOG, ОБМ и гистоны. Иммунизация мышей антигенами ускоряет развитие ЭAЭ. Показано, что в зависимости от антигена относительное количество токсичных ауто-АТ и абзимов с низкой или высокой каталитической активностью может продуцироваться только в начале и в острой фазе или фазе ремиссии EAE. Антиген регулирует скорость развития ЭAЭ, при этом соотношение ауто-AТ и абзимов, гидролизующих ОБМ, MOG, гистоны и ДНК, сильно варьируется между различными фазами заболевания. Показано, что профили дифференцировки стволовых клеток костного мозга у мышей склонных к СКВ и ЭАЭ очень похожие. Установлено, что наработка абзимов происходит даже на уровне ликвора костного мозга и активности абзимов в ликворе в 30-40 раз выше, чем в крови тех же мышей [Andryushkova et al., FEBS Lett. 2006. 580(21), 5089-5095; J. Cell. Mol. Med. 2007. 11, 531; Int. Immunol. 2009. 21, 935; Невинский, Бунева. Биохимия. 2009. 74, 1165; Doronin et al. J Cell Mol Med. 2016. 20, 81; Aulova et al. J Cell Mol Med. 2017. 21, 3795; J Cell Mol Med. 2018. 22, 5816; Biomolecules. 2019. 10, pii: E53; Mol Biol Rep. 2021. 48, 1055; J Cell Mol Med. 2021. 25, 2493].
• Впервые показано, что РНК- и ДНК-гидролизующие антитела содержатся в крови больных с аутоиммунными заболеваниями (АИЗ) (рассеянный склероз, системная красная волчанка, аутоиммунный тиреоидит, полиартрит, сахарный диабет), с некоторыми вирусными (гепатит, ВИЧ-инфекция, клещевой энцефалит) и бактериальными инфекциями, а также при шизофрении. Уровни их концентрации и активности могут служить показателем тяжести заболевания, а также мерой оценки эффективности различных лекарственных средств. Впервые показано, что при иммунизации и аутоиммунных процессах у млекопитающих ДНК- и РНК-гидролизующие абзимы являются «коктейлями» антител против РНК, ДНК, РНКазы А, ДНКазы I, ДНКазы II и других ферментов, расщепляющих нуклеиновые кислоты. Проведен анализ динамики нуклеазных активностей антител крови женщин в период беременности и лактации. Установлено, что запуск наработки абзимов с протекторными и регуляторными функциями происходит в период начала лактации. [Nevinsky, Buneva In book: “Catalytic antibodies”. 2005, 505; Nevinsky in: Autoimmune Diseases: Symptoms, Diagnosis and Treatment. 2010, 1; Nevinsky In: Understanding HIV/AIDS Management and Care – Pandemic Approaches in the 21st Century. InTech. 2011, 151-192; Nevinsky, Buneva Advances in Neuroim. Biol. 2012. 3, 157; Parkhomenko PLOS ONE. 2014. 9(4), e93001; Kostrikina et al., Biochim. Biophys. Acta. 2014. 1840(6), 1725; Int. Immunol. 2014. 26(8), 439; Ermakov et al. Open Biol. 2015. 5, 150064; Nevinsky In “Trending Topics in Multiple Sclerosis”. InTechOpen. 2016. P. 99-148; Nevinsky et al. In Lupus. InTechOpen. 2017. 41-101; Бунева, Невинский. Молекулярн. биология. 2017. 51, 969; Ermakov et al. IUBMB Life. 2018. 70, 153; Buneva In “Psychotic Disorders–An Update”. InTechOpen. 2018. P. 41-101; Ермаков et al. Биохимия. 2018. 83, 673; Ermakov et al. J Inflamm Res. 2020. 13, 681; Int J Mol Sci. 2021. 22, 2812; Kompaneets et al. Molecules. 2020. 25, E2366; J Dairy Sci. 2020. 103, 6782].
• Показано, что посттрансляционная модификация IgG и sIgA молока человека in vitro, связанная с обменом HL-фрагментами иммуноглобулинов IgG и sIgA (но не свободными легкими или тяжелыми цепями), обеспечивает полиспецифичность сродства и каталитическую полиреактивность природных иммуноглобулинов. [Nevinsky et al., PLOS ONE. 2012. 7, e42942; Sedykh et al., PLOS ONE. 2012. 7, e48756; Седых др. Биохимия. 2013. 78(12). 1651].
• В крови больных рассеянным склерозом, системной красной волчанкой, при ВИЧ-инфекции и шизофрении впервые обнаружены абзимы c протеолитической активностью, специфически гидролизующие гистоны и основной белок миелина. Установлены основные свойства и закономерности функционирования этих абзимов. Определены сайты расщепления абзимами молекулы ОБМ. Показано, что различные препараты анти-гистон антител из крови больных гидролизуют от одного до пяти различных гистонов человека. Идентифицированы сайты расщепления гистонов Н1, Н2а, Н2b, Н3 и Н4 анти-гистон антителами крови ВИЧ-инфицированных больных. Впервые показано, что IgG против H1 эффективно гидролизуют, как гистон H1, так и ОБМ, но не другие белки. Установлены сайты расщепления гистона H1 и ОБМ абзимами против этих белков. Впервые показано, что абзимы-протеазы против гистонов и ОБМ обладают не только кросс-комплексообразованием, но и перекрестными каталитическими активностями, что представляет большую опасность для человека. Это связано с тем, что ауто-антитела и абзимы против гистонов появляются в крови здоровых людей постоянно в результате апоптоза клеток. При этом такие абзимы могут гидролизовать не только гистоны, но и ОБМ оболочек аксонов, что приводит к нарушению проведения нервных импульсов. Статистический и корреляционный анализ показал, что уровень гистон-гидролизующей активности IgG зависит от течения рассеянного склероза, а ОБМ-гидролизующей – от формы и типа течения шизофрении [Polosukhina et al., J. Cell Mol. Med. 2004. 8, 359; Med. Sci. Monit. 2005. 1, BR266; Immunol. Lett. 2006. 103, 75; Legostaeva et al., J. Cell Mol. Med. 2010. 14, 699; Bezuglova et al., J. Mol. Recognit. 2011. 24, 960; Int. Immunol. 2012. 24, 759; Peptides. 2012. 37, 69; Timofeeva et al. PLOS ONE. 2013. 8(3), e51600; Doronin et al., PLOS ONE. 2014 . 9(9), e107807; Baranova et al. J Mol Recognit. 2016. 29, 346; Mol Biosyst. 2017. 13, 1090; J Mol Recognit. 2017. 30, е2588; J Mol Recognit. 2018. 31, 2703; BioFactors. 2019. 45, 211; Biomolecules. 2019. 9, pii: E741; Biomolecules. 2020. 10, 1501; Molecules. 2021. 26, 316; Parshukova et al. J Mol Recognit. 2019. 32, e2759; J Immunol Res. 2020. 2020:898652; Ermakov et al. Int J Mol Sci. 2020. 21, E7238]
• Моноклональные легкие цепи (МЛЦ), полученные с помощью фагового дисплея (с использованием фаговой библиотеки кДНК лимфоцитов периферической крови больных системной красной волчанкой), продемонстрировали многофункциональность и исключительное многообразие ферментативных свойств. Впервые показано, что в отличие от классических ферментов, катализирующих только одну химическую реакцию, абзимы больных АИЗ могут в одном активном центре содержать аминокислотные остатки, соответствующие от одного до трех разных канонических ферментов. Обнаружено, что МЛЦ человека обладали одной, или двумя различными типами протеолитических активностей: металлопротеазной и подобной сериновым протеазам. А другие МЛЦ, гидролизующие основной белок миелина, демонстрировали две протеолитические и ДНКазную активности. Идентифицированы белковые последовательности, отвечающие за специфическое связывание ОБМ, хелатирование ионов металлов и аминокислотные остатки активных центров, непосредственно участвующие в катализе двух протеолитических реакций, а также в связывании и гидролизе ДНК. Таким образом, в отличие от классических ферментов, абзимы могут совмещать в своих белковых последовательностях сайты для узнавания белков и нуклеиновых кислот, а также формировать активные центры, расположенные на легких цепях, включающие аминокислотные остатки, участвующие в катализе нескольких различных химических реакций [Timofeeva et al. J Mol Recognit. 2015. 28, 614; Mol Biosyst. 2016. 12, 3556; J Mol Biol & Mol Imaging. 2020. 6, 1031].
• Установлено, что поликлональные IgG крови здоровых доноров обладают пероксидазной, пероксид-независимой оксидоредуктазной и каталазной активностями, которые являются собственным свойством антител. Уровни пероксидазной и пероксид-независимой оксидоредуктазной активностей поликлональных IgG больных системной красной волчанкой и больных рассеянным склерозом, а при шизофрении и каталазной, значительно выше по сравнению со здоровыми донорами и их активность возрастает по мере развития АИЗ [Tolmacheva et al. J Mol Recognit. 2015, 28, 565; R Soc Open Sci. 2018, 5,P. 171097; . J Mol Recognit. 2015, 32, e2807; Ermakov et al. PLos One 2017, 12, e0183867; Рос Иммунол Ж. 2017, 11, 37].
• Показано, что поликлональные IgG и IgM крови ВИЧ-инфицированных больных содержат антитела, которые эффективно гидролизуют только интегразу ВИЧ. Установлено, что абзимы при ВИЧ-инфекции действуют по различным механизмам и расщепляют этот белок по примерно сорока сайтам, подавляя катализ 3’-процессинга и интеграции. [Baranova. et al., Biochimie. 2009. 91, 1081; Int. Immunol. 2010. 22, 671; Odintsova et al., J. Mol. Recognit. 2011. 24, 1067; Баранова и др., Биохимия. 2011. 76, 1300; Odintsova et al., J. Mol. Recognit. 2012. 25, 193 ; Int. Immunol. 2011. 23, 601; J. Mol. Recognit. 2013. 26, 121; Biochemistry (Mosc). 2015. 80(2), 180; Невинский и др., Патент РФ № 2396278, 2010 г.]

Направление III: В лаборатории начаты исследования в новой области знаний. Изучение механизмов регенерации органов и тканей является очень важным для биологии и медицины, поскольку поможет понять механизмы регенерации и использовать для лечения людей и животных, полностью лишенных способности к восстановлению утраченных частей тела. Морские огурцы – голотурии Eupentacta fraudatrix представляют собой удобный объект для изучения процессов регенерации, так как они обладают способностью к относительно быстрому и полному восстановлению утраченных частей тела после самых разнообразных повреждений. В частности, голотурии могут в течение нескольких недель полностью восстанавливать внутренние органы и полностью организм, утраченные при эвисцерации или разделении их на две половинки. Учитывая это, новым проектом лаборатории является исследование различных пептидов, ферментов, белков, нуклеиновых кислот, а также других соединений и их стабильных комплексов голотурии и установление их возможной биологической роли в регенерации голотурии. С этой целью будет проведен анализ всех указанных выше компонентов в организмах голотурий во времени через каждые 3–4 дня после их разрезания на две части. Это позволит понять, какую роль те или другие компоненты голотурий являются индукторами процессов регенерации тканей и органов. В настоящее время уже проводится активный поиск возможных соединений, запускающих процессы регенерации.

• [Timofeeva et al., Molecules. 2021, 26: 5703].

Базовые проекты

• Проект базового бюджетного финансирования ПФНИ РФ (2021-2030) 0245-2021-0009 № 121031300041-4 «Cистемы репарации и трансляции, их роль в поддержании стабильности генома, долголетии, предотвращении онкозаболеваний и нейродегенерации» (Лаврик О.И.)
  

Гранты Российского научного фонда

• № 19-15-00145 «Клеточные и молекулярные механизмы патогенеза при развитии аутоимунных заболеваний» (2019-2021 гг.)
• № 18-74-10055 «Анализ структурных компонентов экзосом молока человека и домашних животных» (2018-2021 гг.)
• № 20-15-00162 «Роль цитокинов и субпопуляций В-лимфоцитов в образовании каталитических аутоантител» (2020-2022 гг.)
• № 21-75-10105 «Полиреактивность антител к вирусу SARS-CoV-2: поиск маркеров аутоиммунных последствий COVID-19» (Тимофеева А.М.)
• № 21-75-00102 «Иммунные механизмы хронического системного воспаления в патогенезе шизофрении» (Ермаков Е.А.)
• № 18-74-10055 П «Анализ структурных компонентов экзосом молока человека и домашних животных»

Гранты Российского фонда фундаментальных исследований

• № 20-04-00281 А «Природные каталитически активные антитела в норме и при аутоиммунных заболеваниях» (2020-2022 гг.)
• № 20-04-00373 А «Поиск механизмов регенерации голотурии: пептиды, белки, нуклеиновые кислоты и их комплексы» (2020-2022 гг.)
• № 20-015-00156 А «Иммунологические нарушения и каталитически активные антитела при шизофрении» (2020-2022 гг.)
• № 20-34-70115 Стабильность «Природные биспецифичные иммуноглобулины при ВИЧ-инфекции: анализ биологической активности и диагностического потенциала» (2019-2021 гг.)

1. Timofeeva A.M., Sedykh S.E., Dmitrenok P.S., Nevinsky G.A. Identification of Antibody-Mediated Hydrolysis Sites of Oligopeptides Corresponding to the SARS-CoV-2 S-Protein by MALDI-TOF Mass Spectrometry. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 18. P. 14342. DOI: 10.3390/ijms241814342
2. Natural Antibodies Produced in Vaccinated Patients and COVID-19 Convalescents Recognize and Hydrolyze Oligopeptides Corresponding to the S-protein of SARS-CoV-2. Timofeeva A.M., Sedykh S.E., Sedykh T.A., Nevinsky G.A. Vaccines (Basel). 2023. V. 11. P. 1494. DOI: 10.3390/vaccines11091494
3. Isolation of Extracellular Vesicles of Holothuria (Sea Cucumber Eupentacta fraudatrix). Tupitsyna A.V., Grigoryeva A.E., Soboleva S.E., Maltseva N.A., Sedykh S.E., Poletaeva Y., Dmitrenok P.S., Ryabchikova E.I., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. P. 12907. DOI: 10.3390/ijms241612907
4. Antibodies Capable of Enhancing SARS-CoV-2 Infection Can Circulate in Patients with Severe COVID-19. Matveev A.L., Pyankov O., Khlusevich Y.A., Tyazhelkova O.V., Emelyanova L., Shipovalov A.V., Chechushkov A.V., Zaitseva N., Kudrov G.A., Iusubalieva S.M., Yussubaliyeva S., Zhukova O., Baklaushev V., Sedykh S.E., Lifshits G.I., Tikunov A., Tikunova N.V. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. P. 10799. DOI: 10.3390/ijms241310799
5. Milk Exosomes: Next-Generation Agents for Delivery of Anticancer Drugs and Therapeutic Nucleic Acids. Timofeeva A.M., Paramonik A.P., Sedykh S.E., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. P. 10194. DOI: 10.3390/ijms241210194
6. Catalase Activity of IgGs of Patients Infected with SARS-CoV-2. Tolmacheva A.S., Onvumere M.K., Sedykh S.E., Timofeeva A.M., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. P. 10081. DOI: 10.3390/ijms241210081
7. Association of Peripheral Inflammatory Biomarkers and Growth Factors Levels with Sex, Therapy and Other Clinical Factors in Schizophrenia and Patient Stratification Based on These Data. Ermakov E.A., Melamud M.M., Boiko A.S., Kamaeva D.A., Ivanova S.A., Nevinsky G.A., Buneva V.N. Brain Sciences. 2023. V. 13 N 5. P. 836. DOI: 10.3390/brainsci13050836
8. EAE of Mice: Enzymatic Cross Site-Specific Hydrolysis of H2B Histone by IgGs against H1, H2A, H2B, H3, and H4 Histones and Myelin Basic Protein. Urusov A.E., Aulova K.S., Dmitrenok P.S., Buneva V.N., Nevinsky G.A. Molecules. 2023. V. 28. N 7. P. 29738. DOI: 10.3390/molecules28072973
9. Experimental Autoimmune Encephalomyelitis of Mice: IgGs from the Sera of Mice Hydrolyze miRNAs. Nevinsky G.A., Urusov A.E., Aulova K.S., Ermakov E.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 5. P. 4433. DOI: 10.3390/ijms24054433
10. Circulating Cell-Free DNA Levels in Psychiatric Diseases: A Systematic Review and Meta-Analysis. Melamud M.M., Buneva V.N., Ermakov E.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 4. P. 3402. DOI: 10.3390/ijms24043402
11. Chemokine Dysregulation and Neuroinflammation in Schizophrenia: A Systematic Review Ermakov E.A., Mednova I.A., Boiko A.S., Buneva V.N., Ivanova S.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 3. P. 2215. DOI: 10.3390/ijms24032215
12. Autoantibody-Abzymes with Catalase Activity in Experimental Autoimmune Encephalomyelitis Mice. Urusov A.E., Tolmacheva A.S., Aulova K.S., Nevinsky G.A. Molecules. 2023. V. 28. N 3. P. 1330. DOI: 10.3390/molecules28031330
13. Influence of Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 Inhibitor on the Proapoptotic and Genotoxic Effects of Anticancer Agent Topotecan. Chepanova A.A., Zakharenko A.L., Dyrkheeva N.S., Chernyshova I.A., Zakharova O., Ilina E.S., Luzina O.A., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Доклады Академии Наук (биохимия, биофизика, молекулярная биология). 2023. P. 1-6. DOI: 10.1134/S1607672922700077
14. Post-Immune Antibodies in HIV-1 Infection in the Context of Vaccine Development: A Variety of Biological Functions and Catalytic Activities. Timofeeva A.M., Sedykh S.E., Nevinsky G.A. Vaccines (Basel). 2022 V. 10. P. 384. DOI: 10.3390/vaccines10030384
15. Secretory immunoglobulin A from human milk hydrolyzes 5 histones and myelin basic protein. Kompaneets I.Y., Sedykh S.E., Buneva V.N., Dmitrenok P.S., Nevinsky G.A. J Dairy Sci. 2022 V. 105. N 2. P. 950-964. DOI: 10.3168/jds.2021-20917
16. Do Sputnik V vaccine induced antibodies protect against seasonal coronaviruses? Case study. Koryukov M.A., Kechin A.A., Shamovskaya D.V., Timofeeva A.M., Filipenko M.L. Viral Immunology. 2022 V. 35. N 2. P. 138-141. DOI: 10.1089/vim.2021.0157
17. The Blood of the HIV-Infected Patients Contains κ-IgG, λ-IgG, and Bispecific κλ-IgG, Which Possess DNase and Amylolytic Activity. Timofeeva A.M., Sedykh S.E., Maksimenko L., Sedykh T.A., Skudarnov S., Ostapova T., Yaschenko S., Gashnikova N., Nevinsky G.A. Life-Basel. 2022 V. 12. N 2. P. 304. DOI: 10.3390/life12020304
18. Comparison of the Content of Several Elements in Seawater, Sea Cucumber Eupentacta fraudatrix and Its High-Molecular-Mass Multiprotein Complex. Zaksas N.P., Timofeeva A.M., Dmitrenok P.S., Soboleva S.E., Nevinsky G.A. Molecules. 2022 V. 27. N 6. P. 1958. DOI: 10.3390/molecules27061958
19. Cell Differentiation and Proliferation in the Bone Marrow and Other Organs of 2D2 Mice during Spontaneous Development of EAE Leading to the Production of Abzymes. Aulova K.S., Urusov A.E., Toporkova L.B., Sedykh S.E., Shevchenko J. A., Tereshchenko V.P., Sennikov S.V., Orlovskaya I.A., Nevinsky G.A. Molecules. 2022 V. 27. P. 2195. DOI: 10.3390/molecules27072195
20. Анализ гидролиза пептидов функционально важных участков мозгового и глиального нейротрофических факторов антителами больных шизофренией и другими нейроиммунными заболеваниями. Ермаков Е.А., Меламуд М.М., Невинский Г.А., Бунева В.Н. Сибирский вестник психиатрии и наркологии. 2022. № 4 (117) С. 5-13. DOI: 10.26617/1810-3111-2022-4(117)-5-13
21. Essential Protective Role of Catalytically Active Antibodies (Abzymes) with Redox Antioxidant Functions in Animals and Humans. Tolmacheva A.S., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2022 V. 23. N 7. P. 3898. DOI: 10.3390/ijms23073898
22. Bacterial Siderophores: Classification, Biosynthesis, Perspectives of Use in Agriculture. Timofeeva A.M., Galyamova M., Sedykh S.E. Plants (Basel). 2022 V. 11. N 22. P. 3065. DOI: 10.3390/plants11223065
23. Immune System Abnormalities in Schizophrenia: An Integrative View and Translational Perspectives. Ermakov E.A., Melamud M.M., Buneva V.N., Ivanova S.A. Frontiers in Psychiatry. 2022 V. 13. P. 880568. DOI: 10.3389/fpsyt.2022.880568
24. Экзосомы молока в качестве агентов доставки терапевтически значимых препаратов при онкологических заболеваниях. Седых С.Е., Тимофеева А.М., Кулешова А.Е., Невинский Г.А. Успехи молекулярной онкологии. 2022 Т. 9. № 2. С. 23-31. DOI: 10.17650/2313-805X-2022-9-2-23-31
25. Protease and DNase activities of very stable two mega Dalton high-molecular-mass multiprotein complex from sea cucumber Eupentacta fraudatrix. Timofeeva A.M., Kostrikina I.A., Dmitrenok P., Soboleva S.E., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2022 V. 23. N 12. P. 6677. DOI: 10.3390/ijms23126677
26. Prospects for Using Phosphate-Solubilizing Microorganisms as Natural Fertilizers in Agriculture. Timofeeva A.M., Galyamova M., Sedykh S.E. Plants (Basel). 2022 V. 11. N 16. P. 2119. DOI: 10.3390/plants11162119
27. Immunological and biochemical changes in transgenic mice – a model of human multiple sclerosis. Aulova K.S., Urusov A.E., Sedykh S.E., Buneva V.N., Nevinsky G.A. Febs Open Bio. 2022 V. 12. S. 1. P. 197. DOI: 10.1002/2211-5463.13440 (тезисы конференции)
28. Antibody response to SARS-CoV-2 infection and Sputnik V vaccination. Timofeeva A.M., Sedykh S.E., Nevinsky G.A. Febs Open Bio. 2022 V. 12. S. 1. P. 195. DOI: 10.1002/2211-5463.13440 (тезисы конференции)
29. MicroRNA of the bovine milk lipid fraction. Paramonik A.P., Sedykh S.E., Nevinsky G.A. Febs Open Bio. 2022 V. 12. S. 1. P. 276. DOI: 10.1002/2211-5463.13440 (тезисы конференции)
30. Microbe hunters – an educational program on soil microbiology and biochemistry for schoolchildren and their teachers. Paramonik A.P., Galyamova M., Voronina E.N., Sedykh S.E. Febs Open Bio. 2022 V. 12. S. 1. P. 329-330. DOI: 10.1002/2211-5463.13440 (тезисы конференции)
31. Autoimmune Diseases: Enzymatic cross Recognition and Hydrolysis of H2B Histone, Myelin Basic Protein, and DNA by IgGs against These Antigens. Buneva V.N., Nevinsky G.A., Dmitrenok P.S. Int. J. Mol. Sci . 2022 V. 23. N 15. P. 8102. DOI: 10.3390/ijms23158102
32. Serum Cytokine Levels of Systemic Lupus Erythematosus Patients in the Presence of Concomitant Cardiovascular Diseases. Melamud M.M., Ermakov E.A., Boiko A.S., Parshukova D.A., Sizikov A.E., Ivanova S.A., Nevinsky G.A., Buneva V.N. Endocr Metab Immune Disord Drug Targets. 2022 V. 22. N 8. P. 852-861. DOI: 10.2174/1871530322666220304214512
33. Дисрегуляция цитокиновой сети у пациентов с рассеянным склерозом. Меламуд М.М., Ермаков Е.А., Бойко А.С., Камаева Д.А., Иванова С.А., Невинский Г.А., Бунева В.Н. Саратовский научно-медицинский журнал. 2022 Т. 18. № 1. С. 125-127
34. Experimental Autoimmune Encephalomyelitis of Mice: Enzymatic Cross Site-Specific Hydrolysis of H4 Hist. Urusov A.E., Aulova K.S., Dmitrenok P.S., Buneva V.N., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2022 V. 23. N 6. P. 9182 10.3390/ijms23169182
35. Инфекция Sars-CoV-2 как фактор риска развития аутоиммуной патологии. Тимофеева А.М., Седых С.Е., Невинский Г.А. Молекулярная медицина. 2022. Т. 20. №5. С 3-10. DOI: 10.29296/24999490-2022-05-01
36. MicroRNAs of Milk in Cells, Plasma, and Lipid Fractions of Human Milk, and Abzymes Catalyzing Their Hydrolysis. Kompaneets I.Y., Ermakov E.A., Buneva V.N., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 20. P. 12070. DOI: 10.3390/ijms232012070
37. Natural IgG against S-Protein and RBD of SARS-CoV-2 Do Not Bind and Hydrolyze DNA and Are Not Autoimmune. Timofeeva A.M., Sedykh S.E., Ermakov E.A., Matveev A.L., Odegova E.I., Sedykh T.A., Shcherbakov D.N., Merkuleva I.A., Volosnikova E.A., Nesmeyanova V. S., Tikunova N.V., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. P. 13681. DOI: 10.3390/ijms232213681
38. Multiple Sclerosis: Enzymatic Cross Site-Specific Recognition and Hydrolysis of H2A Histone by IgGs against H2A, H1, H2B, H3 Histones, Myelin Basic Protein, and DNA. Nevinsky G.A., Buneva V.N., Dmitrienok P.S. Biomedicines 2022. V. 10. N 8. P. 1876. DOI: 10.3390/biomedicines10081876
39. Multiplex analysis of serum cytokine profiles in systemic lupus erythematosus and multiple sclerosis. Melamud M.M., Ermakov E.A., Boiko A.S., Kamaeva D.A., Sizikov A.E., Ivanova S.A., Baulina N., Favorova O.O., Nevinsky G.A., Buneva V.N. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. 22. P. 13829. DOI: 10.3390/ijms232213829
40. Antibodies-Abzymes with Antioxidant Activities in Two Th and 2D2 Experimental Autoimmune Encephalomyelitis Mice during the Development of EAE Pathology. Tolmacheva A.S., Aulova K.S., Urusov A.E., Doronin V.B., Nevinsky G.A. Molecules. 2022. V. 27. N 21. P. 7527. DOI: 10.3390/molecules27217527
41. Analysis of Proteins and Peptides of Highly Purified CD9+ and CD63+ Horse Milk Exosomes Isolated by Affinity Chromatography. Sedykh S.E., Purvinsh L.V., Burkova E.E., Dmitrenok P.S., Ryabchikova E.I., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. P. 16106. DOI: 10.3390/ijms232416106
42. How Enzymes, Proteins, and Antibodies Recognize Extended DNAs; General Regularities. Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. N 3. P. 1369. DOI: 10.3390/ijms22031369
43. New BODIPY Dye with a Large Stokes Shift for Biopolymer Labelling. Raskolupova V.I., Popova T.V., Zakharova O., Abramova T.V., Silnikov V.N. Chemistry Proceedings. 2021. V. 3. P. 72. DOI: 10.3390/ecsoc-24-08304 (труды)
44. Rational Design of Albumin Theranostic Conjugates for Gold Nanoparticles Anticancer Drugs: Where the Seed Meets the Soil? Popova T.V., Pyshnaya I.A., Zakharova O., Akulov A.E., Shevelev O.B., Poletaeva Y., Zavjalov E L, Silnikov V.N., Ryabchikova E.I., Godovikova T.S. Biomedicines. 2021. V. 9. N 1. P. 74. DOI: 10.3390/biomedicines9010074
45. The association between EAE development in mice and the production of autoantibodies and abzymes after immunization of mice with different antigens. Aulova K.S., Urusov A.E., Sedykh S.E., Toporkova L.B., Lopatnikova J.A., Buneva V.N., Sennikov S.V., Budde T., Meuth S.G., Popova N.A., Orlovskaya I.A., Nevinsky G.A. J. Cell. Mol. Med. 2021. V. 25. N 5. P. 2493-2504. DOI: 10.1111/jcmm.16183
46. Analysis of peptides and small proteins in preparations of horse milk exosomes, purified on anti-CD81-Sepharose. Sedykh S.E., Purvinish L.V., Burkova E.E., Dmitrenok P.S., Vlassov V.V., Ryabchikova E.I., Nevinsky G.A. Int. Dairy Journal. 2021. V. 117. P. 104994. DOI: 10.1016/j.idairyj.2021.104994
47. HIV-Infected Patients: Cross Site-Specific Hydrolysis of H3 and H4 Histones and Myelin Basic Protein with Antibodies against These Three Proteins. Baranova S.V., Dmitrenok P.S., Buneva V.N., Sedykh S.E., Nevinsky G.A. Molecules. 2021. V. 26. N 2. P. 316. DOI: 10.3390/molecules26020316
48. Human Placenta Exosomes: Biogenesis, Isolation, Composition, and Prospects for Use in Diagnostics. Burkova E.E., Sedykh S.E., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. N 4. P. 2158. DOI: 10.3390/ijms22042158
49. Oxidative Stress-Related Mechanisms in Schizophrenia Pathogenesis and New Treatment Perspectives. Ermakov E.A., Dmitrieva E.M., Parshukova D.A., Kazantseva D.V., Vasilieva A.R., Smirnova L.P. Oxid Med Cell Longev. 2021. V. 2021. P. 8881770. DOI: 10.1155/2021/8881770
50. Catalytic antibodies in the bone marrow and other organs of Th mice during spontaneous development of experimental autoimmune encephalomyelitis associated with cell differentiation. Aulova K.S., Urusov A.E., Toporkova L.B., Sedykh S.E., Shevchenko Y.A., Tereshchenko V.P., Sennikov S.V., Budde T., Meuth S.G., Orlovskaya I.A., Nevinsky G.A. Molecular Biology Reports. 2021. V. 48. N 2. P. 1055-1068. DOI: 10.1007/s11033-020-06117-8
51. Six catalytic activities and cytotoxicity of immunoglobulin G and secretory immunoglobulin A from human milk. Nevinsky G.A., Zakharova O., Kompaneets I.Y., Timofeeva A.M., Dmitrenok P.S., Menzorova N.I. J Dairy Sci. 2021. V. 104. N 6. P. 1-18. DOI: 10.3168/jds.2020-19897
52. IgGs-Abzymes from the Sera of Patients with Multiple Sclerosis Recognize and Hydrolyze miRNAs. Ermakov E.A., Kabirova E.M., Buneva V.N., Nevinsky G.A. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. N 6. P. 2812. DOI: 10.3390/ijms22062812
53. Increase in Autoantibodies-Abzymes with Peroxidase and Oxidoreductase Activities in Experimental Autoimmune Encephalomyelitis Mice during the Development of EAE Pathology. Tolmacheva A.S., Aulova K.S., Urusov A.E., Orlovskaya I.A., Nevinsky G.A. Molecules. 2021. V. 26. N 7. P. 2077. DOI: 10.3390/molecules26072077
54. Human Serum Albumin Labelling with a New BODIPY Dye Having a Large Stokes Shift. Raskolupova V.I., Popova T.V., Zakharova O., Nikotina A.E., Abramova T.V., Silnikov V.N. Molecules. 2021. V. 26. N 9. P. 2679. DOI: 10.3390/molecules26092679
55. Deoxycholic acid as a molecular scaffold for tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibition: a synthesis, structure–activity relationship and molecular modeling study. Salomatina O.V., Popadyuk I.I., Komarova N.I., Salakhutdinov N.F., Volcho К.P., Zakharenko A.L., Zakharova O., Chepanova A.A., Dyrkheeva N.S., Anarbayev R.O., Lavrik O.I., Reynisson J. Steroids. 2021. V. 165. С. 108771. DOI: 10.1016/j.steroids.2020.108771
56. Study of milk exosome nucleic acids. Kuleshova A.E., Purvinsh L.V., Burkova E.E., Sedykh S.E., Nevinsky G.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 121. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
57. Antibodies from human milk hydrolyze microRNAs. Kompaneets I.Y., Ermakov E.A., Sedykh S.E., Nevinsky G.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 122. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
58. New biochemical markers of HIV infection – bispecific antibodies and its catalytic activity. Baranova S.V., Sedykh S.E., Nevinsky G.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 442. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
59. Multiple sclerosis: Enzymatic cross site-specific hydrolysis of h1 histone by iggs against h1, h2a, h2b, h3, h4 histones, and myelin basic protein. Nevinsky G.A., Baranova S.V., Buneva V.N., Dmitrenok P.S. Biomolecules. 2021. V. 11. N 7. P. 1140. DOI: 10.3390/biom11081140
60. Novel tdp1 inhibitors based on adamantane connected with monoterpene moieties via heterocyclic fragments. Munkuev A.A., Mozhaitsev E.S., Chepanova A.A., Suslov E.V., Korchagina D.V., Zakharova O., Ilina E.S., Dyrkheeva N.S., Zakharenko A.L., Reynisson J., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Molecules. 2021. V. 26. N 111. P. 3128. DOI: 10.3390/molecules26113128
61. Catalytic immunoglobulins from the blood of schizophrenia patients. Ermakov E.A., Kompaneets I.Y., Buneva V.N., Nevinsky G.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 441. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
62. Human and horse milk extracellular vesicles: proteins and peptides. Sedykh S.E., Kuleshova A.E., Purvinsh L.V., Nevinsky G.A. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 326. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
63. Very Stable Two Mega Dalton High-Molecular-Mass Multiprotein Complex from Sea Cucumber Eupentacta fraudatrix. Timofeeva A.M., Kostrikina I.A., Dmitrenok P.S., Soboleva S.E., Nevinsky G.A. Molecules. 2021. V. 26. N 18. P. 5703. DOI: 10.3390/molecules26185703
64. Homocystamide Conjugates of Human Serum Albumin as a Platform to Prepare Bimodal Multidrug Delivery Systems for Boron Neutron Capture Therapy. Popova T.V., Dymova M.A., Koroleva L.S., Zakharova O., Lisitskiy V.A., Raskolupova V.I., Sycheva T., Taskaev S., Silnikov V.N., Godovikova T.S. Molecules. 2021. V. 26. P. 6537. DOI: 10.3390/molecules26216537
65. Oligoclonal IgGs against DNA, Histones, and Myelin Basic Protein in the Cerebrospinal Fluid of Patients with Multiple Sclerosis. Kostrikina I.A., Granieri E., Nevinsky G.A. Austin J Clin Immunol. 2021. V. 7. N 1. P. 1043. DOI: 10.26420/austinjclinimmunol.2021.1043
66. Natural catalytic immunoglobulins hydrolyzing histones as a link between inflammation and humoral immunity in schizophrenia. Ermakov E.A., Buneva V.N., Nevinsky G.A. European Psychiatry. 2021. V. 64. S. 1. P. S544. DOI: 10.1192/j.eurpsy.2021.1451 (тезисы конференции)
67. Sea urchins proteins, enzymes, their complexes, and functioning. Nevinsky G.A., Soboleva S.E., Menzorova N.I., Burkova E.E., Seytkalieva A.V., Dmitrenok P.S. Biochemistry & Molecular Biology Journal. 2021. V. 7. N 4.16. DOI: 10.36648/2471-8084.21.7.105

1. Ермаков Е.А., Меламуд М.М., Бойко А.С., Невинский Г.А., Бунева В.Н. База данных «Цитокиновые профили и клинические параметры пациентов с системной красной волчанкой, рассеянным склерозом и здоровых лиц» Свидетельство № 2022620287 от 04.02.2022 г.
2. Невинский Г.А., Захарова О.Д., Горюнов Л.И., Живетьева С.И., Штейнгарц В.Д. «Фосфор-содержащие фторированные производные 1,4-нафтохинона, обладающие цитотоксической активностью по отношению к раковым клеткам человека в культуре». 3. Положительное Решение от 08.09.2014 по Заявке № 2013137092
3. Невинский Г.А., Бунева В.Н. Патент № 2015129276/10 «Фракция ДНК-гидролизующих секреторных иммуноглобулинов класса А, обладающая избирательной апоптотической активностью по отношению к раковым клеткам человека», регистрация 25.10.2016

• Системы электрофоретического и иммунохимического анализа; вестерн-блот; термостат для ИФА (Helicon, Bio-Rad); приборы для клеточных работ (ламинары, СО2-инкубатор, микроскоп, термостатированный шейкер-инкубатор); аналитические ВЭЖХ (PerSeptive Biosystems BioCad, GE Akta Purifier, Waters Breeze 2), спектрофотометр (Varian Cary Eclipse, Agilent); система для радиолюминесцентного сканирования (Bio-Rad Pharos FX).