Лаборатория биомедицинской химии

Дмитриенко Елена Владимировна

н.с., к.х.н.

телефон: (383) 363-51-02, Email

• Исследование фундаментальных аспектов ДНК-диагностики и действия ген-направленных биологически активных веществ: гибридизация нуклеиновых кислот с олигонуклеотидами, их аналогами и производными, термодинамический анализ комплексообразования нуклеиновых кислот.
• Термодинамический анализ комплексообразования нуклеиновых кислот.
• Разработка биоаналитических систем на основе микро- и наноструктурированных материалов, в том числе молекулярно-импринтированных полимеров и аптамеров.
• ДНК-наноархитектоника – исследование самоорганизующихся супрамолекулярных ансамблей на основе нуклеиновых кислот.

• Разработаны принципы рационального конструирования олигонуклеотидов, их производных и аналогов – необходимого инструментария для молекулярной диагностики, молекулярной биологии, биофизики, а также НК-направленных агентов как перспективных терапевтических препаратов Kupryushkin M.S. Organic Letters. 2014; Pyshnaya I.A. et al., BioMed Research Intern. 2014; Пышный Д.В. Успехи химии. 2012.
  
• Изучены физико-химические особенности образования тандемных олигонуклеотидных комплексов с ДНК, конкатамерных олигонуклеотидных комплексов и ДНК-ДНК комплексов олигонуклеотидов, несущих ненуклеотидные вставки на основе фосфодиэфиров олигометилендиолов и олигоэтиленгликолей. Полученные термодинамические характеристики позволяют создавать олигонуклеотидные зонды с направленно пониженной гибридизационной способностью и производить расчет стабильности как совершенных, так и несовершенных тандемных комплексов в различных буферных условиях Pyshnyi D.V. et al., J. Biomol. Struct. Dyn. 2003; Pyshnyi D.V. et al., J. Biomol. Struct. Dyn. 2006; Ломзов А.А. и др., Докл. АН. 2006.
  
• С использованием олигонуклеотидов, несущих ненуклеотидные вставки, разработан высокоселективный подход к анализу точечных мутаций в ДНК и направленной функционализации олигонуклеотидов Дмитриенко Е.В. и др., Биоорган. химия. 2010.; Виноградова О.А. и др., Молекуляр. биология. 2007; Kupryushkin M.S. Organic Letters. 2014.
  
• Исследованы особенности ферментативного лигирования олигонуклеотидов на ДНК матрице в зависимости от нуклеотидной композиции в точке одноцепочечного разрыва ДНК. Выявленные характеристики позволяют производить выбор оптимальной структуры олигонуклеотидных зондов для выявления точечных мутаций в ДНК методом лигирования олигонуклеотидов (OLA) Skobeltsyna L.M. et al., Mol. Biotechnol. 2010.
  
• Предложен новый подход к получению молекулярно импринтированных полимеров (МИПов), содержащих в своей структуре отпечатки биомолекул и способных к их специфическому распознаванию Dmitriyenko E.V. et al., J. Mol. Recognit. 2013.
  
• Доказано, что пространственную организацию супрамолекулярных конкатамерных комплексов ДНК можно направлено изменять, используя в качестве мономерных блоков модифицированные дуплексы ДНК, несущие вставки ненуклеотидной природы Виноградова О.А. и др., Успехи химии. 2012; Lomzov A.A. J. Nanosci. Nanotechno. 2015.
  
• Разработан метод введения спиновых меток различной природы в структуру комплексов нуклеиновых кислот. Впервые продемонстрирована возможность измерения спин-спинового расстояния в таких комплексах при физиологических температурах (37oC) методом ЭПР Shevelev G.Y. Journal of the American Chemical Society. 2014.

Базовые проекты
Программа фундаментальных научных исследований государственных академий наук

• Проект ФИМТ-154 Разработка электронного нанопроволочного биосенсора для анализа РНК-маркеров немелкоклеточного рака легкого.(0309-2014-0044)
• Проект 1.1.5.Разработка микроустройств для проведения параллельного массивного анализа ДНК (0309-2015-0003) рук. Синяков А.Н.
• ПФНИ ГАН VI.62.1.4, 0309-2016-0004 Интеллектуальные материалы для биомедицины. (2018 - 2020 гг.)
• Проект КП ФНИ СО РАН II.1 (ГЗ № 0309-2018-0017) Разработка новых способов экспресс-диагностики заболеваний человека на основе детекции органоспецифических маркеров с помощью современных физических и физико-химических подходов. (2018 - 2020 гг.)

Гранты Российского научного фонда

• № 21-64-00017 «Модификация нуклеиновых кислот и репарация ДНК как источник новых инструментов управления геномами» (2021-2024 гг.)
• № 22-24-00996 «Фосфорилгуанидиновые олигонуклеотиды как перспективные инструменты для создания высокочувствительных систем диагностики нуклеиновых кислот» (2022-2023 гг.)

1. Высокочувствительный биосенсор для безметочной детекции биомаркеров. Булгакова А.Е., Ломзов А.А., Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В. Наука и технологии Сибири. 2023. № 8 С. 118-121.
2. Методы обогащения ДНК-фрагментов для высокопроизводительного секвенирования. Синяков А.Н., Костина Е.В. Молекулярная биология. 2023. Т. 57 № 3 С. 440–457 10.31857/S0026898423030126
3. DNA Fragment Enrichment for High-Throughput Sequencing. Sinyakov A.N., Kostina E.V. Молекулярная биология. 2023. V. 57 N 3 P. 424–439 10.1134/S002689332303010X перевод
4. Высокоёмкие частицы карбоната кальция как основа для рН-чувствительных контейнеров для доксорубицина. Паллаева Т.Н., Михеев А.В., ХмелениН Д.Н., Еуров Д.А., Курдюков Д.А., Попова В.К., Дмитриенко Е.В., Трушина Д.Б. Кристаллография. 2023. Т. 68 № 2 С. 298-305 10.31857/S0023476123020121
5. High-Capacity Calcium Carbonate Particles As pH-Sensitive Containers for Doxorubicin. Bоrodina T.N., Mikheev A., Khmelenin A., Eurov D.A., Kurdyukov D.A., Popova V.K., Dmitrienko E.V., Trushina D.B. Кристаллография. 2023. V. 68 N 2 P. 309–315 10.1134/s1063774523020128 перевод
6. Application of the weighted histogram method for calculating the thermodynamic parameters of the formation of oligodeoxyribonucleotide duplexes. Yushin I.I., Golyshev V.M., Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2023. V. 27 N 7 P. 807-814 10.18699/VJGB-23-93 перевод
7. Применение метода взвешенных гистограмм для расчета термодинамических параметров формирования комплексов олигодезоксирибонуклеотидов. Юшин И.И., Голышев В.М., Пышный Д.В., Ломзов А.А. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2023. Т. 27 № 7 С. 807-814 10.18699/VJGB-23-93
8. Комплексы и высокомолекулярные ассоциаты додецил-содержащих олигонуклеотидов с сывороточным альбумином. Павлова А.С., Илющенко В.В., Купрюшкин М.С., Жарков Т.Д., Дюдеева Е.С., Бауэр И.А., Чубаров А.С., Пышный Д.В., Пышная И.А. Биохимия. 2023. V. 88 N 8 С. 1423 – 1440 10.31857/S0320972523080109
9. Electrospun Scaffolds Enriched with Nanoparticle-Associated DNA: General Properties, DNA Release and Cell Transfection. Chernonosova V.S., Khlebnikova M.I., Popova V., Starostina E., Kiseleva E., Chelobanov B.P., Kvon R., Dmitrienko E.V., Laktionov P.P. Polymers (Basel). 2023. V. 15 P. 3202 10.3390/polym15153202
10. pH-Responsible Doxorubicin-Loaded Fe3O4@CaCO3 Nanocomposites for Cancer Treatment. Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Pharmaceutics. 2023. V. 15 N 3 P. 771 10.3390/pharmaceutics15030771
11. Self-Penetrating Oligonucleotide Derivatives: Features of Self-Assembly and Interactions with Serum and Intracellular Proteins. Bauer I.A., Ilina E.S., Zharkov T.D., Grigoryeva E.V., Chinak O.A., Kupryushkin M.S., Golyshev V.M., Mitin D.E., Chubarov A.S., Khodyreva S.N., Dmitrienko E.V. Pharmaceutics. 2023. V. 15 N 12 P. 2779 10.3390/pharmaceutics15122779
12. The Lipophilic Purine Nucleoside—Tdp1 Inhibitor—Enhances DNA Damage Induced by Topotecan In Vitro and Potentiates the Antitumor Effect of Topotecan In Vivo. Chernyshova I.A., Zakharenko A.L., Kurochkin N.N., Dyrkheeva N.S., Kornienko T.E., Popova N.A., Nikolin V.P., Ilina E.S., Zharkov T.D., Kupryushkin M.S., Oslovsky V.E., Drenichev M.S., Lavrik O.I. Molecules. 2023. V. 28 N 1 P. 323 10.3390/molecules28010323
13. Fluorinated Human Serum Albumin as Potential 19F Magnetic Resonance Imaging Probe. Mitin D.E., Chubarov A.S. Molecules. 2023. V. 28 N 4 P. 1695 10.3390/molecules28041695
14. Magnetic Nanocomposites and Imprinted Polymers for Biomedical Applications of Nucleic Acids. Popova V.K., Dmitrienko E.V., Chubarov A.S. Magnetochemistry. 2023. V. 9 N 1 P. 12 10.3390/magnetochemistry9010012
15. Nylon-6-Coated Doxorubicin-Loaded Magnetic Nanoparticles and Nanocapsules for Cancer Treatment. Bobrikova E.N., Poletaeva Y., Zheng Y, Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Magnetochemistry. 2023. V. 9 N 4 P. 106 10.3390/magnetochemistry9040106
16. Preparation of Magnetic Molecularly Imprinted Polymer for Methylene Blue Capture. Sedelnikova A.Y., Poletaeva Y., Golyshev V.M., Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Magnetochemistry. 2023. V. 9 P. 196 10.3390/magnetochemistry9080196
17. New photoacids in microarray synthesis of oligonucleotides. Sinyakov A.N., Kostina E.V., Zaitsev D.E., Chukanov N.V., Kamaev G.N., Bessmeltsev V.P., Shelkovnikov V.V., Vasiliev E.V. J. of Saudi Chem. Soc. 2023. V. 27 N 4 P. 101709 10.1016/j.jscs.2023.101709
18. Long non-coding RNA DINO promotes cisplatin sensitivity in lung adenocarcinoma via the p53-Bax axis. Liu Z., Wang O., Chubarov A.S., Li Y., Yang X., Dmitrienko E.V., Zheng Y. J Thorac Dis. 2023. V. 15 N 4 P. 2198-2212 10.21037/jtd-23-465
19. Fork- and Comb-like Lipophilic Structures: Different Chemical Approaches to the Synthesis of Oligonucleotides with Multiple Dodecyl Residues. Zharkov T.D., Mironova E.M., Markov O.V., Zhukov S., Khodyreva S.N., Kupryushkin M.S. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 19. P. 14637 . DOI: 10.3390/ijms241914637
20. Solution pH Effect on Drain-Gate Characteristics of SOI FET Biosensor. Bulgakova A.E., Berdyugin A.A., Naumova O., Fomin B., Pyshnyi D.V., Chubarov A.S., Dmitrienko E.V., Lomzov A.A. Electronics. 2023. V. 12. N 3. P. 777. DOI: 10.3390/electronics12030777
21. Allele-Specific PCR for PIK3CA Mutation Detection Using Phosphoryl Guanidine Modified Primers. Chubarov A.S., Oskorbin I.P., Novikova L.M., Filipenko M.L., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Diagnostics. 2023. V. 13. N 2. P. 250. DOI: 10.3390/diagnostics13020250
22. Hydrolysis of Oligodeoxyribonucleotides on the Microarray Surface and in Solution by Catalytic Anti-DNA Antibodies in Systemic Lupus Erythematosus. Novikova T.S., Ermakov E.A., Kostina E.V., Sinyakov A.N., Sizikov A.E., Nevinsky G.A., Buneva V.N. Curr. Issues Mol. Biol. 2023. V. 45. N 12. P. 9887-9903. DOI:10.3390/cimb45120617
23. Doxorubicin-Loaded Silica Nanocomposites for Cancer Treatment. Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Pyshnyi D.V., Dmitrienko E.V. Coatings. 2023. V. 13. N 2. C. 324. DOI: 10.3390/coatings13020324
24. Complexes and Supramolecular Associates of Dodecyl-Containing Oligonucleotides with Serum Albumin. Pavlova A.S., Iliusenko V.V., Kupryushkin M.S., Zharkov T.D., Dyudeeva E., Bauer I.A., Chubarov A.S., Pyshnyi D.V., Pyshnaya I.A. Biochemistry (Moscow). 2023. V. 88 P. 1165-1180. DOI: 10.1134/S0006297923080102 перевод
25. Noncovalent Adsorption of Single-Stranded and Double-Stranded DNA on the Surface of Gold Nanoparticles. Gorbunova E.A., Epanchintseva A.V., Pyshnyi D.V., Pyshnaya I.A. Applied Sciences (Basel). 2023. V. 13 P. 7324. DOI:10.3390/app13127324
26. Synthesis of Oligonucleotides Carrying Inter-nucleotide N‑(Benzoazole)-phosphoramide Moieties. Vasilyeva S.V., Baranovskaya E.E., Dyudeeva E., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. ACS Omega. 2023. V. 8. N 1. P. 1556−1566. DOI: 10.1021/acsomega.2c07083
27. Effect of the Phosphoryl Guanidine Modification in Chimeric DNA–RNA crRNAs on the Activity of the CRISPR-Cas9 System In Vitro. Prokhorova D.V., Kupryushkin M.S., Zhukov S., Zharkov T.D., Dovydenko I.S., Yakovleva K.I., Pereverzev I.M., Matveeva A.M., Pyshnyi D.V., Stepanov G.A. ACS Chem. Biol. 2024. V. 19. N 6. P. 1311-1319. DOI: 10.1021/acschembio.4c00147
28. Properties of phosphoramide benzoazole oligonucleotides (PABAOs). I. Structure and hybridization efficiency of N-benzimidazole derivatives. Golyshev V.M., Yushin I.I., Gulyaeva O.A., Baranovskaya E.E., Lomzov A.A. Biochem. and Biophys.Res. Com. 2024. V.693. P. 149390. DOI:10.1016/j.bbrc.2023.149390
29. Repair and DNA Polymerase Bypass of Clickable Pyrimidine Nucleotides. Endutkin A.V., Yudkina A.V., Zharkov T.D., Barmatov A.E., Petrova D.V., Kim D.V., Zharkov D.O. Biomolecules. 2024. V. 14. N 6. P. 681. DOI: 10.3390/biom14060681
30. Pulsed Dipolar EPR for Self-Limited Complexes of Oligonucleotides Studies. Chubarov A.S., Endeward B., Kanarskaya M.A., Polienko Y.F., Prisner T., Lomzov A.A. Biomolecules. 2024. V. 14. N 8. P. 887. DOI: 10.3390/biom14080887
31. Error-Prone DNA Synthesis on Click-Ligated Templates. Endutkin A.V., Yakovlev A.V., Zharkov T.D., Golyshev V.M., Yudkina A.V., Zharkov D.O. Doklady Biochemistry and Biophysics. 2024. P. 1-6. DOI: 10.1134/s1607672924600416
32. Back-up base excision DNA repair in human cells deficient in the major AP endonuclease, APE1. Kim D.V., Diatlova E., Zharkov T.D., Melentyev V.S., Yudkina A.V., Endutkin A.V., Zharkov D.O. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 1. ю 64. DOI: 10.3390/ijms25010064
33. Phosphoramidate Azole Oligonucleotides for Single Nucleotide Polymorphism Detection by PCR. Chubarov A.S., Baranovskaya E.E., Oscorbin I.P., Yushin I.I., Filipenko M.L., Pyshnyi D.V., Vasilyeva S.V., Lomzov A.A. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 1. P. 617. DOI: 10.3390/ijms25010617
34. Contrast Agents Based on Human Serum Albumin and Nitroxides for 1H-MRI and Overhauser-enhanced MRI. Mitin D.E., Bullinger F., Dobrynin S., Engelmann J., Scheffler K., Kolokolov M., Krumkacheva O., Buckenmaier L., Kirilyuk I., Chubarov A.S. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 7. P. 4041. DOI: 10.3390/ijms25074041
35. Probing the Conformational Restraints of DNA Damage Recognition with β-L-Nucleotides. Yudkina A.V., Kim D.V., Zharkov T.D., Zharkov D.O., Endutkin A.V. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N.11. P. 6006. DOI: 10.3390/ijms25116006
36. Pulsed voltage cold atmospheric plasma jet and gold nanoparticles enhance cytotoxic anticancer effects. Schweigert I.V., Biryukov M.M., Polyakova A.A., Gorbunova E.A., Epanchintseva A.V., Pyshnaya I.A., Zakrevsky D., Milakhina E., Koval O.A. J. Phys. D: Appl. Phys. 2024. V. 57. N. 25. P. 255205. DOI: 10.1088/1361-6463/ad34df
37. Influence of Combinations of Lipophilic and Phosphate Backbone Modifications on Cellular Uptake of Modified Oligonucleotides. Zharkov T.D., Markov O.V., Zhukov S., Khodyreva S.N., Kupryushkin M.S. Molecules. 2024. V. 29. N. 2. P. 452. DOI: 10.3390/molecules29020452
38. Characterizing Aptamer Interaction with the Oncolytic Virus VV-GMCSF-Lact. Dymova M.A., Malysheva D.O., Popova V.K., Dmitrienko E.V., Endutkin A.V., Drokov D.V., Mukhanov V.S., Byvakina A.A., Kochneva G.V., Artyushenko P.V., Shchugoreva I.A., Rogova A.V., Tomilin F.N., Kichkailo A.S., Richter V.A., Kuligina E.V. Molecules. 2024. V. 29 P. 848. DOI: 10.3390/molecules29040848
39. New photoacids in microarray synthesis of oligonucleotides. Sinyakov A.N., Kostina E.V., Zaytsev D.E., Chukanov N.V., Kamaev G.N., Bessmeltsev V.P., Shelkovnikov V.V., Vasiliev E.V. J. of Saudi Chem. Soc. 2023. V. 27. N 4. P. 101709. DOI: 10.1016/j.jscs.2023.101709
40. Electrospun Scaffolds Enriched with Nanoparticle-Associated DNA: General Properties, DNA Release and Cell Transfection. Chernonosova V.S., Khlebnikova M., Popova V., Starostina E., Kiseleva E., Chelobanov B.P., Kvon R., Dmitrienko E.V., Laktionov P.P. Polymers (Basel). 2023. V. 15. P. 3202. DOI: 10.3390/polym15153202
41. Preparation of Magnetic Molecularly Imprinted Polymer for Methylene Blue Capture. Sedelnikova A., Poletaeva Y., Golyshev V.M., Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Magnetochemistry. 2023. V. 9. P. 196. DOI: 10.3390/magnetochemistry9080196
42. Noncovalent Adsorption of Single-Stranded and Double-Stranded DNA on the Surface of Gold Nanoparticles. Gorbunova E.A., Epanchintseva A.V., Pyshnyi D.V., Pyshnaya I.A. Applied Sciences (Basel). 2023. V. 13. P. 7324. DOI: 10.3390/app13127324
43. Высокоёмкие частицы карбоната кальция как основа для рН-чувствительных контейнеров для доксорубицина. Паллаева Т.Н., Михеев А.В., ХмелениН Д.Н., Еуров Д.А., Курдюков Д.А., Попова В.К., Дмитриенко Е.В., Трушина Д.Б. Кристаллография. 2023. Т. 68. № 2. С. 298-305. DOI: 10.31857/S0023476123020121
44. Long non-coding RNA DINO promotes cisplatin sensitivity in lung adenocarcinoma via the p53-Bax axis. Liu Z., Wang O., Chubarov A.S., Li Y., Yang X., Dmitrienko E.V., Zheng Y. J Thorac Dis. 2023. V. 15. N 4. P. 2198-2212. DOI: 10.21037/jtd-23-465
45. Nylon-6-Coated Doxorubicin-Loaded Magnetic Nanoparticles and Nanocapsules for Cancer Treatment. Bobrikova E.N., Poletaeva Y., Zheng Y, Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Magnetochemistry. 2023. V. 9. N 4. P. 106. DOI: 10.3390/magnetochemistry9040106
46. pH-Responsible Doxorubicin-Loaded Fe3O4@CaCO3 Nanocomposites for Cancer Treatment Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Pharmaceutics. 2023. V. 15. N 3. P. 771. DOI: 10.3390/pharmaceutics15030771
47. Doxorubicin-Loaded Silica Nanocomposites for Cancer Treatment. Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Pyshnyi D.V., Dmitriyenko E.V. Coatings. 2023. V. 13. N 2. C. 324. DOI: 10.3390/coatings13020324
48. Solution pH Effect on Drain-Gate Characteristics of SOI FET Biosensor. Bulgakova A.E., Berdyugin A., Naumova O., Fomin B., Pyshnyi D.V., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V., Lomzov A.A. Electronics. 2023. V. 12. N 3. P. 777. DOI: 10.3390/electronics12030777
49. Synthesis of Oligonucleotides Carrying Inter-nucleotide N‑(Benzoazole)-phosphoramide Moieties. Vasilyeva S.V., Baranovskaya E.E., Dyudeeva E., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. ACS Omega. 2023 V. 8. N 1. P. 1556−1566. DOI: 10.1021/acsomega.2c07083
50. Allele-Specific PCR for PIK3CA Mutation Detection Using Phosphoryl Guanidine Modified Primers. Chubarov A.S., Oskorbin I.P., Novikova L.M., Filipenko M.L., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Diagnostics. 2023. V. 13. N 2. P. 250. DOI: 10.3390/diagnostics13020250
51. Magnetic Nanocomposites and Imprinted Polymers for Biomedical Applications of Nucleic Acids. Popova V.K., Dmitriyenko E.V., Chubarov A.S. Magnetochemistry. 2023. V. 9. N 1. P. 12. DOI: 10.3390/magnetochemistry9010012
52. The Lipophilic Purine Nucleoside—Tdp1 Inhibitor—Enhances DNA Damage Induced by Topotecan In Vitro and Potentiates the Antitumor Effect of Topotecan In Vivo. Chernyshova I.A., Zakharenko A.L., Kurochkin N.N., Dyrkheeva N.S., Kornienko T.E., Popova N.A., Nikolin V.P., Ilina E.S., Zharkov T.D., Kupryushkin M.S., Oslovsky V.E., Drenichev M.S., Lavrik O.I. Molecules. 2023. V. 28. N 1. P. 323. DOI: 10.3390/molecules28010323
53. Фосфорилгуанидиновые олигонуклеотиды как праймеры для РНК-зависимого ДНК синтеза с помощью обратной транскриптазы вируса лейкемии мышей. Дюдеева Е.С., Пышная И.А. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2022. Т. 26. № 1. С. 5-13. DOI 10.18699/VJGB-22-02
54. Antisense oligonucleotide gapmers containing phosphoryl guanidine groups reverse MDR1 mediated multiple drug resistance of tumor cells. Kupryushkin M.S., Filatov A.V., Mironova N.L., Patutina O.A., Chernikov I.V., Chernolovskaya E.L., Zenkova M.A., Pyshnyi D.V., Stetsenko D.A., Altman S., Vlassov V.V. Mol. Ther. Nucl. Acids. 2022. V. 27. P. 211-226. DOI: 10.1016/j.omtn.2021.11.025
55. Pairing nanoarchitectonics of oligodeoxyribonucleotides with complex diversity: concatemers and self-limited complexes. Zamoskovceva A.A., Golyshev V.M., Kizilova V.A., Shevelev G.Yu, Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. RSC Advances. 2022. V. 12. P. 6416 - 6431. DOI: 10.1039/d2ra00155a
56. Application of W-band 19F electron nuclear double resonance (ENDOR) spectroscopy to distance measurement using a trityl spin probe and a fluorine label. Asanbaeva N., Sukhanov A., Diveikina A., Rogozhnikova O., Trukhin D., Tormyshev V.M., Chubarov A.S., Maryasov A., Genaev A., Shernyukov A., Salnikov G., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V., Bagryanskaya E.G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2022. V. 24. N 10. P. 5982-6001. DOI: 10.1039/D1CP05445G
57. Диагностика рекомбинантной формы вируса гепатита С RF1_2k/1b с использованием микрочипа, функционирующего по принципу “много проб/один спот”. Рябинин В.А., Акимов И.A., Синяков А.Н., Пичко Н.П., Иванов М.К. Биоорганическая химия. 2022. Т. 48. № 1. С. 1-6. DOI: 10.31857/S0132342322010092
58. Hepatitis C Virus RF1_2k/1b Chimeras and a «Many Probes/One Spot» Approach to Their Identification. Ryabinin V.A., Akimov I.A., Sinyakov A.N., Pichko N.P., Ivanov M.K. Russ. J. Bioorganic Chem. 2022. V. 48. N 1. P. 173-177. DOI: 10.1134/S1068162022010095
59. High Drug Capacity Doxorubicin-Loaded Iron Oxide Nanocomposites for Cancer Therapy. Bobrikova E.N., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Magnetochemistry. 2022. V. 8. N 5. P. 54. DOI: 10.3390/magnetochemistry8050054
60. Recognition of a clickable abasic site analog by DNA polymerases and DNA repair enzymes. Endutkin A.V., Yudkina A.V., Zharkov T.D., Kim D.V., Zharkov D.O. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 21. P. 13353. DOI: 10.3390/ijms232113353
61. Magnetic Nylon 6 Nanocomposites for the Microextraction of Nucleic Acids from Biological Samples. Bulgakova A.E., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Magnetochemistry. 2022. V. 8. N 8. P. 85. DOI: 10.3390/magnetochemistry8080085
62. In vivo hypotensive effect of aminosilanol-based nanocomposites bearing antisense oligonucleotides. Levina A.S., Repkova M.N., Kupryushkin M.S., Seryapina A.A., Shevelev O., Pyshnyi D.V., Zarytova V.F., Markel A.L. J Drug Deliv Sci. and Technol. 2022. V. 75. P. 103612. DOI: 10.1016/j.jddst.2022.103612
63. Синтетические антимикробные пептиды. IV. Влияние катионных групп лизина, аргинина и гистидина на антимикробную активность пептидов с “круговым” типом амфипатичности. Амирханов Н.В., Бардашева А.В., Тикунова Н.В., Пышный Д.В. Биоорганическая химия. Т. 48. № 5. С. 537–550. 2022. DOI: 10.31857/S0132342322050049
64. Synthetic Antimicrobial Peptides: IV. Effect of Cationic Groups of Lysine, Arginine, and Histidine on Antimicrobial Activity of Peptides With a ‘Circular’ Type of Amphipathicity. Amirkhanov N.V., Bardasheva A., Tikunova N.V., Pyshnyi D.V. Биоорганическая химия. 2022. V. 48. N 5. P. 937–948. DOI 10.1134/S1068162022050041 перевод
65. Flow-Seq Evaluation of Translation Driven by a Set of Natural Escherichia coli 5′-UTR of Variable Length. Komarova E.S., Slesarchuk A.N., Rubtsova M.P., Osterman I.A., Tupikin A.E., Pyshnyi D.V., Dontsova O.A., Kabilov M.R., Sergiev P.V. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 20. P. 12293. DOI: 10.3390/ijms232012293
66. Synthesis of the new nucleoside 5′ -alpha-iminophosphates using Staudinger reaction. Vasilyeva S.V., Kuznetsova A.A., Baranovskaya E.E., Kuznetsov N.A., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Bioorg. Chem. 2022. V. 127. P. 105987. DOI: 10.1016/j.bioorg.2022.105987
67. Magnetite Nanoparticles for Biomedical Applications. Petrov K.D., Chubarov A.S. Encyclopedia. 2022. V. 2. N 4. P. 1811-1828. DOI: 10.3390/encyclopedia2040125
68. Chemical Modifications Influence the Number of siRNA Molecules Adsorbed on Gold Nanoparticles and the Efficiency of Downregulation of a Target Protein. Epanchintseva A.V., Poletaeva Y., Dome A.S., Dovydenko I.S., Pyshnaya I.A., Ryabchikova E.I. Nanomaterials. 2022. V. 12. P. 4450. DOI: 10.3390/nano12244450
69. Flow-seq-метод: особенности и применение в изучении бактериальной трансляции. Комарова Е.С., Донцова О.А., Пышный Д.В., Кабилов М.Р., Сергиев П.В. Acta Naturae. 2022. Т. 14. № 4 (55). С. 20-37. DOI: 10.32607/actanaturae.11820

1. «Ноу-хау». Устройство для параллельного автоматического измерения КНИ-сенсоров. Пышный Д.В., Пышная И.А., Ломзов А.А., Дмитриенко Е.В. 2017 г.
2. «СПОСОБ КОНСЕРВАЦИИ ТВЕРДОТЕЛЬНОЙ ПОВЕРХНОСТИ И КОНСЕРВИРУЮЩЕЕ ТВЕРДОТЕЛЬНУЮ ПОВЕРХНОСТЬ ПОКРЫТИЕ». Наумова О. В., Фомин Б. И., Кайгородова Ю. В., Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В. 2016 г. № 2601745.
   
3. «БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ПАТОГЕНОВ I ГРУППЫ, ОТНОСЯЩИХСЯ К СЕМЕЙСТВАМ АРЕНА- И ФИЛОВИРУСОВ». Синяков А.Н., Рябинин В.А. 2015 г.№ 2562117.
   
4. «БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ГЕНОВ ГЕМАГГЛЮТИНИНА И НЕЙРАМИНИДАЗЫ ВИРУСА ГРИППА А». Костина Е.В., Синяков А.Н., Рябинин В.А. 2015 г.№ 2560591.
   
5. «НОВЫЕ ТИПЫ МОДИФИЦИРОВАННЫХ НУКЛЕОТИДОВ С ЗАМЕЩЕННОЙ ФОСФАТНОЙ ГРУППОЙ И МЕТОД ИХ ПОЛУЧЕНИЯ». «Ноу-хау» (Секрет производства).Стеценко Д.А., Пышный Д.В., Купрюшкин М.С. 2013 г.
   
6. «СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ АМИДОФОСФИТНОГО МОНОМЕРА АХИРАЛЬНОЙ НЕНУКЛЕОТИДНОЙ ВСТАВКИ ДЛЯ МОДИФИКАЦИИ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ». Пышный Д.В., Купрюшкин М.С. 2012 г.№ 2460721.
   
7. «СПОСОБ ВЫБОРА ДНК-ЗОНДОВ ДЛЯ МИКРОЧИПОВОЙ ДИАГНОСТИКИ, БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ГЕНА НЕЙРАМИНИДАЗЫ И ГЕМАГГЛЮТИНИНА ВИРУСА ГРИППА А». Костина Е.В., Синяков А.Н., Рябинин В.А., Максакова Г.А. 2012 г. № 2470076.
   
8. «СПОСОБ СЕЛЕКТИВНОГО ВЫДЕЛЕНИЯ ПОПУЛЯЦИИ ЖИЗНЕСПОСОБНЫХ КЛЕТОК ИЗ БИОЛОГИЧЕСКИХ ЖИДКОСТЕЙ» Лактионов П.П., Вайнер О.Б., Запорожченко И.А., Пышная И.А., Пышный Д.В., Дмитриенко Е.В., Романов С.И., Власов В.В. 2011 г. № 2423698.
   
9. «СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ИМПРИНТИРОВАННОГО ПОЛИМЕРА». Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В., Рогоза А.В., Пышный Д.В. 2010 г. № 2385889.
   
10. «СПОСОБ ДИАГНОСТИКИ ВИРУСНОГО ГЕПАТИТА С И ОПРЕДЕЛЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ТИПА ВИРУСА» Шопаева Г.А., Бейсембаева Ш.А., Пышная И.А., Дмитриенко Е.В., Зарытова В.Ф., Пышный Д.В. 2010 г. № 22681.
    
11. «СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ДНК-ЧИПА».Пышная И.А., Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В. 2008 г. № 2340677.
    
12. «ОЛИГОНУКЛЕОТИДПЕПТИДНЫЙ КОНЪЮГАТ, ОБЛАДАЮЩИЙ СПОСОБНОСТЬЮ РАСЩЕПЛЯТЬ ФОСФОДИЭФИРНЫЕ СВЯЗИ РНК В ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ 5'GpN3'» Миронова Н.Л., Пышный Д.В., Штадлер Д.В., Зенкова М.А., Власов В.В.2007 г. № 2305108.
    
13. «СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ АНАЛИЗИРУЕМОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК». Пышный Д.В., Иванова Е.М., Пышная И.А., Зарытова В.Ф. 2005 г. № 2259402.
    
14. «СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ОДНОНУКЛЕОТИДНЫХ ЗАМЕН В ИЗВЕСТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ». Пышный Д.В., Иванова Е.М., Пышная И.А., Дымшиц Г.М., Зарытова В.Ф. 2005 г. № 2247781.
    

• ДНК-синтезатор ASM-800 (БИОССЕТ, Россия);
• высокоэффективные жидкостные хроматографы Аgilent 1200 (Аgilent Technology, США) и Милихром А4 (ЭкоНова, Россия);
• спектрофотометр Cary 300 Biomelt (Varian, Австралия), оснащенный терморегулируемой 6-ти кюветной приставкой;
• БИК-Фурье спектрометр MPA (Bruker Optics, Германия);
• микроскоп Leica DM 5000 (Leica Microsystems, Германия);
• система капиллярного электрофореза P/ACE MDQ (Becman Coulter, США);
• спектрофотометр Nanoview (GE, США); биоаналитическая система Bio-Plex 200 (BioRad, США);
• система для характеризации наночастиц Malvern Zetasizer Nano (Malvern Instruments Ltd, Великобритания), атомно-силовой микроскоп Multimode 8 (Bruker);
• автоматические синтезаторы ДНК;
• ДНК-амплификаторы;
• ВЭЖХ-хроматографы;
• споттеры для изготовления ДНК-микрочипов;
• сканеры микрочипов;
• оборудование для тонкого химического синтеза.

Синтез олигонуклеотидов