Лаборатория биомедицинской химии [Институт химической биологии и фундаментальной медицины]
ИХБФМ СО РАН » ru » Структура института » Лаборатории » Лаборатория биомедицинской химии
Лаборатория биомедицинской химии

Лаборатория биомедицинской химии

Заведующий лабораторией





Дмитриенко Елена Владимировна

н.с., к.х.н.

телефон: (383) 363-51-02,


Сотрудники

ФИО Должность Звание Телефон Researcher ID
Бауэр Ирина Алексеевна м.н.с 363-51-72 ABE-3380-2021
Бушуева Татьяна Юрьевна инженер 363-51-36
Григорьева Евгения Владимировна инженер 363-51-90
Гуляева Оксана Андреевнавед. инженер 363-51-72
Дмитриенко Елена Владимировна зав. лабораторией, с.н.с. к.х.н. 363-51-02 I-4567-2017
Дюдеева Евгения Сергеевнам.н.с. к.х.н. 363-51-72 ABE-4879-2021
Епанчинцева Анна Валерьевна м.н.с.к.х.н. 363-51-34 R-4095-2017
Ковригина (Бобрикова) Екатерина Николаевна инженер 363-51-02 ABE-3339-2021
Корниенко Татьяна Евгеньевна ст. лаборант 363-51-96
Костина Елена Викторовна н.с. к.б.н. 363-51-72 H-4152-2017
Мальбахова Инна Александровна м.н.с. 363-51-34
Митин Дмитрий Евгеньевич лаборант 363-51-72
Павлова Анна Сергеевна н.с. 363-51-34 G-9383-2013
Петров Кирилл Дмитриевич лаборант
Гребнев Максим Игоревич лаборант
Пышный Дмитрий Владимирович г.н.с.чл.-корр.РАН,
профессор, д.х.н.
F-4729-2013
Пышная Инна Алексеевна с.н.с. к.х.н. 363-51-35 F-9519-2013
Синяков Александр Николаевич в.н.с. к.х.н. 363-51-73 H-1129-2013
Степанова Татьяна Владимировна вед. инженер 363-51-72
Хомякова Галина Викторовна инженер 363-51-72
Яцученко Аполинария Александровна инженер 363-51-72
Хрипункова Елена Владимировна лаборант 363-51-72

Основные направления исследований


  • Исследование фундаментальных аспектов ДНК-диагностики и действия ген-направленных биологически активных веществ: гибридизация нуклеиновых кислот с олигонуклеотидами, их аналогами и производными, термодинамический анализ комплексообразования нуклеиновых кислот.
  • Термодинамический анализ комплексообразования нуклеиновых кислот.
  • Разработка биоаналитических систем на основе микро- и наноструктурированных материалов, в том числе молекулярно-импринтированных полимеров и аптамеров.
  • ДНК-наноархитектоника – исследование самоорганизующихся супрамолекулярных ансамблей на основе нуклеиновых кислот.

Важнейшие научные результаты


  • Разработаны принципы рационального конструирования олигонуклеотидов, их производных и аналогов – необходимого инструментария для молекулярной диагностики, молекулярной биологии, биофизики, а также НК-направленных агентов как перспективных терапевтических препаратов Kupryushkin M.S. Organic Letters. 2014; Pyshnaya I.A. et al., BioMed Research Intern. 2014; Пышный Д.В. Успехи химии. 2012.
  • Изучены физико-химические особенности образования тандемных олигонуклеотидных комплексов с ДНК, конкатамерных олигонуклеотидных комплексов и ДНК-ДНК комплексов олигонуклеотидов, несущих ненуклеотидные вставки на основе фосфодиэфиров олигометилендиолов и олигоэтиленгликолей. Полученные термодинамические характеристики позволяют создавать олигонуклеотидные зонды с направленно пониженной гибридизационной способностью и производить расчет стабильности как совершенных, так и несовершенных тандемных комплексов в различных буферных условиях Pyshnyi D.V. et al., J. Biomol. Struct. Dyn. 2003; Pyshnyi D.V. et al., J. Biomol. Struct. Dyn. 2006; Ломзов А.А. и др., Докл. АН. 2006.
  • С использованием олигонуклеотидов, несущих ненуклеотидные вставки, разработан высокоселективный подход к анализу точечных мутаций в ДНК и направленной функционализации олигонуклеотидов Дмитриенко Е.В. и др., Биоорган. химия. 2010.; Виноградова О.А. и др., Молекуляр. биология. 2007; Kupryushkin M.S. Organic Letters. 2014.
  • Исследованы особенности ферментативного лигирования олигонуклеотидов на ДНК матрице в зависимости от нуклеотидной композиции в точке одноцепочечного разрыва ДНК. Выявленные характеристики позволяют производить выбор оптимальной структуры олигонуклеотидных зондов для выявления точечных мутаций в ДНК методом лигирования олигонуклеотидов (OLA) Skobeltsyna L.M. et al., Mol. Biotechnol. 2010.
  • Предложен новый подход к получению молекулярно импринтированных полимеров (МИПов), содержащих в своей структуре отпечатки биомолекул и способных к их специфическому распознаванию Dmitriyenko E.V. et al., J. Mol. Recognit. 2013.
  • Доказано, что пространственную организацию супрамолекулярных конкатамерных комплексов ДНК можно направлено изменять, используя в качестве мономерных блоков модифицированные дуплексы ДНК, несущие вставки ненуклеотидной природы Виноградова О.А. и др., Успехи химии. 2012; Lomzov A.A. J. Nanosci. Nanotechno. 2015.
  • Разработан метод введения спиновых меток различной природы в структуру комплексов нуклеиновых кислот. Впервые продемонстрирована возможность измерения спин-спинового расстояния в таких комплексах при физиологических температурах (37oC) методом ЭПР Shevelev G.Y. Journal of the American Chemical Society. 2014.

Текущие гранты


Базовые проекты
Программа фундаментальных научных исследований государственных академий наук

  • Проект ФИМТ-154 Разработка электронного нанопроволочного биосенсора для анализа РНК-маркеров немелкоклеточного рака легкого.(0309-2014-0044)
  • Проект 1.1.5.Разработка микроустройств для проведения параллельного массивного анализа ДНК (0309-2015-0003) рук. Синяков А.Н.
  • ПФНИ ГАН VI.62.1.4, 0309-2016-0004 Интеллектуальные материалы для биомедицины. (2018 - 2020 гг.)
  • Проект КП ФНИ СО РАН II.1 (ГЗ № 0309-2018-0017) Разработка новых способов экспресс-диагностики заболеваний человека на основе детекции органоспецифических маркеров с помощью современных физических и физико-химических подходов. (2018 - 2020 гг.)

Гранты Российского научного фонда

  • № 21-64-00017 «Модификация нуклеиновых кислот и репарация ДНК как источник новых инструментов управления геномами» (2021-2024 гг.)
  • № 22-24-00996 «Фосфорилгуанидиновые олигонуклеотиды как перспективные инструменты для создания высокочувствительных систем диагностики нуклеиновых кислот» (2022-2023 гг.)

Публикации 2022-2024 года


  1. Высокочувствительный биосенсор для безметочной детекции биомаркеров. Булгакова А.Е., Ломзов А.А., Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В. Наука и технологии Сибири. 2023. № 8 С. 118-121.
  2. Методы обогащения ДНК-фрагментов для высокопроизводительного секвенирования. Синяков А.Н., Костина Е.В. Молекулярная биология. 2023. Т. 57 № 3 С. 440–457 10.31857/S0026898423030126
  3. DNA Fragment Enrichment for High-Throughput Sequencing. Sinyakov A.N., Kostina E.V. Молекулярная биология. 2023. V. 57 N 3 P. 424–439 10.1134/S002689332303010X перевод
  4. Высокоёмкие частицы карбоната кальция как основа для рН-чувствительных контейнеров для доксорубицина. Паллаева Т.Н., Михеев А.В., ХмелениН Д.Н., Еуров Д.А., Курдюков Д.А., Попова В.К., Дмитриенко Е.В., Трушина Д.Б. Кристаллография. 2023. Т. 68 № 2 С. 298-305 10.31857/S0023476123020121
  5. High-Capacity Calcium Carbonate Particles As pH-Sensitive Containers for Doxorubicin. Bоrodina T.N., Mikheev A., Khmelenin A., Eurov D.A., Kurdyukov D.A., Popova V.K., Dmitrienko E.V., Trushina D.B. Кристаллография. 2023. V. 68 N 2 P. 309–315 10.1134/s1063774523020128 перевод
  6. Application of the weighted histogram method for calculating the thermodynamic parameters of the formation of oligodeoxyribonucleotide duplexes. Yushin I.I., Golyshev V.M., Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2023. V. 27 N 7 P. 807-814 10.18699/VJGB-23-93 перевод
  7. Применение метода взвешенных гистограмм для расчета термодинамических параметров формирования комплексов олигодезоксирибонуклеотидов. Юшин И.И., Голышев В.М., Пышный Д.В., Ломзов А.А. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2023. Т. 27 № 7 С. 807-814 10.18699/VJGB-23-93
  8. Комплексы и высокомолекулярные ассоциаты додецил-содержащих олигонуклеотидов с сывороточным альбумином. Павлова А.С., Илющенко В.В., Купрюшкин М.С., Жарков Т.Д., Дюдеева Е.С., Бауэр И.А., Чубаров А.С., Пышный Д.В., Пышная И.А. Биохимия. 2023. V. 88 N 8 С. 1423 – 1440 10.31857/S0320972523080109
  9. Electrospun Scaffolds Enriched with Nanoparticle-Associated DNA: General Properties, DNA Release and Cell Transfection. Chernonosova V.S., Khlebnikova M.I., Popova V., Starostina E., Kiseleva E., Chelobanov B.P., Kvon R., Dmitrienko E.V., Laktionov P.P. Polymers (Basel). 2023. V. 15 P. 3202 10.3390/polym15153202
  10. pH-Responsible Doxorubicin-Loaded Fe3O4@CaCO3 Nanocomposites for Cancer Treatment. Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Pharmaceutics. 2023. V. 15 N 3 P. 771 10.3390/pharmaceutics15030771
  11. Self-Penetrating Oligonucleotide Derivatives: Features of Self-Assembly and Interactions with Serum and Intracellular Proteins. Bauer I.A., Ilina E.S., Zharkov T.D., Grigoryeva E.V., Chinak O.A., Kupryushkin M.S., Golyshev V.M., Mitin D.E., Chubarov A.S., Khodyreva S.N., Dmitrienko E.V. Pharmaceutics. 2023. V. 15 N 12 P. 2779 10.3390/pharmaceutics15122779
  12. The Lipophilic Purine Nucleoside—Tdp1 Inhibitor—Enhances DNA Damage Induced by Topotecan In Vitro and Potentiates the Antitumor Effect of Topotecan In Vivo. Chernyshova I.A., Zakharenko A.L., Kurochkin N.N., Dyrkheeva N.S., Kornienko T.E., Popova N.A., Nikolin V.P., Ilina E.S., Zharkov T.D., Kupryushkin M.S., Oslovsky V.E., Drenichev M.S., Lavrik O.I. Molecules. 2023. V. 28 N 1 P. 323 10.3390/molecules28010323
  13. Fluorinated Human Serum Albumin as Potential 19F Magnetic Resonance Imaging Probe. Mitin D.E., Chubarov A.S. Molecules. 2023. V. 28 N 4 P. 1695 10.3390/molecules28041695
  14. Magnetic Nanocomposites and Imprinted Polymers for Biomedical Applications of Nucleic Acids. Popova V.K., Dmitrienko E.V., Chubarov A.S. Magnetochemistry. 2023. V. 9 N 1 P. 12 10.3390/magnetochemistry9010012
  15. Nylon-6-Coated Doxorubicin-Loaded Magnetic Nanoparticles and Nanocapsules for Cancer Treatment. Bobrikova E.N., Poletaeva Y., Zheng Y, Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Magnetochemistry. 2023. V. 9 N 4 P. 106 10.3390/magnetochemistry9040106
  16. Preparation of Magnetic Molecularly Imprinted Polymer for Methylene Blue Capture. Sedelnikova A.Y., Poletaeva Y., Golyshev V.M., Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Magnetochemistry. 2023. V. 9 P. 196 10.3390/magnetochemistry9080196
  17. New photoacids in microarray synthesis of oligonucleotides. Sinyakov A.N., Kostina E.V., Zaitsev D.E., Chukanov N.V., Kamaev G.N., Bessmeltsev V.P., Shelkovnikov V.V., Vasiliev E.V. J. of Saudi Chem. Soc. 2023. V. 27 N 4 P. 101709 10.1016/j.jscs.2023.101709
  18. Long non-coding RNA DINO promotes cisplatin sensitivity in lung adenocarcinoma via the p53-Bax axis. Liu Z., Wang O., Chubarov A.S., Li Y., Yang X., Dmitrienko E.V., Zheng Y. J Thorac Dis. 2023. V. 15 N 4 P. 2198-2212 10.21037/jtd-23-465
  19. Fork- and Comb-like Lipophilic Structures: Different Chemical Approaches to the Synthesis of Oligonucleotides with Multiple Dodecyl Residues. Zharkov T.D., Mironova E.M., Markov O.V., Zhukov S., Khodyreva S.N., Kupryushkin M.S. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 19. P. 14637 . DOI: 10.3390/ijms241914637
  20. Solution pH Effect on Drain-Gate Characteristics of SOI FET Biosensor. Bulgakova A.E., Berdyugin A.A., Naumova O., Fomin B., Pyshnyi D.V., Chubarov A.S., Dmitrienko E.V., Lomzov A.A. Electronics. 2023. V. 12. N 3. P. 777. DOI: 10.3390/electronics12030777
  21. Allele-Specific PCR for PIK3CA Mutation Detection Using Phosphoryl Guanidine Modified Primers. Chubarov A.S., Oskorbin I.P., Novikova L.M., Filipenko M.L., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Diagnostics. 2023. V. 13. N 2. P. 250. DOI: 10.3390/diagnostics13020250
  22. Hydrolysis of Oligodeoxyribonucleotides on the Microarray Surface and in Solution by Catalytic Anti-DNA Antibodies in Systemic Lupus Erythematosus. Novikova T.S., Ermakov E.A., Kostina E.V., Sinyakov A.N., Sizikov A.E., Nevinsky G.A., Buneva V.N. Curr. Issues Mol. Biol. 2023. V. 45. N 12. P. 9887-9903. DOI:10.3390/cimb45120617
  23. Doxorubicin-Loaded Silica Nanocomposites for Cancer Treatment. Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Pyshnyi D.V., Dmitrienko E.V. Coatings. 2023. V. 13. N 2. C. 324. DOI: 10.3390/coatings13020324
  24. Complexes and Supramolecular Associates of Dodecyl-Containing Oligonucleotides with Serum Albumin. Pavlova A.S., Iliusenko V.V., Kupryushkin M.S., Zharkov T.D., Dyudeeva E., Bauer I.A., Chubarov A.S., Pyshnyi D.V., Pyshnaya I.A. Biochemistry (Moscow). 2023. V. 88 P. 1165-1180. DOI: 10.1134/S0006297923080102 перевод
  25. Noncovalent Adsorption of Single-Stranded and Double-Stranded DNA on the Surface of Gold Nanoparticles. Gorbunova E.A., Epanchintseva A.V., Pyshnyi D.V., Pyshnaya I.A. Applied Sciences (Basel). 2023. V. 13 P. 7324. DOI:10.3390/app13127324
  26. Synthesis of Oligonucleotides Carrying Inter-nucleotide N‑(Benzoazole)-phosphoramide Moieties. Vasilyeva S.V., Baranovskaya E.E., Dyudeeva E., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. ACS Omega. 2023. V. 8. N 1. P. 1556−1566. DOI: 10.1021/acsomega.2c07083
  27. Effect of the Phosphoryl Guanidine Modification in Chimeric DNA–RNA crRNAs on the Activity of the CRISPR-Cas9 System In Vitro. Prokhorova D.V., Kupryushkin M.S., Zhukov S., Zharkov T.D., Dovydenko I.S., Yakovleva K.I., Pereverzev I.M., Matveeva A.M., Pyshnyi D.V., Stepanov G.A. ACS Chem. Biol. 2024. V. 19. N 6. P. 1311-1319. DOI: 10.1021/acschembio.4c00147
  28. Properties of phosphoramide benzoazole oligonucleotides (PABAOs). I. Structure and hybridization efficiency of N-benzimidazole derivatives. Golyshev V.M., Yushin I.I., Gulyaeva O.A., Baranovskaya E.E., Lomzov A.A. Biochem. and Biophys.Res. Com. 2024. V.693. P. 149390. DOI:10.1016/j.bbrc.2023.149390
  29. Repair and DNA Polymerase Bypass of Clickable Pyrimidine Nucleotides. Endutkin A.V., Yudkina A.V., Zharkov T.D., Barmatov A.E., Petrova D.V., Kim D.V., Zharkov D.O. Biomolecules. 2024. V. 14. N 6. P. 681. DOI: 10.3390/biom14060681
  30. Pulsed Dipolar EPR for Self-Limited Complexes of Oligonucleotides Studies. Chubarov A.S., Endeward B., Kanarskaya M.A., Polienko Y.F., Prisner T., Lomzov A.A. Biomolecules. 2024. V. 14. N 8. P. 887. DOI: 10.3390/biom14080887
  31. Error-Prone DNA Synthesis on Click-Ligated Templates. Endutkin A.V., Yakovlev A.V., Zharkov T.D., Golyshev V.M., Yudkina A.V., Zharkov D.O. Doklady Biochemistry and Biophysics. 2024. P. 1-6. DOI: 10.1134/s1607672924600416
  32. Back-up base excision DNA repair in human cells deficient in the major AP endonuclease, APE1. Kim D.V., Diatlova E., Zharkov T.D., Melentyev V.S., Yudkina A.V., Endutkin A.V., Zharkov D.O. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 1. ю 64. DOI: 10.3390/ijms25010064
  33. Phosphoramidate Azole Oligonucleotides for Single Nucleotide Polymorphism Detection by PCR. Chubarov A.S., Baranovskaya E.E., Oscorbin I.P., Yushin I.I., Filipenko M.L., Pyshnyi D.V., Vasilyeva S.V., Lomzov A.A. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 1. P. 617. DOI: 10.3390/ijms25010617
  34. Contrast Agents Based on Human Serum Albumin and Nitroxides for 1H-MRI and Overhauser-enhanced MRI. Mitin D.E., Bullinger F., Dobrynin S., Engelmann J., Scheffler K., Kolokolov M., Krumkacheva O., Buckenmaier L., Kirilyuk I., Chubarov A.S. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 7. P. 4041. DOI: 10.3390/ijms25074041
  35. Probing the Conformational Restraints of DNA Damage Recognition with β-L-Nucleotides. Yudkina A.V., Kim D.V., Zharkov T.D., Zharkov D.O., Endutkin A.V. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N.11. P. 6006. DOI: 10.3390/ijms25116006
  36. Pulsed voltage cold atmospheric plasma jet and gold nanoparticles enhance cytotoxic anticancer effects. Schweigert I.V., Biryukov M.M., Polyakova A.A., Gorbunova E.A., Epanchintseva A.V., Pyshnaya I.A., Zakrevsky D., Milakhina E., Koval O.A. J. Phys. D: Appl. Phys. 2024. V. 57. N. 25. P. 255205. DOI: 10.1088/1361-6463/ad34df
  37. Influence of Combinations of Lipophilic and Phosphate Backbone Modifications on Cellular Uptake of Modified Oligonucleotides. Zharkov T.D., Markov O.V., Zhukov S., Khodyreva S.N., Kupryushkin M.S. Molecules. 2024. V. 29. N. 2. P. 452. DOI: 10.3390/molecules29020452
  38. Characterizing Aptamer Interaction with the Oncolytic Virus VV-GMCSF-Lact. Dymova M.A., Malysheva D.O., Popova V.K., Dmitrienko E.V., Endutkin A.V., Drokov D.V., Mukhanov V.S., Byvakina A.A., Kochneva G.V., Artyushenko P.V., Shchugoreva I.A., Rogova A.V., Tomilin F.N., Kichkailo A.S., Richter V.A., Kuligina E.V. Molecules. 2024. V. 29 P. 848. DOI: 10.3390/molecules29040848
  39. New photoacids in microarray synthesis of oligonucleotides. Sinyakov A.N., Kostina E.V., Zaytsev D.E., Chukanov N.V., Kamaev G.N., Bessmeltsev V.P., Shelkovnikov V.V., Vasiliev E.V. J. of Saudi Chem. Soc. 2023. V. 27. N 4. P. 101709. DOI: 10.1016/j.jscs.2023.101709
  40. Electrospun Scaffolds Enriched with Nanoparticle-Associated DNA: General Properties, DNA Release and Cell Transfection. Chernonosova V.S., Khlebnikova M., Popova V., Starostina E., Kiseleva E., Chelobanov B.P., Kvon R., Dmitrienko E.V., Laktionov P.P. Polymers (Basel). 2023. V. 15. P. 3202. DOI: 10.3390/polym15153202
  41. Preparation of Magnetic Molecularly Imprinted Polymer for Methylene Blue Capture. Sedelnikova A., Poletaeva Y., Golyshev V.M., Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Magnetochemistry. 2023. V. 9. P. 196. DOI: 10.3390/magnetochemistry9080196
  42. Noncovalent Adsorption of Single-Stranded and Double-Stranded DNA on the Surface of Gold Nanoparticles. Gorbunova E.A., Epanchintseva A.V., Pyshnyi D.V., Pyshnaya I.A. Applied Sciences (Basel). 2023. V. 13. P. 7324. DOI: 10.3390/app13127324
  43. Высокоёмкие частицы карбоната кальция как основа для рН-чувствительных контейнеров для доксорубицина. Паллаева Т.Н., Михеев А.В., ХмелениН Д.Н., Еуров Д.А., Курдюков Д.А., Попова В.К., Дмитриенко Е.В., Трушина Д.Б. Кристаллография. 2023. Т. 68. № 2. С. 298-305. DOI: 10.31857/S0023476123020121
  44. Long non-coding RNA DINO promotes cisplatin sensitivity in lung adenocarcinoma via the p53-Bax axis. Liu Z., Wang O., Chubarov A.S., Li Y., Yang X., Dmitrienko E.V., Zheng Y. J Thorac Dis. 2023. V. 15. N 4. P. 2198-2212. DOI: 10.21037/jtd-23-465
  45. Nylon-6-Coated Doxorubicin-Loaded Magnetic Nanoparticles and Nanocapsules for Cancer Treatment. Bobrikova E.N., Poletaeva Y., Zheng Y, Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Magnetochemistry. 2023. V. 9. N 4. P. 106. DOI: 10.3390/magnetochemistry9040106
  46. pH-Responsible Doxorubicin-Loaded Fe3O4@CaCO3 Nanocomposites for Cancer Treatment Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Pharmaceutics. 2023. V. 15. N 3. P. 771. DOI: 10.3390/pharmaceutics15030771
  47. Doxorubicin-Loaded Silica Nanocomposites for Cancer Treatment. Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Pyshnyi D.V., Dmitriyenko E.V. Coatings. 2023. V. 13. N 2. C. 324. DOI: 10.3390/coatings13020324
  48. Solution pH Effect on Drain-Gate Characteristics of SOI FET Biosensor. Bulgakova A.E., Berdyugin A., Naumova O., Fomin B., Pyshnyi D.V., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V., Lomzov A.A. Electronics. 2023. V. 12. N 3. P. 777. DOI: 10.3390/electronics12030777
  49. Synthesis of Oligonucleotides Carrying Inter-nucleotide N‑(Benzoazole)-phosphoramide Moieties. Vasilyeva S.V., Baranovskaya E.E., Dyudeeva E., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. ACS Omega. 2023 V. 8. N 1. P. 1556−1566. DOI: 10.1021/acsomega.2c07083
  50. Allele-Specific PCR for PIK3CA Mutation Detection Using Phosphoryl Guanidine Modified Primers. Chubarov A.S., Oskorbin I.P., Novikova L.M., Filipenko M.L., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Diagnostics. 2023. V. 13. N 2. P. 250. DOI: 10.3390/diagnostics13020250
  51. Magnetic Nanocomposites and Imprinted Polymers for Biomedical Applications of Nucleic Acids. Popova V.K., Dmitriyenko E.V., Chubarov A.S. Magnetochemistry. 2023. V. 9. N 1. P. 12. DOI: 10.3390/magnetochemistry9010012
  52. The Lipophilic Purine Nucleoside—Tdp1 Inhibitor—Enhances DNA Damage Induced by Topotecan In Vitro and Potentiates the Antitumor Effect of Topotecan In Vivo. Chernyshova I.A., Zakharenko A.L., Kurochkin N.N., Dyrkheeva N.S., Kornienko T.E., Popova N.A., Nikolin V.P., Ilina E.S., Zharkov T.D., Kupryushkin M.S., Oslovsky V.E., Drenichev M.S., Lavrik O.I. Molecules. 2023. V. 28. N 1. P. 323. DOI: 10.3390/molecules28010323
  53. Фосфорилгуанидиновые олигонуклеотиды как праймеры для РНК-зависимого ДНК синтеза с помощью обратной транскриптазы вируса лейкемии мышей. Дюдеева Е.С., Пышная И.А. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2022. Т. 26. № 1. С. 5-13. DOI 10.18699/VJGB-22-02
  54. Antisense oligonucleotide gapmers containing phosphoryl guanidine groups reverse MDR1 mediated multiple drug resistance of tumor cells. Kupryushkin M.S., Filatov A.V., Mironova N.L., Patutina O.A., Chernikov I.V., Chernolovskaya E.L., Zenkova M.A., Pyshnyi D.V., Stetsenko D.A., Altman S., Vlassov V.V. Mol. Ther. Nucl. Acids. 2022. V. 27. P. 211-226. DOI: 10.1016/j.omtn.2021.11.025
  55. Pairing nanoarchitectonics of oligodeoxyribonucleotides with complex diversity: concatemers and self-limited complexes. Zamoskovceva A.A., Golyshev V.M., Kizilova V.A., Shevelev G.Yu, Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. RSC Advances. 2022. V. 12. P. 6416 - 6431. DOI: 10.1039/d2ra00155a
  56. Application of W-band 19F electron nuclear double resonance (ENDOR) spectroscopy to distance measurement using a trityl spin probe and a fluorine label. Asanbaeva N., Sukhanov A., Diveikina A., Rogozhnikova O., Trukhin D., Tormyshev V.M., Chubarov A.S., Maryasov A., Genaev A., Shernyukov A., Salnikov G., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V., Bagryanskaya E.G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2022. V. 24. N 10. P. 5982-6001. DOI: 10.1039/D1CP05445G
  57. Диагностика рекомбинантной формы вируса гепатита С RF1_2k/1b с использованием микрочипа, функционирующего по принципу “много проб/один спот”. Рябинин В.А., Акимов И.A., Синяков А.Н., Пичко Н.П., Иванов М.К. Биоорганическая химия. 2022. Т. 48. № 1. С. 1-6. DOI: 10.31857/S0132342322010092
  58. Hepatitis C Virus RF1_2k/1b Chimeras and a «Many Probes/One Spot» Approach to Their Identification. Ryabinin V.A., Akimov I.A., Sinyakov A.N., Pichko N.P., Ivanov M.K. Russ. J. Bioorganic Chem. 2022. V. 48. N 1. P. 173-177. DOI: 10.1134/S1068162022010095
  59. High Drug Capacity Doxorubicin-Loaded Iron Oxide Nanocomposites for Cancer Therapy. Bobrikova E.N., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Magnetochemistry. 2022. V. 8. N 5. P. 54. DOI: 10.3390/magnetochemistry8050054
  60. Recognition of a clickable abasic site analog by DNA polymerases and DNA repair enzymes. Endutkin A.V., Yudkina A.V., Zharkov T.D., Kim D.V., Zharkov D.O. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 21. P. 13353. DOI: 10.3390/ijms232113353
  61. Magnetic Nylon 6 Nanocomposites for the Microextraction of Nucleic Acids from Biological Samples. Bulgakova A.E., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Magnetochemistry. 2022. V. 8. N 8. P. 85. DOI: 10.3390/magnetochemistry8080085
  62. In vivo hypotensive effect of aminosilanol-based nanocomposites bearing antisense oligonucleotides. Levina A.S., Repkova M.N., Kupryushkin M.S., Seryapina A.A., Shevelev O., Pyshnyi D.V., Zarytova V.F., Markel A.L. J Drug Deliv Sci. and Technol. 2022. V. 75. P. 103612. DOI: 10.1016/j.jddst.2022.103612
  63. Синтетические антимикробные пептиды. IV. Влияние катионных групп лизина, аргинина и гистидина на антимикробную активность пептидов с “круговым” типом амфипатичности. Амирханов Н.В., Бардашева А.В., Тикунова Н.В., Пышный Д.В. Биоорганическая химия. Т. 48. № 5. С. 537–550. 2022. DOI: 10.31857/S0132342322050049
  64. Synthetic Antimicrobial Peptides: IV. Effect of Cationic Groups of Lysine, Arginine, and Histidine on Antimicrobial Activity of Peptides With a ‘Circular’ Type of Amphipathicity. Amirkhanov N.V., Bardasheva A., Tikunova N.V., Pyshnyi D.V. Биоорганическая химия. 2022. V. 48. N 5. P. 937–948. DOI 10.1134/S1068162022050041 перевод
  65. Flow-Seq Evaluation of Translation Driven by a Set of Natural Escherichia coli 5′-UTR of Variable Length. Komarova E.S., Slesarchuk A.N., Rubtsova M.P., Osterman I.A., Tupikin A.E., Pyshnyi D.V., Dontsova O.A., Kabilov M.R., Sergiev P.V. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 20. P. 12293. DOI: 10.3390/ijms232012293
  66. Synthesis of the new nucleoside 5′ -alpha-iminophosphates using Staudinger reaction. Vasilyeva S.V., Kuznetsova A.A., Baranovskaya E.E., Kuznetsov N.A., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Bioorg. Chem. 2022. V. 127. P. 105987. DOI: 10.1016/j.bioorg.2022.105987
  67. Magnetite Nanoparticles for Biomedical Applications. Petrov K.D., Chubarov A.S. Encyclopedia. 2022. V. 2. N 4. P. 1811-1828. DOI: 10.3390/encyclopedia2040125
  68. Chemical Modifications Influence the Number of siRNA Molecules Adsorbed on Gold Nanoparticles and the Efficiency of Downregulation of a Target Protein. Epanchintseva A.V., Poletaeva Y., Dome A.S., Dovydenko I.S., Pyshnaya I.A., Ryabchikova E.I. Nanomaterials. 2022. V. 12. P. 4450. DOI: 10.3390/nano12244450
  69. Flow-seq-метод: особенности и применение в изучении бактериальной трансляции. Комарова Е.С., Донцова О.А., Пышный Д.В., Кабилов М.Р., Сергиев П.В. Acta Naturae. 2022. Т. 14. № 4 (55). С. 20-37. DOI: 10.32607/actanaturae.11820

Патенты


  1. «Ноу-хау». Устройство для параллельного автоматического измерения КНИ-сенсоров. Пышный Д.В., Пышная И.А., Ломзов А.А., Дмитриенко Е.В. 2017 г.
  2. «СПОСОБ КОНСЕРВАЦИИ ТВЕРДОТЕЛЬНОЙ ПОВЕРХНОСТИ И КОНСЕРВИРУЮЩЕЕ ТВЕРДОТЕЛЬНУЮ ПОВЕРХНОСТЬ ПОКРЫТИЕ». Наумова О. В., Фомин Б. И., Кайгородова Ю. В., Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В. 2016 г. № 2601745.
  3. «БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ПАТОГЕНОВ I ГРУППЫ, ОТНОСЯЩИХСЯ К СЕМЕЙСТВАМ АРЕНА- И ФИЛОВИРУСОВ». Синяков А.Н., Рябинин В.А. 2015 г.№ 2562117.
  4. «БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ГЕНОВ ГЕМАГГЛЮТИНИНА И НЕЙРАМИНИДАЗЫ ВИРУСА ГРИППА А». Костина Е.В., Синяков А.Н., Рябинин В.А. 2015 г.№ 2560591.
  5. «НОВЫЕ ТИПЫ МОДИФИЦИРОВАННЫХ НУКЛЕОТИДОВ С ЗАМЕЩЕННОЙ ФОСФАТНОЙ ГРУППОЙ И МЕТОД ИХ ПОЛУЧЕНИЯ». «Ноу-хау» (Секрет производства).Стеценко Д.А., Пышный Д.В., Купрюшкин М.С. 2013 г.
  6. «СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ АМИДОФОСФИТНОГО МОНОМЕРА АХИРАЛЬНОЙ НЕНУКЛЕОТИДНОЙ ВСТАВКИ ДЛЯ МОДИФИКАЦИИ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ». Пышный Д.В., Купрюшкин М.С. 2012 г.№ 2460721.
  7. «СПОСОБ ВЫБОРА ДНК-ЗОНДОВ ДЛЯ МИКРОЧИПОВОЙ ДИАГНОСТИКИ, БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ГЕНА НЕЙРАМИНИДАЗЫ И ГЕМАГГЛЮТИНИНА ВИРУСА ГРИППА А». Костина Е.В., Синяков А.Н., Рябинин В.А., Максакова Г.А. 2012 г. № 2470076.
  8. «СПОСОБ СЕЛЕКТИВНОГО ВЫДЕЛЕНИЯ ПОПУЛЯЦИИ ЖИЗНЕСПОСОБНЫХ КЛЕТОК ИЗ БИОЛОГИЧЕСКИХ ЖИДКОСТЕЙ» Лактионов П.П., Вайнер О.Б., Запорожченко И.А., Пышная И.А., Пышный Д.В., Дмитриенко Е.В., Романов С.И., Власов В.В. 2011 г. № 2423698.
  9. «СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ИМПРИНТИРОВАННОГО ПОЛИМЕРА». Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В., Рогоза А.В., Пышный Д.В. 2010 г. № 2385889.
  10. «СПОСОБ ДИАГНОСТИКИ ВИРУСНОГО ГЕПАТИТА С И ОПРЕДЕЛЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ТИПА ВИРУСА» Шопаева Г.А., Бейсембаева Ш.А., Пышная И.А., Дмитриенко Е.В., Зарытова В.Ф., Пышный Д.В. 2010 г. № 22681.
  11. «СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ДНК-ЧИПА».Пышная И.А., Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В. 2008 г. № 2340677.
  12. «ОЛИГОНУКЛЕОТИДПЕПТИДНЫЙ КОНЪЮГАТ, ОБЛАДАЮЩИЙ СПОСОБНОСТЬЮ РАСЩЕПЛЯТЬ ФОСФОДИЭФИРНЫЕ СВЯЗИ РНК В ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ 5'GpN3'» Миронова Н.Л., Пышный Д.В., Штадлер Д.В., Зенкова М.А., Власов В.В.2007 г. № 2305108.
  13. «СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ АНАЛИЗИРУЕМОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК». Пышный Д.В., Иванова Е.М., Пышная И.А., Зарытова В.Ф. 2005 г. № 2259402.
  14. «СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ОДНОНУКЛЕОТИДНЫХ ЗАМЕН В ИЗВЕСТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ». Пышный Д.В., Иванова Е.М., Пышная И.А., Дымшиц Г.М., Зарытова В.Ф. 2005 г. № 2247781.

Оборудование


  • ДНК-синтезатор ASM-800 (БИОССЕТ, Россия);
  • высокоэффективные жидкостные хроматографы Аgilent 1200 (Аgilent Technology, США) и Милихром А4 (ЭкоНова, Россия);
  • спектрофотометр Cary 300 Biomelt (Varian, Австралия), оснащенный терморегулируемой 6-ти кюветной приставкой;
  • БИК-Фурье спектрометр MPA (Bruker Optics, Германия);
  • микроскоп Leica DM 5000 (Leica Microsystems, Германия);
  • система капиллярного электрофореза P/ACE MDQ (Becman Coulter, США);
  • спектрофотометр Nanoview (GE, США); биоаналитическая система Bio-Plex 200 (BioRad, США);
  • система для характеризации наночастиц Malvern Zetasizer Nano (Malvern Instruments Ltd, Великобритания), атомно-силовой микроскоп Multimode 8 (Bruker);
  • автоматические синтезаторы ДНК;
  • ДНК-амплификаторы;
  • ВЭЖХ-хроматографы;
  • споттеры для изготовления ДНК-микрочипов;
  • сканеры микрочипов;
  • оборудование для тонкого химического синтеза.

Услуги





© Copyright 2025. ИХБФМ СО РАН

Яндекс.Метрика