Лаборатория биомедицинской химии

Дмитриенко Елена Владимировна

н.с., к.х.н.

телефон: (383) 363-51-02, Email

• Исследование фундаментальных аспектов ДНК-диагностики и действия ген-направленных биологически активных веществ: гибридизация нуклеиновых кислот с олигонуклеотидами, их аналогами и производными, термодинамический анализ комплексообразования нуклеиновых кислот.
• Термодинамический анализ комплексообразования нуклеиновых кислот.
• Разработка биоаналитических систем на основе микро- и наноструктурированных материалов, в том числе молекулярно-импринтированных полимеров и аптамеров.
• ДНК-наноархитектоника – исследование самоорганизующихся супрамолекулярных ансамблей на основе нуклеиновых кислот.

• Разработаны принципы рационального конструирования олигонуклеотидов, их производных и аналогов – необходимого инструментария для молекулярной диагностики, молекулярной биологии, биофизики, а также НК-направленных агентов как перспективных терапевтических препаратов Kupryushkin M.S. Organic Letters. 2014; Pyshnaya I.A. et al., BioMed Research Intern. 2014; Пышный Д.В. Успехи химии. 2012.
  
• Изучены физико-химические особенности образования тандемных олигонуклеотидных комплексов с ДНК, конкатамерных олигонуклеотидных комплексов и ДНК-ДНК комплексов олигонуклеотидов, несущих ненуклеотидные вставки на основе фосфодиэфиров олигометилендиолов и олигоэтиленгликолей. Полученные термодинамические характеристики позволяют создавать олигонуклеотидные зонды с направленно пониженной гибридизационной способностью и производить расчет стабильности как совершенных, так и несовершенных тандемных комплексов в различных буферных условиях Pyshnyi D.V. et al., J. Biomol. Struct. Dyn. 2003; Pyshnyi D.V. et al., J. Biomol. Struct. Dyn. 2006; Ломзов А.А. и др., Докл. АН. 2006.
  
• С использованием олигонуклеотидов, несущих ненуклеотидные вставки, разработан высокоселективный подход к анализу точечных мутаций в ДНК и направленной функционализации олигонуклеотидов Дмитриенко Е.В. и др., Биоорган. химия. 2010.; Виноградова О.А. и др., Молекуляр. биология. 2007; Kupryushkin M.S. Organic Letters. 2014.
  
• Исследованы особенности ферментативного лигирования олигонуклеотидов на ДНК матрице в зависимости от нуклеотидной композиции в точке одноцепочечного разрыва ДНК. Выявленные характеристики позволяют производить выбор оптимальной структуры олигонуклеотидных зондов для выявления точечных мутаций в ДНК методом лигирования олигонуклеотидов (OLA) Skobeltsyna L.M. et al., Mol. Biotechnol. 2010.
  
• Предложен новый подход к получению молекулярно импринтированных полимеров (МИПов), содержащих в своей структуре отпечатки биомолекул и способных к их специфическому распознаванию Dmitriyenko E.V. et al., J. Mol. Recognit. 2013.
  
• Доказано, что пространственную организацию супрамолекулярных конкатамерных комплексов ДНК можно направлено изменять, используя в качестве мономерных блоков модифицированные дуплексы ДНК, несущие вставки ненуклеотидной природы Виноградова О.А. и др., Успехи химии. 2012; Lomzov A.A. J. Nanosci. Nanotechno. 2015.
  
• Разработан метод введения спиновых меток различной природы в структуру комплексов нуклеиновых кислот. Впервые продемонстрирована возможность измерения спин-спинового расстояния в таких комплексах при физиологических температурах (37oC) методом ЭПР Shevelev G.Y. Journal of the American Chemical Society. 2014.

Базовые проекты
Программа фундаментальных научных исследований государственных академий наук

• Проект ФИМТ-154 Разработка электронного нанопроволочного биосенсора для анализа РНК-маркеров немелкоклеточного рака легкого.(0309-2014-0044)
• Проект 1.1.5.Разработка микроустройств для проведения параллельного массивного анализа ДНК (0309-2015-0003) рук. Синяков А.Н.
• ПФНИ ГАН VI.62.1.4, 0309-2016-0004 Интеллектуальные материалы для биомедицины. (2018 - 2020 гг.)
• Проект КП ФНИ СО РАН II.1 (ГЗ № 0309-2018-0017) Разработка новых способов экспресс-диагностики заболеваний человека на основе детекции органоспецифических маркеров с помощью современных физических и физико-химических подходов. (2018 - 2020 гг.)

Гранты Российского научного фонда

• № 21-64-00017 «Модификация нуклеиновых кислот и репарация ДНК как источник новых инструментов управления геномами» (2021-2024 гг.)
• № 22-24-00996 «Фосфорилгуанидиновые олигонуклеотиды как перспективные инструменты для создания высокочувствительных систем диагностики нуклеиновых кислот» (2022-2023 гг.)

1. New photoacids in microarray synthesis of oligonucleotides. Sinyakov A.N., Kostina E.V., Zaytsev D.E., Chukanov N.V., Kamaev G.N., Bessmeltsev V.P., Shelkovnikov V.V., Vasiliev E.V. J. of Saudi Chem. Soc. 2023. V. 27. N 4. P. 101709. DOI: 10.1016/j.jscs.2023.101709
2. Electrospun Scaffolds Enriched with Nanoparticle-Associated DNA: General Properties, DNA Release and Cell Transfection. Chernonosova V.S., Khlebnikova M., Popova V., Starostina E., Kiseleva E., Chelobanov B.P., Kvon R., Dmitrienko E.V., Laktionov P.P. Polymers (Basel). 2023. V. 15. P. 3202. DOI: 10.3390/polym15153202
3. Preparation of Magnetic Molecularly Imprinted Polymer for Methylene Blue Capture. Sedelnikova A., Poletaeva Y., Golyshev V.M., Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Magnetochemistry. 2023. V. 9. P. 196. DOI: 10.3390/magnetochemistry9080196
4. Noncovalent Adsorption of Single-Stranded and Double-Stranded DNA on the Surface of Gold Nanoparticles. Gorbunova E.A., Epanchintseva A.V., Pyshnyi D.V., Pyshnaya I.A. Applied Sciences (Basel). 2023. V. 13. P. 7324. DOI: 10.3390/app13127324
5. Высокоёмкие частицы карбоната кальция как основа для рН-чувствительных контейнеров для доксорубицина. Паллаева Т.Н., Михеев А.В., ХмелениН Д.Н., Еуров Д.А., Курдюков Д.А., Попова В.К., Дмитриенко Е.В., Трушина Д.Б. Кристаллография. 2023. Т. 68. № 2. С. 298-305. DOI: 10.31857/S0023476123020121
6. Long non-coding RNA DINO promotes cisplatin sensitivity in lung adenocarcinoma via the p53-Bax axis. Liu Z., Wang O., Chubarov A.S., Li Y., Yang X., Dmitrienko E.V., Zheng Y. J Thorac Dis. 2023. V. 15. N 4. P. 2198-2212. DOI: 10.21037/jtd-23-465
7. Nylon-6-Coated Doxorubicin-Loaded Magnetic Nanoparticles and Nanocapsules for Cancer Treatment. Bobrikova E.N., Poletaeva Y., Zheng Y, Chubarov A.S., Dmitrienko E.V. Magnetochemistry. 2023. V. 9. N 4. P. 106. DOI: 10.3390/magnetochemistry9040106
8. pH-Responsible Doxorubicin-Loaded Fe3O4@CaCO3 Nanocomposites for Cancer Treatment Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Pharmaceutics. 2023. V. 15. N 3. P. 771. DOI: 10.3390/pharmaceutics15030771
9. Doxorubicin-Loaded Silica Nanocomposites for Cancer Treatment. Popova V.K., Poletaeva Y., Chubarov A.S., Pyshnyi D.V., Dmitriyenko E.V. Coatings. 2023. V. 13. N 2. C. 324. DOI: 10.3390/coatings13020324
10. Solution pH Effect on Drain-Gate Characteristics of SOI FET Biosensor. Bulgakova A.E., Berdyugin A., Naumova O., Fomin B., Pyshnyi D.V., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V., Lomzov A.A. Electronics. 2023. V. 12. N 3. P. 777. DOI: 10.3390/electronics12030777
11. Synthesis of Oligonucleotides Carrying Inter-nucleotide N‑(Benzoazole)-phosphoramide Moieties. Vasilyeva S.V., Baranovskaya E.E., Dyudeeva E., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. ACS Omega. 2023 V. 8. N 1. P. 1556−1566. DOI: 10.1021/acsomega.2c07083
12. Allele-Specific PCR for PIK3CA Mutation Detection Using Phosphoryl Guanidine Modified Primers. Chubarov A.S., Oskorbin I.P., Novikova L.M., Filipenko M.L., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Diagnostics. 2023. V. 13. N 2. P. 250. DOI: 10.3390/diagnostics13020250
13. Magnetic Nanocomposites and Imprinted Polymers for Biomedical Applications of Nucleic Acids. Popova V.K., Dmitriyenko E.V., Chubarov A.S. Magnetochemistry. 2023. V. 9. N 1. P. 12. DOI: 10.3390/magnetochemistry9010012
14. The Lipophilic Purine Nucleoside—Tdp1 Inhibitor—Enhances DNA Damage Induced by Topotecan In Vitro and Potentiates the Antitumor Effect of Topotecan In Vivo. Chernyshova I.A., Zakharenko A.L., Kurochkin N.N., Dyrkheeva N.S., Kornienko T.E., Popova N.A., Nikolin V.P., Ilina E.S., Zharkov T.D., Kupryushkin M.S., Oslovsky V.E., Drenichev M.S., Lavrik O.I. Molecules. 2023. V. 28. N 1. P. 323. DOI: 10.3390/molecules28010323
15. Фосфорилгуанидиновые олигонуклеотиды как праймеры для РНК-зависимого ДНК синтеза с помощью обратной транскриптазы вируса лейкемии мышей. Дюдеева Е.С., Пышная И.А. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2022. Т. 26. № 1. С. 5-13. DOI 10.18699/VJGB-22-02
16. Antisense oligonucleotide gapmers containing phosphoryl guanidine groups reverse MDR1 mediated multiple drug resistance of tumor cells. Kupryushkin M.S., Filatov A.V., Mironova N.L., Patutina O.A., Chernikov I.V., Chernolovskaya E.L., Zenkova M.A., Pyshnyi D.V., Stetsenko D.A., Altman S., Vlassov V.V. Mol. Ther. Nucl. Acids. 2022. V. 27. P. 211-226. DOI: 10.1016/j.omtn.2021.11.025
17. Pairing nanoarchitectonics of oligodeoxyribonucleotides with complex diversity: concatemers and self-limited complexes. Zamoskovceva A.A., Golyshev V.M., Kizilova V.A., Shevelev G.Yu, Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. RSC Advances. 2022. V. 12. P. 6416 - 6431. DOI: 10.1039/d2ra00155a
18. Application of W-band 19F electron nuclear double resonance (ENDOR) spectroscopy to distance measurement using a trityl spin probe and a fluorine label. Asanbaeva N., Sukhanov A., Diveikina A., Rogozhnikova O., Trukhin D., Tormyshev V.M., Chubarov A.S., Maryasov A., Genaev A., Shernyukov A., Salnikov G., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V., Bagryanskaya E.G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2022. V. 24. N 10. P. 5982-6001. DOI: 10.1039/D1CP05445G
19. Диагностика рекомбинантной формы вируса гепатита С RF1_2k/1b с использованием микрочипа, функционирующего по принципу “много проб/один спот”. Рябинин В.А., Акимов И.A., Синяков А.Н., Пичко Н.П., Иванов М.К. Биоорганическая химия. 2022. Т. 48. № 1. С. 1-6. DOI: 10.31857/S0132342322010092
20. Hepatitis C Virus RF1_2k/1b Chimeras and a «Many Probes/One Spot» Approach to Their Identification. Ryabinin V.A., Akimov I.A., Sinyakov A.N., Pichko N.P., Ivanov M.K. Russ. J. Bioorganic Chem. 2022. V. 48. N 1. P. 173-177. DOI: 10.1134/S1068162022010095
21. High Drug Capacity Doxorubicin-Loaded Iron Oxide Nanocomposites for Cancer Therapy. Bobrikova E.N., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Magnetochemistry. 2022. V. 8. N 5. P. 54. DOI: 10.3390/magnetochemistry8050054
22. Recognition of a clickable abasic site analog by DNA polymerases and DNA repair enzymes. Endutkin A.V., Yudkina A.V., Zharkov T.D., Kim D.V., Zharkov D.O. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 21. P. 13353. DOI: 10.3390/ijms232113353
23. Magnetic Nylon 6 Nanocomposites for the Microextraction of Nucleic Acids from Biological Samples. Bulgakova A.E., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Magnetochemistry. 2022. V. 8. N 8. P. 85. DOI: 10.3390/magnetochemistry8080085
24. In vivo hypotensive effect of aminosilanol-based nanocomposites bearing antisense oligonucleotides. Levina A.S., Repkova M.N., Kupryushkin M.S., Seryapina A.A., Shevelev O., Pyshnyi D.V., Zarytova V.F., Markel A.L. J Drug Deliv Sci. and Technol. 2022. V. 75. P. 103612. DOI: 10.1016/j.jddst.2022.103612
25. Синтетические антимикробные пептиды. IV. Влияние катионных групп лизина, аргинина и гистидина на антимикробную активность пептидов с “круговым” типом амфипатичности. Амирханов Н.В., Бардашева А.В., Тикунова Н.В., Пышный Д.В. Биоорганическая химия. Т. 48. № 5. С. 537–550. 2022. DOI: 10.31857/S0132342322050049
26. Synthetic Antimicrobial Peptides: IV. Effect of Cationic Groups of Lysine, Arginine, and Histidine on Antimicrobial Activity of Peptides With a ‘Circular’ Type of Amphipathicity. Amirkhanov N.V., Bardasheva A., Tikunova N.V., Pyshnyi D.V. Биоорганическая химия. 2022. V. 48. N 5. P. 937–948. DOI 10.1134/S1068162022050041 (перевод)
27. Flow-Seq Evaluation of Translation Driven by a Set of Natural Escherichia coli 5′-UTR of Variable Length. Komarova E.S., Slesarchuk A.N., Rubtsova M.P., Osterman I.A., Tupikin A.E., Pyshnyi D.V., Dontsova O.A., Kabilov M.R., Sergiev P.V. Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. N 20. P. 12293. DOI: 10.3390/ijms232012293
28. Synthesis of the new nucleoside 5′ -alpha-iminophosphates using Staudinger reaction. Vasilyeva S.V., Kuznetsova A.A., Baranovskaya E.E., Kuznetsov N.A., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Bioorg. Chem. 2022. V. 127. P. 105987. DOI: 10.1016/j.bioorg.2022.105987
29. Magnetite Nanoparticles for Biomedical Applications. Petrov K.D., Chubarov A.S. Encyclopedia. 2022. V. 2. N 4. P. 1811-1828. DOI: 10.3390/encyclopedia2040125
30. Chemical Modifications Influence the Number of siRNA Molecules Adsorbed on Gold Nanoparticles and the Efficiency of Downregulation of a Target Protein. Epanchintseva A.V., Poletaeva Y., Dome A.S., Dovydenko I.S., Pyshnaya I.A., Ryabchikova E.I. Nanomaterials. 2022. V. 12. P. 4450. DOI: 10.3390/nano12244450
31. Flow-seq-метод: особенности и применение в изучении бактериальной трансляции. Комарова Е.С., Донцова О.А., Пышный Д.В., Кабилов М.Р., Сергиев П.В. Acta Naturae. 2022. Т. 14. № 4 (55). С. 20-37. DOI: 10.32607/actanaturae.11820
32. Delivery of mRNA Vaccine against SARS-CoV-2 Using a Polyglucin:Spermidine Conjugate. Karpenko L.I., Rudometov A.P., Sharabrin S.V., Shcherbakov D.N., Borgoyakova M.B., Bazhan S.I., Volosnikova E.A., Rudometova N.B., Orlova L.A., Pyshnaya I.A., Zaitsev B.N., Volkova N.V., Azaev M.Sh., Zaykovskaya A.V., Pyankov O.V., Ilyichev A.A. Vaccines (Basel). 2021. V. 9. N 2. P. 76. DOI: 10.3390/vaccines9020076
33. Проблемы синтеза олигонуклеотидных производных при реализации анхимерного эффекта. Дюдеева Е.С., Павлова А.С., Купрюшкин М.С., Пышный Д.В., Пышная И.А. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С. 287–296. DOI: 10.31857/S0132342321020093
34. Получение новых представителей класса фосфорилгуанидиновых олигонуклеотидов. Жуков С.А., Пышный Д.В., Купрюшкин М.С. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С. 184-194. DOI: 10.31857/S0132342321020299
35. Синтетические антимикробные пептиды. III. Влияние катионных групп лизина, аргинина и гистидина на антимикробную активность пептидов с линейным типом амфипатичности. Амирханов Н.В., Бардашева А.В., Тикунова Н.В., Пышный Д.В. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 23. C. 315-326. DOI: 10.31857/S0132342321030027
36. Pronounced therapeutic potential of oligonucleotides fixed on inorganic nanoparticles against highly pathogenic H5N1 influenza A virus in vivo. Levina A.S., Repkova M.N., Shikina N., Ismagilov Z., Pavlova A.S., Kupryushkin M.S., Filippova E., Mazurkova N.A., Pyshnyi D.V., Zarytova V.F. Eur. J. Pharm. Biopharm. 2021. V. 162. P. 92-98. DOI: 10.1016/j.ejpb.2021.03.006
37. Effects of phosphoryl guanidine modification of phosphate residues on the structure and hybridization of oligodeoxyribonucleotides. Golyshev V.M., Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. J. Phys. Chem. B. 2021. V. 125. N 11. P. 2841-2855. DOI: 10.1021/acs.jpcb.0c10214
38. Сравнительное исследование гибридизационных свойств фосфорилгуанидиновых олигонуклеотидов с ДНК И РНК. Ломзов А.А., Купрюшкин М.С., Дюдеева Е.С., Пышный Д.В. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 2. С. 250-258. DOI: 10.31857/S0132342321020159
39. Rational Design of Albumin Theranostic Conjugates for Gold Nanoparticles Anticancer Drugs: Where the Seed Meets the Soil? Popova T.V., Pyshnaya I.A., Zakharova O., Akulov A.E., Shevelev O.B., Poletaeva Y., Zavjalov E L, Silnikov V.N., Ryabchikova E.I., Godovikova T.S. Biomedicines. 2021. V. 9. N 1. P. 74. DOI: 10.3390/biomedicines9010074
40. Reversible Dimerization of Human Serum Albumin. Chubarov A.S., Spitsyna A., Krumkacheva O.A., Mitin D.E., Suvorov D.A., Tormyshev V.M., Fedin M.V., Bowman M.K., Bagryanskaya E.G. Molecules. 2021. V. 26. N 1. P. 108. DOI: 10.3390/molecules26010108
41. Валидация гетерофазного анализа РНК с помощью КНИ-биосенсора. Дмитриенко Е.В., Порываева А.В., Наумова О. В., Фомин Б. И., Купрюшкин М.С., Пышная И.А., Пышный Д.В. Автометрия. 2021. Т. 57. № 1. С. 50-56. DOI: 10.15372/AUT20210106
42. Isolation of Extracellular Vesicles from Biological Fluids via the Aggregation-Precipitation Approach for Downstream miRNAs Detection. Konoshenko M.Y., Lekchnov E., Bryzgunova O.E., Kiseleva E., Pyshnaya I.A., Laktionov P.P. Diagnostics. 2021. V. 11. N 3. P. 384. DOI: 10.3390/diagnostics11030384
43. Расчет энергии формирования дуплексов РНК/РНК и ДНК/РНК на основании метода молекулярной динамики. Голышев В.М., Пышный Д.В., Ломзов А.А. Молекулярная биология. 2021. Т. 55. № 6. С. 1030-1044. DOI: 10.31857/S0026898421060069
44. Применение олигонуклеотидов, полученных с помощью микрочиповых синтезаторов ДНК, для синтеза генетических конструкций. Синяков А.Н., Рябинин В.А., Костина Е.В. 2021. Молекулярная биология. Т. 55. № 4. С. 562-577. DOI: 10.31857/S0026898421040108
45. Effect of Fluorescent Labels on DNA Affinity for Gold Nanoparticles. Epanchintseva A.V., Gorbunova E.A., Ryabchikova E.I., Pyshnaya I.A., Pyshnyi D.V. Nanomaterials. 2021. V. 11. N 5. P. 1178. DOI: 10.3390/nano11051178
46. Detection of SARS-CoV-2 RNA by a Multiplex Reverse-Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Coupled with Melting Curves Analysis. Oskorbin I.P., Shevelev G.Yu., Pronyaeva K.A., Stepanov A.A., Shamovskaya D.V., Mishukova O.V., Pyshnyi D.V., Filipenko M.L. Int. J. Mol. Sci.2021. V. 22. N 11. P. 5743. DOI: 10.3390/ijms22115743
47. Триазиниламидофосфатные олигонуклеотиды: получение и исследование их взаимодействия с клетками и ДНК-связывающими белками. Купрюшкин М.С., Жарков Т.Д., Ильина Е.С., Марков О.В., Кочеткова А.С., Ахметова М.М., Ломзов А.А., Пышный Д.В., Лаврик О.И., Ходырева С.Н. Биоорганическая химия. 2021. Т. 47. № 3. С. 348-364. DOI: 10.31857/S0132342321030118
48. The prospective antibacterial conjugates of modified oligonucleotides. Danilin N.A., Novopashina D.S., Matveev A.L., Bardasheva A., Tikunova N.V., Kupryushkin M.S., Pyshnyi D.V., Venyaminova A.G. Febs Open Bio. 2021. V. 11. S. 1. P. 307. DOI: 10.1002/2211-5463.13205 (тезисы конференции)
49. Synthesis of novel representatives of phosphoryl guanidine oligonucleotides. Zhukov S., Pyshnyi D.V., Kupryushkin M.S. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 380-389. DOI: 10.1134/S1068162021020291 (перевод)
50. A comparative study of the hybridization of phosphoryl guanidine oligonucleotides with DNA and RNA. Lomzov A.A., Kupryushkin M.S., Dyudeeva E., Pyshnyi D.V. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 461-468. DOI: 10.1134/S1068162021020151 (перевод)
51. Problems of the synthesis of oligonucleotide derivatives in the realization of the anchimeric effect. Dyudeeva E., Pavlova A.S., Kupryushkin M.S., Pyshnyi D.V., Pyshnaya I.A. Биоорганическая химия. 2021. V. 47. N 2. P. 505-513. DOI: 10.1134/S1068162021020096 (перевод)
52. An Influence of Modification with Phosphoryl Guanidine Combined with a 2 0 -O-Methyl or 20 -Fluoro Group on the Small-Interfering-RNA Effect. Pavlova A.S., Yakovleva K.I., Epanchintseva A.V., Kupryushkin M.S., Pyshnaya I.A., Pyshnyi D.V., Ryabchikova E.I., Dovydenko I.S. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. P. 9784. DOI: 10.3390/ijms22189784
53. The Effect of pH and Buffer on Oligonucleotide Affinity for Iron Oxide Nanoparticles. Bobrikova E.N., Chubarov A.S., Dmitriyenko E.V. Magnetochemistry. 2021. V. 7. N 9. P. 218. DOI: 10.3390/magnetochemistry7090128
54. A Lipid-Coated Nanoconstruct Composed of Gold Nanoparticles Noncovalently Coated with Small Interfering RNA: Preparation, Purification and Characterization. Epanchintseva A.V., Poletaeva Y., Dovydenko I.S., Chelobanov B.P., Pyshnyi D.V., Ryabchikova E.I., Pyshnaya I.A. Nanomaterials. 2021. V. 11. P. 2775. DOI: 10.3390/nano11112775
55. Designing pH-Dependent Systems Based on Nanoscale Calcium Carbonate for the Delivery of an Antitumor Drug. Popova V.K., Poletaeva Y., Pyshnaya I.A., Pyshnyi D.V., Dmitriyenko E.V. Nanomaterials. 2021. V. 11. P. 2794. DOI: 10.3390/nano11112794
56. Structure and hybridization properties of phosphoryl guanidine oligonucleotides under crowding conditions. Kanarskaya M., Golyshev V.M., Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. Biochem. and Biophys. Res. Com. 2021. V. 577. P. 110-115. DOI: 10.1016/j.bbrc.2021.09.001
57. Application of Array-Based Oligonucleotides for Synthesis of Genetic Designs. Sinyakov A.N., Ryabinin V.A., Kostina E.V. Молекулярная биология. 2021. V. 55. N 4. P. 487–500. DOI: 10.1134/S0026893321030109 (перевод)
58. Linkers for oligonucleotide microarray synthesis Sinyakov A.N., Ryabinin V.A., Kostina E.V., Zaytsev D.E., Chukanov N.V., Kamaev G.N. J. of Saudi Chem. Soc. 2021. V. 25. N 12. P. 101382. DOI: 10.1016/j.jscs.2021.101382

1. «Ноу-хау». Устройство для параллельного автоматического измерения КНИ-сенсоров. Пышный Д.В., Пышная И.А., Ломзов А.А., Дмитриенко Е.В. 2017 г.
2. «СПОСОБ КОНСЕРВАЦИИ ТВЕРДОТЕЛЬНОЙ ПОВЕРХНОСТИ И КОНСЕРВИРУЮЩЕЕ ТВЕРДОТЕЛЬНУЮ ПОВЕРХНОСТЬ ПОКРЫТИЕ». Наумова О. В., Фомин Б. И., Кайгородова Ю. В., Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В. 2016 г. № 2601745.
   
3. «БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ПАТОГЕНОВ I ГРУППЫ, ОТНОСЯЩИХСЯ К СЕМЕЙСТВАМ АРЕНА- И ФИЛОВИРУСОВ». Синяков А.Н., Рябинин В.А. 2015 г.№ 2562117.
   
4. «БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ГЕНОВ ГЕМАГГЛЮТИНИНА И НЕЙРАМИНИДАЗЫ ВИРУСА ГРИППА А». Костина Е.В., Синяков А.Н., Рябинин В.А. 2015 г.№ 2560591.
   
5. «НОВЫЕ ТИПЫ МОДИФИЦИРОВАННЫХ НУКЛЕОТИДОВ С ЗАМЕЩЕННОЙ ФОСФАТНОЙ ГРУППОЙ И МЕТОД ИХ ПОЛУЧЕНИЯ». «Ноу-хау» (Секрет производства).Стеценко Д.А., Пышный Д.В., Купрюшкин М.С. 2013 г.
   
6. «СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ АМИДОФОСФИТНОГО МОНОМЕРА АХИРАЛЬНОЙ НЕНУКЛЕОТИДНОЙ ВСТАВКИ ДЛЯ МОДИФИКАЦИИ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ». Пышный Д.В., Купрюшкин М.С. 2012 г.№ 2460721.
   
7. «СПОСОБ ВЫБОРА ДНК-ЗОНДОВ ДЛЯ МИКРОЧИПОВОЙ ДИАГНОСТИКИ, БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ГЕНА НЕЙРАМИНИДАЗЫ И ГЕМАГГЛЮТИНИНА ВИРУСА ГРИППА А». Костина Е.В., Синяков А.Н., Рябинин В.А., Максакова Г.А. 2012 г. № 2470076.
   
8. «СПОСОБ СЕЛЕКТИВНОГО ВЫДЕЛЕНИЯ ПОПУЛЯЦИИ ЖИЗНЕСПОСОБНЫХ КЛЕТОК ИЗ БИОЛОГИЧЕСКИХ ЖИДКОСТЕЙ» Лактионов П.П., Вайнер О.Б., Запорожченко И.А., Пышная И.А., Пышный Д.В., Дмитриенко Е.В., Романов С.И., Власов В.В. 2011 г. № 2423698.
   
9. «СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ИМПРИНТИРОВАННОГО ПОЛИМЕРА». Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В., Рогоза А.В., Пышный Д.В. 2010 г. № 2385889.
   
10. «СПОСОБ ДИАГНОСТИКИ ВИРУСНОГО ГЕПАТИТА С И ОПРЕДЕЛЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ТИПА ВИРУСА» Шопаева Г.А., Бейсембаева Ш.А., Пышная И.А., Дмитриенко Е.В., Зарытова В.Ф., Пышный Д.В. 2010 г. № 22681.
    
11. «СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ДНК-ЧИПА».Пышная И.А., Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В. 2008 г. № 2340677.
    
12. «ОЛИГОНУКЛЕОТИДПЕПТИДНЫЙ КОНЪЮГАТ, ОБЛАДАЮЩИЙ СПОСОБНОСТЬЮ РАСЩЕПЛЯТЬ ФОСФОДИЭФИРНЫЕ СВЯЗИ РНК В ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ 5'GpN3'» Миронова Н.Л., Пышный Д.В., Штадлер Д.В., Зенкова М.А., Власов В.В.2007 г. № 2305108.
    
13. «СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ АНАЛИЗИРУЕМОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК». Пышный Д.В., Иванова Е.М., Пышная И.А., Зарытова В.Ф. 2005 г. № 2259402.
    
14. «СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ОДНОНУКЛЕОТИДНЫХ ЗАМЕН В ИЗВЕСТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ». Пышный Д.В., Иванова Е.М., Пышная И.А., Дымшиц Г.М., Зарытова В.Ф. 2005 г. № 2247781.
    

• ДНК-синтезатор ASM-800 (БИОССЕТ, Россия);
• высокоэффективные жидкостные хроматографы Аgilent 1200 (Аgilent Technology, США) и Милихром А4 (ЭкоНова, Россия);
• спектрофотометр Cary 300 Biomelt (Varian, Австралия), оснащенный терморегулируемой 6-ти кюветной приставкой;
• БИК-Фурье спектрометр MPA (Bruker Optics, Германия);
• микроскоп Leica DM 5000 (Leica Microsystems, Германия);
• система капиллярного электрофореза P/ACE MDQ (Becman Coulter, США);
• спектрофотометр Nanoview (GE, США); биоаналитическая система Bio-Plex 200 (BioRad, США);
• система для характеризации наночастиц Malvern Zetasizer Nano (Malvern Instruments Ltd, Великобритания), атомно-силовой микроскоп Multimode 8 (Bruker);
• автоматические синтезаторы ДНК;
• ДНК-амплификаторы;
• ВЭЖХ-хроматографы;
• споттеры для изготовления ДНК-микрочипов;
• сканеры микрочипов;
• оборудование для тонкого химического синтеза.

Синтез олигонуклеотидов