Лаборатория биомедицинской химии [Институт химической биологии и фундаментальной медицины]
ИХБФМ СО РАН » ru » Структура института » Лаборатории » Лаборатория биомедицинской химии
Лаборатория биомедицинской химии

Лаборатория биомедицинской химии

Директор Института, заведующий лабораторией




Пышный Дмитрий Владимирович

Директор Института
чл.-корр.РАН, профессор, доктор химических наук, доцент,
Лауреат VII Конкурса молодых ученых Европейской Академии наук, Лауреат Премии журнала «Биоорганическая химия», лауреат Премии МАИК за лучшую публикацию.

телефон: (383) 363-51-51,


Сотрудники

ФИО Должность Звание Телефон E-mail Researcher ID
Амирханов Нариман Валерманович с.н.с. к.х.н. 363-51-90 G-3503-2013
Бобрикова Екатерина Николаевна ст.лаборант 363-51-02
Бондарева Мария Дмитриевна ст.лаборант 363-51-02
Бушуева Татьяна Юрьевна инженер 363-51-36
Веньяминова Лариса Николаевна вед. инженер 363-51-72
Дмитриенко Елена Владимировнам.н.с. к.х.н. 363-51-02 I-4567-2017
Жарков Тимофей Дмитриевичст.лаборант 363-51-72
Зайцев Дмитрий Евгеньевичинженер 363-51-72
Замосковцева Анастасия Алексеевнаст.лаборант 363-51-72
Костина Елена Викторовна н.с. к.б.н. 363-51-72
Кулмухамедова Елена Михайловна ст. лаборант 363-51-72
Купрюшкин Максим Сергеевич м.н.с.к.х.н. 363-51-36 G-1698-2013
Ломзов Александр Анатольевич с.н.с. к.ф.-м.н. 363-51-34 G-4750-2013
Максакова Галия Атаулловна ведущий инженерк.х.н. 363-51-72
Порываева Алена Васильевна ст.лаборант 363-51-72
Пичко Наталья Петровна вед. инженер к.х.н. 363-51-72
Пышный Дмитрий Владимирович Директор Института,зав. лабораторией чл.-корр.РАН,
профессор, д.х.н.
363-51-51 F-4729-2013
Пышная Инна Алексеевна с.н.с. к.х.н. 363-51-35 F-9519-2013
Рябинин Владимир Алексеевич с.н.с.к.х.н. 363-51-73
Синяков Александр Николаевич в.н.с. к.х.н. 363-51-73 H-1129-2013
Степанова Татьяна Владимировна вед. инженер 363-51-72
Таратайко Андрей Игоревичн.с. к.х.н. 363-51-72
Фоменко Виктория Константиновна ст.лаборант 363-51-72
Хомякова Галина Викторовна инженер 363-51-72
Чижик Евгения Игоревна инженер 363-51-72
Чуканов Никита Владимирович н.с. к.х.н. 363-51-72
Чубаров Алексей Сергеевичм.н.с. к.х.н. 363-51-83 A-6530-2014

Основные направления исследований


  • Исследование фундаментальных аспектов ДНК-диагностики и действия ген-направленных биологически активных веществ: гибридизация нуклеиновых кислот с олигонуклеотидами, их аналогами и производными, термодинамический анализ комплексообразования нуклеиновых кислот.
  • Термодинамический анализ комплексообразования нуклеиновых кислот.
  • Разработка биоаналитических систем на основе микро- и наноструктурированных материалов, в том числе молекулярно-импринтированных полимеров и аптамеров.
  • ДНК-наноархитектоника – исследование самоорганизующихся супрамолекулярных ансамблей на основе нуклеиновых кислот.

Важнейшие научные результаты


  • Разработаны принципы рационального конструирования олигонуклеотидов, их производных и аналогов – необходимого инструментария для молекулярной диагностики, молекулярной биологии, биофизики, а также НК-направленных агентов как перспективных терапевтических препаратов Kupryushkin M.S. Organic Letters. 2014; Pyshnaya I.A. et al., BioMed Research Intern. 2014; Пышный Д.В. Успехи химии. 2012.
  • Изучены физико-химические особенности образования тандемных олигонуклеотидных комплексов с ДНК, конкатамерных олигонуклеотидных комплексов и ДНК-ДНК комплексов олигонуклеотидов, несущих ненуклеотидные вставки на основе фосфодиэфиров олигометилендиолов и олигоэтиленгликолей. Полученные термодинамические характеристики позволяют создавать олигонуклеотидные зонды с направленно пониженной гибридизационной способностью и производить расчет стабильности как совершенных, так и несовершенных тандемных комплексов в различных буферных условиях Pyshnyi D.V. et al., J. Biomol. Struct. Dyn. 2003; Pyshnyi D.V. et al., J. Biomol. Struct. Dyn. 2006; Ломзов А.А. и др., Докл. АН. 2006.
  • С использованием олигонуклеотидов, несущих ненуклеотидные вставки, разработан высокоселективный подход к анализу точечных мутаций в ДНК и направленной функционализации олигонуклеотидов Дмитриенко Е.В. и др., Биоорган. химия. 2010.; Виноградова О.А. и др., Молекуляр. биология. 2007; Kupryushkin M.S. Organic Letters. 2014.
  • Исследованы особенности ферментативного лигирования олигонуклеотидов на ДНК матрице в зависимости от нуклеотидной композиции в точке одноцепочечного разрыва ДНК. Выявленные характеристики позволяют производить выбор оптимальной структуры олигонуклеотидных зондов для выявления точечных мутаций в ДНК методом лигирования олигонуклеотидов (OLA) Skobeltsyna L.M. et al., Mol. Biotechnol. 2010.
  • Предложен новый подход к получению молекулярно импринтированных полимеров (МИПов), содержащих в своей структуре отпечатки биомолекул и способных к их специфическому распознаванию Dmitriyenko E.V. et al., J. Mol. Recognit. 2013.
  • Доказано, что пространственную организацию супрамолекулярных конкатамерных комплексов ДНК можно направлено изменять, используя в качестве мономерных блоков модифицированные дуплексы ДНК, несущие вставки ненуклеотидной природы Виноградова О.А. и др., Успехи химии. 2012; Lomzov A.A. J. Nanosci. Nanotechno. 2015.
  • Разработан метод введения спиновых меток различной природы в структуру комплексов нуклеиновых кислот. Впервые продемонстрирована возможность измерения спин-спинового расстояния в таких комплексах при физиологических температурах (37oC) методом ЭПР Shevelev G.Y. Journal of the American Chemical Society. 2014.

Текущие гранты


Базовые проекты
Программа фундаментальных научных исследований государственных академий наук

  • Проект ФИМТ-154 Разработка электронного нанопроволочного биосенсора для анализа РНК-маркеров немелкоклеточного рака легкого.(0309-2014-0044)
  • Проект 1.1.5.Разработка микроустройств для проведения параллельного массивного анализа ДНК (0309-2015-0003) рук. Синяков А.Н.
  • ПФНИ ГАН VI.62.1.4, 0309-2016-0004 Интеллектуальные материалы для биомедицины. (2018 - 2020 гг.)
  • Проект КП ФНИ СО РАН II.1 (ГЗ № 0309-2018-0017) Разработка новых способов экспресс-диагностики заболеваний человека на основе детекции органоспецифических маркеров с помощью современных физических и физико-химических подходов. (2018 - 2020 гг.)

Гранты Российского научного фонда

  • № 17-74-10157 Разработка технологической платформы для создания генных конструкций и ДНК-чипов. (2017-2019 гг.)
  • № 18-14-00357 Исследование структурно-функциональных свойств фосфорилгуанидиновых олигонуклеотидов как перспективных инструментов для создания высокочувствительных систем диагностики нуклеиновых кислот. (2018 - 2020 гг.)

Гранты Российского фонда фундаментальных исследований

  • № 16-04-01029 Исследование нуклеотидной специфичности ингибирования трансляции мРНК антибиотиками и аналогами малых РНК. (2018 - 2020 гг.)
  • № 17-00-00367 комфи Исследование нуклеотидной специфичности ингибирования трансляции мРНК антибиотиками и аналогами малых РНК. (2018-2020 гг.)

Публикации 2017-2019 года


  1. Nucleic Acids Delivery Into the Cells Using Pro-Apoptotic Protein Lactaptin. Chinak O.A., Golubitskaya E.A., Pyshnaya I.A., Stepanov G.A., Zhuravlev E.S., Richter V.A., Koval O.A. Front Pharmacol. 2019 V. 10 Article 1043
  2. 2'-F-RNA aptamers to blood protein biomarkers: development and bioanalytical applications. Vorobjeva M.A., Timoshenko V.V., Davydova A.S., Krasitskaya V.V., Bashmakova E.E., Vorobyev P.E., Kabilov M.R., Nevinsky G.A., Abroskina M.V., Ilminskaya A.A., Frank L.A., Venyaminova A.G. Mol. Ther. 2019 V. 17 S. 1 P.16
  3. Algorithm for Searching and Testing the Activity of Antisense Oligonucleotides Exemplified by the mRNA of the rpoD Gene Encoding Staphylococcus aureus RNA Polymerase Sigma Factor. Mironova N.L., Kupryushkin M.S., Khlusevich Y.A., Matveev A.L., Pyshnyi D.V., Zenkova M.A. Биорганическая химия. 2019 V. 45 N 6 P. 668–675
  4. New hydrazinothiazole derivatives of usnic acid as potent TDP1 inhibitors. Filimonov A.S., Chepanova A.A., Luzina O.A., Zakharenko A.L., Zakharova O., Ilina E.S., Dyrkheeva N.S., Kupryushkin M.S., Kolotaev A.V., Khachatryan D.S., Patel J., Leung I.K.H., Chand R., Ayine-Tora D.M., Reynisson J., Volcho К.P., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Molecules 2019 V. 24 N 20 pii: E3711 10.3390/molecules24203711
  5. Алгоритм поиска и тестирования активности антисмысловых олигонуклеотидов на примере мРНК гена rpoD, кодирующего сигма-фактор РНК-полимеразы Staphylococcus aureus. Миронова Н.Л., Купрюшкин М.С., Хлусевич Я.А., Матвеев А.Л., Тикунова Н.В., Пышный Д.В., Зенкова М.А. Биоорганическая химия. 2019 Т. 45 № 6 принята к печати/
  6. Structural and Aggregation Features of a Human κ-Casein Fragment with Antitumor and Cell-Penetrating Properties. Chinak O.A., Shernyukov A.V., Ovcherenko S.S., Sviridov E.A., Golyshev V.M., Fomin A.S., Pyshnaya I.A., Kuligina E.V., Richter V.A., Bagryanskaya E.G. Molecules. 2019 V. 24 P. 2919
  7. The Development of Tyrosyl-DNA Phosphodyesterase 1 (TDP1) Inhibitors Based on the Amines Combining Aromatic/Heteroaromatic and Monoterpenoid Moieties. Mozhaitsev E.S., Suslov E.V., Demidova Y., Korchagina D.V., Volcho K, Zakharenko A.L., Vasil'eva I.A., Kupryushkin M.S., Chepanova A., Moscoh Ayine-Tora D., Reynisson J., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Letters in Drug Design and Discovery. 2019 V. 16 P. 597-605
  8. Artificial Anti-HIV-1 Immunogen Comprising Epitopes of Broadly Neutralizing Antibodies 2F5, 10E8, and a Peptide Mimic of VRC01 Discontinuous Epitope. Rudometov A.P., Chikaev A.N., Rudometova N.B., Antonets D.V., Lomzov A.A., Kaplina O.N., Ilyichev A.A., Karpenko L.I. Vaccines (Basel) 2019 V. 7 N 3 P. 83
  9. Data for isolation and properties analysis of diastereomers of a mono-substituted phosphoryl guanidine trideoxyribonucleotide. Lomzov A.A., Kupryushkin M.S., Shernyukov A.V., Nekrasov M.D., Dovydenko I.S., Stetsenko D.A., Pyshnyi D.V. Data in Brief 2019 V. 25 P. 104148
  10. Diastereomers of a mono-substituted phosphoryl guanidine trideoxyribonucleotide: Isolation and properties. Lomzov A.A., Kupryushkin M.S., Shernyukov A.V., Nekrasov M.D., Dovydenko I.S., Stetsenko D.A., Pyshnyi D.V. Biochem. Bioph. Res. Co. 2019 V. 513 N 4 P. 807-811.
  11. Novel Peptide Conjugates of Modified Oligonucleotides for Inhibition of Bacterial RNase P. Novopashina D.S., Vorobjeva M.A., Nazarov A., Davydova A.S., Danilin N., Koroleva L.S., Matveev A.L., Bardasheva A., Tikunova N.V., Kupryushkin M.S., Pyshnyi D.V., Altman S., Venyaminova A.G. Front Pharmacol. 2019 V. 10 P. 813.
  12. DNA complexes with human purinic/apyrimidinic endonuclease 1: structural insights revealed by pulsed dipolar EPR with orthogonal spin labeling. Krumkacheva O.A., Shevelev G.Y., Lomzov A.A., Dyrkheeva N.S., Kuzhelev A.A., Koval V.V., Tormyshev V.M., Polienko Y.F., Fedin M.V., Pyshnyi D.V., Lavrik O.I., Bagryanskaya E.G. Nucleic Acids Res. 2019
  13. Triplet Fullerenes as Prospective Spin Labels for Nanoscale Distance Measurements by Pulsed Dipolar EPR. Krumkacheva O.A., Timofeev I.O., Politanskaya L.V., Polienko Yu. F., Tretyakov E.V., Rogozhnikova O.Yu., Trukhin D.V., Tormyshev V.M., Chubarov A.S., Bagryanskaya E.G., Fedin M.V. Angew. Chem. Int. Ed. 2019.
  14. DNA Binding to Gold Nanoparticles through the Prism of Molecular Selection: Sequence – Affinity Relation. Vorobyev P.E., Epanchintseva A.V., Lomzov A.A., Tupikin A.E., Kabilov M.R., Pyshnaya I.A., Pyshnyi D.V. Langmuir 2019. принята к печати
  15. Prospects for Using Styrene–Isobutylene–Styrene (SIBS) Triblock Copolymer as a Cusp Material for Leaflet Heart Valve Prostheses: Evaluation of Physicochemical and Mecha nical Properties Rezvova M.A., Ovcharenko E.A., Nikishev P.A., Kostyuk S.V., Glushkova T.V., Trebushat D.V., Chernonosova V.S., Shevelev G.Y., Klyshnikov K.Yu., Kudryavtseva Yu.A., Barabash L.S. Журнал прикладной химии 2019 V. 92 N 1 P. 9−19
  16. Development and characterization of novel 2′-F-RNA aptamers specific to human total and glycated hemoglobins. Davydova A.S., Vorobjeva M.A., Bashmakova E.E., Vorobyev P.E., Krasheninina O.A., Tupikin A.E., Kabilov M.R., Krasitskaya V.V., Frank LA, Venyaminova A.G. Anal Biochem. 2019 V. 570 P. 43–50
  17. Molecular dynamics simulation of polarizable gold nanoparticles interacting with sodium citrate. Perfilieva O.A., Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. J. Chem. Theory Comput. 2019 V. 15 N 2 P. 1278-1292 Modern biosensor platforms for detection of nucleic acids.
  18. Colloidal FeIII, MnIII, CoIII and CuII hydroxides stabilized by starch as catalysts of water oxidation reaction with one electron oxidant Ru(bpy)33. Сhikunov A. S., Taran O.P., Pyshnaya I.A., Parmon V. N. Chemphyschem 2019 V. 20 P. 410-421
  19. Inhibitory Effect of New Semisynthetic Usnic Acid Derivatives on Human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1. Dyrkheeva N.S., Luzina O., Filimonov A., Zakharova O.D., Ilina E.S., Zakharenko A.L., Kupryushkin M.S., Nilov D., Gushchina I., Švedas V.K., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Planta Med. 2019 V. 85 N 2 P. 103-111
  20. Boosting of the cytotoxic effect of RNAs by using the pro-apoptotic protein lactaptin for delivery of nucleic acids into cancer cells. Golubitskaya E., Chinak O.A., Pyshnaya I.A., Stepanov G.A., Zhuravlev E.S., Richter V.A., Koval O.A. Cell Death Discovery 2019 P. 28-29
  21. Шевелев Г.Ю., Пышный Д.В. Современные подходы к синтезу генов: аспекты синтеза олигонуклеотидов, ферментативной сборки, проверки последовательностей и коррекции ошибок. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018. Т. 22. № 5. С. 498-506.
  22. Амирханов Н.В., Тикунова Н.В., Пышный Д.В. Синтетические антимикробные пептиды. I. Антимикробная активность амфифильных и неамфифильных катионных пептидов. Биоорганическая химия. 2018. Т. 44. № 5. С. 492–505.
  23. Новопашина Д.С., Назаров А.С., Воробьева М.А., Купрюшкин М.С., Давыдова А.С., Ломзов А.А., Пышный Д.В., Альтман С., Веньяминова А.Г. Модифицированные олигонуклеотиды для направленного расщепления РНК бактериальной РНКазой Р. Молекулярная биология. 2018. Т. 52. № 6. C. 1045–1054.
  24. Ражев А.М., Искаков И.А., Чуркин Д.С., Оришич А.М., Маслов Н.А., Цибульская Е.О., Ломзов А.А., Ермакова О.В., Трунов А.Н., Черных В.В. Воздействие лазерного УФ излучения на склеральную ткань глаза больных открытоугольной глаукомой. Квантовая электроника. 2018. Т. 48. № 5. С. 481-486.
  25. Evdokimov A.N., Tsidulko А.Yu., Popov A.V., Vorobjev Y.N., Lomzov A.A., Koroleva L.S., Silnikov V.N., Petruseva I.O., Lavrik O.I. Structural Basis for the Recognition and Processing of DNA Containing Bulky Lesions by the Mammalian Nucleotide Excision Repair System. DNA Repair. 2018. V. 6. P. 86-98.
  26. Mukhamadiyarov R.A., Senokosova E.A., Krutitsky S.S., Voevoda D.V., Pyshnaya I.A., Ivanov V.V., Lewis M.J., Khaliulin I.Size-Dependent Ability of Liposomes to Accumulate in the Ischemic Myocardium and Protect the Heart. J Cardiovasc Pharmacol. 2018. V. 72. N 3. P. 143-152.
  27. Pavlova A.S., Dyudeeva E.S., Kupryushkin M.S., Amirkhanov N.V., Pyshnyi D.V., Pyshnaya I.A. SDS-PAGE procedure: application for characterization of new entirely uncharged nucleic acids analogues Electrophoresis. 2018. v. 39. N 4. P. 670-674.
  28. Kuzhelev A.A., Krumkacheva O.A., Shevelev G.Y., Yulikov M., Fedin M.V., Bagryanskaya E.G. Room-temperature distance measurements using RIDME and the orthogonal spin labels trityl/nitroxide. Phys. Chem. Chem. Phys. 2018. V. 20. N 15. P. 10224-10230.
  29. Endutkin A.V., Koptelov S.S., Popov A.V., Torgasheva N.A., Lomzov A.A., Tsygankova A.R., Skiba T.V., Afonnikov D.A., Zharkov D.O.Residue coevolution reveals functionally important intramolecular interactions in formamidopyrimidine-DNA glycosylase. DNA Repair. 2018. V.69. P.24-33.
  30. Khlusevich Y.A., Matveev A.L., Baykov I.K., Bulychev L., Bormotov N., Ilyichev I.V., Shevelev G.Y., Morozova V.V., Pyshnyi D.V., Tikunova N.V. Phage display antibodies against ectromelia virus that neutralize variola virus: Selection and implementation for p35 neutralizing epitope mapping. Antivir Res. 2018. V. 152. P. 18-25.
  31. Khlusevich Y.A., Matveev A.L., Baykov I.K., Bulychev L., Ilyichev I.V., Shevelev G.Y., Morozova V.V., Pyshnyi D.V., Tikunova N.V. Phage display antibodies (selected to Ectromelia virus) capable of Variola virus in vitro neutralization: implementation for p35 neutralize epitope mapping. Febs Open Bio. 2018. V. 8. N 1. P.418.
  32. Patutina O.A., Bazhenov M.A., Miroshnichenko S.K., Mironova N.L., Pyshnyi D.V., Vlassov V.V., Zenkova M.A. Peptide-oligonucleotide conjugates exhibiting pyrimidine-X cleavage specificity efficiently silence miRNA target acting synergistically with RNase H. Scientific Reports. 2018. V. 8. N 1. P. 14990.
  33. Gruber D.R., Toner J.J., Miears H.L., Shernyukov A.V., Kiryutin A.S., Lomzov A.A., Endutkin A.V., Grin I.R., Petrova D.V, Kupryushkin M.S., Yurkovskaya A.V., Johnson E., Okon M., Bagryanskaya E.G., Zharkov D.O., Smirnov S.L. Oxidative damage to epigenetically methylated sites affects DNA stability, dynamics, and enzymatic demethylation. Nucleic Acids Res. 2018. V. 46. N 20. P. 10827-10839.
  34. Stepanov G.A., Zhuravlev E.S., Shender V., Nushtaeva A.A., Balakhonova E., Mozhaeva E., Kasakin M.F., Koval V.V., Lomzov A.A., Pavlyukov M., Zhorov M.I., Kabilova T.O., Chernolovskaya E.L., Kozlov V.A., Govorun V.M., Kuligina E.V. Nucleotide modifications decrease innate immune response induced by synthetic analogs of snRNAs and snoRNAs. Genes. 2018. V. 9.P. 531.
  35. Vorobjeva M.A., Davydova A.S., Shatunova E.A., Vorobyev P.E., Tupikin A.E., Kabilov M.R., Bashmakova E.E., Krasitskaya V.V., Frank L.A, Venyaminova A.G. Novel 2'-F-RNA aptamers specific to protein markers of glycemia – a basis for bioluminescent aptasensors. Febs Open Bio. 2018. V. 8. N 1. P. 118.
  36. Epanchintseva A.V., Dolodoev A.S., Grigoryeva A.E., Chelobanov B.P., Pyshnyi D.V., Ryabchikova E.I., Pyshnaya I.A. Non-covalent binding of nucleic acids with gold nanoparticles provides their stability and effective desorption in environment mimicking biological media. Nanotechnology. 2018. V. 29. N 35. P. 355601.
  37. Poletaeva Y., Dovydenko I.S., Epanchintseva A.V., Korchagina K.V., Pyshnyi D.V., Apartsin E.K., Ryabchikova E.I., Pyshnaya I.A. Non-Covalent Associates of siRNAs and AuNPs Enveloped with Lipid Layer and Doped with Amphiphilic Peptide for Efficient siRNA Delivery. Int. J. Mol. Sci. 2018. V. 19. N 7.pii: E2096.
  38. Levina A.S., Repkova M.N., Shikina N.V., Ismagilov Z. R., Yashnik S.A., Semenov D.V., Savinovskaya Y.I., Mazurkova N.A., Pyshnaya I.A., Zarytova V.F. Non-agglomerated silicon–organic nanoparticles and their nanocomplexes with oligonucleotides: synthesis and properties. Beilstein J Nanotechnol. 2018. V. 9. P. 2516–2525.
  39. Perfilieva O.A., Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. Molecular dynamics simulation of polarizable gold nanoparticles interacting with sodium citrate. J. Chem. Theory Comput. 2018. принята к печати
  40. Vorobjeva M.A., Davydova A.S., Vorobyev P.E., Pyshnyi D.V., Venyaminova A.G. Key aspects of nucleic acid library design for in vitro selection. Int. J. Mol. Sci. 2018. V. 19 N 2. P. E470.
  41. Dyrkheeva N.S., Luzina O., Filimonov A., Zakharova O.D., Ilina E.S., Zakharenko A.L., Kupryushkin M.S., Nilov D., Gushchina I., Švedas V.K., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Inhibitory Effect of New Semisynthetic Usnic Acid Derivatives on Human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1. Planta Med. 2018. принята к печати
  42. Epanchintseva A.V., Vorobyev P.E., Pyshnyi D.V., Pyshnaya I.A. Fast and strong adsorption of native oligonucleotides on citrate coated gold nanoparticles. Langmuir. 2018. V. 34.N 1. P. 164-172.
  43. Effect of the relief on the measurement of bond rupture force with the help of AFM: the dynamics of interaction and optimization of the procedure Kurus N.N., Dultsev F.N., Shevelev G.Y., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Analytical methods. 2018. V. 10. N 28. P. 3498-3505.
  44. Dyakonova E.S., Koval V.V., Lomzov A.A., Ishchenko A.A., Fedorova O.S. Data on PAGE analysis and MD simulation for the interaction of endonuclease Apn1 from Saccharomyces cerevisiae with DNA substrates containing modified bases 5,6-dihydrouracil and 2-aminopurine. Data in Brief. 2018. V. 20. P. 1515-1524.
  45. Chikunov A. S., Taran O.P., Pyshnaya I.A., Parmon V. N. Colloidal FeIII, MnIII, CoIII and CuII hydroxides stabilized by starch as catalysts of water oxidation reaction with one electron oxidant Ru(bpy)33. Chemphyschem. 2018. принята к печати
  46. Dyakonova E.S., Koval V.V., Lomzov A.A., Ishchenko A.A., Fedorova O.S. Apurinic/apyrimidinic endonuclease Apn1 from Saccharomyces cerevisiae is recruited to the nucleotide incision repair pathway: Kinetic and structural features. Biochimie. 2018. V. 152. P. 53-62.
  47. Shevelev G.Y., Gulyak E.L., Lomzov A.A., Kuzhelev A.A., Krumkacheva O.A., Kupryushkin M.S., Tormyshev V.M., Fedin M.V., Bagryanskaya E.G., Pyshnyi D.V. A Versatile Approach to Attachment of Triarylmethyl Labels to DNA for Nanoscale Structural EPR Studies at Physiological Temperatures. J. Phys. Chem. B. 2018. V. 122. N 1. P. 137-143.
  48. Golyshev V.M., Abramova T.V., Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. A new approach to precise thermodynamic characterization of hybridization properties of modified oligonucleotides: Comparative studies of deoxyribo- and glycine morpholine pentaadenines. Biophysical Chemistry. 2018. V. 234. P. 24-33.
  49. Kostina E.V., Sinyakov A.N., Ryabinin V.A. A many probes-one spot hybridization oligonucleotide microarray. Analytical and Bioanalytical Chemistry. 2018. V. 410. N 23. P. 5817-5823.
  50. Dovydenko I.S., Kupryushkin M.S., Pyshnyi D.V., Apartsin E.K. A convenient solid phase approach to obtain lipophilic 5'-phosphoramidate derivatives of DNA and RNA oligonucleotides. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2018. V. 37. N 2. P. 102-111.
  51. Davydova A.S., Vorobjeva M.A., Krasitskaya V.V., Vorobyev P.E., Tupikin A.E., Kabilov M.R., Frank L.A, Venyaminova A.G. 2'-Modified RNA aptamers specific to photoprotein obelin as a platform for new bioluminescent biosensors. Febs Open Bio. 2018. V. 8. N 1. P. 115-116.
  52. Противометастатический эффект липосомальной формы рекомбинантного лактаптина. Каледин В.И., Коваль О.А., Кулигина Е.В., Лушникова Е.Л., Николин В.П., Попова Н.А., Пышная И.А., Рихтер В.А. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2017. Т. 164. № 12. С. 734 – 738.
  53. Dynamical transition in molecular glasses and proteins observed by spin relaxation. Golysheva E.A., Shevelev G.Y., Dzuba S.A. J. Chem. Phys. 2017 V. 147. N 6. P. 064501.
  54. Dultsev F.N., Kolosovsky E.A., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. QCM-based rupture force measurement as a tool to study DNA dehybridization and duplex stability. Analytical and Bioanalytical Chemistry. 2017. V. 409. P. 891-901. - Krasheninina O.A., Lomzov A.A., Fishman V.S., Novopashina D.S., Venyaminova A.G.Rational design and studies of excimer forming novel dual probes to target RNA Bioorg. Med. Chem. 2017 V. 25. N 7. P. 2244-2250.
  55. Pyshnaya I.A., Razum K.V., Dolodoyev A.S., Shashkova V.V., Ryabchikova E.I. Surprises of electron microscopic imaging of proteins and polymers covering gold nanoparticles layer by layer. Colloids Surf., B. 2017. V. 150. P. 23-31.
  56. Skosareva L.V., Rechkunova N.I., Lebedeva N.A., Lomzov A.A., Koval V.V., Lavrik O.I. Processing of the abasic sites clustered with the benzo[a]pyrene adducts by the base excision repair enzymes. DNA Repair. 2017. V. 50. P. 43-53.
  57. Pre-steady state kinetics of DNA binding and abasic site hydrolysis by tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1. Kuznetsov N.A., Lebedeva N.A., Kuznetsova A.A., Rechkunova N.I., Dyrkheeva N.S., Kupryushkin M.S., Stetsenko D.A., Pyshnyi D.V., Fedorova O.S., Lavrik O.I. J. Biomol. Struct. Dyn. 2017. V. 11. P. 2314-2327
  58. Ryabinin V.A., Kostina E.V., Sinyakov A.N. Unexpected transformation of black hole quenchers in electrophoretic purification of the fluorescein-containing TaqMan probes. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2017. V. 36. N 6. P. 418-427.
  59. Патутина О.А., Мирошниченко С.К., Ломзов А.А., Миронова Н.Л., Зенкова М.А.Выбор олигонуклеотидов, селективно связывающих онкогенную miR-211. Биоорганическая химия. 2017. Т. 43. № 1. С. 35-44.
  60. Мечетин Г.В., Лаптева Е.А., Синяков А.Н., Рябинин В.А., Воробьев П.Е., Жарков Д.О. Коррелированный поиск мишеней урацил-ДНК-гликозилазой в присутствии объемных аддуктов и ДНК-связывающих лигандов. Биоорганическая химия. 2017. Т. 43. № 1. С. 29-34.
  61. Шашкова В.В., Епанчинцева А.В., Воробьев П.Е., Разум К.В., Рябчикова Е.И., Пышный Д.В., Пышная И.А. Многослойные ассоциаты на основе олигонуклеотидов и наночастиц золота. Биоорганическая химия. 2017. Т. 43. С. 64–70.
  62. Ткаченко А.В., Троицкая О.С., Семенов Д.В., Дмитриенко Е.В., Кулигина Е.В., Рихтер В.А., Коваль О.А. Активация иммунной системы рекомбинантным аналогом противоопухолевого белка лактаптина. Молекулярная биология. 2017. Т. 51. № 5. С. 787-796.

Патенты


  1. «Ноу-хау». Устройство для параллельного автоматического измерения КНИ-сенсоров. Пышный Д.В., Пышная И.А., Ломзов А.А., Дмитриенко Е.В. 2017 г.
  2. «СПОСОБ КОНСЕРВАЦИИ ТВЕРДОТЕЛЬНОЙ ПОВЕРХНОСТИ И КОНСЕРВИРУЮЩЕЕ ТВЕРДОТЕЛЬНУЮ ПОВЕРХНОСТЬ ПОКРЫТИЕ». Наумова О. В., Фомин Б. И., Кайгородова Ю. В., Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В. 2016 г. № 2601745.
  3. «БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ПАТОГЕНОВ I ГРУППЫ, ОТНОСЯЩИХСЯ К СЕМЕЙСТВАМ АРЕНА- И ФИЛОВИРУСОВ». Синяков А.Н., Рябинин В.А. 2015 г.№ 2562117.
  4. «БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ГЕНОВ ГЕМАГГЛЮТИНИНА И НЕЙРАМИНИДАЗЫ ВИРУСА ГРИППА А». Костина Е.В., Синяков А.Н., Рябинин В.А. 2015 г.№ 2560591.
  5. «НОВЫЕ ТИПЫ МОДИФИЦИРОВАННЫХ НУКЛЕОТИДОВ С ЗАМЕЩЕННОЙ ФОСФАТНОЙ ГРУППОЙ И МЕТОД ИХ ПОЛУЧЕНИЯ». «Ноу-хау» (Секрет производства).Стеценко Д.А., Пышный Д.В., Купрюшкин М.С. 2013 г.
  6. «СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ АМИДОФОСФИТНОГО МОНОМЕРА АХИРАЛЬНОЙ НЕНУКЛЕОТИДНОЙ ВСТАВКИ ДЛЯ МОДИФИКАЦИИ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ». Пышный Д.В., Купрюшкин М.С. 2012 г.№ 2460721.
  7. «СПОСОБ ВЫБОРА ДНК-ЗОНДОВ ДЛЯ МИКРОЧИПОВОЙ ДИАГНОСТИКИ, БИОЧИП И СПОСОБ ТИПИРОВАНИЯ ГЕНА НЕЙРАМИНИДАЗЫ И ГЕМАГГЛЮТИНИНА ВИРУСА ГРИППА А». Костина Е.В., Синяков А.Н., Рябинин В.А., Максакова Г.А. 2012 г. № 2470076.
  8. «СПОСОБ СЕЛЕКТИВНОГО ВЫДЕЛЕНИЯ ПОПУЛЯЦИИ ЖИЗНЕСПОСОБНЫХ КЛЕТОК ИЗ БИОЛОГИЧЕСКИХ ЖИДКОСТЕЙ» Лактионов П.П., Вайнер О.Б., Запорожченко И.А., Пышная И.А., Пышный Д.В., Дмитриенко Е.В., Романов С.И., Власов В.В. 2011 г. № 2423698.
  9. «СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ИМПРИНТИРОВАННОГО ПОЛИМЕРА». Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В., Рогоза А.В., Пышный Д.В. 2010 г. № 2385889.
  10. «СПОСОБ ДИАГНОСТИКИ ВИРУСНОГО ГЕПАТИТА С И ОПРЕДЕЛЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ТИПА ВИРУСА» Шопаева Г.А., Бейсембаева Ш.А., Пышная И.А., Дмитриенко Е.В., Зарытова В.Ф., Пышный Д.В. 2010 г. № 22681.
  11. «СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ДНК-ЧИПА».Пышная И.А., Дмитриенко Е.В., Пышный Д.В. 2008 г. № 2340677.
  12. «ОЛИГОНУКЛЕОТИДПЕПТИДНЫЙ КОНЪЮГАТ, ОБЛАДАЮЩИЙ СПОСОБНОСТЬЮ РАСЩЕПЛЯТЬ ФОСФОДИЭФИРНЫЕ СВЯЗИ РНК В ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ 5'GpN3'» Миронова Н.Л., Пышный Д.В., Штадлер Д.В., Зенкова М.А., Власов В.В.2007 г. № 2305108.
  13. «СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ АНАЛИЗИРУЕМОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК». Пышный Д.В., Иванова Е.М., Пышная И.А., Зарытова В.Ф. 2005 г. № 2259402.
  14. «СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ОДНОНУКЛЕОТИДНЫХ ЗАМЕН В ИЗВЕСТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ». Пышный Д.В., Иванова Е.М., Пышная И.А., Дымшиц Г.М., Зарытова В.Ф. 2005 г. № 2247781.

Оборудование


  • ДНК-синтезатор ASM-800 (БИОССЕТ, Россия);
  • высокоэффективные жидкостные хроматографы Аgilent 1200 (Аgilent Technology, США) и Милихром А4 (ЭкоНова, Россия);
  • спектрофотометр Cary 300 Biomelt (Varian, Австралия), оснащенный терморегулируемой 6-ти кюветной приставкой;
  • БИК-Фурье спектрометр MPA (Bruker Optics, Германия);
  • микроскоп Leica DM 5000 (Leica Microsystems, Германия);
  • система капиллярного электрофореза P/ACE MDQ (Becman Coulter, США);
  • спектрофотометр Nanoview (GE, США); биоаналитическая система Bio-Plex 200 (BioRad, США);
  • система для характеризации наночастиц Malvern Zetasizer Nano (Malvern Instruments Ltd, Великобритания), атомно-силовой микроскоп Multimode 8 (Bruker);
  • автоматические синтезаторы ДНК;
  • ДНК-амплификаторы;
  • ВЭЖХ-хроматографы;
  • споттеры для изготовления ДНК-микрочипов;
  • сканеры микрочипов;
  • оборудование для тонкого химического синтеза.




© Copyright 2019. ИХБФМ СО РАН

Яндекс.Метрика