Лаборатория органического синтеза [Институт химической биологии и фундаментальной медицины]
ИХБФМ СО РАН » ru » Структура института » Лаборатории » Лаборатория органического синтеза
Лаборатория органического синтеза

Лаборатория органического синтеза

Заведующий лабораторией



Сильников Владимир Николаевич
доктор химических наук,
Лауреат премии Ленинского комсомола в области науки и техники

телефон: (383) 363-51-82



Сотрудники

ФИО Должность Звание Телефон E-mail Researcher ID
1. Сильников Владимир Николаевич зав. лабораторией д.х.н. 363-51-82 H-1118-2013
2. Годовикова Татьяна Сергеевна в.н.с. д.х.н. 363-51-83 A-6798-2014
3. Абрамова Татьяна Вениаминовна с.н.с. д.х.н. 363-51-83 H-1121-2013
4. Королева Людмила Сергеевна н.с. к.х.н. 363-51-83 H-1116-2013
5. Серпокрылова Инна Юрьевна м.н.с. к.х.н. 363-51-83 H-1125-2013
6. Шерстюк (Тарасенко) Юлия Вячеславовнам.н.с. 363-51-83
7. Аврамчук Татьяна Витальевна н.с. к.х.н. 363-51-83 A-6495-2014
8. Чубаров Алексей Сергеевичм.н.с. к.х.н. 363-51-83
9. Касаткина Нина Сергеевна вед. инженер 363-51-82
10.Антонова Наталья Михайловна ст.лаборант 363-51-83
11.Балина Снежана Валерьевналаборант 363-51-74
12. Мацокина Наталья Владимировна лаборант 363-51-83
13.Лисицкий Владимир Александровичм.н.с. 363-51-83

Основные направления исследований


  • Конструирование и разработка методов синтеза реагентов для молекулярно-биологических исследований, в том числе модифицированных нуклеозидов, трифосфатов и нуклеиновых кислот.
  • Дизайн и синтез искусственных рибонуклеаз – низкомолекулярных катализаторов расщепления РНК.
  • Создание противовирусных и антибактериальных препаратов на основе искусственных рибонуклеаз.

Важнейшие научные результаты


  • Разработаны подходы к конструированию низкомолекулярных катализаторов расщепления фосфодиэфирных связей в РНК, основанные на получении конъюгатов органических молекул, моделирующих фрагменты каталитических центров природных нуклеолитических ферментов, со структурами, обладающими аффинным сродством к нуклеиновым кислотам.
  • Разработаны новые методы синтеза конъюгатов олигонуклеотидов с широким спектром соединений, содержащих в своем составе алифатические аминогруппы. На основе данного подхода синтезирован ряд олигонуклеотидных конъюгатов, содержащих в своем составе РНК-гидролизующие каталитические центры, фотоактивные и флюоресцентные группы. [Митрофанов Д.В. и др., Генетика. 2008. 44, 1684; Koroleva L.S. et al., Protein & Peptide Letters. 2007. 14, 151].
  • Осуществлен дизайн и синтез новых аналогов нуклеиновых кислот и терминирующих трифосфатов на основе морфолинонуклеозидов. [Abramova T.V. et al., Indian J. Chem. 2009. 48B, 1721; Абрамова Т.В. и др., Патент РФ № 2326888, 2006 г.; Abramova T.V. et al., Bioorg. Med. Chem. 2008. 16, 9127].
  • Разработан ряд противовирусных и антибактериальных препаратов широкого спектра действия для нужд ветеринарии и медицины, находящихся на различных стадиях испытаний. [Сильников В.Н. и др., Патент РФ № 2443705, 2012 г.; Королева Л.С и др., Патент РФ №2402563, 2010 г.; Буракова Е.А. и др., Патент РФ № 2399669, 2010 г.; Королева Л.С. и др., Патент РФ № 2399388, 2010 г.].
  • Предложен ряд искусственных рибонуклеаз, для которых продемонстрировано наличие высокой противовирусной и антибактериальной активности. [Гончарова Е.П. и др., Докл. АН. 2009. 427(6), 840-843].
  • Разработана нанокомпазитная система на основе SiO2 наночастиц для внутриклеточной доставки аналогов нуклеозидтрифосфатов. Разработан новый тип линкерных групп для модификации пиримидиновых нуклеозидов. [Vasilyeva S.V. et. al., Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids. 2011. 30(10), 753-767; Vasilyeva S.V. et. al., Bioorg. Med. Chem. 2013. 21(3), 703-711].

Текущие гранты


Гранты Российского фонда фундаментальных исследований

  • № 16-04-00847 «Изучение конъюгатов предшественников терапевтических нуклеотидов с наночастицами для создания эффективных противораковых лекарств» (2016-2018 гг.)
  • № 16-34-00718 «Разработка ДНК терминаторов на основе морфолиновых нуклеозидов для анализа последовательности нуклеиновых кислот» (2016-2017 гг.)

Публикации 2015 - 2017 года


  1. Lisitskiy V.A., Khan H., Popova T.V., Chubarov A.S., Zakharova O.D., Akulov A.E., Shevelev O.B., Zavjalov E L, Koptyug I.V., Moshkin M.P., Silnikov V.N., Ahmad S., Godovikova T.S. Multifunctional human serum albumin-therapeutic nucleotide conjugate with redox and pH-sensitive drug release mechanism for cancer theranostics. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2017. V. 27. N 16. P. 3925-3930.
  2. Sherstyuk Y.V., Medvedev S.P., Elisaphenko E.A., Pokushalov E.A., Zakiyan S.M. Genome-wide profiling and differential expression of microRNA in rat pluripotent stem cells. Scientific Reports.2017. V. 7. N 1. P. 1-12.
  3. Vasilyeva S.V., Shtil A.A., Petrova A.S., Balakhnin S.M., Achigecheva P.Y., Stetsenko D.A., Silnikov V.N. Conjugates of phosphorylated zalcitabine and lamivudine with SiO2 nanoparticles: synthesis by CuAAC click chemistry and preliminary assessment of anti-HIV and antiproliferative activity. Bioorg. Med. Chem. 2017. V. 25. N 5. P. 1696-1702.
  4. Sherstyuk Y.V., Zakharenko A.L., Kutuzov M.M., Chalova P.V., Sukhanova M.V., Lavrik O.I., Silnikov V.N., Abramova T.V. A versatile strategy for the design and synthesis of novel ADP conjugates and their evaluation as potential poly(ADP-ribose) polymerase 1 inhibitors. Molecular Diversity. 2017. V. 21. N 1. P. 101–113.
  5. Шерстюк Ю.В., Захаренко А.Л., Кутузов М.М., Суханова М.В., Лаврик О.И., Сильников В.Н., Абрамова Т.В. Синтез серии аналогов NAD+ – потенциальных ингибиторов парп 1 – с использованием конъюгатов ADP, функционализированных по концевой фосфатной группе. Биоорганическая химия. 2017. Т. 43. № 1. С. 88–96.
  6. Молекулярные зонды на основе человеческого сывороточного альбумина для визуализации опухолей методами магнитно-резонансной и флуоресцентной томографии. Чубаров А.С., Акулов А.Е., Шевелев О.Б., Завьялов Е.Л., Годовикова Т.С. Сибирское медицинское обозрение 2016 Т. 101 № 5 С. 106-108.
  7. Biological evaluation of tetracationic compounds based on two 1,4-diazabicyclo[2.2.2]octane moieties connected by different linkers. Burakova E.A., Saranina I.V., Tikunova N.V., Nazarkina Z.K., Laktionov P.P., Karpinskaya L.A., Anikin V.B., Zarubaev V.V., Silnikov V.N. Bioorg. Med. Chem. 2016 V. 24 N 22 P. 6012-6020.
  8. Лукьянчикова Н.В., Петрусева И.О., Евдокимов А.Н., Сафронов И.В., Королева Л.С., Лаврик О.И. ДНК, содержащие объемные флуоресцентные и фотоактивные повреждения, как субстраты NER и аффинные зонды. Биохимия. 2016. Т. 81(3). С. 263-274.
  9. ДНК с повреждениями в обеих цепях как аффинные зонды и субстраты системы ЭРН. Лукьянчикова Н.В., Петрусева И.О., Евдокимов А.Н., Сильников В.Н., Лаврик О.И. Биохимия. 2016 Т. 81 № 3 С. 386-400.
  10. Визуализирующие системы на основе человеческого сывороточного альбумина для МРТ диагностики патологических процессов. Чубаров А.С., Годовикова Т.С., Ahmad S., Сильников В.Н. Химия в интересах устойчивого развития. 2016 Т. 24 С. 585–605.
  11. Delivery system for AZT-triphosphate analogues based on SiO2 nanoparticles. Vasilyeva S.V., Silnikov V.N., Shatskaya N.V., Levina A.S. IEEE Transaction on Nanotechnology (TNANO) 2016 P. 1054-1057.
  12. Наночастицы диоксида кремния как средство доставки производных нуклеотидов в клетки млекопитающих. Современные тенденции развития науки и технологий. Васильева С.В., Сильников В.Н., Стеценко Д.А. Современные тенденции развития науки и технологий. 2016 № 10-3 С. 67-70.
  13. Antiviral Properties and Toxicity of Ag-Cystine Complex. Morozova O.V., Isaeva E.I., Silnikov V.N., Barinov N.A., Klinov D.V. Journal of Virology and Emerging Diseases 2016 V. 2 N 1 P. 1-8.
  14. A versatile strategy for the design and synthesis of novel ADP conjugates and their evaluation as potential poly(ADP-ribose) polymerase 1 inhibitors. Sherstyuk Y.V., Zakharenko A.L., Kutuzov M.M., Chalova P.V., Sukhanova M.V., Lavrik O.I., Silnikov V.N., Abramova T.V. Molecular Diversity 2016.
  15. Artificial ribonucleases inactivate a wide range of viruses using their ribonuclease, membranolytic, and chaotropic-like activities. Fedorova A.A., Goncharova E.P., Koroleva L.S., Burakova E.A., Ryabchikova E.I., Bichenkova E.V., Silnikov V.N., Vlassov V.V., Zenkova M.A. Antivir Res. 2016 V. 133 P. 73-84.
  16. Effective synthesis of fluorescently labeled morpholino nucleoside triphosphate derivatives. Sherstyuk Y.V., Abramova T.V., Mamatuk V. I., Silnikov V.N. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2016 V. 35 N 1 P. 32-42.
  17. Investigation of DNA-damage and chromosomal aberrations in blood cells under the influence of new silver-based antiviral complex. Plotnikov E., Silnikov V.N., Gapeyev A., Plotnikov V. Advanced Pharmaceutical Bulletin. 2016 V. 6 N 1 P. 71-74.
  18. New Oligonucleotide Derivatives as Unreactive Substrate Analogues and Potential Inhibitors of Human Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease APE1. Kuznetsov N.A., Kupryushkin M.S., Abramova T.V., Kuznetsova A.A., Miroshnikova A.D., Stetsenko D.A., Pyshnyi D.V., Fedorova O.S. Mol. BioSyst. 2016 V. 12 N 1 P. 67-75.
  19. Design, RNA cleavage and antiviral activity of new artificial ribonucleases derived from mono-, di- and tripeptides connected by linkers of different hydrophobicity. Tamkovich N.V., Koroleva L.S., Kovpak M.P., Goncharova E.P., Silnikov V.N., Vlassov V.V., Zenkova M.A. Bioorg. Med. Chem. 2016 V. 24 P. 1346-1355.
  20. Design of protein homocystamides with enhanced tumor uptake properties for 19F magnetic resonance imaging. Chubarov A.S., Zakharova O.D., Koval O.A., Romaschenko A.V., Akulov A.E., Zavjalov E. L., Razumov I.A., Koptyug I.V., Knorre D.G., Godovikova T.S. Bioorg. Med. Chem. 2015 V. 23 N 21 P. 6943-6954.
  21. SiO2 nanoparticles as platform for delivery of 30-triazole analogues of AZT-triphosphate into cells. Vasilyeva S.V., Levina A.S., Li-Zhulanov N.S., Natalia V.S., Байбородин С.И., Repkova M.N., Zarytova V.F., Mazurkova N.A., Silnikov V.N.Bioorg. Med. Chem. 2015 V. 23 N 9 P. 2168-2175.
  22. How to Form a Phosphate Anhydride Linkage in Nucleotide Derivatives. Sherstyuk Y.V., Abramova T.V. ChemBioChem. 2015 V. 16 P. 2562-2570 .
  23. Synthesis and Structure-Activity Relationship of Novel 1,4-Diazabicyclo[2.2.2]octane Derivatives as Potent Antimicrobial Agents. Yarinich L.A., Burakova E.A., Zakharov B.A., Boldyreva E.V., Babkina I.N., Tikunova N.V., Silnikov V.N. Eur. J. Med. Chem. 2015 V. 95 P. 563-573.
  24. Recent advances in detection of AGEs: Immunochemical, Bioanalytical and Biochemical approaches. Ashraf J. M., Ahmad S., Choi I., Ahmad N., Khan M. F., Godovikova T.S., Shahab U. IUBMB Life. 2015 V. 67 N 12 P. 897-913.
  25. Pharmacokinetic studies of new silver-based complex. Silnikov V.N., Plotnikov E., Plotnikov V. Int J Pharm Pharm Sci 2015 V. 7 N 6 P. 41-43.
  26. Analysis of structure and thermodynamics of modified DNA duplexes using molecular dynamics simulation. Lomzov A.A., Gorelov V.V., Golyshev V.M., Abramova T.V., Pyshnyi D.V.J. Biomol. Struct. Dyn. 2015 V. 33 S. 1 P. 90-91.
  27. Water Purification with Natural Sorbents: Effect of Surface Modification with Nano-Structured Particles. Plotnikov E., Martemianova I., Martemianov D., Zhuravkov S., Voronova O., Korotkova E., Silnikov V.N. Procedia Chemistry. 2015 V. 15 P. 219-224.
  28. Composite Material for Hyaline Cartilage Repair. Chernonosova V.S., Stepanova A.O., Godovikova T.S., Bulatov K.A., Patrushev A.Y., Mayborodin I.V., Shevela A.I., Laktionov P.P. Tissue engineering, part A. 2015 V. 21 S. 1 P. S-278.
  29. Тетракатионные соединения на основе 1,4-диазабицикло[2.2.2]октана: антибактериальная активность и взаимодействие с N-содержащими нуклеофилами. Буракова Е.А., Саранина И.В., Тикунова Н.В., Сильников В.Н. Известия АН. Серия химическая. 2015 № 6 С. 1400-1405.
  30. Новосибирский турнир юных химиков - решение «нерешаемых» междисциплинарных исследовательских задач. Чубаров А.С. Потенциал. Химия. Биология. Медицина 2015 № 3 С. 55-63.

Патенты


  1. КОНТРАСТИРУЮЩИЙ АГЕНТ ДЛЯ ВВЕДЕНИЯ ФТОР-19 МЕТКИ В БЕЛКИ, СОДЕРЖАЩИЕ ОСТАТКИ ЛИЗИНА. Годовикова Т.С., Сильников В.Н., Платонов В.Е., Чубаров А.С. 2016 г. № 2599500.
  2. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ НАНОРАЗМЕРНОЙ СИСТЕМЫ ДОСТАВКИ ТРИФОСФАТА АЗИДОТИМИДИНА В КЛЕТКИ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Васильева С.В., Левина А.С., Репкова М.Н., Шацкая Н.В., Сильников В.Н., Мазуркова Н., Зарытова В.Ф. 2015 г. № 2563171.
  3. СРЕДСТВО, ОБЛАДАЮЩЕЕ АНТИБАКТЕРИАЛЬНОЙ АКТИВНОСТЬЮ. Сильников В.Н., Буракова Е.А., Королева Л.С., Яринич Л.А. 2014 г. № 2532328.
  4. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ НАНОРАЗМЕРНОЙ СИСТЕМЫ ДОСТАВКИ НУКЛЕОЗИДТРИФОСФАТОВ В КЛЕТКИ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Зарытова В.Ф., Левина А.С., Васильева С.В., Сильников В.Н., Шацкая Н.В., Репкова М.Н. 2014 г. № 2527681.
  5. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНАКТИВАЦИИ ДНК-ВИРУСОВ. Федорова А.А., Гончарова Е.П., Королева Л.С., Сильников В.Н., Власов В.В., Зенкова М.А. 2013 г. № 2480478.
  6. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ФТОРУГЛЕРОДНОГО ГЕМОСОРБЕНТА И ФТОРУГЛЕРОДНЫЙ ГЕМОСОРБЕНТ (ВНИИТУ-1Ф). Кнорре Д.Г., Годовикова Т.С., Лихолобов В.А., Даниленко А., Пьянова Л.Г., Седанова А.В., Долгих Т.И. 2013 г. № 2477652.
  7. СРЕДСТВО, ПРОЯВЛЯЮЩЕЕ ПРОТИВИРУСНУЮ АКТИВНОСТЬ В ОТНОШЕНИИ ДНК- ВИРУСОВ. Федорова А.А., Гончарова Е.П., Буракова Е.А., Сильников В.Н., Власов В.В., Зенкова М.А. 2013 г. № 2487876.
  8. СПОСОБ ОЦЕНКИ АКТИВНОСТИ СИСТЕМЫ ЭКСЦИЗИОННОЙ РЕПАРАЦИИ НУКЛЕОТИДОВ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Евдокимов А.Н., Петрусева И.О., Цидулко А.Е., Королева Л.С., Серпокрылова И.Ю., Сильников В.Н., Лаврик О.И. 2013 г.№ 2492242.
  9. СПОСОБ МОДИФИЦИРОВАНИЯ УГЛЕРОДНОГО ГЕМОСОРБЕНТА И УГЛЕРОДНЫЙ ГЕМОСОРБЕНТ С ИММОБИЛИЗОВАННЫМ БЕЛКОМ. Лихолобов В.А., Пьянова Л.Г., Седанова А.В., Кнорре Д.Г., Годовикова Т.С.2012 г. № 2452499.
  10. СРЕДСТВО, ОБЛАДАЮЩЕЕ АНТИБАКТЕРИАЛЬНОЙ АКТИВНОСТЬЮ. Сильников В.Н., Буракова Е.А., Глотова Т.И., Глотов А.Г., Репин В.Е. 2012 г. № 2443705.
  11. ПРОИЗВОДНЫЕ N-ЗАМЕЩЕННОГО 1,4-ДИАЗАБИЦИКЛО-[2.2.2]-ОКТАНА, ПРОЯВЛЯЮЩИЕ ПРОТИВОВИРУСНУЮ АКТИВНОСТЬ В ОТНОШЕНИИ РНК-ВИРУСОВ. Буракова Е.А., Власов В.В., Гончарова Е.П., Зенкова М.А., Ковалев Н.А., Ковпак М.П., Сильников В.Н., Тамкович Н.В. 2010 г.№ 2399669.
  12. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА 8-ОКСОГУАНИН-ДНК-ГЛИКОЗИЛАЗЫ ЧЕЛОВЕКА. Кузнецов Н.А., Коваль В.В., Воробьев Ю.Н., Жарков Д.О., Сильников В.Н., Федорова О.С. 2010 г. № 2380417.
  13. СРЕДСТВО, ОБЛАДАЮЩЕЕ ПРОТИВОВИРУСНОЙ АКТИВНОСТЬЮ. Королева Л.С., Власов В.В., Гончарова Е.П., Зенкова М.А., Ковалев Н.А., Ковпак М.П., Сильников В.Н., Тамкович Н.В. 2010 г. № 2402563.
  14. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНАКТИВАЦИИ ВИРУСОВ, ОБЛАДАЮЩЕЕ ОДНОВРЕМЕННОЙ РИБОНУКЛЕАЗНОЙ, МЕМБРАНОЛИТИЧЕСКОЙ И ПРОТИВОВИРУСНОЙ АКТИВНОСТЯМИ. Королева Л.С., Власов В.В., Гончарова Е.П., Зенкова М.А., Ковалев Н.А., Ковпак М.П., Сильников В.Н., Тамкович Н.В. 2010 г. № 2399388.
  15. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ СОЛЕЙ 5'-ТРИФОСФАТОВ ДЕЗОКСИРИБО- И РИБООЛИГОНУКЛЕОТИДОВ. Абрамова Т.В., Васильева С.В., Серпокрылова И.Ю., Власов В.В., Сильников В.Н. 2008 г. № 2326888.

Оборудование


  • оборудование для проведения работ по синтезу и доказательству строения сложных органических молекул и модифицированных биополимеров.

Помимо стандартного оборудования, необходимого для проведения органического синтеза, в распоряжении лаборатории имеются:

  • твердофазный пептидный синтезатор оригинальной конструкции, позволяющий проводить твердофазный органический синтез;
  • олигонуклеотидный синтезатор;
  • аналитические хроматографы Милихром различных модификаций.




© Copyright 2017. ИХБФМ СО РАН

Яндекс.Метрика