Лаборатория органического синтеза

Сильников Владимир Николаевич
доктор химических наук,
Лауреат премии Ленинского комсомола в области науки и техники, г.н.с.

телефон: (383) 363-51-82
Email

• Конструирование и разработка методов синтеза реагентов для молекулярно-биологических исследований, в том числе модифицированных нуклеозидов, трифосфатов и нуклеиновых кислот.
• Дизайн и синтез искусственных рибонуклеаз – низкомолекулярных катализаторов расщепления РНК.
• Создание противовирусных и антибактериальных препаратов на основе искусственных рибонуклеаз.

• Разработаны подходы к конструированию низкомолекулярных катализаторов расщепления фосфодиэфирных связей в РНК, основанные на получении конъюгатов органических молекул, моделирующих фрагменты каталитических центров природных нуклеолитических ферментов, со структурами, обладающими аффинным сродством к нуклеиновым кислотам.
  
• Разработаны новые методы синтеза конъюгатов олигонуклеотидов с широким спектром соединений, содержащих в своем составе алифатические аминогруппы. На основе данного подхода синтезирован ряд олигонуклеотидных конъюгатов, содержащих в своем составе РНК-гидролизующие каталитические центры, фотоактивные и флюоресцентные группы. [Митрофанов Д.В. и др., Генетика. 2008. 44, 1684; Koroleva L.S. et al., Protein & Peptide Letters. 2007. 14, 151].
  
• Осуществлен дизайн и синтез новых аналогов нуклеиновых кислот и терминирующих трифосфатов на основе морфолинонуклеозидов. [Abramova T.V. et al., Indian J. Chem. 2009. 48B, 1721; Абрамова Т.В. и др., Патент РФ № 2326888, 2006 г.; Abramova T.V. et al., Bioorg. Med. Chem. 2008. 16, 9127].
  
• Разработан ряд противовирусных и антибактериальных препаратов широкого спектра действия для нужд ветеринарии и медицины, находящихся на различных стадиях испытаний. [Сильников В.Н. и др., Патент РФ № 2443705, 2012 г.; Королева Л.С и др., Патент РФ №2402563, 2010 г.; Буракова Е.А. и др., Патент РФ № 2399669, 2010 г.; Королева Л.С. и др., Патент РФ № 2399388, 2010 г.].
  
• Предложен ряд искусственных рибонуклеаз, для которых продемонстрировано наличие высокой противовирусной и антибактериальной активности. [Гончарова Е.П. и др., Докл. АН. 2009. 427(6), 840-843].
• Разработана нанокомпазитная система на основе SiO2 наночастиц для внутриклеточной доставки аналогов нуклеозидтрифосфатов. Разработан новый тип линкерных групп для модификации пиримидиновых нуклеозидов. [Vasilyeva S.V. et. al., Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids. 2011. 30(10), 753-767; Vasilyeva S.V. et. al., Bioorg. Med. Chem. 2013. 21(3), 703-711].

Базовые проекты

• ПФНИ ГАН (2013-2020) VI.57.1.2 «Механизмы функционирования систем репарации, транскрипции и трансляции. Патологические процессы, связанные с этими системами». 0309-2016-0001 (2017-2020 гг.)
• ПФНИ ГАН (2013-2020) VI.62.1.4 «Интеллектуальные материалы для биомедицины». 0309-2016-0004. (2017-2020 гг.)
• Блок: Модификация полимерного каркаса функционально активными пептидами и оценки качества проведенной модификации. Проект КП ФНИ СО РАН II.1 (ГЗ № 0309-2018-0009): «Биодеградируемый сосудистый графт малого диаметра, модифицированный функционально активными пептидами» (2018-2020 гг.)

Гранты Российского фонда фундаментальных исследований

• № 18-04-00352-а «Дизайн, синтез и изучение ингибирующего действия 5’,5’-динуклеозидпирофосфатов и их модифицированных производных в реакциях, катализируемых ферментами семейства поли(АДФ-рибоза)-полимераз (ПАРП) (2018-2020 гг.)
• № 19-44-540005 р_а «Антибактериальные препараты, активные в отношении антибиотикоустойчивых штаммов микроорганизмов». (2019-2021 гг.)

Гранты Российского научного фонда

• № 19-74-20123 «Мультифункциональные бор-содержащие наноконструкции на основе конъюгатов терапевтических нуклеотидов с человеческим сывороточным альбумином для визуализации и терапии злокачественных опухолей». (2019-2022 гг.)
• № 19-74-20127 инфр «Новые таргетные агенты для БНЗТ глиобластом на основе борсодержащих конъюгатов опухолеспецифичных НК-аптамеров» (2019-2022 гг.)

1. New photoacids in microarray synthesis of oligonucleotides. Sinyakov A.N., Kostina E.V., Zaytsev D.E., Chukanov N.V., Kamaev G.N., Bessmeltsev V.P., Shelkovnikov V.V., Vasiliev E.V. J. of Saudi Chem. Soc. 2023. V. 27. N 4. P. 101709. DOI: 10.1016/j.jscs.2023.101709
2. Changes in the Ultrastructure of Staphylococcus aureus Cells Make It Possible to Identify and Analyze the Injuring Effects of Ciprofloxacin, Polycationic Amphiphile and Their Hybrid. Grigoryeva A.E., Bardasheva A., Ryabova E.S., Tupitsyna A.V., Zadvornykh D.A., Koroleva L.S., Silnikov V.N., Tikunova N.V., Ryabchikova E.I. Microorganisms. 2023. V. 11. P. 2192. DOI: 10.3390/microorganisms11092192
3. Natural Guanine Derivatives Exert PARP-Inhibitory and Cytoprotective Effects in a Model of Cardiomyocyte Damage under Oxidative Stress. Shram S.I., Shcherbakova T.A., Abramova T.V., Baradieva E.C., Efremova A.S., Smirnovskaya M.S., Silnikov V.N., Švedas V.K., Nilov D.K. Biochemistry (Moscow). 2023. V. 88. N 6. P. 962-972. DOI: 10.1134/S0006297923060068 перевод
4. Природные производные гуанина оказывают PARP-ингибиторное и цитопротекторное действие на модели повреждения кардиомиоцитов при окислительном стрессе. Шрам С.И., Щербакова Т.А., Абрамова Т.В., Барадиева Э.Ц., Ефремова М.С., Смирновская В.Н., Сильников В.Н., Швядас В.К., Нилов Д.К. Биохимия. 2023. Т. 88. № 6. С. 964-974. DOI: 10.31857/S0320972523060064
5. Comparison of the Patency and Regenerative Potential of Biodegradable Vascular Prostheses of Different Polymer Compositions in an Ovine Model. Antonova L.V., Sevostianova V.V., Silnikov V.N., Krivkina E.O., Velikanova E.A., Mironov A.V., Shabaev A.R., Senokosova E.A., Khanova M.Yu., Glushkova T.V., Akentieva T.N., Sinitskaya A.V., Markova V.E., Shishkova D.K., Lobov A.A., Repkin E.A., Stepanov A.D., Kutikhin A.G., Barbarash L.S. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. P. 8540. DOI: 10.3390/ijms24108540
6. Design of the New Closo-Dodecarborate-Containing Gemcitabine Analogue for the Albumin-Based Theranostics Composition. Raskolupova V.I., Wang M., Dymova M.A., Petrov G.O., Shchudlo I., Taskaev S.Y., Abramova T.V., Godovikova T.S., Silnikov V.N., Popova T.V. Molecules. 2023. V. 28. P. 2672. DOI: 10.3390/molecules28062672
7. Structure and Interaction Based Design of Anti-SARS-CoV-2 Aptamers. Shchugoreva I.A., Artyushenko P.V., Morozov D., Borbone N., Oliviero G., Zamay T.N., Moryachkov R.V., Kolovskaya O. S., Lukyanenko K.A., Song Y., Merkuleva I.A., Zabluda V.N., Peters G., Koroleva L.S., Veprintsev D.V., Glazyrin Y.E., Volosnikova E.A., Belenkaya S.V., Esina T.I., Isaeva A.A., Nesmeyanova V. S., Shanshin D.V., Berlina A.N., Komova N.S., Svetlichnyi V.A., Silnikov V.N., Shcherbakov D.N., Zamay G.S., Zamay S.S., Smolyarova T., Tikhonova E.P., Chen K. H-C., Jeng U-Ser ., Condorelli G., Franciscis de V., Groenhof G., Yang C., Moskovsky A.A., Fedorov D.G., Tomilin F.N., Tan W., Alexeev Y., Berezovski M.V., Kichkailo A.S. Chemistry. 2022. V. 28. N 12. e202104481. DOI: 10.1002/chem.202104481
8. Ингибиторное ДЕЙСТВИЕ 7-метилгуанина и его метаболита 8-гидрокси-7-метилгуанина на поли(ADP-рибозо)полимеразу 1 человека. Кургина Т.А., Шрам С.И., Кутузов М.М., Абрамова Т.В., Щербакова Т.А., Мальцева Е.А., Поройков В.В., Лаврик О.И., Швядас В.К., Нилов Д.К. Биохимия. 2022. Т. 87. № 6. С. 794-803. DOI: 10.31857/S0320972522060070
9. Inhibitory Effects of 7-Methylguanine and Its Metabolite 8-Hydroxy-7-Methylguanine on Human Poly(ADP-Ribose) Polymerase 1. Kurgina T.A., Shram S.I., Kutuzov M.M., Abramova T.V., Shcherbakova T.A., Maltseva E.A., Poroikov V., Lavrik O.I., Švedas V.K., Nilov D.K. Biochemistry (Moscow). 2022. V. 87. N 8. P. 823-831. DOI: 10.1134/S0006297922080132 (перевод)
10. Antibacterial activity of cationic amphiphil conjugates with ciprofloxacin. International Journal of Health Sciences. Zadvornykh D.A., Zhang Z., Liu C., Serpokrylova I.Y., Bardasheva A., Tikunova N.V., Silnikov V.N., Koroleva L.S. International Journal of Health Sciences. 2022. V. 6. S7. P. 3009–3023. DOI: 10.53730/ijhs.v6nS7.12110
11. Horizons of molecular genetic diagnosis and varicose veins treatment. Gavrilov K.A., Shevela A.I., Smetanina M.A., Koroleva L.S., Sevostyanova K.S. Phlebology. 2022. V. 37. N 2. P. 54-55.
12. Тканеинженерные сосудистые заплаты -сравнительная характеристика и результаты преклинических испытаний на модели овцы. Антонова Л.В., Миронов А.В., Шабаев А.Р., Сильников В.Н., Кривкина Е.О., Матвеева В.Г., Великанова Е.А., Сенокосова Е.А., Ханова М.Ю., Севостьянова В.В., Глушкова Т.В., Мухамадияров Р.А., Барбараш Л.С. Вестник трансплантологии и искусственных органов. 2022. Т. 24. № 4. С. 94-108. DOI: 10.15825/1995-1191-2022-4-94-108
13. Terminal mono- and bis-conjugates of oligonucleotides with closo-dodecaborate: synthesis and physico-chemical properties. Novopashina D.S., Vorobyeva M.A., Lomzov A.A., Silnikov V.N., Venyaminova A.G. Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. N 1. P. 182. DOI: 10.3390/ijms22010182
14. New BODIPY Dye with a Large Stokes Shift for Biopolymer Labelling. Raskolupova V.I., Popova T.V., Zakharova O., Abramova T.V., Silnikov V.N. Chemistry Proceedings. 2021. V. 3. P. 72. DOI: 10.3390/ecsoc-24-08304 (труды)
15. Реакции (4E)-3-ариламино-4-(гидроксиимино)- нафталин-1(4H)-онов и (4E)-2-[ариламино- (алкиламино)]-4-(гидроксиимино) нафталин1(4H)-онов С 2,2-дигидрокси-1,3-индандионом. Горностаев Л.М., Руденко Д.С., Руковец Т.А., Фоминых О.И., Ромашкова Ю.Г., Гатилов Ю.В., Сильников В.Н. Журнал органической химии. 2021. Т. 57. № 2. С. 194–200. DOI: 10.31857/S0514749221020051
16. Rational Design of Albumin Theranostic Conjugates for Gold Nanoparticles Anticancer Drugs: Where the Seed Meets the Soil? Popova T.V., Pyshnaya I.A., Zakharova O., Akulov A.E., Shevelev O.B., Poletaeva Y., Zavjalov E L, Silnikov V.N., Ryabchikova E.I., Godovikova T.S. Biomedicines. 2021. V. 9. N 1. P. 74. DOI: 10.3390/biomedicines9010074
17. Human Serum Albumin Labelling with a New BODIPY Dye Having a Large Stokes Shift. Raskolupova V.I., Popova T.V., Zakharova O., Nikotina A.E., Abramova T.V., Silnikov V.N. Molecules. 2021. V. 26. N 9. P. 2679. DOI: 10.3390/molecules26092679
18. 11C-radiolabeled aptamer for imaging of tumors and metastases using positron emission tomography- computed tomography. Ozerskaya A.V., Zamay T.N., Kolovskaya O.S., Tokarev N.A., Belugin K.V., Chanchikova N.G., Badmaev O.N., Zamay G.S., Shchugoreva I.A., Moryachkov R.V., Zabluda V.N., Khorzhevskii V.A., Shepelevich N., Gappoev S.V., Karlova E.A., Saveleva A.S., Volzhentsev A.A., Blagodatova A.N., Lukyanenko K.A., Veprintsev D.V., Smolyarova T.E., Tomilin F.N., 4 Zamay S.S., Silnikov V.N., Berezovski M.V., Kichkailo A.S. Mol. Ther. Nucl. Acids. 2021. V. 26. P. 1159-1172. DOI: 10.1016/j.omtn.2021.10.020
19. Полимерные материалы с антибактериальной активностью: проблемы выбора низкомолекулярных антибактериальных агентов. Сильников В.Н., Королева Л.С., Кривкина Е.О., Барбараш Л.С. Химия в интересах устойчивого развития. 2021. Т. 29. № 4. С. 494-506. DOI: 10.15372/KhUR2021326
20. Оценка биосовместимости и антимикробных свойств биодеградируемых сосудистых протезов различного полимерного состава с атромбогенным и противомикробным лекарственным покрытием. Антонова Л.В., Кривкина Е.О., Сильников В.Н., Груздева О.В., Резвова М.А., Акентьева Т.Н., Глушкова Т.В., Ткаченко В.О., Сахарова В.М., Барбараш Л.С. Вестник трансплантологии и искусственных органов. 2021. Т. 23. № 2. С. 122-136. DOI: 10.15825/1995-1191-2021-2-122-136
21. Homocystamide Conjugates of Human Serum Albumin as a Platform to Prepare Bimodal Multidrug Delivery Systems for Boron Neutron Capture Therapy. Popova T.V., Dymova M.A., Koroleva L.S., Zakharova O., Lisitskiy V.A., Raskolupova V.I., Sycheva T., Taskaev S., Silnikov V.N., Godovikova T.S. Molecules. 2021. V. 26. P. 6537. DOI: 10.3390/molecules26216537
22. Impact of modification on the energy characteristics of surfaces and matrix properties of the new effective polymer vascular implants. Bogdanova Y.G., Antonova L.V., Silnikov V.N., Khanova M.Yu., Senokosova E.A., Barbarash L.S. Key Engineering Materials. 2021. V. 899. P. 342 - 354. DOI: 10.4028/www.scientific.net/KEM.899.342

1. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ПРОТИВООПУХОЛЕВОГО КОНЬЮГАТА НА ОСНОВЕ ЧЕЛОВЕЧЕСКОГО СЫВОРОТОЧНОГО АЛЬБУМИНА, СОДЕРЖАЩЕГО ТЕРАПЕВТИЧЕСКИЕ И КОНТРАСТИРУЮЩИЙ АГЕНТЫ. Годовикова Т.С., Попова Т.В., Чубаров А.С., Лисицкий В.А., Сильников В.Н. 2016 г. № 2644280
2. КОНТРАСТИРУЮЩИЙ АГЕНТ ДЛЯ ВВЕДЕНИЯ ФТОР-19 МЕТКИ В БЕЛКИ, СОДЕРЖАЩИЕ ОСТАТКИ ЛИЗИНА. Годовикова Т.С., Сильников В.Н., Платонов В.Е., Чубаров А.С. 2016 г. № 2599500.
   
3. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ КОНТРАСТИРУЮЩЕГО ПРЕПАРАТА НА ОСНОВЕ ЧЕЛОВЕЧЕСКОГО СЫВОРОТОЧНОГО АЛЬБУМИНА ДЛЯ ВИЗУАЛИЗАЦИИ ОПУХОЛЕВЫХ ТКАНЕЙ. Годовикова Т.С., Чубаров А.С., Сильников В.Н. 2016 г. № 2629844
4. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ НАНОРАЗМЕРНОЙ СИСТЕМЫ ДОСТАВКИ ТРИФОСФАТА АЗИДОТИМИДИНА В КЛЕТКИ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Васильева С.В., Левина А.С., Репкова М.Н., Шацкая Н.В., Сильников В.Н., Мазуркова Н., Зарытова В.Ф. 2015 г. № 2563171.
   
5. СРЕДСТВО, ОБЛАДАЮЩЕЕ АНТИБАКТЕРИАЛЬНОЙ АКТИВНОСТЬЮ. Сильников В.Н., Буракова Е.А., Королева Л.С., Яринич Л.А. 2014 г. № 2532328.
   
6. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ НАНОРАЗМЕРНОЙ СИСТЕМЫ ДОСТАВКИ НУКЛЕОЗИДТРИФОСФАТОВ В КЛЕТКИ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Зарытова В.Ф., Левина А.С., Васильева С.В., Сильников В.Н., Шацкая Н.В., Репкова М.Н. 2014 г. № 2527681.
   
7. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНАКТИВАЦИИ ДНК-ВИРУСОВ. Федорова А.А., Гончарова Е.П., Королева Л.С., Сильников В.Н., Власов В.В., Зенкова М.А. 2013 г. № 2480478.
   
8. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ФТОРУГЛЕРОДНОГО ГЕМОСОРБЕНТА И ФТОРУГЛЕРОДНЫЙ ГЕМОСОРБЕНТ (ВНИИТУ-1Ф). Кнорре Д.Г., Годовикова Т.С., Лихолобов В.А., Даниленко А., Пьянова Л.Г., Седанова А.В., Долгих Т.И. 2013 г. № 2477652.
   
9. СРЕДСТВО, ПРОЯВЛЯЮЩЕЕ ПРОТИВИРУСНУЮ АКТИВНОСТЬ В ОТНОШЕНИИ ДНК- ВИРУСОВ. Федорова А.А., Гончарова Е.П., Буракова Е.А., Сильников В.Н., Власов В.В., Зенкова М.А. 2013 г. № 2487876.
   
10. СПОСОБ ОЦЕНКИ АКТИВНОСТИ СИСТЕМЫ ЭКСЦИЗИОННОЙ РЕПАРАЦИИ НУКЛЕОТИДОВ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Евдокимов А.Н., Петрусева И.О., Цидулко А.Е., Королева Л.С., Серпокрылова И.Ю., Сильников В.Н., Лаврик О.И. 2013 г.№ 2492242.
    
11. СПОСОБ МОДИФИЦИРОВАНИЯ УГЛЕРОДНОГО ГЕМОСОРБЕНТА И УГЛЕРОДНЫЙ ГЕМОСОРБЕНТ С ИММОБИЛИЗОВАННЫМ БЕЛКОМ. Лихолобов В.А., Пьянова Л.Г., Седанова А.В., Кнорре Д.Г., Годовикова Т.С.2012 г. № 2452499.
    
12. СРЕДСТВО, ОБЛАДАЮЩЕЕ АНТИБАКТЕРИАЛЬНОЙ АКТИВНОСТЬЮ. Сильников В.Н., Буракова Е.А., Глотова Т.И., Глотов А.Г., Репин В.Е. 2012 г. № 2443705.
    
13. ПРОИЗВОДНЫЕ N-ЗАМЕЩЕННОГО 1,4-ДИАЗАБИЦИКЛО-[2.2.2]-ОКТАНА, ПРОЯВЛЯЮЩИЕ ПРОТИВОВИРУСНУЮ АКТИВНОСТЬ В ОТНОШЕНИИ РНК-ВИРУСОВ. Буракова Е.А., Власов В.В., Гончарова Е.П., Зенкова М.А., Ковалев Н.А., Ковпак М.П., Сильников В.Н., Тамкович Н.В. 2010 г.№ 2399669.
    
14. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА 8-ОКСОГУАНИН-ДНК-ГЛИКОЗИЛАЗЫ ЧЕЛОВЕКА. Кузнецов Н.А., Коваль В.В., Воробьев Ю.Н., Жарков Д.О., Сильников В.Н., Федорова О.С. 2010 г. № 2380417.
    
15. СРЕДСТВО, ОБЛАДАЮЩЕЕ ПРОТИВОВИРУСНОЙ АКТИВНОСТЬЮ. Королева Л.С., Власов В.В., Гончарова Е.П., Зенкова М.А., Ковалев Н.А., Ковпак М.П., Сильников В.Н., Тамкович Н.В. 2010 г. № 2402563.
    
16. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНАКТИВАЦИИ ВИРУСОВ, ОБЛАДАЮЩЕЕ ОДНОВРЕМЕННОЙ РИБОНУКЛЕАЗНОЙ, МЕМБРАНОЛИТИЧЕСКОЙ И ПРОТИВОВИРУСНОЙ АКТИВНОСТЯМИ. Королева Л.С., Власов В.В., Гончарова Е.П., Зенкова М.А., Ковалев Н.А., Ковпак М.П., Сильников В.Н., Тамкович Н.В. 2010 г. № 2399388.
    
17. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ СОЛЕЙ 5'-ТРИФОСФАТОВ ДЕЗОКСИРИБО- И РИБООЛИГОНУКЛЕОТИДОВ. Абрамова Т.В., Васильева С.В., Серпокрылова И.Ю., Власов В.В., Сильников В.Н. 2008 г. № 2326888.
    

• оборудование для проведения работ по синтезу и доказательству строения сложных органических молекул и модифицированных биополимеров.
  

Помимо стандартного оборудования, необходимого для проведения органического синтеза, в распоряжении лаборатории имеются:

• твердофазный пептидный синтезатор оригинальной конструкции, позволяющий проводить твердофазный органический синтез;
• олигонуклеотидный синтезатор;
• аналитические хроматографы Милихром различных модификаций.