Лаборатория органического синтеза [Институт химической биологии и фундаментальной медицины]
ИХБФМ СО РАН » ru » Структура института » Лаборатории » Лаборатория органического синтеза
Лаборатория органического синтеза

Лаборатория органического синтеза

Заведующий лабораторией



Сильников Владимир Николаевич
доктор химических наук,
Лауреат премии Ленинского комсомола в области науки и техники, г.н.с.

телефон: (383) 363-51-82



Сотрудники

ФИО Должность Звание Телефон E-mail Researcher ID
Абрамова Татьяна Вениаминовна с.н.с. д.х.н. 363-51-83 H-1121-2013
Аврамчук Татьяна Витальевна н.с. к.х.н. 363-51-83 A-6495-2014
Годовикова Татьяна Сергеевна в.н.с. д.х.н. 363-51-83 A-6798-2014
Задворных Данила Андреевич лаборант 363-51-83
Королева Людмила Сергеевна н.с. к.х.н. 363-51-83 H-1116-2013
Лисицкий Владимир Александровичм.н.с. 363-51-83 A-6534-2014
Мацокина Наталья Владимировна лаборант 363-51-83
Серпокрылова Инна Юрьевна м.н.с. к.х.н. 363-51-83 AAU-1162-2020
Сильников Владимир Николаевич зав. лабораторией д.х.н. 363-51-82 H-1118-2013

Основные направления исследований


  • Конструирование и разработка методов синтеза реагентов для молекулярно-биологических исследований, в том числе модифицированных нуклеозидов, трифосфатов и нуклеиновых кислот.
  • Дизайн и синтез искусственных рибонуклеаз – низкомолекулярных катализаторов расщепления РНК.
  • Создание противовирусных и антибактериальных препаратов на основе искусственных рибонуклеаз.

Важнейшие научные результаты


  • Разработаны подходы к конструированию низкомолекулярных катализаторов расщепления фосфодиэфирных связей в РНК, основанные на получении конъюгатов органических молекул, моделирующих фрагменты каталитических центров природных нуклеолитических ферментов, со структурами, обладающими аффинным сродством к нуклеиновым кислотам.
  • Разработаны новые методы синтеза конъюгатов олигонуклеотидов с широким спектром соединений, содержащих в своем составе алифатические аминогруппы. На основе данного подхода синтезирован ряд олигонуклеотидных конъюгатов, содержащих в своем составе РНК-гидролизующие каталитические центры, фотоактивные и флюоресцентные группы. [Митрофанов Д.В. и др., Генетика. 2008. 44, 1684; Koroleva L.S. et al., Protein & Peptide Letters. 2007. 14, 151].
  • Осуществлен дизайн и синтез новых аналогов нуклеиновых кислот и терминирующих трифосфатов на основе морфолинонуклеозидов. [Abramova T.V. et al., Indian J. Chem. 2009. 48B, 1721; Абрамова Т.В. и др., Патент РФ № 2326888, 2006 г.; Abramova T.V. et al., Bioorg. Med. Chem. 2008. 16, 9127].
  • Разработан ряд противовирусных и антибактериальных препаратов широкого спектра действия для нужд ветеринарии и медицины, находящихся на различных стадиях испытаний. [Сильников В.Н. и др., Патент РФ № 2443705, 2012 г.; Королева Л.С и др., Патент РФ №2402563, 2010 г.; Буракова Е.А. и др., Патент РФ № 2399669, 2010 г.; Королева Л.С. и др., Патент РФ № 2399388, 2010 г.].
  • Предложен ряд искусственных рибонуклеаз, для которых продемонстрировано наличие высокой противовирусной и антибактериальной активности. [Гончарова Е.П. и др., Докл. АН. 2009. 427(6), 840-843].
  • Разработана нанокомпазитная система на основе SiO2 наночастиц для внутриклеточной доставки аналогов нуклеозидтрифосфатов. Разработан новый тип линкерных групп для модификации пиримидиновых нуклеозидов. [Vasilyeva S.V. et. al., Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids. 2011. 30(10), 753-767; Vasilyeva S.V. et. al., Bioorg. Med. Chem. 2013. 21(3), 703-711].

Текущие гранты


Базовые проекты

  • ПФНИ ГАН (2013-2020) VI.57.1.2 «Механизмы функционирования систем репарации, транскрипции и трансляции. Патологические процессы, связанные с этими системами». 0309-2016-0001 (2017-2020 гг.)
  • ПФНИ ГАН (2013-2020) VI.62.1.4 «Интеллектуальные материалы для биомедицины». 0309-2016-0004. (2017-2020 гг.)
  • Блок: Модификация полимерного каркаса функционально активными пептидами и оценки качества проведенной модификации. Проект КП ФНИ СО РАН II.1 (ГЗ № 0309-2018-0009): «Биодеградируемый сосудистый графт малого диаметра, модифицированный функционально активными пептидами» (2018-2020 гг.)

Гранты Российского фонда фундаментальных исследований

  • № 18-04-00352-а «Дизайн, синтез и изучение ингибирующего действия 5’,5’-динуклеозидпирофосфатов и их модифицированных производных в реакциях, катализируемых ферментами семейства поли(АДФ-рибоза)-полимераз (ПАРП) (2018-2020 гг.)
  • № 19-44-540005 р_а «Антибактериальные препараты, активные в отношении антибиотикоустойчивых штаммов микроорганизмов». (2019-2021 гг.)

Гранты Российского научного фонда

  • № 19-74-20123 «Мультифункциональные бор-содержащие наноконструкции на основе конъюгатов терапевтических нуклеотидов с человеческим сывороточным альбумином для визуализации и терапии злокачественных опухолей». (2019-2022 гг.)
  • № 19-74-20127 инфр «Новые таргетные агенты для БНЗТ глиобластом на основе борсодержащих конъюгатов опухолеспецифичных НК-аптамеров» (2019-2022 гг.)

Публикации 2018 - 2020 года


  1. Human Serum Albumin Labelled with Sterically-Hindered Nitroxides as Potential MRI Contrast Agents. Dobrynin S., Kutseikin S., Morozov D., Krumkacheva O.A., Spitsyna A., Gatilov Yu., Silnikov V.N., Angelovski G., Bowman M.K., Kirilyuk I., Chubarov A.S. Molecules 2020 V. 25 P. 1709
  2. Methanethiosulfonate Derivative of OX063 Trityl: A Promising and Efficient Reagent for Side-Directed Spin Labeling of Proteins. Tormyshev V.M., Chubarov A.S., Krumkacheva O., Trukhin D.V., Rogozhnikova O.Yu., Spitsina A.S., Kuzhelev A.A., Koval V.V., Fedin M.V., Godovikova T.S., Bowman M.K., Bagryanskaya E.G. Chem. Eur. J. 2020 V. 26 N 12 P. 2705-2712
  3. Design, Synthesis and Molecular Modeling Study of Conjugates of ADP and Morpholino Nucleosides as A Novel Class of Inhibitors of PARP-1, PARP-2 and PARP-3. Sherstyuk Y.V., Ivanisenko N.V., Zakharenko A.L., Sukhanova M.V., Peshkov R.Y., Eltsov I.V., Kutuzov M.M., Kurgina T.A., Belousova E.A., Ivanisenko V.A., Lavrik O.I., Silnikov V.N., Abramova T.V. Int. J. Mol. Sci. 2020 V. 21 N 1 pii: E214
  4. Biocompatibility of Small-Diameter Vascular Grafts in Different Modes of RGD Modification. Antonova L.V., Silnikov V.N., Sevostyanova V.V., Yuzhalin A.E., Koroleva L.S., Velikanova E.A., Mironov A.V., Godovikova T.S., Kutikhin A.G., Glushkova T.V., Serpokrylova I.Y., Senokosova E.A., Matveeva V., Khanova M.Yu., Akentyeva T.N., Krivkina E.O., Kudryavtseva Yu.A., Barbarash L.S. Polymers (Basel) 2019 V. 11 P. 174
  5. Novel Peptide Conjugates of Modified Oligonucleotides for Inhibition of Bacterial RNase P . Novopashina D.S., Vorobjeva M.A., Nazarov A., Davydova A.S., Danilin N., Koroleva L.S., Matveev A.L., Bardasheva A., Tikunova N.V., Kupryushkin M.S., Pyshnyi D.V., Altman S., Venyaminova A.G. Front Pharmacol. 2019 V. 10 P. 813
  6. Isolation, culturing and gene expression profiling of inner mass cells from stable and vulnerable carotid atherosclerotic plaques. Novikova O.A., Nazarkina Z.K., Cherepanova A.V., Laktionov P.P., Chelobanov B.P., Murashov I.S., Deev R.V., Godovikova T.S., Pokushalov E.A., Karpenko A.A., Laktionov P.P. PloS ONE 2019 V. 14 N 6 e0218892
  7. Оценка адгезии, пролиферации и жизнеспособности эндотелиальных клеток пупочной вены человека, культивируемых на поверхности биодеградируемых нетканых матриксов, модифицированных RGD- пептидами. Антонова Л.В., Сильников В.Н., Ханова М.Ю., Королева Л.С., Серпокрылова И.Ю., Великанова Е.А., Матвеева В.Г., Сенокосова Е.А., Миронов А.В., Кривкина Е.О., Кудрявцева Ю.А., Барбараш Л.С. Вестник трансплантологии и искусственных органов 2019 Т. XXI № 1 С. 142-152
  8. Observations on Protecting Groups in the Synthesis of Mono- and Triphosphates of Amino Alcohols. Sherstyuk Y.V., Chalova P.V., Silnikov V.N., Abramova T.V. Org. Prep. Proced. Int. 2019 V. 51 P. 182-191
  9. New orthogonally trifunctionalized morpholine nucleosides. Abramova T.V., Koroleva L.S., Silnikov V.N. Mendeleev Communications. 2019 V. 29 P. 169-171
  10. Biocompatibility of Small-Diameter Vascular Grafts in Different Modes of RGD Modification. Antonova L.V., Silnikov V.N., Sevostyanova V.V., Yuzhalin A.E., Koroleva L.S., Velikanova E.A., Mironov A.V., Godovikova T.S., Kutikhin A.G., Glushkova T.V., Serpokrylova I.Y., Senokosova E.A., Matveeva V., Khanova M.Yu., Akentyeva T.N., Krivkina E.O., Kudryavtseva Yu.A., Barbarash L.S. Biopolymers. 2019 V. 11 P. 174
  11. Biotin-decorated anti-cancer nucleotide theranostic conjugate of human serum albumin: Where the seed meets the soil? Popova T.V., Khan H., Chubarov A.S., Lisitskiy V.A., Antonova N.M., Akulov A.E., Shevelev O.B., Zavjalov E L, Silnikov V.N., Ahmad S., Godovikova T.S. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2018 V. 28 N 3 P. 260-264.
  12. ДНК с объемными повреждениями в обеих цепях молекулы как субстраты системы эксцизионной репарации нуклеотидов Лукьянчикова Н.В., Петрусева И.О., Евдокимов А.Н., Королева Л.С., Лаврик О.И. Молекулярная биология. 2018 Т. 52 № 2. C. 277-288.
  13. A new approach to precise thermodynamic characterization of hybridization properties of modified oligonucleotides: Comparative studies of deoxyribo- and glycine morpholine pentaadenines Golyshev V.M., Abramova T.V., Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. Biophysical Chemistry 2018 V. 234 P. 24-33.
  14. Structural Basis for the Recognition and Processing of DNA Containing Bulky Lesions by the Mammalian Nucleotide Excision Repair System Evdokimov A.N., Tsidulko А.Yu., Popov A.V., Vorobjev Y.N., Lomzov A.A., Koroleva L.S., Silnikov V.N., Petruseva I.O., Lavrik O.I. DNA Repair 2018 V. 61 P. 86-98.

Патенты


  1. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ПРОТИВООПУХОЛЕВОГО КОНЬЮГАТА НА ОСНОВЕ ЧЕЛОВЕЧЕСКОГО СЫВОРОТОЧНОГО АЛЬБУМИНА, СОДЕРЖАЩЕГО ТЕРАПЕВТИЧЕСКИЕ И КОНТРАСТИРУЮЩИЙ АГЕНТЫ. Годовикова Т.С., Попова Т.В., Чубаров А.С., Лисицкий В.А., Сильников В.Н. 2016 г. № 2644280
  2. КОНТРАСТИРУЮЩИЙ АГЕНТ ДЛЯ ВВЕДЕНИЯ ФТОР-19 МЕТКИ В БЕЛКИ, СОДЕРЖАЩИЕ ОСТАТКИ ЛИЗИНА. Годовикова Т.С., Сильников В.Н., Платонов В.Е., Чубаров А.С. 2016 г. № 2599500.
  3. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ КОНТРАСТИРУЮЩЕГО ПРЕПАРАТА НА ОСНОВЕ ЧЕЛОВЕЧЕСКОГО СЫВОРОТОЧНОГО АЛЬБУМИНА ДЛЯ ВИЗУАЛИЗАЦИИ ОПУХОЛЕВЫХ ТКАНЕЙ. Годовикова Т.С., Чубаров А.С., Сильников В.Н. 2016 г. № 2629844
  4. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ НАНОРАЗМЕРНОЙ СИСТЕМЫ ДОСТАВКИ ТРИФОСФАТА АЗИДОТИМИДИНА В КЛЕТКИ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Васильева С.В., Левина А.С., Репкова М.Н., Шацкая Н.В., Сильников В.Н., Мазуркова Н., Зарытова В.Ф. 2015 г. № 2563171.
  5. СРЕДСТВО, ОБЛАДАЮЩЕЕ АНТИБАКТЕРИАЛЬНОЙ АКТИВНОСТЬЮ. Сильников В.Н., Буракова Е.А., Королева Л.С., Яринич Л.А. 2014 г. № 2532328.
  6. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ НАНОРАЗМЕРНОЙ СИСТЕМЫ ДОСТАВКИ НУКЛЕОЗИДТРИФОСФАТОВ В КЛЕТКИ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Зарытова В.Ф., Левина А.С., Васильева С.В., Сильников В.Н., Шацкая Н.В., Репкова М.Н. 2014 г. № 2527681.
  7. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНАКТИВАЦИИ ДНК-ВИРУСОВ. Федорова А.А., Гончарова Е.П., Королева Л.С., Сильников В.Н., Власов В.В., Зенкова М.А. 2013 г. № 2480478.
  8. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ФТОРУГЛЕРОДНОГО ГЕМОСОРБЕНТА И ФТОРУГЛЕРОДНЫЙ ГЕМОСОРБЕНТ (ВНИИТУ-1Ф). Кнорре Д.Г., Годовикова Т.С., Лихолобов В.А., Даниленко А., Пьянова Л.Г., Седанова А.В., Долгих Т.И. 2013 г. № 2477652.
  9. СРЕДСТВО, ПРОЯВЛЯЮЩЕЕ ПРОТИВИРУСНУЮ АКТИВНОСТЬ В ОТНОШЕНИИ ДНК- ВИРУСОВ. Федорова А.А., Гончарова Е.П., Буракова Е.А., Сильников В.Н., Власов В.В., Зенкова М.А. 2013 г. № 2487876.
  10. СПОСОБ ОЦЕНКИ АКТИВНОСТИ СИСТЕМЫ ЭКСЦИЗИОННОЙ РЕПАРАЦИИ НУКЛЕОТИДОВ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Евдокимов А.Н., Петрусева И.О., Цидулко А.Е., Королева Л.С., Серпокрылова И.Ю., Сильников В.Н., Лаврик О.И. 2013 г.№ 2492242.
  11. СПОСОБ МОДИФИЦИРОВАНИЯ УГЛЕРОДНОГО ГЕМОСОРБЕНТА И УГЛЕРОДНЫЙ ГЕМОСОРБЕНТ С ИММОБИЛИЗОВАННЫМ БЕЛКОМ. Лихолобов В.А., Пьянова Л.Г., Седанова А.В., Кнорре Д.Г., Годовикова Т.С.2012 г. № 2452499.
  12. СРЕДСТВО, ОБЛАДАЮЩЕЕ АНТИБАКТЕРИАЛЬНОЙ АКТИВНОСТЬЮ. Сильников В.Н., Буракова Е.А., Глотова Т.И., Глотов А.Г., Репин В.Е. 2012 г. № 2443705.
  13. ПРОИЗВОДНЫЕ N-ЗАМЕЩЕННОГО 1,4-ДИАЗАБИЦИКЛО-[2.2.2]-ОКТАНА, ПРОЯВЛЯЮЩИЕ ПРОТИВОВИРУСНУЮ АКТИВНОСТЬ В ОТНОШЕНИИ РНК-ВИРУСОВ. Буракова Е.А., Власов В.В., Гончарова Е.П., Зенкова М.А., Ковалев Н.А., Ковпак М.П., Сильников В.Н., Тамкович Н.В. 2010 г.№ 2399669.
  14. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ФЕРМЕНТА 8-ОКСОГУАНИН-ДНК-ГЛИКОЗИЛАЗЫ ЧЕЛОВЕКА. Кузнецов Н.А., Коваль В.В., Воробьев Ю.Н., Жарков Д.О., Сильников В.Н., Федорова О.С. 2010 г. № 2380417.
  15. СРЕДСТВО, ОБЛАДАЮЩЕЕ ПРОТИВОВИРУСНОЙ АКТИВНОСТЬЮ. Королева Л.С., Власов В.В., Гончарова Е.П., Зенкова М.А., Ковалев Н.А., Ковпак М.П., Сильников В.Н., Тамкович Н.В. 2010 г. № 2402563.
  16. СРЕДСТВО ДЛЯ ИНАКТИВАЦИИ ВИРУСОВ, ОБЛАДАЮЩЕЕ ОДНОВРЕМЕННОЙ РИБОНУКЛЕАЗНОЙ, МЕМБРАНОЛИТИЧЕСКОЙ И ПРОТИВОВИРУСНОЙ АКТИВНОСТЯМИ. Королева Л.С., Власов В.В., Гончарова Е.П., Зенкова М.А., Ковалев Н.А., Ковпак М.П., Сильников В.Н., Тамкович Н.В. 2010 г. № 2399388.
  17. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ СОЛЕЙ 5'-ТРИФОСФАТОВ ДЕЗОКСИРИБО- И РИБООЛИГОНУКЛЕОТИДОВ. Абрамова Т.В., Васильева С.В., Серпокрылова И.Ю., Власов В.В., Сильников В.Н. 2008 г. № 2326888.

Оборудование


  • оборудование для проведения работ по синтезу и доказательству строения сложных органических молекул и модифицированных биополимеров.

Помимо стандартного оборудования, необходимого для проведения органического синтеза, в распоряжении лаборатории имеются:

  • твердофазный пептидный синтезатор оригинальной конструкции, позволяющий проводить твердофазный органический синтез;
  • олигонуклеотидный синтезатор;
  • аналитические хроматографы Милихром различных модификаций.




© Copyright 2020. ИХБФМ СО РАН

Яндекс.Метрика